#NEXUS
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[BCAS]
BOVIDAE    ATCCACCCCTTTGCCCAGGC ACAGTCTCTAGTCTATCCCT TCACTGGGCCCATCCCTAAC ---AGCCTCCCACAAAACAT CCTGCCTCTTACTCAAACCC
CERVIDAE   ATCCACCCCTTTGCCCAGAC ACAGTCTCTAGTCTATCCCT TTGCTGGGCXCATCCCTTAC ---AGCCTCCCACAAAACTT CCTGCCTCTTCCTCAAACCC
GIRAFFIDAE ATCCACCCCTTTGTGCAGAC ACAGTCTCTAGTCTACCCCT TCGCCGGACCCATCCCTCAC ---AGCCTCCCACAAAACAT CCTGCCTCTTACTCAAACCC
TRAGULIDAE ATCCACCTCTTTCCCCAGCC ACAATCTCTAGTCTTCCCCC CCACTGGGTCCTTCCCCTAC ---ATGCTCCCACAAAACAT CCTGCCTCTTGCTCAAAATC
DELPHINOID ATCCACCAATTTTCCCAGCC ACAGCCTCTAGTCTATTCCT ACACTGGGCCAATCCCTTAC CCTATTCTTACACAAAACAT CCTGCCTCTTGCTCAGCCCC
PHYSETERID ATCCACCGCTTTTCCCAGCC ACAGCCTCTAGTCTATTCCT ACACTGGGCCAATCCCTTAC CCTATCCTTCCACAAAACAT CCTGCCTCTTGCTCAGCCCC
ZIPHIIDAE  ATCCACCACTTTTCCCAGCC ACAGCCTCTAGTCTATTCCT ACACTGGGCCAATCCCTTAC CCTATCCTTCCTCAAAACAT CCTGTCTCTTGCTCAGCCCC
MYSTICETI  ATCCACCACTTTTCCCAGCC ACAGCCTCTAGTCTATTCCT ACXCTGGGCCAATCCCTTCC CCTATCCTTCCACAAAACAT CCTGACTCTTGCTCAGCCCC
HIPPOPOTA  ??????CCCTTTTCCCAGCC ACAGCCCCTAGTCTATCCCT ACAATGGTCCCATCCCTTAC CCTATCCTTCCACAAAACAT CCTGCCTCTTGCTCAGCCCC
SUIDAE     ATCCACCAGTTTCCCCAGCC TCAGCCTCTAGCCCATCCTT ACACCGAGCCCATCCCTTAC CCCATCCTTCCACAAAACAT CCTGCCTCTTGCCCAGGTCC
TAYASSUID  ???????????????????? ???????????????????? ???????????????????? ???????????????????? ????????????????????
CAMELIDAE  ATCTACACCTTTCCCCAGCC CCAGTCTCTAGTCTATTCTC ACACTGAGCCCATCCCTTAC CCTATCCTTCCACAAAACTT TCTGCCGCCTCTTCAGCCTG
OUTGROUP   ATCTTTCACTTTGTCCAGCC ACAGCCTGTAGTCTATCCTT ATACTGAGCCACTCTCTTAC GCTGTCCTTCCACAAAACAT CCTGCCTGTTGCTCAGCCTC

BOVIDAE    CTGTGGTGGTGCCGCCTTTC CTTCAGCCTGAAATAATGGG AGTCCCCAAAGTGAAGGAGA CTATGGTTCCTAAGCACAAG GAAATGCCCTTCCCTAAATA
CERVIDAE   CTGTGGGGGTGCCGCCTTTC CTTCAGCCCGAAGTAATGGG AGTCTCCGAAGTGXAGGAGA CTATGGTTCCTAAGCACGAA GAAATGCCCTTCCCTAAATA
GIRAFFIDAE CTGTGGTGGTGCCGCCTTTC CTTCAGCCTGAAATAATGGG AGTCTCCAAAGTGAAGGAGA CTATGGCTCCTAAGCACAAA GAAATGCCCTTCCCTAAATA
TRAGULIDAE CTGTGGTGGTGCCCCCTTTC CTTCAGCCCGGAATAATGGA AATCCCCAACGTGAAGGAGA CTATGGCACCTAAGCACAAA GAAATGCCCTTCCTTAAAGC
DELPHINOID CTGTGGTGGTGC---CTTTC CCTCAGCCTGAAATAATGGA AGTCCCCAXAGCTAAGGAGA CTATCCTTCCTAAGCATAAA GAAATGCGCTTCCCTAAATC
PHYSETERID CTGTGCTGGTGC---CTTTC CCTCAGCCTGGAATAATGGA AGTCCCCAAAGCTAAGGAGA CXCTCCTTCCTAAGCATAAA GAAATGCCCTTCCCTAAATC
ZIPHIIDAE  CTGTGGTGGTGC---CTTTC CCTCAGCCTGAAATAATGGA AGTCTCCAAAGCTAAGGAGA CTATCCTTCCTAAGCATAAA GAAATGCCCTTCCCTAAATT
MYSTICETI  CTGTGGTGGTGC---CTTTC CCTCAGCCTGAAATAATGGA AATCCCCAAAGCTAAGGAGA CTATCCTTCCTAAGCATAAA GAAATGCCCTTCCCTATATC
HIPPOPOTA  CTGTGGTGGTGC---CTTTC CTTCAGCCTGAAATAATGGA AGTCCCCAAAGCAAAGGAGA CTATCCTTCCTAAGCATAAA GAAATGCCCTTCTCTAAATC
SUIDAE     CTGTGGTGGTGC---CTCTT CTTCATCCTGAAGTAATGAA AGATTCCAAAGCTAAGGAGA CCATTGTTCCCAAGCGTAAA GGAATGCCCTTCCCTAAATC
TAYASSUID  ???????????????????? ????????????GTGATGGA AGACCCCAAACCTAAGGAGA CCGTTGTTCACAAGCGTAAA GGAATGTCCTCCCCTAAATC
CAMELIDAE  CTGTGATGGTAC---CTTTT CTTCAGCCTAAAGTAATGGA TGTCCCCAAAACTAAGGAGA CCATCATTCCTAAGCGCAAA GAAATGCCCTTGCTTCAGTC
OUTGROUP   CTGTAGCGCTGC---CTTTC CTTCAGCCTGAAAAAATGGA AGTCCTCCAAACTAAGGAGA CCATCTTTCCTAAGCTCAAA GTTATGCCCTCCCTTAAATC

