#NEXUS
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Ggallus 
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Australosuchus_clarkae 
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[DNA]
Dromaeus_Struthio 
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[3051]
G_gallus 
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CTTGAAATAGGAGGCATCCTGAGAACATTCAAATTCATCTTTCGAGGTACAGGCTATGATGAGAAACTTGTAAGGGAAGT
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[3049]
Caiman_yacare 
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C-C------A---GTTTGCATACCGCCGTCG-CAAGCTTGTCTC-GCT-GAGAGAAA-CA-AAATGAGCACAATAGC-CC
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[3058]
Caiman_latirostris 
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[3060]
Melanosuchus_niger 
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AGAGCAAAAAATGAACACCGGCAAGCAGATGAGCTGGAAGCTATAATGCAAGGGAGGGGCTCAGGGCTTCACCCAGCTGT
TGTTTGGCAATTCGAGTCAATACATTTCTTAGCTGTAGTCAGTACCATAAAATGTACAGAACTGTAAAAGCTGTCACCGGGAGGCAGATCTTCCAGCCACTGCATGCTCTTCGCACTGCTGAGAAAGCCCTGCTCCCAGGTTATCATCCATTTGAGTGGAAGCCTTCTTTGAAAAATGTG 
TCTGCTAATACAGAAGTGGGAATTATAGATGGGCTTTCAGGCCTGCCACATTCAGTTGATGACTACCCAATTGACACAAT
GCAAAGAGGTTTCGATATGATGCAGCCTTGGTTTCTGCCTTAATGGATATGGAAGAAGACATCTTGGAAGGCATGAAAAC
CATGATCTGGATGACTATTTGAATGGTCCTTTCACTGTGGTGGTGAAAGAGTCTTGTGATGGGATGGGAGATGTCAGTGA
AAGCATGGATGTGGACCAGCAGTCCCAGAAAAGGCAGTTCGCTTTTCTTTCACCGTCATGACCATCACTATAACTCATGG
AATACAAATGTAAGGATCTTTGAAGAAGTCAAGCCCAATTCAGAGCTATGTTGCAAGCCATTGTGTCTTATGTTGGCTGA
GAGTCAGACCATGAGACTCTGACAGCCATCCTGAGCCCTCTCATAGCAGAAAGAGAGGCCATGAAAAACAGTGTACTACT
CTTGAAATGGGAGGCATCCTCAGAACATTCAAATTCATCTTTAGGGGTACTGGTTATGATGAGAAACTTGTGCGTGAGGT
GAAGGCCTTGAAGCCTCTGGCTCCACTTACATTTGTACCCTCTGTGATGCAACCCGCCTGGAAGCCTCTCAGAATTTGGT
CTCCACTCCATAACAAGGAGTCATACTGAAAATCTAGAGCGATATGAGGTGTGGAGGTCCAACCCATACCATGAATCAGT
GATGAGCTCCGTGATAGAGTGAAGGGTGTTTCTGCAAAACCATTTATTGAGACTGTTCCCTCTATAGATGCATTGCACTGTGACATTGGCAATGCAGCTGAGTTTTACAAGATATTCCAATTTGAGATAGGTGAGGTCTACAAGAATCCTGATGCATCTAAAGAAGAGAGGAAGAGGTGGCAATCAGCTCTTGACAAGCACCTGAGGAAGAAGATGAACCTGAAACCAATA 
[3061]
Paleosuchus_palpebrosus 
CAAATTCTAACAGGAGTCTTCCTAATAATACACTTCTCATCAAGTGACACCACGGCCTTCTCATCCGTCGCCTACACCTC
CGCGAAGTCTGATTCGGATGACTTATCCGAAACCTCCACACAAACGGAGCCTCACTCTTCTTCATGTTTATTTTCCTCCA
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TTGACGGTACTTCGAACCCACCTAGAGGAGCCTGTCCTATAATTGAAGATACACGATTCACCTAACCCCTCCTTGCCT--
T-C------A---GTCTGTATACCGCCGTCGCCAAACTCGTCCC-ACT-GAGGGAAA-CA-AAACAAGTGCAACAGC-CT
---CCCAGGCTAATACGTCAGGTCAAGGTGCAGCTAATGGAGCGGAAGAGATGTGCTACATTTTCT-AA-A-ATAGAAAT
CGTAACAGAACGCCCTCTGAAAAAGGTAGCGTAATCACTTGTTCTTTAAATAAGGACTAGTATGAACGGCTAAACGAGAA
CTAACTGTCTCCTGCAAGGAGCCAATGAAATTGATCTTCCTGTGCAAAAGCAGGAATACTACCACCAGACGAGAAGACCC
GTGAAACTTA-AATCAGCTAAGTCACACCAACA--ACA-----CCAACTAC-AAC---CCACGACCACCAT----CACC-
TGACCTAGCGCTTTCGGTTGGGGCGACCTTAAAACAAAGAAAAACTTTTAAG-ACAACCCATAGC-AA-AGTTA-GACCA
TAACTAAGA--ACCACACCTCAAAGTACTTAAATGTAATTAGATCCGACAAT-GTCGATCCACGAACCAAGCTACTCCAGGGATAACAGCGCAATCCCCCTCAAGAGCCCCTATCGACGGGGGGGTTTCATTCAGAGAAAGTTCAGCAGTTCCCCATATGAAGTGTATTTCCCAAGGAAC 
AGTGCCATGGAATGGCAACCTCATTCCCCAAATTGTGATGTTTGTCACACCAGCTGTCAGGGGATCAAGAGAAAGAAGCA
CCGCCCAATTTACAGCTTGCAAAACGACTGAAGATCATTGCAGAACGTGCTCGAAAAAACAGGTGTGTAAAGAACCAAGG
AAGCTAAACAACAAGAACCTCATGAAAAAGATTACCAACTGCAAGAAGATACATCTTAGCACAAAGCTTCTTGCAGTTGA
TATCCAGTAGATTTTGTTAAGGCTATCTCTTGTCAGATCTGTGAGCATATTCTGTCCGATCCAGTGGAAACAACATGTAG
CACTTATTCTGCAGAACCTGCATCCTTAAATGTCTCAAAGTTATGGGCAGTTATTGCCCCTCCTGCCTATACCCTTGCTT
CCTACTGACTTAGTGACCCCAGTGAAATCCTTCCTAAACATCCTTGACTCTCTGACTTTGAGATGTCCAGTGAAAGAATG
GATGAAGAGATTTTGCTGGGAAAATATGGTCAGCATCTCTCCAGCCACAAGGAGCTGAAAGGGAAAGAGATTTATACACA
ATAAATAAAGGGGGGCGACCAAGACAACACCTTCTGTCCTTGACCAGAAGAGCTCAAAAACATCGTCTGAGAGAACTCAA
CTTCAGGTCAAAACGTTTGCTGAGAAAGAAGAAGGGGGAGATATAAAGGCTGTTTGCATGACTTTGTTTTTGTTGGCTCT
AGATCAAAAAATGAACACCGGCAAGCAGATGAGCTGGAAGCTATAATGCAAGGGAGGGGCTCAGGGCTTCACCCAGCTGT
TGTTTGGCAATTCGAGTCAATACATTTCTCAGCTGTAGTCAGTACCATAAAATGTACAGAACTGTAAAAGCTGTCACCGGGAGGCAGATCTTCCAGCCACTGCATGCTCTTCGCACTGCTGAGAAAGCCCTGCTCCCAGGCTATCATCCATTTGAGTGGAAGCCTCTTTTGAAAAATGTG 
TCTGCTAATACAGAAGTGGGAATTATAGATGGGCTTTCAGGCCTGCCACATTCAGTTGATGACTATCCAATTGACACAAT
GCAAAGAGGTTTCGATATGATGCAGCCTTGGTTTCTGCCTTAATGGATATGGAAGAAGACATCTTGGAAGGCATGAAAAC
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AAGCATGGATGTGGACCAGCAGTCCCAGAAAAGGCAGTTCGCTTTTCTTTCACTGTCATGACCGTCACTATAACTCATGG
AATACAAATGTAAGGATCTTTGAAGAAGTCAAGCCCAATTCAGAGTTATGTTGCAAGCCATTGTGTCTTATGTTGGCTGA
GAGTCAGACCATGAGACTCTGACAGCCATCCTGAGCCCTCTCATAGCAGAAAGAGAGGCCATGAAAAACAGTGTACTACT
