#NEXUS

[allozyme data for Eurycea study]

BEGIN DATA;

DIMENSIONS  NTAX=13 NCHAR=25;

     format symbols="A G C T 123456789XBYDEFZHIJKL" missing=? equate= "N=?" interleave;

 

MATRIX

[allozymes]

multiplicata   22Z5 3237 9225 2118 9X?Y ?8B5 2

chisholmensis  2112 1123 2211 1112 1111 5111 1

tonkawae       2112 1123 1211 1112 3111 4121 1

naufragia      1111 1111 1111 1111 1111 1111 1

rathbuni       Y1D3 2129 3X21 2114 4138 K111 1

nana           B2Y3 1126 3423 2112 41X7 J111 1

tridentifera   41B3 1195 3623 2113 6134 D181 1

latitans       5153 1144 3423 2122 4132 8331 1

sosorum              8193 1174 3523 5112 4163 5161 1

Comal          7183 1164 3423 2112 4131 B451 1

neotenes       41X3 1183 3423 2112 4431 Y571 1

pterophila     4173 1153 3423 4112 4351 X151 1

troglodytes          9113 11X3 3724 6142 7576 E191 1

;

end;

 

begin PAUP;

 

 

BEGIN ASSUMPTIONS;

 

 

USERTYPE A = 16 [Aco-1]

     1    2    3    4    5    6    7    8    9    X    B      Y    D    E    F    Z

     .    032  032  100  100  086  100  092  100  100  100     100  100  100  100  100

     032  .    021  100  100  086  100  092  100  100  100     100  100  100  100  100

     032  021  .    079  079  064  079  071  079  079  100     100  100  100  100  100

     100  100  079  .    001  014  046  008  001  013  100     100  100  100  100  100

     100  100  079  001  .    014  046  008  000  011  100     100  100  100  100  100

     086  086  064  014  014  .    046  007  014  014  100     100  100  100  100  100

     100  100  079  046  046  046  .    046  046  046  100     055  055  100  100  100

     092  092  071  008  008  007  046  .    008  013  100     100  100  100  100  100

     100  100  079  001  000  014  046  008  .    012  100     100  100  100  100  100

     100  100  079  013  011  014  046  013  012  .    100     100  100  100  100  100

     100  100  100  100  100  100  100  100  100  100  .     100  050  100  100  100

     100  100  100  100  100  100  055 100   100  100  100     .    050  100  100  100

     100  100  100  100  100  100  055  100  100  100  050     050  .    100  100  100

     100  100  100  100  100  100  100  100  100  100  100     100  100  .    100  100

     100  100  100  100  100  100  100  100  100  100  100     100  100  100  .    050

     100  100  100  100  100  100  100  100  100  100  100     100  100  100  050  .

    

     ;

    

USERTYPE B = 2 [Ak]

     1    2

     .    100

     100  .

     ;

    

USERTYPE C = 17 [Aat-S]

     1    2    3    4    5    6    7    8    9    X    B     Y    D    E    F    Z    H

     .    001  014  075  099  054  097  059  096  009  041     100  040  100  100  100  100

     001  .    013  074  099  054  097  059  096  009  041     100  039  100  100  100  100

     014  013  .    061  099  054  097  059  096  014  041     100  026  100  100  100  100

     075  074  061  .    099  075  097  075  096  075  075     100  035  100  100  100  100

     099  099  099  099  .    045  001  040  002  090  058     100  099  100  100  100  100

     054  054  054  075  045  .    044  005  043  045  013     100  054  100  100  100  100

     097  097  097  097  001  044  .    038  001  089  057     100  097  100  100  100  100

     059  059  059  075  040  005  038  .    037  050  019     100  059  100  100  100  100

     096  096  096  096  002  043  001  037  .    088  056     100  096  100  100  100  100

     009  009  014  075  090  045  089  050  088  .    032     100  040  100  100  100  100

     041  041  041  075  058  013  057  019  056  032  .     100  041  100  100  100  100

     100  100  100  100  100  100  100  100  100  100  100     .    100  100  100  100  100

     040  039  026  035  099  054  097  059  096  040  041     100  .    100  100  100  100

     100  100  100  100  100  100  100  100  100  100  100     100  100  .    100  100  100

     100  100  100  100  100  100  100  100  100  100  100     100  100  100  .    100  100

     100  100  100  100  100  100  100  100  100  100  100     100  100  100  100  .    100

     100  100  100  100  100  100  100  100  100  100  100     100  100  100  100  100  .

 

     ;

    

USERTYPE D = 6 [Ck-1]

     1    2    3    4    5    6

     .    036  100  064  100  100

     036  .    100  100  100  100

     100  100  .    100  100  100

     064  100  100  .    100  100

     100  100  100  100  .    100

     100  100  100  100  100  .