BOVIDAE    TCCAGTTGAGCCCTTTACTG AAAGCCAGAGCCTGACTCTC ACTGATGTTGAAAAGCTGCA CCTTCCTCTGCCTCTGGTCC AGTCTTGGATGCACCAGCCT
CERVIDAE   TCCAGTTGAGCCCTTTGCTG AAGGCCAGAGCCTGACCCTC ACTGATGTTGAAAACCTGCA CCTTCCTCTGCCTCTGCTCC AGCCTTGGATGCACCAGACT
GIRAFFIDAE TCCAGTTGAGCCCTTTACTG AAAGCCAGAGCCTGACTCTC ACTGATGCTGAAAATCTGCA CCTTCCTCTGCCTCTGCTCC XGTCTTGGATGCACCAGTCT
TRAGULIDAE TCCAGTAGAATCCTTTACTG AAGGCCAGAGGCTGACTCTC ACTGATGTCGAAAATCTGTA CCTTCCTCCATCTCCGCTCC AGCCTTGGATGCACCAGATT
DELPHINOID TCCAGTAGAGCCCTTTATTG AAAGCCAGAGCCTGACTCTC ACTGATCTTGAAAATCTGCA CCTTCCTCTGCCTCTGCTCA AGTCCTTGATGCACCAGCCT
PHYSETERID TCCAGTAGAGCCCXTTATTG AAAGCCAGAGCCTGACTCTC AATGATCTTGAAAATCTGCA CCTXCCTCTGCCTCTXCTCC AGTCCTTGATGCACCAGCCT
ZIPHIIDAE  TCCAGTAGAGCCCTTTATTG AAAGCCAGAGCCTCACTCTC ACTGATCTTGAAAATCTGCA CCTTCCTCTGCCTCTGCTCC AGTCCTTGATGCACCAGCCT
MYSTICETI  TCCAGTAGAGCCCTTTATTG AAAGCCAGAGCCTGACTCTC ACTGATCTTGAAAATCTGCA CCTTCCTCTGCCTCTGCTCC AGTCCTTGATGCACCAGCCT
HIPPOPOTA  TCCAGTAGAGCTCTTTACTG AAAGGCAGAGCCTGACTCTT ACTGATCTTGAAAATCTGCA ACTTCCCCTGCCTCTGCTTC AGTCCTGGATGCACCCACAT
SUIDAE     TCCAGCAGAGCCTTTTGTGG AAGGCCAGAGCCTAACTCTC ACCGATTTTGAAGTCC---- --TTTCTCTGCCTCTGCTCC AGTCTCTGATGCACCAGATT
TAYASSUID  TCTAGGAGAGCCTTTTGTTG AAGGCCAGAGCCTAACTCTC ACTGATTTCGAAAGTC---- --TTCCTCTGCCTCTGCTGC AGTCCTTGATGCACCAGGTT
CAMELIDAE  TCCAGTAGTGCCCTTTACTG AAAGCCAGAGCCTGACTCTC ACTGATCTCGAAAATCTGCA CCTTCCTCTGCCXCTGCTCC AGTCTTTGATGTACCAGATT
OUTGROUP   TCCAGTAGTGCCCTTTTCTG AACGCCAAATCTGGAATCCC ACTTATAGCGAAAATCCTCG CGTTCCCCTGCGTCTGATCC AGCCTTTGATGCACCAGGTC

BOVIDAE    CCCCAGCCTCTTCCTCCAAC CGTCATGTTTCCTCCTCAGT CCGTGCTGTCCCTTTCTCAG CCCA------------AAGT TCTGCCTGTTCCCCAGAAAG
CERVIDAE   CCCCAGCCTCTTCCTCCAAC CGTCATGTTTCCTCCTCAGT CCGTGCTGTCCCTTTCTCAG CCCA------------AXGT TCTGTCTGTTCCCCAGAAAG
GIRAFFIDAE CCCCAGCCTCTTCCTCCAAC CGTCATGCTTCCTCCTCAGT CCATGCTGTCTCTTTCTCAG CCCA------------AAGT TCTGCCTGTTCCCCAGAAAG
TRAGULIDAE CCCCAGCCTACTCCTCTGAA CTTCATGTTTCGTCCTCAGT CCCTGCTGTCCCTTACTCAG TCCA------------AAGT CCTGCCAGTTCCTCAGAAAG
DELPHINOID CCCCATCGTCTTCCTCCTAC CCCCATGTTXCCTCCTCAGC CACTGCAGTCCCTTTCTCAG CCCA------------AAGT CCTGCCTATTCCCCAGCAAG
PHYSETERID CCCCATCCTCTTCCTCCTAC CCCCATGTTTCCTCCTCAGC CCCTGCAGTCCCTTTCTCAG CCCA------------AAGT CCTGCCTATTCCCCAGCAAG
ZIPHIIDAE  CCCCATCACCTTCCTCTTAC CCCCATGTTTCCTCCTCAGC CCCTGCAGTCCCTTTCTCAG CCCA------------AAGT CCTGCCTATTCCCCAGCAAG
MYSTICETI  CCCCAGCCTCTTCCTCCTAC CCCCATGTTTCCTCCTCAGC CCCTGCCGTCCCTTTCTCAG CCCA------------AAGT CCTGCCTATTCCCCAGCAAG
HIPPOPOTA  TCCCAGCCTCTTTCTCCTAC CCTCATGTTTCCTTCTCAGC CCTTGCAGTCCCTTCCACAG CCCGTTTCTCAGCCCCAAGC CCTGCCTATTCCCCAGCAAG
SUIDAE     CCCCAGCCTGTTCCTCAGAC CCCCATGTTTGCTCCTCAGC CCCTGCTGTCCCTGCCTCAG GCCA------------AAGT CCTGCCTGTTCCCCAGCAAG
TAYASSUID  CCCCAGCCTATTCCTCGGAC CCCCATGTTTCCTCCCCAGC CCCTGCTGCCTCTCC????? ???????????????????? ????????????????????
CAMELIDAE  CCCCAGCCTXTTCCTCAGAC CCCCATGATTCCTCCTCAGT CCCTGCTGTCCCTTTCTCAG TTCA------------AAGT CCTGCCTGTTCCCCAGCAAA
OUTGROUP   CCTCAGTCTCTTCTTCAGAC ACCAATGCTTCCTTCTCAAC CTGAGCTGTCCCCTCCTCAG TCCG------------AAGT CCCACCTTTCCCCCAGCAAG

BOVIDAE    CAGTGCCC------CAGAGA GATATGCCCATCCAGGCCT
CERVIDAE   CAGTGCCCTATCCCCAGAGA GAGATGCCCATCCXGGCCT
GIRAFFIDAE CAGTGCCCTATTCCCAGAGA GATATACCCATCCAGGCCT
TRAGULIDAE AGGTGCCCTACCCCCAGAGA GGTATGCCCATCCAAGCCT
DELPHINOID TGGTGCCCTACCTCCAGAGA GATATGCCCATCCAGGCCC
PHYSETERID TGGTGCCCTACCTCCAGAGA GATATGCCCATCCAGGCCC
ZIPHIIDAE  TGGTGCCCTATCTCCAGAGA GATATGCCCATCCAGGCCC
MYSTICETI  TGGTGCCCCACATCCAGAGA CATATGCCCATCCAGGCCC
HIPPOPOTA  TGGTACCCTACCCACAGAGA GAGATGCCCATCCAGGCCC
SUIDAE     TGGTGCCCTTCCCCCAGAGA GATATGCCCTTCCAGGCCC
TAYASSUID  ???????????????????? ???????????????????
CAMELIDAE  TGGTGCCCTACCCCCAGAGA GCCATGCCTGTGCAAGCCG
OUTGROUP   TGGTGCCCTACTCTCAGAGA GATACACCTGTCGAAGCCT