CTTGAAATGGGAGGCATCCTCAGAACATTCAAATTCATCTTTAGGGGTACTGGTTATGATGAGAAACTTGTGCGTGAGGT
GAAGGCCTTGAAGCCTCTGGCTCCACTTACATTTGTACCCTCTGTGATGCAACCCGCCTGGAAGCCTCTCAGAATTTGGT
CTCCACTCCATAACAAGGAGTCACACTGAAAATCTAGAGCGATATGAGGTGTGGAGGTCCAACCCATACCATGAATCAGT
GATGAGCTCCGTGATAGAGTTAAGGGTGTTTCTGCAAAACCATTTATTGAGACTGTTCCCTCTATAGATGCATTGCACTGTGACATTGGCAATGCAGCTGAGTTTTACAAGATATTCCAATTTGAGATAGGTGAGGTCTACAAGAACTCTGATGCATCTAAAGAAGAGAGGAAGAGGTGGCAATCAGCTCTTGACAAGCACCTGAGGAAGAAGATGAACCTGAAACCAATA 
[3057]
Paleosuchus_trigonatus 
CAAATCCTAACGGGGGTCTTCCTAATAATACACTTCTCATCAAGCGACACTGCGGCTTTCCCGTCCGTCGCCTACACCTC
CGCGAAGTCTGATTCGGATGACTTATCCGAAGCCTCCACACAAACGGGGCCTCCCTCTTCTTCATATTTATTTTCCTCCA
ATCGGACGAGGCCTATACTACGCCTCTTACGCCCACGAAAACACATGAAATGTAGGAGTCATAATGCTCTTCTTACTAGA
TTGACGGTACTTTAAACCCACCTAGAGGAGCCTGTCCTATAATTGAAGATACACGATCCACCTAACCCCTCCTAGCCT--
T-C------A---GTCTGTATACCGCCGTCG-CAAACTTGTCCC-ACT-GAAGGAAA-CA-AAACGAGTACAACAGC-CT
---CCCAGGCTAATACGTCAGGTCAAGGTGCAACTAACGGAGCGGAAGAGATGTGCTACATTTTCT-AA-A-ATAGAAAT
CGTAACAGAACGCCCTATGAAAAAGGTAGCGTAATCACTTGTTCTTTAAATAAGGACCAGTATGAACGGCTAAACGAGAA
CTAACTGTCTCCTGCAAGCAACCAATGAAATTGATCTCCCTGTGCAAAAGCAGGAATAATATCACCAGACGAGAAGACCC
GTGAAACTTA-AACCAGCTAAGTCACACCAACA--ACA-----CCAACCAC-AACAACCCACGTCCACCAC----TACT-
TGACTCAGCGCTTTTGGTTGGGGCGACCTTAAAACAAAGAAAAACTTTTGAG-ACAACCCATAGC-AA-AGTTA-GACTA
TAACCAAGA--ACTACACCTCAAAGTGCTTAAATGTAATTAGATCCGACAAT-GTCGATCCACGAACCAAGCTACTCCAGGGATAACAGCGCAATCCCCCTCAAGAGCCCCTATCGACAGGGGGGTTTCATTCAGAGAAAGTTCAGCAGTTCCCCATATGAAGTGTATTTCCCAAGGAACAGTGCCATGGAATGGCAACCTCATTCCCCAAATT
GTGATGTTTGTCACACCAGCTGTCAGGGGATCAAGAGAAAGAAGCAGCCGCCCAACTTACAGCTTGCAAAACGACTGAAG
TCATTGCAGAACGTGCTCGAAAAAACAGGTGTGTAAAGAACCAAGGAAAGCTAAACAACAAGAACCTCATGAAAAAGATT
CCAACTGCAAGAAGATACATCTTAGCACAAAGCTTCTTGCAGTTGACTATCCAGTAGATTTTGTTAAGGCTATCTCTTGTCAGATCTGTGAGCATATTCTGTCAGATCCAGTGGAAACAACATGTAGGCACTTATTCTGCAGAACCTGCATCCTTAAATGTCTCAAAGTTATGGGCAGTTATTGCCCCTCCTGCCTATACCCTTGCTTCCCT
TGAAGAGATCTTGCTGGGGAAATATGGTCAKCATCTCTCCAGGCACAAGGAGCTGAAAGGGAAAGAGATTTATACACACA
AAATAAAGGGGGGCGACCAAGACAACACCTTCTGTCCTTGACCAGAAGAGCTCAAAAACATCGTCTGAGAGAACTCAAGC
TCAGGTCAAAACGTTTGCTGAGAAAGAAGAAGGGGGAGATATAAAGGCTGTTTGCATGACTTTGTTTTTGTTGGCTCTCA
AGCAAAAAATGAACACCGGCAAGCAGATGAGCTGGAAGCTATAATGCAAGGGAGGGGCTCAGGGCTTCACCCAGCTGTTT
TTTGGCAATTCGAGTCAATACATTTCTCAGCTGTAGTCAGTACCATAAAATGTACAGAACTGTAAAAGCTGTCACCGGGA
GCAGATCTTCCAGCCACTGCATGCTCTTCGCACTGCTGAGAAAGCCCTGCTCCCAGGCTATCATCCATTTGAGTGGAAGC
TCTTTTGAAAAATGTGTCTGCTAATACAGAAGTGGGAATTATAGATGGGCTTTCAGGCCTGCCACATTCAGTTGATGACT
TCCAATTGACACAATTGCAAAGAGGTTTCGATATGATGCAGCCTTGGTTTCTGCCTTAATGGATATGGAAGAAGACATCT
GGAAGGCATGAAAACACATGACCTGGATGACTATTTGAATGGTCCTTTCACTGTGGTGGTGAAAGAGTCTTGTGATGGGA
GGGAGATGTCAGTGAGAAGCATGGATGTGGACCAGCAGTCCCAGAAAAGGCAGTTCGCTTTTCTTTCACTGTCATGACCG
CACTATAACTCATGGCAATACAAATGTAAGGATCTTTGAAGAAGTCAAGCCCAATTCAGAGCTATGTTGCAAGCCATTGTGTCTTATGTTGGCTGATGAGTCAGACCATGAGACTCTGACAGCCATCCTGAGCCCTCTCATAGCAGAAAGAGAGGCCATGAAAAACAGTGTACTACTTCT 
TGAAATGGGAGGCATCCTCAGAACATTCAAATTCATCTTTAGGGGTACTGGTTATGATGAGAAACTTGTGCGTGAGGTGG
AGGCCTTGAAGCCTCTGGCTCCACTTACATTTGTACCCTCTGTGATGCAACCCGCCTGGAAGCCTCTCAGAATTTGGTCC
CCACTCTATAACAAGGAGTCACACTGAAAATCTAGAGCGATATGAGGTGTGGAGGTCCAACCCATACCATGAATCAGTTG
TGAGCTCCGTGATAGAGTTAAGGGTGTTTCTGCAAAACCATTTATTGAGACTGTTCCCTCTATAGATGCATTGCATTGTGACATTGGCAATGCAGCTGAGTTTTACAAGATATTCCAATTTGAGATAGGTGAGGTCTACAAGAACCCTGATGCATCTAAAGAAGAGAGGAAGAGGTGGCAATCAGCTCTTGACAAGCACCTGAGGAAGAAGATGAACCTGAAACCAATA 
[3059]
Alligator_mississippiensis 
CAGATTCTAACAGGATTCTTCTTAATAATGCACTTTTCATCAAGCGATACTCTAGCATTTTCATCTGTATCCTACACCTC
CGCGAAGTCTGATTTGGATGACTCATCCGCAACCTCCACACAAATGGGGCCTCCCTGTTCTTTATATTTATCTTTCTTCA
ATCGGACGAGGCCTATACTACACATCATATCTTCACGAAAGCACATGAAATATTGGAGTAATCATACTTCTACTCCTAGA
TTGACGGCACTTTAAACCCCCCTAGAGGAGCCTGTCCTATAATCGACAGTACACGTTACACCCGACCACCTTTAGCCT-A
T-C------A---GTCTGTATACCGCCGTCG-CAAGCCCGTCCC-ATTTGAGGGAAA-CA-AAACGCGCGCAACAGCTCA
---ACCGAGCTAACACGTCAGGTCAAGGTGCAGCCAACAAGGTGGAAGAGATGGGCTACATTTTCTCAACATGTAGAAAT
TTCAACGGAGAGCCCTATGAAAAAGGTAGCGTAATCACTTGTTCTCCAAATAAGGACCAGTATGAACGGCTAAACGAGAA
CTAACTGTCTCCTGCAAGCAACCAATGAAATTGATCTCCCTGTGCAAAAGCAGGAATGACCCCACCAGACGAGAAGACCC
GTGAAACTTT-AACCGACTAAGTCACAC-ACTA--GGA-----ACAAC-AC-AAC---CCACAACCACCTT-AAACCCA-
TGACTTAGCGCTTTTGGTTGGGGTGACCCTAAAACAAAAAAAAACTTTTAAG-ACAATC-ATAAC-AA-AATTA-GACTA
TAACTAAGA--CCCACACCTCAAAGTACTTAACTGTAATTAGATCCGACAAT-GTCGATCCACGAACTAAGCTACTCCAGGGATAACAGCGCAATCCCCTTCAAGAGCCCCTATCGACAAGGGGGTTTCATTCAGAGAAAGTTCAGCAGTTCCCCATATGAAGTGTATTTCCCGAGGAAC 
AGTGCCATGGAATGGCAACCTCACTCCCCAAATTGTGATGTTTGTCACACTAGCTGTCGGGGGATCAAGAGAAAGAAGCA
CCGCCCAACTTACAGCTTGCAAAACGACTGAAGATCATTGCAGAACGTGCTCGAAAAAACAGGTGTGTAAAGAACCAAGG