     ;

    

USERTYPE E = 5 [Ck-2]

     1    2    3    4    5

     .    100  100  100  100 

     100  .    100  100  100 

     100  100  .    100  100

     100  100  100  .    100

     100  100  100  100  .

    

     ;

    

USERTYPE F = 3 [Cap]

     1    2    3

     .    100  100

     100  .    100

     100  100  .

     ;

    

USERTYPE G = 13 [Gpi]

      1   2    3    4    5    6    7    8    9    X    B     Y    D  

     .    007  093  008  006  039  047  022  009  004  087     027  093

     007  .    100  015  001  046  054  028  016  003  093     033  100

     093  100  .    085  099  055  046  094  084  097  007     067  075

     008  015  085  .    014  031  039  022  001  012  079     019  085

     006  001  099  014  .    044  052  027  014  001  092     032  099

     039  046  055  031  044  .    008  039  030  043  048     012  075

     047  054  046  039  052  008  .    047  038  051  040     020  075

     022  028  094  022  027  039  047  .    022  026  087     027  094

     009  016  084  001  014  030  038  022  .    013  078     018  084

     004  003  097  012  001  043  051  026 013   .    091     031  097

     087  093  007  079  092  048  040  087  078  091  .     060  075

     027  033  067  019  032  012  020  027  018  031  060     .    075

     093  100  075  085  099  075  075  094  084  097  075     075  .

    

      ;

      

USERTYPE H= 9 [Gr]

     1    2    3    4    5    6    7    8    9

     .    046  050  050  047  100  100  050 100

     046  .    004  096  093  100  100  025 100

     050  004  .    100  097  100  100  025 100

     050  096  100  .    003  100  100  100 100

     047  093  097  003  .    100  100  097 100

     100  100  100  100  100  .    100  075 100

     100  100  100  100  100  100  .    100 100

     050  025  025  100  097  075  100  .    100

     100 100 100 100 100 100 100 100 .

    

     ;

    

USERTYPE I = 10 [Gapdh]

     1    2    3    4    5    6    7    8    9    X

     .    013  100  100  100  100  100  100  100  100

     013  .    088  088  100  100  100  100  100  100

     100  088  .    082  100  100  100  100  100  100

     100  088  082  .    018  100  100  100  100  100

     100  100  100  018  .    100  100  100  100  100

     100  100  100  100  100  .    100  100  100  100

     100  100  100  100  100  100  .    100  100  100

     100  100  100  100  100  100  100  .    100  100

     100  100  100  100  100  100  100  100  .    100

     100  100  100  100  100  100  100  100  100  .

    

     ;

    

USERTYPE J = 11 [G3pdh]

     1    2    3    4    5    6    7    8    9    X    B

     .    100  093  100  100  100  100  100  100  100  100

     100  .    007  100  100  100  100  100  100  100  100

     093  007  .    100  100  100  100  100  100  100  100

     100  100  100  .    011  069  033  097  100  070  100

     100  100  100  011  .    058  022  086  089  059  100

     100  100  100  069  058  .    036  028  031  001  100

     100  100  100  033  022  036  .    064  068  038  100

     100  100  100  097  086  028  064  .    003  027  100

     100  100  100  100  089  031  068  003  .    030  100

     100  100  100  070  059  001  038  027  030  .    100

     100  100  100  100  100  100  100  100  100  100  .

     ;

    

USERTYPE K = 8 [Idh-1]

     1    2    3    4    5    6    7    8

     .    100  100  100  100  100  100  100

     100  .    080  100  100  100  100  025

     100  080  .    100  100  100  100  080

     100  100  100  .    100  100  100  100

     100  100  100  100  .    100  100  100

     100  100  100  100  100  .    100  100

     100  100  100  100  100  100  .    100

     100  025  080  100  100  100  100  .

    

     ;

    

USERTYPE L = 6 [Idh-2]

     1    2    3    4    5    6

     .    014  100  097  100  100

     014  .    086  082  100  100

     100  086  .    004  100  100

     097  082  004  .    100  100

     100  100  100  100  .    100

     100  100  100  100  100  .

    

     ;

    

USERTYPE M = 9 [Ldh-A]

     1    2    3    4    5    6    7    8    9

     .    100  100  100  100  100  100  100  100

     100  .    043  007  004  006  088  100  100

     100  043  .    043  043  043  088  100  100

     100  007  043  .    003  001  088  100  100

     100  004  043  003  .    003  088  100  100

     100  006  043  001  003  .    088  100  100

     100  088  088  088  088  088  .    100  100

     100  100  100  100  100  100  100  .    100

     100  100  100  100  100  100  100  100  .