[BCASI]
BOVIDAE    TTGGTCCTGTCCGGGGACCC TTCCCTA------------- -------------------- TTCTTGTAAGTCTAAATTTA CTAACTGTGCTGTTTAACTT
CERVIDAE   ?????CCTGTCCGGGGACCC TTCCCTA------------- -------------------- TTATTGTAAGTCTAAATTTA CTAACTGTGCTGTTTAACTT
GIRAFFIDAE ???GTCCTGTCCGGGGACCC TTCCCTA------------- -------------------- TTATTGTAAGTCTAAATTGA CTAACTGTGCTGTTTAACTT
TRAGULIDAE ATGGTCCTATCCAGGAGCCC AACCCTA------------- -------------------- TTACCGTAAGTCCAAATTCA CTAACTGTGCTGTTTCACTT
DELPHINOID TTGGTCCTATCCGGGGGCTC TACCCTG------------- -------------------- TTATTGTAAGTCCAAATTTA CTAATTGTGCTGTTTCACTC
PHYSETERID TTGGTCCTATCCGGGGGCTC TACCCTG------------- -------------------- TTATTGTAAGTCCAAATTTA CTAATTGTGCTGTTTCACTT
ZIPHIIDAE  CTGGTCCTATCCGGGGGTTC TACCCTG------------- -------------------- TTACTGTAAGTCCAAATTTA CTAATTGTGCTGTTTCACTT
MYSTICETI  ATGGTCCTATCCGGGGGCTX TACCCTG------------- -------------------- TTATTGTAAGTCCAAATTTA CTAATTGTGCTGTTTCACTT
HIPPOPOTA  TTGGTCCTATGCGGGGCCTC TACCCTA------------- -------------------- TTATTGTAAGTCCAAATTTA CTAACTGTGCTGTTTCATTT
SUIDAE     TTGGCCCTCTCCXAGGGTTC TACCCTGTGCCTCAACCAGT TGCCCCAGTTTACAACCC-- ----TGTAAGTCCAAGTTTA TTCACTGTGCTGTTTCACTT
TAYASSUID  TTGGCCCTCTCCGGGGGCTC TACCCTGTGCCTCAACCAGT TGCCCCCGTTTACAACCCTC TCATTGTAAGTTCAAGTTTA CTAACCGTGCTGTTTCACTT
CAMELIDAE  CTGACCCCGTCCGGGGGCTC CACCCTGTGCCTCAACCACT TGTCCCTGTG---------- --ATTGTAAGTGCAGATTTA CTAACTGTGCTGTTTCACTC
OUTGROUP   TTGGCCCTCCTGGAGAGCTC TACCCTGTGACTCAACAAAT TGTCCCAGTTTACAACCCGG TTATTGTAAGTCCAAATTTA CTAACTCTGCTGGTTCATGC

BOVIDAE    CTGATGTTTGTATGATATTT GAGTAATT----AAGAGCCC TACAAAAAAA--------TC AATAATGAATGGTTCCAAAA TAAGCATAGCTGAGATTAAT
CERVIDAE   CTGATGTTTGT---ATATTA GAGTAATT----AAGAGCCC TACAAAAAA---------TG AATAATGAATGGTTCCAAAA TAAGCATAGCTGAGGTTAAT
GIRAFFIDAE CTGATGTTTGCATGATATTA GAGTAATT----AAGAGCCC TACAAAAAAA--------TG AATAATGAATGGTTCCAAAA TAAGCATAGCTGAAATTAAT
TRAGULIDAE CAGATGTTTGTATGTTATTA GAATAATT----GAGAATTT CAGAAAAAAAC-------TG AATAATAAATGGTTCCAAAA TAAACATAGTTCAGATCAAT
DELPHINOID ATGATGTTTCTATGATGTTA GAGTAATT----GAAAGCTC TAGAATAAAAGAAAAAA-TG AATAATGAATGGTTCCAAAA TGCGTATAGTTTAGATCAGT
PHYSETERID ATGATGTTTCTATGATGTTA GAGTAATT----GAAAGCTC TAGAATAAAAGAAAAAA-TG AATAATGAATGGTTCCAAAA TGCATACAGTTTAGATCAGT
ZIPHIIDAE  ATGATGTTTCTATGATGTTA GAGTAATT----GAAAGCTC TAGAATAAAAGAAAAAA-TG AATAATAAATGGTTCCAAAA TGCATATAGTTTAGATCAGT
MYSTICETI  ATGAT-----------ATTA GAGTAATT----GAAAGCXC TAGAATAAAAGAAAAAA-TG AATAATGAATGGTTCCAAAA TGCATATAGTTTAGATCAGT
HIPPOPOTA  ATGTTGTTTATATGATGTTA GAGTAATT----GAGAGCTC TAGAATAAAATAAACAAATG AATAATGAGTGGTTCCAAAA TGCACATAGTTTAGTTCAGT
SUIDAE     ATGATGTTTAGTTGCTGTTA GAGTAATTAAGCAAGAACTC TAGAATAAAAGAGACAA-TG AATAATAAGTGGXTCCAAAA TGCACATAGTTTAGAT-AGT
TAYASSUID  AGGATGTTTGGTTGCTGTTA GAGTAATTAAGCAAGAACTC TAGAATGAAAGCAACAA-TG AATAATGAATGGTTCCAAAA CGCACTTAGTTTAGAG-AGT
CAMELIDAE  ACGGTGTGTATATGATGTTA GAATAACTAAGTGAGGGCTC TAGAATGAAAGAAAAAAATG AGCAATGGATGATTCCAAAA CACACATAGTTCAGATCAGT
OUTGROUP   ATGATGTGTATACGATGTTA GAATAAGTAAGTGAGAGCTC TAGAATGAAAGGACAAA-TG AATAGTGAGTAGATCCAAAA TTCACATACTTTAGATCAGT

BOVIDAE    GATTCTCAGCA-TTAGTTAT AAA-TAGAATAA-------G CTGGAAAACCTTCACCTCCC CTCCACCACCAGATCTCAAT GTCTAGGCTTACCCATGGAG
CERVIDAE   AATTCTCAGCA-TTAGCTAT AAA-TAGAATAA-------G CTGGAGAACCTTCACCTCCC -TCCACCACCAGATCTCAAT GTTTAGGCTTACCCATGGAG
GIRAFFIDAE GATTCTCAGCA-TTAGCTAT AAA-TAGAATAA-------G CTGGAGAACCTTCACCTCCC CTCCACCACCAGATCTCAAC GTCTAGGCTTATCCATGGAG
TRAGULIDAE GATCTTCAGCA-CTAGCTAT AAA-TAGAATAA-------G CTGGAGAACCTTTCCCACCC CTGCACCATCAAATCTAAAT GTCTAGGCTTATGCATGGAG
DELPHINOID GGTTCTCAACA-CTAGCTAC AAA-TAAAATAA-------C CTGGAGAACTTCCCACACAC ACACACC--TAAATCTCAAT GTCTAGGCTTACCCATGGAG
PHYSETERID GGTTCTCAACA-CTAGCTAC AAA-TAGAATAA-------C GTGGAGAACTCCCCCCCCCA CCAC-----CAAATCTCAAT GTCTAGGCTTACCCATGGAG
ZIPHIIDAE  GGTTCTCAACA-CTAGCTAC AAA-TAGAATAA-------C CTGGAGAACTTCCCCCACCC C--CACC--CAAATCTCAAT GTCTAGGCTTACGCATGGAG
MYSTICETI  GGTTCTCAACA-CTAGCTAC GAA-TAGAATAA-------C CTGGAGAACTTCCCCACCCC CCACAC---CAAATCTCAAT GTCTAGGCTTACCCATGGAG
HIPPOPOTA  GGTTCTCAACA-CTACCTAC AAA-TAGAATAA----TAAC CTGGAGAACTTTGCCCCCCA C--------AAAATCTCAAT GTCTAGGCTTACTCATGGAG
SUIDAE     GATTCTCAACA-TTTGCTAC AAA-TAGAATAACCAATAA- CTGGGAGA-----TTTCCTC C--------CAAATCTCAAA GTCCAGGATTACCCACAAAG
TAYASSUID  GATTCTCAACA-TTAGCTAC AAA-TAGAATAA-------C CTGG-AGAGACATTTTCTCC C--------CAAATTTCAAA GTCCAGGATTACCCACAAAG
CAMELIDAE  GATTCTCAACA-TTATCTAC AAA-CAGAATAA-------C CTGGAAAACATTTTTTATTT C-------CAAAATCCCAAT GTCTAGGTTTACCCACGGAG
OUTGROUP   GATTCTCAACAACTAGCTAC ACAATGGAATAA-------C TCGGAGAACTTTTTTTTCCC CC------CAAAATCCCAAT GTCAAAGCCTACCCACAGAG