AAGCTAAACAACAAGAACCTCATGAAAAAGATTACCAACTGCAAGAAGATACATCTTAGCACAAAGCTTCTTGCAGTTGA
TATCCAGTAGATTTTGTTAAGGCTATCTCTTGTCAGATCTGTGAGCATATTCTGTCAGATCCAGTGGAAACAACGTGTAG
CACTTATTCTGTAGAACCTGCATCCTTAAATGTCTCAAAGTTATGGGCAGTTATTGCCCCTCCTGCCTATACCCTTGCTT
CCTACTGACTTAGTGACCCCAGTGAAATCCTTCCTAAACATTCTTGACTCTCTGACTTTGAGATGCCCAGTGAAAGAATG
GATGAAGAGATCTTGCTGGGGAAATATGGTCAGCATCTCCCCAGCCACAAGGAGCTGAAAGGGAAAGAGATTTATACACA
ATAAATAAAGGGGGGCGACCAAGACAACACCTTCTGTCCTTGACCAGAAGAGCTCAAAAACATCGTCTGAGAGAACTCAA
CTTCAGGTCAAAACGTTTGCTGAGAAAGAAGAAGGGGGAGATATAAAGGCTGTTTGCATGACTTTGTTTTTGTTGGCTCT
AGAGCAAAAAATGAACACCGGCAAGCAGATGAGCTGGAAGCTATAATGCAAGGGAGGGGCTCAGGGCTTCACCCAGCTGT
TGTTTGGCAATTCGAGTCAATACATTTCTCAGCTGTAGTCAGTACCATAAAATGTACAGAACTGTAAAAGCTGTCACCGGGAGGCAGATCTTCCAGCCATTGCATGCTCTTCGCACTGCTGAGAAAGCCCTGCTCCCAGGTTATCATTCATTTGAGTGGAAGCCTCCTTTGAAAAATGTGTCTGCTAATACAGAAGTGGGAATTATAGATGGGC
TTTCAGGCCTGCCACACACAGTTGATGACTACCCAATTGACACAATTGCAAAGAGGTTTCGATATGATGCAGCCTTGGTT
CTGCCTTAATGGATATGGAAGAAGACATCTTGGAAGGCATGAAAGCACATGACCTGGATGACTATTTGAATGGTCCTTTC
CTGTGGTGGTGAAAGAGTCTTGTGATGGGATGGGAGATGTCAGTGAGAAGCATGGATGTGGACCAGCAGTCCCAGAAAAGGCAGTTCGCTTTTCTTTCACTGTCATGACCATCGCTATAACTCATGGCAATACAAATGTAAGGATCTTTGAAGAAGTCAAGCCCAATTCAGAGCTATGTTGCAAGCCATTGTGTCTTATGTTGGCTGATGAG
TGCAACCCGCCTGGAAGCCTCTCAGAATTTGGTCCTCCACTCCATAACAAGGAGTCACACTGAAAATCTAGAGCGATATG
GGTGTGGAGGTCCAACCCATACCATGAATCAGTTGATGAGCTCCGTGATAGAGTGAAGGGTGTTTCTGCAAAACCATTTA
TGAGACTGTTCCCTCTATAGATGCGTTGCACTGTGACATTGGCAATGCAGCTGAGTTTTACAAGATATTCCAATTTGAGATAGGTGAGGTCTACAAGAACCCTGATGCATCTAAAGAAGAGAGGAAGAGGTGGCAATCAGCTCTTGACAAGCACCTGAGGAAGAAGATGAACCTGAAACCAATA 
[3062]
Alligator_sinensis 
CAGATCCTAACAGGAGTCTTCTTAATAATGCACTTCTCATCGGGTGACACCATAGCATTTTCATCTGTCGCCTACACCTC
CGTGAAGTTTGGTTCGGGTGGCTTATTCGCGGCCTCCACATAAACGGGGCCTCTCTCTTCTTCATATTCATCTTCCTCCA
ATCGGACGAGGCCTATACTACGCATCCTACCTTCACGAGAGCACGTGAAATGTCGGAGTAATTATACTCCTACTCCTGGA
TTGACGGCGCTTCGAACCCACCTAGAGGAGCCTGTCCTATAATCGACGGTACACGATTCACCCGACCACCTCTAGCCC--
T-C------A---GCCTGTATACCGCCGTCGCCAAGCCCGTCCC-CCT-GAGGGAGA-CA-AAACGAGCACAATAGC-CT
---CCCAGGCTAGCACGTCAGGTCAAGGTGCAGCCAATGAGGTGGAAGAGATGAGCTACATTTTCT-AACACATAGAAAT
TGCAACGGAGAGCCCTGTGAAAAAGGTAGCGTAATCACTTGTTCTTTAAATAAGGACCAGTATGAACGGCTAAACGAGAG
CTAACTGTCTCCTGCAAGCAGCCAATGAAATTGATCTTCCTGTGCAAAAGCAGGAATAGCCCCACCAGACGAGAAGACCC
GTGAAACTTT-AATCGGCTAAGTCATACACACA--ACT-----A-ATA-AT-CAC---CCATAATTACCTG-G--ACCG-
TGACTTAGCGTTTTTGGTTGGGGTGACCTTGAAACAAAGAAAAACTTTTAAG-AAAGCT-ATAAC-AA-AGTAGCCAGTA
CCACTGAGACCCCCACACCTCAAAGTACTTAAATGTAATTAGATCCGACAAC-GTCGATCCATGAACCAAGCTACTCCAGGGATAACAGCGCAATCCCCTTCAAGAGCCCCTATCGACAGGGGGGTTTCATTCAGAGAAAGTTCAGCAGTTCCCCATATGAAGTGTATTTCCCGAGGAAC 
AGTGCCATGGAATGGCAACCTCACTCCCCAAATTGTGATGTTTGTCACACTAGCTGTCGGGGGATCAAGAGAAAGAAGCA
CCGCCCAACTTACAGCTTGCAAAACGACTGAAGATCATTGCAGAACGTGCTCGAAAAAACAGGTGTGTAAAGAACCAAGG
AAGCTAAACAACAAGAACCTCATGAAAAAGATTACCAACTGCAAGAAGATACATCTTAGCACAAAGCTTCTTGCAGTTGA
TATCCAGTAGATTTTGTTAAGGCTATCTCTTGTCAGATCTGTGAGCATATTTTGTCAGATCCAGTGGAAACAACGTGTAG
CACTTATTCTGCAGAACCTGCATCCTTAAATGTCTCAAAGTTATGGGCAGTTATTGCCCCTCCTGCCTATACCCTTGCTT
CCTACTGACTTAGTGACCCCAGTGAAATCCTTCCTAAACATCCTTGACTCTCTGACTTTGAGATGCCCAGTGAAAGAATG
GATGAAGAGATCTTGCTGGGAAAATATGGTCAGCATCTCTCCAGCCACAAGGAGCTGAAAGGGAAAGAGATTTATACACA
ATAAATAAAGGGGGGCGACCAAGACAACACCTTCTGTCCTTGACCAGAAGAGCTCAAAAACATCGTTTGAGAGAACTCAA
CTTCAGGTCAAAACGTTTGCTGAGAAAGAAGAAGGGGGAGATATAAAGGCTGTTTGCATGACTTTGTTTTTGTTGGCTCT
AGAGCAAAAAATGAACACCGGCAAGCAGATGAGCTGGAAGCTATAATGCAAGGGAGGGGCTCAGGGCTTCACCCAGCTGT
TGTTTGGCAATTCGAGTCAATACATTTCTCAGCTGTAGTCAGTACCATAAAATGTACAGAACTGTAAAAGCTGTCACCGGGAGGCAGATCTTCCAGCCATTGCATGCTCTTCGCACTGCTGAGAAAGCCCTGCTCCCAGGTTATCATCCATTTGAGTGGAAGCCTCCTTTGAAAAATGTG 
TCTGCTAATACAGAAGTGGGAATTATAGATGGGCTTTCAGGCCTGCCACACACAGTTGATGACTACCCAATTGACACAAT
GCAAAGAGGTTTCGATATGATGCAGCCTTGGTTTCTGCCTTAATGGATATGGAAGAAGACATCTTGGAAGGCATGAAAGC
CATGACCTGGATGACTATTTGAATGGTCCTTTCACTGTGGTGGTGAAAGAGTCTTGTGATGGGATGGGAGATGTCAGTGA
AAGCATGGATGTGGACCAGCAGTCCCAGAAAAGGCAGTTCGCTTTTCTTTCACCGTCATGACCATCACTATAACTCACGG
AATACAAATGTAAGGATCTTTGAAGAAGTCAAGCCCAATTCAGAGCTATGTTGCAAGCCATTGTGTCTTATGTTGGCTGA
GAGTCAGACCATGAGACTCTGACAGCCATCCTGAGCCCTCTCATAGCAGAAAGAGAGGCCATGAAAAACAGTGTACTACT
CTTGAAATGGAAGGCATCCTCAGAACATTCAAATTCATCTTTAGGGGTACAGGGTATGATGAGAAACTTGTGCGTGAGGT
GAAGGCCTTGAAGCCTCTGGCTCCACTTACATTTGTACCCTCTGTGATGCAACCCGCCTGGAAGCCTCTCAGAATTTGGT
CTCCACTCCATAACAAGGAGTCACACTGAAAATCTAGAGCGATATGAGGTGTGGAGGTCCAACCCATACCATGAATCAGT
GATGAGCTCCGTGACAGAGTGAAGGGTGTTTCTGCAAAACCATTTATTGAGACTGTTCCCTCTATAGATGCGTTGCACTGTGACATTGGCAATGCAGCTGAGTTTTACAAGATATTCCAATTTGAGATAGGTGAGGTCTACAAGAACCCTGATGCATCTAAAGAAGAGAGGAAGAGGTGGCAATCAGCTCTTGACAAGCACCTGAGGAAGAAGATGAACCTGAAACCAATA 