 

     ;

    

USERTYPE N = 4 [Ldh-B]

     1    2    3    4

     .    100  050  100

     100  .    100  100

     050  100  .    050

     100  100  050  .

    

     ;

 

USERTYPE O = 6 [Mdh-1]

     1    2    3    4    5    6

     .    005  090  015  100  100

     005  .    090  015  100  100

     090  090  .    090  100  100

     015  015  090  .    100  100

     100  100  100  100  .    100

     100  100  100  100  100  .

    

     ;

    

USERTYPE P = 11 [Mdh-2]

     1    2    3    4    5    6    7    8    9    X    Y

     .    002  001  100  100  100  100  100  100  100 100

     002  .    003  100  100  100  100  100  100  100 100

     001  003  .    100  100  100  100  100  100  100 100

     100  100  100  .    100  100  100  100  100  100 100

     100  100  100  100  .    100  100  100  100  100 100

     100  100  100  100  100  .    100  100  100  100 100

     100  100  100  100  100  100  .    100  100  100 100

     100  100  100  100  100  100  100  .    100  100 100

     100  100  100  100  100  100  100  100  .    100 100

     100  100  100  100  100  100  100  100  100  .    100

     100  100  100  100  100  100  100  100  100  100  .

     ;

    

USERTYPE Q = 13 [Mdhp]

     1    2    3    4    5    6    7    8    9    X    B     Y    D   

     .    016  006  100  100  100  100  100  100  100  100     100  100

     016  .    010  100  100  100  100  100  100  100  100     100  100

     006  010  .    100  100  100  100  100  100  100  100     100  100

     100  100  100  .    007  097  002  067  100  100  100     100  100

     100  100  100  007  .    097  007  067  100  100  100     100  100

     100  100  100  097  097  .    097  097  100  100  100     100  100

     100  100  100  002  007  097  .    065  100  100  100     100  100

     100  100  100  067  067  097  065  .    100  100  100     100  100

     100  100  100  100  100  100  100  100  .    100  025     100  100

     100  100  100  100  100  100  100  100  100  .    100     075  067

     100  100  100  100  100  100  100  100  025  100  .     100  100

     100  100  100  100  100  100  100  100  100  075  100     .    075

     100  100  100  100  100  100  100  100  100  067  100     075  .

    

     ;

    

USERTYPE R = 13 [Mpi]

     1    2    3    4    5    6    7    8    9    X    B     Y    D

     .    046  024  097  018  003  100  050  100  100  100     075  100

     046  .    022  051  046  046  054  050  100  100  100     075  100

     024  022  .    073  023  024  076  050  100  100  100     075  100

     097  051  073  .    096  097  003  097  100  100  100     097  100

     018  046  023  096  .    018  099  050  100  091  100     075  100

     003  046  024  097  018  .    100  050  100  100  100     075  100

     100  054  076  003  099  100  .    100  100  100  100     100  100

     050  050  050  097  050  050  100  .    100  100  100     075  100

     100  100  100  100  100  100  100  100  .    025  100     100  100

     100  100  100  100  091  100  100  100  025  .    100     100  075

     100  100  100  100  100  100  100  100  100  100  .     025  100

     075  075  075  097  075  075  100  075  100  100  025     .    100

     100  100  100  100  100  100  100  100  100  075  100     100  .

    

    

     ;

    

USERTYPE S = 10 [Pep-A]

     1    2    3    4    5    6    7    8    9    X

     .    007  100  096  100  083  100  100  100  038

     007  .    093  089  093  083  093  100  100  030

     100  093  .    004  001  100  021  100  100  063

     096  089  004  .    004  096  021  100  100  059

     100  093  001  004  .    100  020  100  099  063

     083  083  100  096  100  .    100  100  100  083

     100  093  021  021  020  100  .    091  088  063

     100  100  100  100  100  100  091  .    100  100

     100  100  100  100  099  100  088  100  .    100

     038  030  063  059  063  083  063  100  100  .

     ;

    

USERTYPE T = 13 [Pep-B]

     1    2    3    4    5    6    7    8    9    X    B     Y    D

     .    008  007  073  100  099  100  010  100  100  100     100  075

     008  .    001  066  092  091  100  010  100  100  100     100  075

     007  001  .    066  093  092  100  010  100  100  100     100  075

     073  066  066  .    027  026  100  073  100  100  100     100  075

     100  092  093  027  .    001  100  100  100  100  100     100  100

     099  091  092  026  001  .    100  099  100  100  100     100  099

     100  100  100  100  100  100  .    090  100  100  100     100  025

     010  010  010  073  100  099  090  .    100  100  100     100  065

     100  100  100  100  100  100  100  100  .    100  100     100  100

     100  100  100  100  100  100  100  100  100  .    100     100  100

     100  100  100  100  100  100  100  100  100  100  .     100  100

     100  100  100  100  100  100  100  100  100  100  100     .    100

     075  075  075  075  100  099  025  065  100  100  100     100  .