BOVIDAE    ATTCTGATTTAACTGTTCTT TC-----TATGTAGAAGAAG CT---TATTGGGAAGAAATA ATATCATGGACTATGATTTA ACTGGTCTGTTGAGAACTTA
CERVIDAE   ATTCTGATGTAATTGTTCTT CC-----TATGTAGAAGAAA CTGAGTATTGGGAAGAAATA ATATAATGAACTATGATTTA ATTGGTCTGTTGAGAACTTA
GIRAFFIDAE ATTCTGATGTAATTGTTCTT TT-----TATGTAGAAGAAA CTGAGTATTGGGAAGAAATA ATGTCATGGACTATGATTTA ATCGGTCTGTTGAGAACTTA
TRAGULIDAE ATTCTGATGTAATTGGTCTT TC-----TATGTAGAAGAAA CTGA---TTGGGAAGAAATT GTTATAGGGACTATGATTTA TGTGGTTTGTTGAGAAGTTA
DELPHINOID ATTCTGATATAATTGTTCTT TC-----TATGTAGAAGAAA CTGAATATTGGGAAGAAATA ATTTCAGGGACTATGATTTA ACTGGTCTGTTGATAATTTA
PHYSETERID ATTCTGATATAATTGTTCTT TC-----TATGTAGAAGAAA TTGAATATTGGGAAGAAATA ATTTCAGGGACTAGGATTTA ATTGGTCTGTTGATAATTTA
ZIPHIIDAE  ATTCTGATATAATTGTTCTT TC-----TATGTAGAAGAAA CTGAATATTGGGAAGAAATA ACTTCAGGGACTATGATTTA ATTGGTCTGTTGATAATTTA
MYSTICETI  ATTCTGATAAAATTGTTCTT TC-----TATGTAGAAGAAA CTGAATATTGGGAAGAAATA ATTTCAGGGACTATGATTTA ATTGGTCTGTTGATAATTTA
HIPPOPOTA  ATTCTGATA---TTGTTCTC TC-----TATGTAGAAGAAA CTGAGTATTGGGAGGAAATA ATTTCAGGGACTATGATTTA ATTGGTCTGTTGAGAATTTA
SUIDAE     ATTC-GACATAATTGTACTT ACCTCTATATGTAGGGGAAA TTGAATATTGGGAAGAGATA ATTTCAGGGATTATGATTTA ATTGGTCTGTTGAGAATTGA
TAYASSUID  ATTCTGACACCCTTGTACTG XCTTCTTTATGTAGAAGAAA TTGAATATTGGGAAGAAATA ATTTCAGGGATTATGATTTA ATTGATCTGTTGAGAGTTGA
CAMELIDAE  ATTCTGATATAATTGTTCTG ATTTTC-TATGTAGAAGAAA CTGAGTAATGAGCAGAAATA ATTTCAGGGATTATGATTTA GTTGGTCTGTGGAGAATTTA
OUTGROUP   ATTCTGATATAATTGTA-TG ATTTTC-TGTGTAGAAGAAA CTGAGTACTGGGAAGAAATT ATTTCTGGAGTTTTGATTCA ATAGGTCTGTTGAGAATTTA

BOVIDAE    GATGA----AGGGGATT-AA GTTACAATAAAGCCAGAATT GAACTTGATAATCTCATTTG GCTAAGAATAACAAACCTAA GAAGGTTTGCTATTTTCTAC
CERVIDAE   GATGA----AGGTGATT-AA GGAACAATAAAGCCAGAATT GAATTTGATAATCTCATTTG ACTAAGAATAACAAACCTAA GAAGGTTCGCTATTTTC---
GIRAFFIDAE GATGA----AGGGGATT-AA GGTACAATAAAGCCAGAATT GAATTTGATAAGCTCATTTA GCTAAGAATAACAAATGTAA GAAGGTTTGCTATTTTCTAC
TRAGULIDAE GATGA----AGAGGATT-AA GGTACACTAAAGCCAGAGTT AAATTTGATGATCTCATTTG GCTAGGAA------------ GAAGGTTTGTTATTTTCTAC
DELPHINOID GATAA----AGAGGATT-AA GGTGTACTAAAGCCAGAATT AAATTTGATAACCTCATTTG GTTGGGAATAACAAACCTAA GAAAGTTTGTTGTTTTCTAC
PHYSETERID GATAA----AGAGGATT-AA GGTGTACTAAAGCCAGAATT AAATTTGATAACCTCATTTG GTTGGGAATAACAAACCTAA GAAAGTTTGTTATTTTCTAC
ZIPHIIDAE  GATAA----AGAGGATT-AA GGTGTACTAAAGCCAGACTT AAATTTGATAACCTCATTTG GTTGGGAATAACAAACCTAA GAAAGTTCGTTATTTTCTAC
MYSTICETI  GATAA----AGAGGATT-AA GGTGTACTAAAGCCAGAATT AAATTTGATAATCTCATTTG GTTGGGAATAACAAACCTAA GAAAGTTTGTTATTTTCTAC
HIPPOPOTA  GATAA----AGAGCATT-AA GGTATACTAAAGCCAGAATT AAATTTGATAATCTCATTTG GCTGGAAATAACATACCTAA GAAGCTTTGTTATTTTCCAC
SUIDAE     GATAAAGAGAGAGGATTTAA GGTATACTAAAGCCAGAATT AAATGTAACAATCTCATGTG GCTTGGAATAACAAACCTAA GAAGGTTTGXTATTATCTGC
TAYASSUID  GATAA----GGAGGATTXAA GGTATGTTAAAGCCAAAATT AAATGTAATAATCTCATGTG GCTTGGXATAACAGACCTAA GAGAGTTTGTTATTATCTGC
CAMELIDAE  GATAA----AGAGGATT-AA TGTTTACTAAAGCCAGAATT AAATTTGATAATCTCXTTTG GCTTGGAATAACAAACCTAA GAAAGTTTGCTATTTTCTAT
OUTGROUP   GATAA----AGAGGATT-AA GGCTTACTAAAACCAGAATT AACTTTGATAATCTGATTGG GCTTGGAATA--------AA TAAGGTTTGTTATTTTCTAT