[3060]
Crocodylus_rhombifer 
CAACTAGCATCGGGCATCCTACTAATAATGCACTTCCTAGCTGATGACTCTCTGGCTTTTATATCTGTCGCTTATACTTC
CGAGAAGTTTGATATGGCTGATTAATCCGAAGTCTCCATGCAAACGGAGCCTCCCTATTCTTCCTATGTATTTTCCTACA
ATTGGGCGCGGAGTATACTATGGATCATATCTCAATGAAAACACATGAAACATCGGAGTACTGCTACTGTTACTACTGGA
TTGACGGTATTTCGAACCCACCTAGAGGAGCCTGTCCTATAATCGACAATACACGATCCACCCAACCACCTTTTGCCCTA
G-C------A---GCCTGTATACCGCCGTCG-CAAGCTTA-GCC-CAT-GAGGGACA-AG-AACCTAGCACAATAACTCA
-CTTCTGAGCTAGTACGTCAGGTCAAGGTGCAGCCAATAAGTTGGTAGAGATGGGCTACATTTTCT-ACACCATAGAAAT
GGTCACGGAGAGGCCTGTGAAAAAGGTAGCGTAATCATTTGTTCTTTAAATAAGGACCAGTATGAAGGGCTAAACGAGAA
CTATCTGTCTCTTGCAGAAGGCCAGTGAAATTGATCTCCCTGTGCAAAAGCAGGGATGTCAACATTAGACGAGAAGACCC
GTGAAACTTT-AAACCACTAAATCACAAAAAATTGTAA--AATCTCACCCC-AAGCG-GGCTGACTACAATTA-GCACG-
TGATTTAGCGTTTTCGGTTGGGGCGACCCCAAAA-TAAAAAAAACTTTCCAGGAAAACA-GTAAC--ATGACAA---TTA
TAACCAAGA--CCCACACCACAAAGTGCTTAAATGTAATCAGATCCGGCACACGCCGATTCATGAACCAAGCTACTCCAGGGATAACAGCGCAATCCCCTTCAAGAGCCCGTATCGACAAGGGGGTTTCATTCAGAGAAAGTTCAGCAGTTCCCCATATGAAGTGTATTTCCCGAGGAAC 
AGCACCATGGAATGGCAACCTCACTCCCCAAATTGTGATGTTTGTCTCACTAGCTGTCGGGGGATCAAGAGAAAGAAGCA
CTGCCCAACTTACAGCTTGCAAAACGACTGAAGATCATTGCAGAACGTGCTCGAAAAAACAGGTGTGGAAAGAACCAAGG
AAGCTAAACAACAAGAACCTCATGAAAAAGATTACCAATTGCAAGAAGATACATCTTAGCACAAAGCTTCTTGCAGTTGA
TATCCAGTAGATTTCATTAAGGCTATCTCTTGTCAGATCTGTGATCATATTCTGTCAGATCCAGTGGAAACAACGTGTAG
CACTTATTCTGCAGAACCTGCATCCTTAAATGTCTCAAAGTTATGGGCAGTTATTGCCCCTCCTGCCTGTACCCTTGCTT
CCTACTGACCTAGTGACCCCAGTGAGATCCTTCCTAAACATCCTTGACTCTCTGACTCTGAGATGCCCAGTGAAAGAATG
GATGAAGAGATCTTGCTGGGGAAATATGGTCAGCATCTCTCCAGCCACAAGGAGATGGAAGGGAAAGAGATTTACACACA
ATAAATAAAGGGGGGCGACCAAGACAACACCTTCTGTCCTTGACCAGAAGAGCTCAAAAACATCGTCTGAGAGAACTCAA
CTTCAAGTCAAAACATTTGCTGAGAAAGAAGAAGGGGGAGATATAAAGGCTGTTTGCATGACTTTGTTTTTGTTGGCTCT
AGAGCAAAAAATGAACACCGGCAAGCAGATGAGCTGGAAGCTATAATGCAAGGGAGGGGCTCAGGGCTTCACCCAGCTGT
TGTTTGGCAATTCGAGTCAATACATTTCTCAGCTGTAGTCAGTACCATAAAATGTACAGAACTGTAAAAGCTGTCACTGGGAGGCAGATCTTCCAGCCATTGCATGCTCTTCGCACTGCTGAGAAAGCCCTGCTCCCAGGTTATCATCCATTTGAGTGGAAGCCTCCTTTGAAAAATGTG 
TCTGCCAATACAGAAGTGGGAATTATAGATGGGCTTTCAGGCCTGCCACACTCAGTTGATGACTACCCTATTGACACAAT
GCAAAGAGGTTTCGATATGATGCAGCCTTGGTTTCTACCTTAATGGATATGGAAGAAGACATCTTGGAAGGCATGAAAGC
CATGACCTGGATGACTATTTGAATGGTCCTTTCACTGTGGTGGTGAAGGAGTCTTGTGATGGGATGGGAGATGTCAGTGA
AAGCATGGATGTGGACCAGCAGTCCCAGAAAAGGCAGTTCGCTTTTCTTTCACCGTCATGACCATCACTATCACTCATGG
AATGCAAATGTAAGGATCTTTGAAGAAGTCAAGCCCAATTCAGAGCTATGCTGCAAGCCATTGTGTCTTATGTTGGCTGA
GAGTCAGACCATGAGACTCTGACAGCCATCCTGAGCCCTCTCATAGCAGAAAGAGAGGCCATGAAAAACAGTGTACTACT
CTTGAAATGGGAGGCATCCTCAGAACATTCAAATTCATCTTTAGGGGTACGGGGTATGATGAGAAACTTGTGCGTGAGGT
GAAGGCCTTGAAGCCTCTGGCTCCACTTACATTTGTACCCTCTGTGATGCAACCCGCCTGGAAGCCTCTCAGAATTTGGT
TTCCACTCCATAACAAGGAGTCACGCTGAAAATCTAGAGCGATACGAGGTATGGAGGTCCAACCCATACCATGAGTCCGT
GATGAGCTCCGTGATAGAGTGAAGGGTGTTTCTGCAAAACCATTTATTGAGACTGTTCCCTCTATAGATGCATTGCACTGTGACATTGGCAATGCAGCTGAGTTTTACAAGATATTCCAGTTTGAGATAGGTGAAGTCTACAAGAACCCTGATGCATCTAAAGAAGAGAGGAAGAGGTGGCAATCAGCTCTTGACAAGCATCTGAGGAAGAAGATGANNNNNNNNNNNNNN 
[3057]
Crocodylus_intermedius 
CAACTAACATCGGGCATCCTACTAATAATGCACTTCCTGGCAGATGACTCTCTAGCTTTTATGTCTGTAGCTTACACTTC
CGAGAAGTTTGATATGGTTGACTAATCCGAAGCCTCCATGCAAACGGAGCCTCCCTATTCTTCCTATGTATTTTCCTACA
ATTGGACGCGGAGTATACTACGGATCATACCTCAACGAAAACACATGAAACATCGGAGTACTGCTACTATTACTACTGGA
TTGACGGTATTTCGAACCCACCTAGAGGAGCCTGTCCTATAATCGACAATACACGATCCACCCAACCACCTTTTGCCCTA
G-C------A---GCCTGTATACCGCCGTCG-CAAGCTTA-GCC-CAT-GAGGGACA-AG-AACCTAGCACAATAACTCA
-CTTCTGAGCTAGTACGTCAGGTCAAGGTGCAGCCAATAAGTTGGTAGAGATGGGCTACATTTTCT-ACATCATAGAAAT
GGTCACGGAGAGGCCTGTGAAAAAGGTAGCGTAATCATTTGTTCTTTAAATAAGGACCAGTATGAAAGGCTAAACGAGAA
CTATCTGTCTCTTGCAGAAGGCCAGTGAAATTGATCCCCCTGTGCAAAAGCAGGGATGTCAACATTAGACGAGAAGACCC
GTGAAACTTT-AAACCACTAAATCACAAAAAGTTGTAA--AATATCACCCC-AAGCG-GGCTGACTACAATTA-GCACA-
TGATTTAGCGTTTTCGGTTGGGGCGACCCCAAAA-TAAAAAAAACTTTCCAGGAAAACA-GTAAC--ATGACAA---CTA
TGACCAAGA--CCCACACCACAAAGTGCTTAAATGTAATCAGACNNNGCACACGCCGATTCATGAACTAAGCTACTCCAGGGATAACAGCGCAATCCCCTTCAAGAGCCCCTATCGACAAGGGGGTTTCATTCAGAGAAAGTTCAGCAGTTCCCCATATGAAGTGTATTTCCCGAGGAACAGCACCATGGAATGGCAACCTCACTCCCCAAATT
GTGATGTTTGTCTCACTAGCTGTCGGGGGATCAAGAGAAAGAAGCAGCTGCCCAACTTACAGCTTGCAAAACGACTGAAG
TCATTGCAGAACGTGCTCGAAAAAACAGGTGTGGAAAGAACCAAGGAAAGCTAAACAACAAGAACCTCATGAAAAAGATT
CCAATTGCAAGAAGATACATCTTAGCACAAAGCTTCTTGCAGTTGACTATCCAGTAGATTTCATTAAAGCTATCTCTTGTCAGATCTGTGATCATATTCTGTCAGATCCAGTGGAAACAACGTGTAGGCACTTATTCTGCAGAACCTGCATCCTTAAATGTCTCAAAGTTATGGGCAGTTATTGCCCCTCCTGCCTGTACCCTTGCTTCCCT
ATAAAATGTACAGAACTGTAAAAGCTGTCACTGGGAGGCAGATCTTCCAGCCATTGCATGCTCTTCGCACTGCTGAGAAA