      

     ;

    

USERTYPE U = 20 [Pep-D]

     1    2    3    4    5    6    7    8    9    X    B     Y    D    E    F    Z    H    I    J    K

     .    098  098  098  003  100  098  100  100  100  100     100  094  097  100  100  098  100  100  100

     098  .    082  094  100  096  004  100  100  100  100     100  089  095  100  100  075  100  100  100

     098  082  .    094  100  014  086  100  100  100  100     100  089  095  100  100  086  100  100  100

     098  094  094  .    100  100  094  007  007  014  006     021  087  024  010  050  094  075  100  100

     003  100  100  100  .    100  100  100  100  100  100     100  096  099  100  100  100  100  100  100

     100  096  014  100  100  .    100  100  100  100  100     100  100  100  100  100  100  100  100  100

     098  004  086  094  100  100  .    100  100  100  100     100  089  095  100  100  075  100  100  100

     100  100  100  007  100  100  100  .    001  007  007     015  086  022  003  043  093  068  100  087

     100  100  100  007  100  100  100  001  .    006  007     014  085  022  003  043  093  068  100  093

     100  100  100  014  100  100  100  007  006  .    014     008  079  015  004  037  087  062  100  086

     100  100  100  006  100  100  100  007  007  014  .     021  092  029  010  050  100  075  100  100

     100  100  100  021  100  100  100  015  014  008  021     .    071  007  011  029  079  054  100  080

     094  089  089  087  096  100  089  086  085  079  092     071  .    064  082  042  014  017  100  081

     097  095  095  024  099  100  095  022  022  015  029     007  064  .    019  027  072  052  100  080

     100  100  100  010  100  100  100  003  003  004  010     011  082  019  .    040  090  065  100  090

     100  100  100  050  100  100  100  043  043  037  050     029  042  027  040  .    050  025  100  080

     098  075  086  094  100  100  075  093  093  087  100     079  014  072  090  050  .    025  100  080

     100  100  100  075  100  100  100  068  068  062  075     054  017  052  065  025  025  .    100  080

     100  100  100  100  100  100  100  100  100  100  100     100  100  100  100  100  100  100  .    100

     100  100  100  100  100  100  100  087  093  086  100     080  081  080  090  080  080  080  100  .

     ;

    

USERTYPE V = 8 [Pgm]

     1    2    3    4    5    6    7    8

     .    001  001  063  066  010  100  025

     001  .    000  063  066  010  100  025

     001  000  .    063  066  010  100  025

     063  063  063  .    003  053  038  063

     066  066  066  003  .    056  034  067

     010  010  010  053  056  .    090  025

     100  100  100  038  034  090  .    100

     025  025  025  063  067  025  100  .

    

     ;

    

USERTYPE W = 13 [Pgdh]

     1    2    3    4    5    6    7    8    9    X    B     Y    D

     .    006  061  096  100  021  063  037  001  025  100     100  050

     006  .    055  091  094  016  057  031  006  025  100     100  051

     061  055  .    057  061  040  049  024  060  042  099     100  060

     096  091  057  .    004  075  084  060  096  096  100     100  096

     100  094  061  004  .    079  088  063  100  100  100     100  100

     021  016  040  075  079  .    050  015  021  025  100     100  050

     063  057  049  084  088  050  .    050  063  063  063     100  063

     037  031  024  060  063  015  050  .    037  037  100     100  050

     001  006  060  096  100  021  063  037  .    024  100     100  050

     025  025  042  096  100  025  063  037  024  .    100     100  050

     100  100  099  100  100  100  063  100  100  100  .     100  100

     100  100  100  100  100  100  100  100  100  100  100     .    100

     050  051  060  096  100  050  063  050  050  050  100     100  .

     ;

    

USERTYPE X = 6 [Pk]

     1    2    3    4    5    6

     .    100  100  100  100  100

     100  .    100  100  100  100

     100  100  .    100  100  100

     100  100  100  .    025  100

     100  100  100  025  .    075

     100  100  100  100  075  .

    

     ;

    

USERTYPE Y = 2 [Sod-S]

     1    2   

     .    100 

     100  .   

    

     ;

    

     TYPESET  *ALLWTS = A:1, B:2, C:3, D:4, E:5, F:6, G:7, H:8, I:9, J:10, K:11, L:12, M:13, N:14, O:15, P:16, Q:17, R:18, S:19, T:20, U:21, V:22, W:23, X:24, Y:25;

 

     end;

;

end;