BOVIDAE    AATTTTGAAGTTTTCCTTAT GCACAATTATTTCACCACAT GACTCATTTCACATCTTGTT TTTGATATATGAGCATATGA GGGCAAAATACTGAGATGCT
CERVIDAE   -------AAGTTTTCCTTAT GCA----------ACCACAT GACTCATTTCACATCTTGTT TTTGATATATGAGCATATGA GGGCAAAATACTAAGATGCT
GIRAFFIDAE AATTTTGAAGTTTTCCTTAT GCACAATTATATCACCACAT GACTCATTTCACATCTTCTT TTTGATATATGAACATATGA AGGCAAAATACTGAGATGCT
TRAGULIDAE AAGTTTGAAGTTTTCCTTTT GCACAAGTATATTATTATAT GCTTCATTTCACATCTTCTT TTTGACATATGAGCATATGA GGACAAAATGTTGAGGTGCT
DELPHINOID AATTTTGAAGTTTTGCTTGT GCACAATTATTTCCCCACAT GCCTCATTTCACATCTTGTT TTTGATATATGAGCATATGA GGGCAAAATACTGAGGTGTT
PHYSETERID AATTTTGAAGTTTTGCTTGT GCACAATTATTTCCCCACAT GCCTCATTTCACATCTTGTT TTTGATGTATGAGCATATGA GGGCAAAATACTGAGGCGTT
ZIPHIIDAE  AATTTCGAAGTTTTGCTTGT GCACAATTATTTCCCCACAT GCCTCATTTCACATCTTGTT TTTGATGTATGAGCATATGA GGGCAAAATACTGAGGTGTT
MYSTICETI  AATTTTGAAGTTTTCCTTAT GCACAATTATTTCCCCACAT GCCTCATTTCACATCTTGTT TTTGATGTATGAGCATATGA CGGCAAAATACTGAGGTTTT
HIPPOPOTA  AATTTTGAAGTTTTCCTTAT GCACGATTATTTCCCCACAT GACTCATTTCACATCTTGTT TTTGATATATGAACACACGA AGGCAAAATACGGAGATGTT
SUIDAE     AATTTTGAAGTTTTCCTTAT GTGCAATTATTTCCCCACAT GCCTCATTTCACATCTTGTT TT-GATATATGAACATXTGA GGGCAAGATACTGAGATGCC
TAYASSUID  AATTTTGAAGTTTTCCTTAT GCACAATTATTTCTCCACAT GCCTCATTTCACATCTTGTT TC-AATGTATGAACATTTGA GGGCAAGATACTGAGCTGCT
CAMELIDAE  AATTTGGAAGTTTTCTTTAT GCACATTTATTGCTCCGCAT GCTTCATTTCACATCTTGTT TTTGATACGTGAATGTATGA GGGCAAAATATTGAATTGCT
OUTGROUP   ATTTTTGAAGTTTTCCTTGT GCATGTCTATT-CCCTGCAT GCCTTATTTCATATCTTGTT TTTGACAGATGTACATATGA GGGCAAATGATTGAGATGCT

BOVIDAE    TATTTCAATACTCA------ -----GGGAAAATTTTCTTG CCAAAAGGCAAGAATTGTAT A
CERVIDAE   GATTTCAATACTTG------ -----GGGAAAATTTTCTTG CCAAAAGGCAAGGATTGTAT A
GIRAFFIDAE TAATTCAATACTCA------ -----GGGAAAATTTTCTTG CCAAAAGGCAAGAATTGTGT A
TRAGULIDAE TATTTCAATACTCATGAAAT ATTTAGGGAAAACTTTCTTG CCAAA-GGT--GGACTGTAT A
DELPHINOID TATTTCAATACTCATGAAAT TCTTAGGGAAAGTGTTCTTG CCAAAAGGT--GAATTGTAT A
PHYSETERID TATTTCAATTCTCATGAAAT TCTTAGGGAAAGTGTTCTTG CCAAAAGGT--GAATTGTAT A
ZIPHIIDAE  TATTTCAATACTCATGAAAT TCTTAGGGAAAGTGTTCTTG CCAAAAGGT--GAATTGTAT A
MYSTICETI  TATTTCAATACTCATGAAAT TCTTAGGGAAAGTGTTCTTG CCAAAAGGT--GAATTGTAT A
HIPPOPOTA  TATTTCAATACTCATGAAAT TCTTAGGTAACATATTCCTG CCAAAAGGT--GAATTGTAT A
SUIDAE     TATTTCAATACTCATGGAAT ACTCXGGGAAATTGTTCTTG CCAAAAGAT--GAACTGTAT A
TAYASSUID  TATTTCAATACTCACGGAAT ACTCGGGGAAATTGTTGTTG CCAAAAGGT--GGATTATAT A
CAMELIDAE  TATTTCAATATTCATGGACT TCTTAGGGAAAGTTTTCTTA TCAAAAA-T--GAATXGTAT A
OUTGROUP   TATTTCATTACTCACAGAAT TTTTAGGGAAAGTGTTTTTG CCAAAAAGT--GAATTGTAT A

[KCAS]
BOVIDAE    TTCTTCGATGACAAAATAGC CAAATATATCCCAATTCAGT ATGTGCTGAGTAGGTATCCT AGTTATGGACTCAATTACTA CCAACAGAGACCAGTTGCAC
CERVIDAE   TTCTTCAATGACAAAATAGT CAAATATATCCCAATTCAGT ATGCGCTGAGTAGGTATCCT AGTTATGGACTCAATTACTA CCAACACAGACCAGTTGCAC
GIRAFFIDAE TTCTTCAATGACAAAATAGT CAAATATATCCCAATTCAGT ATGTGCTGAGTAGGTATCCT AGCTATGGAATCAATTACTA CCAACACAGACCAGTTGCAC
TRAGULIDAE TTCTTCAATGACAAAACAAT TAAATATATCCCAATTCCTT ATTTGCTGAATAGATATCCT AGTTATGGACTCAATTACTA CCAGCAAAGGCCACCTGCAC
DELPHINOID ???????????????????? ???????????????????? ?????????GTAGGTATCCT AGTTATGGACTCAATTACTA CCAGCACAGACCAGCTGTAC
PHYSETERID TTGTTCAATAAAAAAACAGT AAAATATATXCCAATTCATT ATGTGCTGAGTAGGTATCCT AGTTATGGACTCAATTACTA CCAGCACAGACCAGTTGCAC
ZIPHIIDAE  ???????????????????? ???????????????????? ???????????????????? ?GTTATGGACTCAATTACTA CCAGCACAGACCAGCTGCAC
MYSTICETI  TTGTTCAATGAAAAAACAGT AAAATATATTCCAATTCATT ATGTGCTGAGTAGGTATCCT AGTTXTGGACTCAATTACTA CCAGCACAGACTAGCTGCAC
HIPPOPOTA  TGTTTCAATGGAAAAACAGT CAAATATATTCCAGTTCATT ATGTGATGAGTAGGTATCCT AAATATGGACTCAATTACTA CCAATGCAGACCAGCTGCAC
SUIDAE     TTATTCAATGAAGAAAAAGT CAAATATATCCCAATTTATT ACATGCTGAATAGGTTTCCT AGTTATGGATT---TTTCTA CCAACATAGATCAGCTGTAT
TAYASSUID  TTGTTCAATGAAGAAAGATT CAGATCTATCCCAATTCATT ACAGGCTGAATAGGATTCCT AGTTATGGATTTATTTTCTA CCAACATAGATCAGCTGCAT
CAMELIDAE  TTGCTCAATGAAAAAACAGT CAAATATTTCCCAATTCAGT TCGTGCAGAGTAGATATCCT AGTTATGGAATCAATTACTA CCAACACAGACTAGCTGTAC
OUTGROUP   TTGTTTGATCAGAAAACGGT CAAATATATCCCAATTCGCT ATGTGCTGAATAGCTCTCCT CGTCAACAACCCAACTACTA CCAACATAGACCAGCTGTAC