CCCTGCTCCCAGGTTATCATCCATTTGAGTGGAAGCCTCCTTTGAAAAATGTGTCTGCCAATACAGAAGTGGGAATTATA
ATGGGCTTTCAGGCCTGCCACACTCAGTTGATGACTACCCTATTGACACAATTGCAAAGAGGTTTCGATATGATGCAGCC
TGGTTTCTACCTTAATGGATATGGAAGAAGACATCTTGGAAGGCATGAAAGCACATGACCTGGATGACTATTTGAATGGT
CTTTCACTGTGGTGGTGAAGGAGTCTTGTGATGGGATGGGAGATGTCAGTGAGAAGCATGGATGTGGACCAGCAGTCCCA
AAAAGGCAGTTCGCTTTTCTTTCACCGTCATGACCATCACTATCACTCATGGCAATGCAAATGTAAGGATCTTTGAAGAA
TCAAGCCCAATTCAGAGCTATGCTGCAAGCCATTGTGTCTTATGTTGGCTGATGAGTCAGACCATGAGACTCTGACAGCC
TCCTGAGCCCTCTCATAGCAGAAAGAGAGGCCATGAAAAACAGTGTACTACTTCTTGAAATGGGAGGCATCCTCAGAACA
TCAAATTCATCTTTAGGGGTACGGGGTATGATGAGAAACTTGTGCGTGAGGTGGAAGGCCTTGAAGCCTCTGGCTCCACT
ACATTTGTACCCTCTGTGATGCAACCCGCCTGGAAGCCTCTCAGAATTTGGTCTTCCACTCCATAACAAGGAGTCACACT
AAAATCTAGAGCGATACGAGGTATGGAGGTCCAACCCATACCATGAGTCCGTTGATGAGCTCCGTGATAGAGTGAAGGGTGTTTCTGCAAAACCATTTATTGAGACTGTTCCCTCTATAGATGCATTGCACTGTGACATTGGCAATGCAGCTGAGTTTTACAAGATATTCCAGTTTGAGA 
TAGGTGAAGTCTACAAGAACCCTGATGCATCTAAAGAAGAGAGGAAGAGGTGGCAATCAGCTCTTGACAAGCATMTGAGGAAGAAGATGAACCTGAAACCGATA 
[3071]
Crocodylus_cataphractus 
CAACTAACATCCGGAATCTTACTAATAATACACTTCCTAGCTGACGACACACTAGCTTTCACATCAATTGCCTACACCTC
CGAGAAGTTTGATATGGCTGACTAATCCGCAGCCTTCACGCAAACGGAGCCTCTCTATTCTTCTTATGCATCTTCCTTCA
ATTGGACGAGGACTATACTACGGATCATACCTCAATGAAAACACATGAAATATCGGAGTACTGCTACTATTACTACTAGA
TTGACGGTATTTCGAACCCTCCTAGAGGAGCCTGTCCTGTAATCGACAATACACGATTAACCCAACCACCTTTTGCCTTA
A-C------A---GCCTGTATACCGCCGTCG-CAAGCTTA-CCC-CTT-GAGGGATA-AA-TACCTAGCGCAACAGCTCA
TTTATTAAGCTAATACGTCAGGTCAAGGTGCAGCCAATAAGCTGGTAGAGATGGGCTACATTTTCC-ACACTATAGAAAT
AGTCACGGAGAGACCTGTGAAAAAGGTAGCGTAATCATTTGTTCTTTAAATAAGGACCAGTATGAACGGCTAAACGAGAA
CCATCTGTCTCTTGCAGAAGGCCAGTGAAATTGATCTCCCTGTGCAAAAGCAGGGATATTAACATTAGACGAGAAGACCC
GTGAAACTTT-AAACTACTAAATTACAACAAGTTGTAA--AA-CACACACT-AAACTAGCCCAACTACTATTA-ATATG-
TGATTTAGCGTTTTCGGTTGGGGCGACCCCAAAA-TAAAAAAAACTTTCCAGGAAAATT-GTAGC--ATGATTA---CTA
TGACTAAGG--CCCACACCACAAAGTGCTTAAATGTAATCAGATCCGGCACACGCCGATTTATGAACCAAGCTACTCCAGGGATAACAGCGCAATCCCCCTCAAGAGCCCTTATCGACAGGGGGGTTKCATTCAGAGAAAGTTCAGCAGTTCCCCATATGAAGTGTATTTCCCGAGGAAC 
AGCACCATGGAATGGCAACCTCACTCCCCAAATTGTGATGTTTGTCTCACTAGCTGTCGGGGGATCAAGAGAAAGAAGCA
CTGCCCAACTTACAGCTTGCAAAACGACTGAAGATCATTGCAGAACGTGCTCGAAAAAACAGGTGTGGAAAGAACCAAGG
AAGCTAAACAACAAGAACCTCATGAAAAAGATTACCAATTGCAAGAAGATACATCTTAGCACAAAGCTTCTTGCAGTTGA
TATCCAGTAGATTTCATTAAGGCTATCTCTTGTCAGATCTGTGAGCATATTCTGTCAGATCCAGTGGAAACAACGTGTAG
CACTTATTCTGCAGAACCTGCATCCTTAAATGTCTCAAAGTTATGGGCAGTTATTGCCCCTCCTGCCTGTACCCTTGCTT
CCTACTGACCTAGTGACCCCAGTGAGATCCTTCCTAAACATCCTTGACTCTCTGACTCTGAGATGCCCAGTGAAAGAATG
GACGAAGAGATCTTGCTGGGGAAATATGGTCAGCATCTCTCCAGCCACAAGGAGATGGAAGGGAAAGAGATTTACACACA
ATAAATAAAGGGGGGCGACCAAGACAACACCTTCTGTCCTTGACCAGAAGAGCTCAAAAACATCGTCTGAGAGAACTCAA
CTTCAAGTCAAAACATTTGCTGAGAAAGAAGAAGGGGGAGATATAAAGGCTGTTTGCATGACTTTGTTTTTGTTGGCTCT
AGAGCAAAAAATGAACACCGGCAAGCAGATGAGCTGGAAGCTATAATGCAAGGGAGGGGCTCAGGGCTTCACCCAGCTGT
TGTTTGGCAATTCGAGTCAATACATTTCTCAGCTGTAGTCAGTACCATAAAATGTACAGAACTGTAAAAGCTGTCACTGGGAGGCAGATCTTCCAGCCATTGCATGCTCTTCGCACTGCTGAGAAAGCCCTGCTCCCAGGTTATCATCCATTTGAGTGGAAGCCTCCTTTGAAAAATATGTCTGCCAATACAGAAGTGGGAATTATAGATGGGC
TTTCAGGCCTGCCACACTCAGTTGATGACTACCCTATTGACACAATTGCAAAGAGGTTTCGATATGATGCAGCCTTGGTT
CTGCCTTAATGGATATGGAAGAAGACATCTTGGAAGGCATGAAAGCACATGACCTGGATGACTATTTGAATGGTCCTTTC
CTGTGGTGGTGAAGGAGTCTTGTGATGGGATGGGAGATGTCAGTGAGAAGCATGGATGTGGACCAGCAGTCCCAGAAAAGGCAGTTCGCTTTTCTTTCACCGTCATGACCATCACTATCACTCATGGCAATGCAAATGTAAGGATCTTTGAAGAAGTCAAGCCCAATTCAGAGCTATGCTGCAAGCCATTGTGTCTTATGTTGGCTGATGAG
tetraspis 
CAACTGACATCAGGTATTCTACTAATAATACACTTCCTAGCCGATGATACCATAGCTTTTACATCAGTGGCCTACACTTC
CGAGAAGTATGATATGGGTGACTAATTCGAAGCCTTCACGCAAACGGCGCCTCTCTATTCTTCCTGAGCATTTTCCTTCA
ATGGGCCGAGGACTATATTACGGATCATATCTACATGAAAACACATGAAATGTCGGGGTACTACTACTATTATTNNNNGA
TTGACGGTATTTCGAATCCACCTAGAGGAGCCTGTCCTGTAATCGACAACACACGATTAACCCAACCACCTTTTGCCTTA
A-C------A---GCCTGTATACCGCCGTCG-CAAGCTTA-CCC-TTT-GAGGGCTATAA-TATCTAGCACAACAGCTCA
TCTTTTGAGCTAATACGTCAGGTCAAGGTGCAGCCAATAGGGTGGAAGAGATGAGCTACATTTTCT-ACAATATAGAAAT
AGTCACGGAGGGACCTGTGAAAAAGGTAGCGTAATCATTTGTTCTTTAAATAAGGACTGGTATGAAAGGCTAAACGAGAA
CTATCTGTCTCTTGCAGAAGGCCAGTGAAATTGATCTCCCTGTGCAAAAGCAGGGATTTTAACATCAGACGAGAAGACCC
GTGAAACTTTCAAACTCCTGAACCATAATTAAC--TAA--AA-TTTTCCCT-AAACTAGCCCCACTATCACTA-ATGCC-
TGGCTCAGAGTTTTCGGTTGGGGCGACCCCAAAACAAAAAAAAACTTTACAGGAAAATT-GTAAC--A---CAA---CCA
TTACTAAGG--CCCACACTACAAAGTGCTTAAATGTAATCAGATCCGGCACACACCGATTTATGAACCAAGCTACTCCAGGGATAACAGCGCAATCCCCCTCAAGAGCCCTTATCGACAGGGGGGTTTCATTCAGAGAAAGTTCAGCAGTTCCCCATATGAAGTGTATTTCCCGAGGAAC 
AGCACCATGGAATGGCAACCTCACTCCCCAAATTGTGATGTTTGTCTCACTAGCTGTCGGGGGATCAAGAGAAAGAAGCA
CTGCCTAACTTACAGCTTGCAAAACGACTGAAGATCATTGCAGAACGTGCTCGAAAAAACAGGTGTGGAAAGAACCAAGG
AAGCTAAACAACAAGAACCTCATGAAAAAGATTACCAATTGCAAGAAGATACATCTTAGCACAAAGCTTCTTGCAGTTGA
TATCCAGTAGATTTCATTAAGGCTATCTCTTGTCAGATCTGTGAGCATATTCTGTCAGATCCAGTGGAAACAACGTGTAG
CACTTATTCTGCAGAACCTGCATCCTTAAATGTCTCAAAGTTATGGGCAGTTATTGCCCCTCCTGCCTGTACCCTTGCTT
CCTACTGATCTAGTGACCCCAGTGAGATCCTTCCTAAACATCCTTGACTCTCTGACTCTGAGATGCCCAGTGAAAGAATG
GACAAAGAGATCTTGCTGGGGAAATATGGTCAGCATCTCTCCAGCCACAAGGAGATGGAAGGGAAAGAGATTTACACACA
ATAAATAAAGGGGGGCGACCAAGACAACACCTTCTGTCCTTGACCAGAAGAGCTCAAAAACATCGTCTGAGAGAACTCAA
CTTCAAGTCAAAACATTTGCTGAGAAAGAAGAAGGGGGAGATATAAAGGCTGTTTGCATGACTTTGTTTTTGTTGGCTCT
AGAGCAAAAAATGAACACCGGCAAGCAGATGAGCTGGAAGCTATAATGCAAGGGAGGGGCTCAGGGCTTCACCCAGCTGT
TGTTTGGCAATTCGAGTCAATACATTTCTCAGCTGTAGTCAGTACCATAAAATGTACAGAACTGTAAAAGCTGTCACTGGGAGGCAGATCTTCCAGCCATTGCATGCTCTTCGCACTGCTGAGAAAGCCCTGCTCCCAGGTTATCATCCATTTGAGTGGAAGCCTCCTTTGAAAAATGTG 
TCTGCCAATACAGAAGTGGGAATTATAGATGGGCTTTCAGGCCTGCCACACTCAGTTGATGACTACCCTATTGACACAAT
GCAAAGAGGTTTCGATATGATGCAGCCTTGGTTTCTACCTTAATGGATATGGAAGAAGACATCTTGGAAGGCATGAAAGC
CATGACCTGGATGACTATTTGAATGGTCCTTTCACTGTGGTGGTGAAGGAGTCTTGTGATGGGATGGGAGATGTCAGTGA
AAGCATGGATGTGGACCAGCAGTCCCAGAAAAGGCAGTTCGCTTTTCTTTCACCGTCATGACCATCACTATCACTCATGG
AATGCAAATGTAAGGATCTTTGAAGAAGTCAAGCCCAATTCAGAGCTATGCTGCAAGCCACTGTGTCTTATGTTGGCTGA
GAGTCAGACCATGAGACTCTGACAGCCATCCTGAGCCCTCTCATAGCAGAAAGAGAGGCCATGAAAAACAGTGTACTACT
CTTGAAATGGGAGGCATCCTCAGAACATTCAAATTCATCTTTAGRGGTACGGGGTATGATGAGAAACTTGTGCGTGAGGT
GAAGGCCTTGAAGCCTCTGGCTCCACTTACATTTGTACCCTCTGTGATGCAACCCGCCTGGAAGCCTCTCAGAATTTGGT
TTCCACTCCATAACAAGGAGTCAYGCTGAAAATCTAGAGCGATATGAGGTATGGAGGTCCAACCCATACCATGAGTCCGT
GATGAGCTCCGTGATAGAGTGAAGGGTGTTTCTGCAAAACCATTTATTGAGACTGTTCCCTCTATAGATGCATTGCACTGTGACATTGGCAATGCAGCTGAGTTTTACAAGATATTCCAGTTTGAGATAGGTGAAGTCTACAAGAACCCTGATGCATCTAAAGAAGAGAGGAAGAGGTGGCAATCAGCTCTTGACAAGCACCTGAGGAAGAAGATGAACCTGAAACCGATA 
[3071]
Gavialis_gangeticus 
CAAATCCTATCAGGAGTTTTACTAATAATACACTTCCTAGCAGATGACACTATGGCCTTCGCATCTGTTGCTTACACCTC
CGAGAAGTTTGATATGGTTGACTTATCCGAAGCCTCCACGCAAACGGAGCCTCCCTCTTCTTCCTATGCATCTTCTTACA
ATTGGACGTGGCTTATATTACGGCTCTTACCTACATGAAAATACATGAAACATTGGAGTCATCCTGCTCCTCTTATTAGA
TTGACGGTACTTCGCACCCACCTAGAGGAGCCTGTCCTATAATCGACAGTACTCGATATACCTTACCAACTTTTGCCTTA
A-CGT-C-TAACAGCCTGTATACCGCCGTCG-CAAACTAG-CCC-CCT-GAGGGACA-AACAATTTAGTACAATAGCTTA
---TTTGAGCTAATACGTCAGGTCAAGGTGCAGCCAATGAGTTGGAAGAGATGGGCTACATTTTCT-ACCACATAGAAAT
TGTCACGGAGAGCCCTGTGAAAAAGGTAGCGTAATCACTTGTTCTTTAAATAAGGACCAGTATGAAAGGCTAAACGAGAA
CCATCTGTCTCTTGCAGGCAGCCAATGAAATTGATCTCCCTGTGCAAAAGCAGGGATTCATACATTAGACGAGAAGACCC
GTGAAACTTT-AAACCCCTAGGCCACAACAAAT-GTAA--C--CTAAACCC-ACATA-GGCCCACTATCATTAGACCCC-
TGACCTAGTGTTTTCGGTTGGGGCGACCCCAAAA-TAAAAAAAACTTTCCCGGAAAACA-GTAAC--ATGACTA---CTA
TAACTAAGA--CCTACACCCCAAAGTGCTTAAATGTAATCAGATCNNNCAAA-GCCGATCTATGAACCAAGCTACTCCAGGGATAACAGCGCAATCCCCCTCAAGAGCCCTTATCGACAGNNGRGNTTCATTCAGAGAAAGTTCAGCAGTTCCCCATATGAGGTTTATTTCCCGAGGAACAGCACCATGGAATGGCAGCCTCACTCCCCAAATT
GTGATGTTTGTCACACTAGCTGTCGGGGGATCAAGAGAAAGAAGCAGCCGCCGAACTTACAGCTTGCAAAACGA 
TTGAAGATCATTGCAGAACGTGCTCGAAAAAACAGGTGTGGAAAGAACCAAGGAAAGATAAACAACAAGAACCTCATGAA
AAGATTACCAACTGCAAGAAGATACATCTTAGCACAAAGCTTCTTGCAGTTGACTATCCAGTAGATTTCATTAAGGCTAT
TCTTGTCAGATCTGTGAGCACATTCTGTCAGATCCAGTGGAAACAACGTGTAGGCACTTATTCTGCAGAACCTGCATCCT
AAATGTCTCAAAGTTATGGGCAGTTATTGCCCCTCCTGCTTGTACCCTTGCTTCCCTACTGACCTAGTGACCCCAGTGAG
TCCTTCCTAAACATCCTTGATGCTCTGACTCTGAGATGCCCAGTGAAAGAATGCGATGAAGAGATCTTGCTGGGGAAATA
GGTCAGCATCTCTCCAGCCACAAGGAGATGGAAGGGAAAGACGTTTACACACACATAAATAAAGGGGGGCGACCAAGACA
CACCTTCTGTCCTTGACCAGAAGAGCTCAAAAACATCGTCTGAGAGAACTCAAGCTTCAAGTCAAAACATTTGCTGAGAA
GAAGAAGGGGGAGATATAAAGGCTGTTTGCATGACTTTGTTTTTGTTAGCTCTCAGAGCAAAAAATGAACACCGGCAAGC
GATGAGCTGGAAGCTATAATGCAAGGGAGGGGCTCAGGGCTTCACCCAGCTGTTTGTTTGGCAATTCGAGTCAATACATT
CTCAGCTGTAGTCAGTACCATAAAATGTACAGAACTGTAAAAGCTGTCACTGGGAGGCAGATCTTCCAGCCATTGCATGC
CTTCGCACTGCTGAGAAAGCCCTGCTCCCAGGTTATCATCCATTTGAGTGGAAGCCTCCTTTGAAAAATGTGTCTGCCAATACAGAAGTGGGAATTATAGATGGGCTTTCAGGCCTGCCACACTCAGTTGATGACTACCCAATTGACACAATTGCAAAGAGGTTTCGATATGATGCAGCC 
TTGGTTTCTGCCTTAATGGATATGGAAGAAGACATCTTGGAAGGCATGAAAGCACATGACCTGGATGACTATTTGAATGG
CCTTTCACTGTGGTGGTGAAGGAGTCTTGTGATGGGATGGGAGATGTCAGTGAGAAGCATGGATGTGGACCAGCAGTCCC
GAAAAGGCAGTTCGCTTTTCTTTCACCGTCATGACCATCACTATAACTCATGGCAATGCAAATGTAAGGATCTTTGAAGA
GTCAAGCCCAATTCAGAGCTATGTTGCAAGCCATTGTGTCTTATGTTAGCTGATGAGTCAGACCATGAGACTCTGACAGC
ATCCTGAGCCCTCTCATAGCAGAAAGAGAGGCCATGAAAAGCAGCGTACTACTTCTTGAAATGGGAGGCATCCTCAGAAC
TTCAAATTCATCTTTAGGGGTACGGGGTATGATGAGAAACTTGTGCGTGAGGTGGAAGGCCTTGAAGCTTCTGGCTCCAC
TACATTTGTACCCTCTGTGATGCAACCCGCCTAGAAGCCTCTCAGAATTTGGTCCTCCACTCCATAACAAGGAGTCACGC