BOVIDAE    TAATTAATAATCAATTTCTG CCATACCCATATTATGCGAA GCCAGTTGCAGTTAGGTCAC CTGCCCAAACTCTTCAATGG CAAGTTTTGCCAAATGCTGT
CERVIDAE   TAATTAATAATCAGTTTCTG CCATACCCATATTATGTAAA GCCAGGTGCAGTTAGGTCAC CTGCCCAAATTCTCCAATGG CAAGTCTTGCCAAACACCGT
GIRAFFIDAE TAACTAATAGTCAATTTCTG CCATACCCATATTATGCAAA GCCAGTTGCAGTTAGGTCAC CGGCCCAAATTCTTCAATGG CAXGTCTTGCCAAATACTGT
TRAGULIDAE TAATTAATAACCAATTTCTG CCGTTCTCATTTTATGCAAA GCCAATGGCAGTTAGGTCAC CTGCCCAAATTCTTCAGTGG CAAGTCCCGCTGAATGCTGT
DELPHINOID TAATTAATAACCAATTTATG CCTTACCCATATTATGCAAA GCCAGTTGAAGTTAGGCCAC ATGCCCAAATTCCTCAATGG CAATTCCTGCCAAATA----
PHYSETERID TAATTAATAACCAATTTATG CCATACCTATATTATGCAAA GCCAGTTGTAGTTAGCCCAC ATGCCCAAATTCCTCAATGG CAATTCCTGCCAAATA----
ZIPHIIDAE  TAATTAATAACCAATTTATG CGTTACTCATATTATGCAAA GTCAGTTGCTTTTAGACCAC ATGCCCAAATTCCTCAATGG CAATTCCTGCCAAATA----
MYSTICETI  TAATTAATAACCAATTTATG CCTTACCCATATTATGCAAA GCCAGTTGCAGTTAGGCCAC ATGCCCAAATTCCTCAATGG CAXTTCCTGCCAAATA----
HIPPOPOTA  TAATTAATAACCAATTTATG CCTTACCCATATTATGCAAA GCCAGTTGCAGTTAAGCCAC ATGCCCAAATCCCTCAATGG CAAGCCCTGCCAGATA----
SUIDAE     CACCTAATAGACAATTTATA CCTTACCCATATTATGCAAG GCCAGTTGTAGCTGGGCCAC ATGCTCAAAAACCTCAATGG CAAGACCAGCCAAATG----
TAYASSUID  CAACTAATAACCAATTTATC CCTTACCCATTTTATGCAAG GCCAGTTGCAGTTAGGCCAC ATGCCCAAAAACCTCAATGG CAAGACCAGCCAAATG----
CAMELIDAE  CAATTAATAACCAATTTATT CCTTACCCAAATTATGCXAA GCCAGTTGCAATTAGACTAC ATGCTCAAATTCCTCAGTGC CAAGCCCTGCCAAATA----
OUTGROUP   CAATTAATAATCAATATACG CTTTATCGATATTATGCAAG ACCAGTTGCAGTTAGGCCAC AGGCCCAAATTCCTCAGTGG CAAGTCCTGCCAAATA----

BOVIDAE    GCCTGCCAAGTCCTGCCAAG ACCAGCCAACTGCCATGGCA CGTCACCCACACCCACATTT ATCATTTATGGCCATTCCAC CAAAGAAAGATCAGGATAAA
CERVIDAE   GCCTGCCAAGTTCTGCCAAG CCCAGCCAACTACCATGGCA CGTCACCCACACCCACGTTT ATCATTTATGGCCATTCCGC CAAAGAAAAATCAGGATAAA
GIRAFFIDAE GCCTGCCAAGTCCTGCCAAG CCCAGCCAACTACCATGGCA CGTCGCCCACACCCACGXTT ATCATTTATGGCCATTCCAC CAAAGAAAAATCAGGATAAA
TRAGULIDAE GTCTGCCAAGCCCTGCCAAG CCCCGCCAACTACTATGGCA CGTCGCCCACGCCCACATTT ATCATTTATGGCCATTCCAC CAAAGAAAGATCAGGATAAA
DELPHINOID -------------------- TCTACCCACGTACTGTGGCA CATCACCCACACCCACGTCC ATCATTTCTTGCCATTCCAC CAAAGAAAACTCAGGATAAA
PHYSETERID -------------------- TCCACCCACCTACTCTGGCA CATCACCCACACCCACGTCC ATCATTTACTGCCATCCCAC CAAAGAAAACTCAGGATAAA
ZIPHIIDAE  -------------------- TCCACCCACCTACTGTGGCA CATCACCCACACCCACGTCC ATCATTTATTGCCATTCCAC CAAAGAAAACTCAGGATAAA
MYSTICETI  -------------------- TCCACCCACCTACTGTGGCA CATCACCCACACCCACGTCC ATCATTTATTGCCATTCCAC CAAAGAAAACTCAGGATAAA
HIPPOPOTA  -------------------- TCAACCCACCTACTGTGCCA TGTCGCCGACGCCCACATCC ATCATTTCTTGCCATTCCAC CAAXGAAAGATCAGAATAAA
SUIDAE     -------------------- TCTACCCACCTACAGTGGCA CGTCGCCCACGCCCACATGC ATCATTTATTGCCATTCCCC CAAAGAAAAATCAGGATAAA
TAYASSUID  -------------------- TCTACCCACCTACTGGGGCA CGTCGCCCACGCCCACATGC ATCATTTATTGCCATCCCCC CAAAGAAAAATCAGGATACA
CAMELIDAE  -------------------- TCGACCCACCTACTGTGGAA CGTCGGCCACGCCCACGTCC ATCATTTATTGCCATTCCCC CAAAGAAAACCCAGGATAAA
OUTGROUP   -------------------- TCTCCCCATCCACTGAGGCA CGTCATCCATACCGACGTCC GTCATTTATTGCCATTCGTC CAAAGAAACTTCAGGATAAA

BOVIDAE    ACAGAAATCCCTGCCATCAA TACCATTGCTAGTGCTGAGC CTACAGTACACAGTACACCT ACCACCGAAGCAGTAGTGAA CGCTG---------------
CERVIDAE   ACAGACATCCCTTCCATCAA TACCATTGCTACTGCTGAGT CTACA------ATTACACCT ACCACCGAAGCAATAGTGGA CACTG---------------
GIRAFFIDAE ACAGACAGCCCTACCATCAA TACCATTGCTACTGTTGAGC CTACA------ATTACACCT ATCACCGAAGCAATTGTGAA CACTG---------------
TRAGULIDAE ACAGACACCCCTACCATCAA TACCATTGTTACTGTTGAGC CTACA------ACTACACCC ACCACTGAATCAATAGTGAA CACTG---------------
DELPHINOID ACAGTCATCCCTATCATCAG TACCATTGCTACTGATGAGC CTACA------CTTATACCT ACCACTGAACCAATAGTGAA CACTG---------------
PHYSETERID ACAGCAATCCCTATCATCAA TACCATTGCTACTGTTGAGC CTACA------CTTATACCT ACCACTGAACCAATAGTGAA CACTG---------------
ZIPHIIDAE  ACAGTCATCCCTATCATCAA TATCATTGCTACTGTTGAGC CTACA------CTTATACCT ACCACTGAACCAATAGTGAA CAATG---------------
MYSTICETI  ACAGTCATCCCTATCATCAA TACCATTGCTACTGCTGAGC CTACA------CTTATACCT ACCACTGAACCAATAGTGAA CACTG---------------
HIPPOPOTA  ACAGTCATTCCTATCATCAA TACCATTGCTACCXTTGAGC CTACA------CTTATACCT ACCACTGAACCAATAGTGAA CACTG---------------
SUIDAE     ACGGCCATCCCTGCTATCAA TTCCATTGCTACTGTTGAGC CTACA------ATTGTACCT GCCACTGAACCAATAGTGAA CGCTGAACCAATAGTGAACG
TAYASSUID  ACAGCCATCCCTGCCATTAA TTCCATTGCTACTGTTGAGC CTACA------CTTATACCT ACCACTGAACCAGTAGTGAA CACTG---------------
CAMELIDAE  ACAGTCAACCCTGCCATCAA TACTGTTGCTACTGTTGAGC CTCCA------GTTATACCT ACCGCCGAACCAGCAGTGAA CACTG---------------
OUTGROUP   ACAGTCATCTCTAACATCAA CACCACTGCTACTGTTGAGC CTACA------ATTATTCCT ACCACTGAACCAGCAGTAAA CAATG---------------