GAAAATCTAGAGCGATATGAGGTGTGGAGGTCCAACCCATACCATGAGTCCGTTGATGAGCTCCGTGATAGAGTGAAGGG
GTTTCTGCAAAACCATTTATTGAGACTGTTCCCTCTATAGATGCATTGCACTGTGACATTGGCAATGCAGCTGAGTTTTACAAGATATTCCAGTTTGAGATAGGTGAAGTCTACAAGAACCCTGATGCATCTAAAGAAGAGAGGAAGAGGTGGCAATCAGCTCTTGACAAGCACCTGAGGAAGAAGATGAACCTGAAACCAATA 
[3074]
Tomistoma_schlegelii 
CAAATCCTATCAGGCATTCTACTAATAATACATTTCCTAGCACATGACACCATAGCCTTCGCATCCGTCGCTTACACATC
CGAGAAGTCTGATACGGCTGACTTATCCGAAGCCTTCACGCAAACGGAGCTTCCCTATTCTTCTTTTGCATCTTCTTACA
ATTGGACGTGGCCTCTACTACGGCTCTTATCTGCACGAAAACACATGGAACATCGGAGTCATTTTACTCCTCCTACTAGA
TTGACGGTACTTCGCACCCACCTAGAGGAGCCTGTCCTATAATCGACAACACTCGATACACCCTACCAACTTTTGCCTTA
A-C-TACATAACAGCCTGTATACCGCCGTCG-CAAACTAA-CCC-CCT-GAGGGACG-AACAGTTAAGTGCAACAGCTCA
---TTTGAGCTAATACGTCAGGTCAAGGTGCAGCCAATAAGTTGGAAGAGATGGGCTACATTTTCT-ACCTCATAGAAAT
TGTCACGGAGAGCCCTGTGAAAAAGGTAGCGTAATCACTTGTTCTTTAAATGGGGACTAGTATGAAAGGCTAAACGAGAG
CCATCTGTCTCTTGCAGGCAGCCAATGAAATTGATCTCCCTGTGCAAAAGCAGGGATTTACACATCAGACGAGAAGACCC
GTGAAACTTTAAACCCCCTAGGCCACAACAAAT-GTAATCC--TTTTCCCCAACCCGGGGCCAACTACCATTAAAACTA-
TGACCTAGTGTTTTCGGTTGGGGCGACCCCAAAA-TAAAAAAAACTTTCCTGGAAAACA-GTAAC--ATAACTA---CTA
TAACTAAGA--CCTACACCCCAAAGTGCTTAAATGTAATCAGATCCGGCATGCACCGATCTATGGACCAAGCTACTCCAGGGATAACAGCGCAATCCCCCTCAAGAGCCCCTATCGACAGGGGGGTTTCATTCAGAGAAAGTTCAGCAGTTCCCCATATGAGGTTTATTTCCCGAGGAAC 
AGCACCATGGAATGGCAGCCTCACTCCCCAAATTGTGATGTTTGTCACACTAGCTGTCGGGGGATCAAGAGAAAGAAGCA
CCGCCCAACTTACAGCTTGCAAAACGATTGAAGATCATTGCAGAACGTGCTCGAAAAAACAGGTGTGGAAAGAACCAAGG
AAGATAAACAACAAGAACCTCATGAAAAAGATTACCAACTGCAAGAAGATACATCTTAGCACAAAGCTTCTTGCAGTTGA
TATCCAGTAGATTTCATTAAGGCTATCTCTTGTCAGATCTGTGAGCATATTCTGTCAGATCCAGTGGAAACAACGTGTAG
CACTTATTCTGCRGAACCTGCATCCTTAAATGTCTCAAAGTTATGGGCAGTTATTGCCCCTCCTGCTTGTACCCTTGCTT
CCTACTGACCTAGTGACCCCAGTGAGATCCTTCCTAAACATCCTTGATGCTCTGACTCTGAGATGCCCAGTGAAAGAATG
AATGAAGAGATCTTGCTGGGGAAGTATGGTCAGCATCTCTCCAGCCACAAGGAGATGGAAGGGAAAGACATTTACACACA
ATAAATAAAGGGGGGCGACCAAGACAACATCTTCTGTCCTTGACCAGAAGAGCTCAAAAACATCGTCTGAGAGAACTCAA
CTTCAAGTCAAAACATTTGCTGAGAAAGAAGAAGGGGGAGATATAAAGGCTGTTTGCATGACTTTGTTTTTGTTGGCTCT
AGAGCAAAAAATGAACACCGGCAAGCAGATGAGCTGGAAGCTATAATGCAAGGGAGGGGSTCAGGGCTTCACCCAGCTGT
TGTTTGGCAATTCGAGTCAATACATTTCTCAGCTGTAGTCAGTACCATAAAATGTACAGAACTGTAAAAGCTGTCACTGGGAGGCAGATCTTCCAGCCATTGCATGCTCTTCGCACTGCTGAGAAAGCCCTGCTCCCAGGTTATCATCCATTTGAGTGGAAGCCTCCTTTGAAAAATGTGTCTACCAATACAGAAGTGGGAATTATAGATGGGC
TTTCAGGCCTGCCACACTCAGTTGATGACTACCCAATTGACACAATTGCAAAGAGGTTTCGATATGATGCAGCCTTGGTTTCTGCCTTAATGGATATGGAAGAAGACATCTTGGAAGGCATGAAAGCACATGACCTGGATGATTATTTGAATGGTCCTTTCACTGTGGTGGTGAAGGAGTCTTGTGATGGGATGGGAGAT 
GTCAGTGAGAAGCATGGATGTGGACCAGCAGTCCCAGAAAAGGCAGTTCGCTTTTCTTTCACCGTCATGACGATCACTAT
ACTCATGGCAATGCAAATGTAAGGATCTTTGAAGAAGCCAAGCCCAATTCAGAGCTATGTTGCAAGCCATTGTGTCTTAT
TTGGCTGATGAGTCAGACCATGAGACTCTGACAGCCATCCTGAGCCCTCTCATAGCAGAAAGAGAGGCCATGAAAAGCAG
GTACTACTTCTTGAAATGGGAGGCATCCTCAGAACATTCAAATTCATCTTTAGGGGTACGGGGTATGATGAGAAACTTGT
CGTGAGGTGGAAGGCCTTGAAGCTTCTGGCTCCACTTACATTTGTACCCTCTGTGATGCAACCCGCCTAGAAGCCTCCCA
AATTTGGTCCTCCACTCCATAACAAGGAGTCACGCTGAAAATCTAGAGCGATACGAGGTGTGGAGGTCCAACCCATACCA
GAGTCCGTTGATGAGCTCCGTGACAGAGTGAAGGGTGTTTCTGCAAAACCATTTATTGAGACTGTTCCCTCTATAGATGCATTGCACTGTGACATTGGCAATGCAGCTGAGTTTTACAAGATATTCCAGTTTGAGATAGGTGAAGTCTACAAGAACCCTGATGCATCTAAAGAAGAGAGGAAGAGGTGGCAATCAGCTCTTGACAAGCACCTGAGGAAGAAGATGAACCTGAAACCAATA 
[3081]
Glen_Rose_Form 
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Bernissartia_fagesii 
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Hylaeochampsa_vectiana 
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Borealosuchus_formidabilis 
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Borealosuchus_wilsoni 
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Borealosuchus_acutidentatus 
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Borealosuchus_sternbergii 
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Leidyosuchus_canadensis 
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Thoracosaurus_scanicus 
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Eogavialis_africanus 
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Gryposuchus_colombianus 
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Gavialis_lewisi 
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Pristichampsus_vorax 
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Diplocynodon_hantoniensis 
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Diplocynodon_ratelii 
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Diplocynodon_darwini 
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Stangerochampsa_mccabei 
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Brachychampsa_sealyi 