BOVIDAE    ---TAGATAATCCAGAAGCT TCCTCAGAATC---GATTGC GAGTGCACCTGAGACCAACA CAGCCCAAGTTACTTCAACC GAGGTCTAA
CERVIDAE   ---TAGCTACTCAAGAAGCT TTCTCAGAAGT---TATTGA GAGTGCACCTGAGGCCAAAA CAGACCAAGTTACTTCAACC GTGGTCTAA
GIRAFFIDAE ---TAGCTGCTCGAGAAGCT TCCTCAGAATT---TATTGC GAGTGCACCTGAGACCAACA CAGTCCAAGTTACTTCAACC GTGGTCTAA
TRAGULIDAE ---TAGCTACTCTAGAAGCT TCCTCAGAATC---TATCGC CAGTGCACCTGAGACTACCA CAGTCCAAGTTACTTCAGCT GAGGTTTAA
DELPHINOID ---TAGTTACTCCAGAAGCT TCCTCAGAATT---CATCAC GAGTACACCTGAGACCAC?? ???????????????????? ?????????
PHYSETERID ---TAGTTACTCCAGAAGCT TCCTCAGAATT---CATCAC GAGTACACCTGAGACCACCA CAGTCCAAGTTGCTTCACCT GTGGCCTAA
ZIPHIIDAE  ---TAGTTACTCCAGAAGCT TCCTCAGAATT---CATCAT GAGTACACCTGAGACCACCA XAGTCCAAGTTACTT????? ?????????
MYSTICETI  ---TAGTTACTCCAGAAGCT TCCTCAGAATT---CATCAC GAGTACACCTGAGACCACCA CAGTCCAAGTTACTTCACCT GTGGTCTAA
HIPPOPOTA  ---TAGTTACTACAGAAGCT TCTTCAGAATT---CATCAC AAGCACACCTGAGACCACCA CAGTCCAAGTTACTTCACCC GTGGTCTAA
SUIDAE     CTGTAGTAACTCCAGAAGCT TCCTCAGAATTCCTCATCAC AAGCGCACCTGAGACCACCA CTGTCCAAGTCACTTCACCC GTGGTCTAA
TAYASSUID  ---TAGTAATTCCAGAAGCT GCCTCAGAATTCCTCATCAC AAACACACCTGAGACCACCG CAGTCCAAGTCTCTTCAACC GTGGTCTAA
CAMELIDAE  ---TAGTTATTGCAGAAGCT TCCTCAGAATTCATCACCAC AAGCACACCCGAGACCACCA CAGTCCAAATTACTTCGACT GAGATCTAA
OUTGROUP   ---TAGTCATTCCAGAAGCT CCCTCAGAATTCATCATCAC AAGCACACCTGAGACTACCA CAGTCCCAATTACTTCACCC GTGGTCTAA

[GFIBX]
BOVIDAE    AAAGATTTGGTAG TTATTGCCCAACTACCTGTG GAATTGCAGACTTCCTGTCT
CERVIDAE   AAAGATTTGGTAG TTATTGCCCAACTACCTGTG GAGTTGCAGATTTCCTGTCT
GIRAFFIDAE AAAGATTCGGTAG TTATTGCCCAACTACCTGTG GAGTTGCAGAXTTCCTGTCT
TRAGULIDAE AAAGATTTGGTAG TTACTGCCCAACTACCTGTG GAATTGCAGATTTCCTGTCT
DELPHINOID AAAGATTTGGTAG TTATTGCCCAACTACCTGTG GAATTGCAGATTTCCTGTCT
PHYSETERID AAAGATTTGGTAG TTATTGCCCAACTACCTGTG GAATTGCAGATTTCCTGTCT
ZIPHIIDAE  AAAGATTTGGTAG TTATTGCCCAACTACCTGTG GAATTGCAGATTTCCTGTCT
MYSTICETI  AAAGATTCGGTAG TTATTGCCCAACTACCTGTG GAATTGCAGATTTCCTGTCT
HIPPOPOTA  XAAGATTTGGTAG TTATTGCCCAXCTACCTGTG GAGTTGCAGATTTCCTGTCT
SUIDAE     AGAGATTTGGTAG TTACTGCCCAACTATGTGTG GGATCGCAGGTTTCCTGTCT
TAYASSUID  AGAGATTTGGTAG TTATTGCCCAACTACGTGTG GGATCACAGATTTCCTGTCT
CAMELIDAE  XAAGATTTGGTAG TTACTGCCCGACTACCTGTG GCATTGCGGATTTCCTGTCT
OUTGROUP   AAAGATTTGGTAG TTATTGTCCAACTACCTGTG GAATTGCAGATTTCCTATCG

BOVIDAE    AATTACCAAACCAGTGTAGA CAAGGATCTACGAAATTTGG AAGGCATCTTCTATCAGGTT GAGAACAAAACATCAGAAGC CACAGAGCTGGTCAAAGCAA
CERVIDAE   AATTACCAAACCAGTGTAGA CAAAGATCTACAAAATTTGG AAGGCATCTTATATCAGGTT GAGAACAAAACATCAGAAGC CAGAGAGCTGGTCAAAGCAA
GIRAFFIDAE AATTACCAAACCAGTGTAGA AXAGGATCTATACCGTTTGG AAAGCGACTTATATCAGGTT GAGAACAAAACATCAGAAGC CAAAGAGCTGGTCAAAGCAA
TRAGULIDAE AACTACCAAACCAGCGTAGA CAAGGATCTACACAATTTGG AAAGCATCTTGTATCAGGTT GAGAACAAAACATCAGAAGC CAGAGAGCTGGTCAAAGCAA
DELPHINOID XCTTACCAAACCAGTGTAGA CAAGGATCTACAGAATTTGG AAGGCATCTTACGTCAGGTT GAGAACAAGACATCAGAAGC CAGAGAGTTGGTCAAAGCAA
PHYSETERID ACTTACCAAACCAATGTAGA CAAGGATCTACAGAATTTGG AAGGCATCTTACGTCAGGTT GAGAACAAGACATCAGAAGC CAGAGAGTTGGTCAAAGAAA
ZIPHIIDAE  ACTTACCAAACCAGTATAGA CAAGGATCTACAGAATTTGG AAGGCATCTTACGTCAGGTT GAGAACXAGACATCGGAAGC CAGAGAGTTGGTCAAAGCAA
MYSTICETI  ACTTACCAAACCAGTGTAGA CAAGGATCTACAGAATTTGG AAGGAATCTTACGTCAAGTT GAGAACAAGACATCAGAAGC CAGAGAGTTGGTCAAAGCAA
HIPPOPOTA  AATTACCXAACCAGTGTAGA CAAGGATCTACAGAATTTGG AAAGCATTGTTCATGAGGTT GAGAACAAGACATCAGAAGC CAGGGAGCTGGTCAAAGCAA
SUIDAE     ACTTACCAAAACACTGTAGA GAAGGATCTACAGAATTTGG AGGGCATCCTACATCAAGTT GAGAACAAAACATCGGAAGC CAGAGAGCTGATCAAAGCCA
TAYASSUID  ACTTACCAAAACACTGTCGA GAAGGATCTGCAGAATTTGG AGGGCATCCTGCATCAAGTT GAGAACAAAACATCGGAXGC CAAAGAGCTGATCAAAGCCA
CAMELIDAE  ACTTACCAAAACAGCGTGGA CAAGGATCTGCAGACTTTGG AAGACATCCTACATCAAGTT GAGAACAAAACGACAGAGGC CAGAGAGCTGATCAAAGCCG
OUTGROUP   ACTTACCAAACCAGTGTGGA CAAGGATCTACAGACTTTGG AAGACATCTTAAATCAAGCT GAAAACAAAACATCAGAAGT TAAAGAACTGATCAAAGCCA