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Alligator_olseni 
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Alligator_mcgrewi 
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Alligator_prenasalis 
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Ceratosuchus_burdoshi 
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Hassiacosuchus_haupti 
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Allognathosuchus_polyodon 
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Allognathosuchus_wartheni 
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Allognathosuchus_mooki 
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Wannaganosuchus_brachymanus 
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Procaimanoidea_kayi 
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Arambourgia_gaudryi 
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Eocaiman_cavernensis 
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Purussaurus_neivensis 
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Orthogenysuchus_olseni 
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Mourasuchus_atopus 
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Caiman_lutescens 
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Melanosuchus_fisheri 
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Crocodylus_robustus           ??????????????????????????????????????????????????
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Crocodylus_lloidi 
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Crocodylus_megarhinus 
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Euthecodon_arambourgii 
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Tomistoma_lusitanica 
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Gavialosuchus_americanus 
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Gavialosuchus_eggenbergensis 
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Tomistoma_cairense 
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Dollosuchus_spenceri 
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Brachyuranochampsa_eversolei 
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Crocodylus_acer 
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Crocodylus_affinis 
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Asiatosuchus_germanicus 
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Australosuchus_clarkae 
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CONSTRAINTS birds=((1,2),3-69);
CONSTRAINTS croclat=((3,4),1,2,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15);
CONSTRAINTS croclatmel=((3,4,5),1,2,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15);
CONSTRAINTS paleo=((6,7),1,2,3,4,5,8,9,10,11,12,13,14,15);
CONSTRAINTS caiman=((3,4,5,6,7),1,2,8,9,10,11,12,13,14,15);
CONSTRAINTS gator=((8,9),1,2,3,4,5,6,7,10,11,12,13,14,15);
CONSTRAINTS alligatoridae=((3,4,5,6,7,8,9),1,2,10,11,12,13,14,15);
CONSTRAINTS interrhomb=((10,11),1,2,3,4,5,6,7,8,9,12,13,14,15);
CONSTRAINTS osteocataph=((12,13),1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,14,15);
CONSTRAINTS crocodylids=((10,11,12,13),1,2,3,4,5,6,7,8,9,14,15);
CONSTRAINTS gavials=((14,15),1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13);
CONSTRAINTS crocsgavials=((10,11,12,13,14,15),1,2,3,4,5,6,7,8,9);
CONSTRAINTS outs=(((1,2),16-18),3-15,19-69);
CONSTRAINTS Crocodylus=((10-13),1-9,14,15);
CONSTRAINTS crocodylidsTom=((10-13,15),1-9,14);
CONSTRAINTS mellat=((4,5),1-3,6-15);
CONSTRAINTS gavtom=((14-15),1-13);
CONSTRAINTS gavtomcrocs=((10-15),1-9);
CONSTRAINTS gavoutthentom=(((3-13),15),1-2,14);
CONSTRAINTS traditionalmorph=(((3-9),(10-13,15)),1-2,14);
CONSTRAINTS gavroot=((3-13,15),1-2,14);
CONSTRAINTS alligroot=((10-15),1-9);
CONSTRAINTS crocroot=((3-9,14-15),1-2,10-13);
CONSTRAINTS tomroot=((3-14),1-2,15);
CONSTRAINTS tomcrocroot=(((3-9,14),(10-13,15)),(1-2));
CONSTRAINTS tomgavroot=(((3-13),(14,15)),(1-2));
CONSTRAINTS crocgavroot=(((3-9,15),(14,10-13)),(1-2));
CONSTRAINTS fossilgavtom=((24,62),1-23,25-61,63-69);
CONSTRAINTS 
nogavtomfossils=((1-2),(((((3-4),5),(6-7)),(8-9)),(((10-11),(12-13)),15),14));
CONSTRAINTS 
nogavtomcrocfossils=((1-2),(((((3-4),5),(6-7)),(8-9)),((10-11),(12-13))),(15,14));
CONSTRAINTS justouts=((1,2,16-18),3-15,19-69);
CONSTRAINTS tomistominae=((15,58-62),1-14,16-57);
BEGIN ASSUMPTIONS;
	CHARSET  MORPH  =  1-166;
	CHARSET  CYTB  =  167-406;
	CHARSET  12S  =  407-674;
	CHARSET  16S  =  675-1104;
	CHARSET  RAG1  =  1105-3106;
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