BOVIDAE    TCAAGATCAGCTATAACCCT GATGAACCGTCAAAGCCAAGTA ACATAGAGAGTGCTACCAAG AATTACAAGAGAATGATG
CERVIDAE   TCCAAATCAGCTATAACCCT GATGAACCATCAAAGCCAAATA ACATAGAGAGTGCTACCAAG AATTCCAAGAGAATGATG
GIRAFFIDAE TCCAAATCAGCTATAACCCT GATGAACCATCAAAGCCAAGTC ACATAGAGAGTGCTACCAAG AATTCCAAGAGAATGATG
TRAGULIDAE TTCAAATCAGCTATAACCCT GATGAAGCATCAAAGCCAAACA AGATAGAGAGTGCTACCAGG AATTCCAAGAAAATGATG
DELPHINOID TCCAGATCAGCTACCGCTCT GATGGACCAGCAAAGCCAAATG GGATAGAAAGTGCTACCAAG ATTTCCAAGAAAGTGTTG
PHYSETERID TCCAGATCAGCTACCGCTCT GATGGACCAGCAAAGCCAAGTG GGATAGAGAGTGCTACCAAG AATTCCAAGAAAATGTTG
ZIPHIIDAE  TCCAGATCAGCTACCGCTCT GATGGATCAGCAAAGCCAAATG GGATAGAGAGTGCTACCAAG AATTCCAAGAAAATGTTG
MYSTICETI  TCCAGATCAGCTACCGCTCT GATGGACCAGCAXAGCCAAATG GGATAGACAGTGCTACCAAG ATTTCCAAGAAAATGTTG
HIPPOPOTA  TCCAAATCAGCTACAACCCT GATGAACCAGAAAAGCCAAGTA GGATAGAGAGTGCTACCAAG AATTCCAAGAAAATGXTG
SUIDAE     TCCAGATCAGCTATAACCCT GAAGATCTATCAAAACCAGATA GGATACAAAGTGCCACCAAG GAGTCCAAGAAAATGTTG
TAYASSUID  TCCAAATCAGCTATAATCCC GATGXGCCATCAAAACCAGACA GGATACAAAGTGCCACCAAA GATTCCAAGAAAATGTTG
CAMELIDAE  TCCAAATCAGCTATAACCCT GCCGAGCCGTCAAAGCCAAGTA GGATAGAGAGTGCTACCAAG GATTTCAAGAAAATGATG
OUTGROUP   TCCAACTCGTCCCTAGTTCT GATGAACCACAGAGGCCAGGTA GAATAGATAGTGCTATCAGG GAAGCCAAGAAAATGATG

[GFIBI]
BOVIDAE    GTAAGTTACT TTTAT----GTTTCTCTCTG TGTTTGAACTGGACT----T GGGCAGAGAAATTTTTATTC CTTATAAGAGATTCTTTAGC
CERVIDAE   GTAAGTCGCT TTTAT----GTTTCTCTCTG TGTTTGAACTGAACG----T GGGCAGAGGAAGTTTTATTC CTTATAAGAGATTCTTTAGC
GIRAFFIDAE GTAAGTCGCT TTTAT----GTTTCTCTCTG TGTTTGAACTGGACT----T GGGCAGAGGAATTTTTATTC CTTATAAGAGATTCTTTAGC
TRAGULIDAE GTAAGTAGCT TTCAT----ATTTCTCTCTG TGTTTGAACTGTACT----T GGGCAGAGGAA--------- --TAAAATAAATTCTGTAGC
DELPHINOID GTAAGTAGTT TTTAT----GTTTCTCGCTG TGTTTGCACTGGACG----T GGGCAGAGAAA--------- --TAAAAGAAATTCTCTCGC
PHYSETERID GTAAGTAGTT TTTAT----GTTTCTCGCTG TGTTTGCGCTGGATG----T GGGCAGAGAAA--------- --TATAAGAAATTCTCTCGC
ZIPHIIDAE  GTAAGTAGTT TTTAT----GTTTCTCGCTG TGTTTGCACTGGACG----T GGGCAGAGAAA--------- --TAAAAXAAATTCTCXCAC
MYSTICETI  GTAAGTAGTT TTTAT----GTTTCTCGCTG TGTTTGCACTGGACG----T GGGCAGAGAAA--------- --TAAAAGAAATTCTCTCTC
HIPPOPOTA  GTAAGTAGTT TTTACT---GTTTCTCGCTG TGTTGGAACTGGACG----T GGGCXGAGGAA--------- --TGAAAGAAATTCTCTCAC
SUIDAE     GTAAGTAGCT TTTAT----GTTTCTCGCTG TGTTTGAGCTGGAGGGG--A GGGCAGAGGAA--------- --TAAAAGAAATTCTCTCGC
TAYASSUID  GTGAGTAGCT TTTCT----GGTTCTCGTGG CGTTTGAACTGGCGTGGGCG GGGCAGAGGAA--------- --TAGAAGAAATTCTCTCGC
CAMELIDAE  GTAAGTCGTT TTTTTGTTCGTTTCTGGCTG TGTTTGAACTGGACA----G GGGTGGAGGAA--------- --TAAAAGGAATTCTCTCGC
OUTGROUP   GTAAGTAATT TTAAX----GTTTCTCACTG TGTTTGGACTGGAGA----G GGGCAGAGGAA--------- --CAAAAGGGGTTCTCTCAC

BOVIDAE    AAATATCATTTGAC-AGTTT AGACTTTTT----------- -------AAAAACATAGTCT AGGTTTTACCTGTTTTT--- ---ATTTAT-----------
CERVIDAE   AAATATCTTTTGGC-AGTTT AGACTTTTT----------- -------AAAAACATAGTCT AGGTTTTACCAATTTTT--- ---ATTAATAGATCTCA--T
GIRAFFIDAE AAATATCATTTGGC-AGTTT AGACTTTTT----------- -------AAAAACATAGTCT AGGXTTTACCTATTTTT--- ---ATTAATAGATCTCA--T
TRAGULIDAE AAATATCATTTGGC-AGTTT AGAGTTTTTTTT-------- -----AAAAAAACATACTCT AGGTGTT------------- ------AAGAGATACTA--T
DELPHINOID AAATATCATTTGGC-AGTTT AGACTTTTTTTTTTX----- ---------AAATGAAGTCT AGGTTTTACCTATTTTG--- ---ATTAGTAGATCTTA--T
PHYSETERID AAATATCATTTGGC-AGTTT AGACTTTTTTTTTTT----- ----------AATGTAGTCT AGGTTTTACCTATTTTG--- ---ATTAGGAGATCTTA--T
ZIPHIIDAE  AAATATCATTTGGC-AGTTT AGACATTTTTTTX------- ---------AAAGGTAGTCT AGATTTTACCTATTTTG--- ---ATTAGTAGATCTTA--T
MYSTICETI  AAATACCATTTGGC-AGTTT AGACTTTTTTTT-------- -------AAAAACGTAGTCT AGGTTTTACCTATTTTG--- ---ATTAGTAGATCTTA--T
HIPPOPOTA  AAATATCATTTGGC-AGTTT AGACTTTTTTTTTTTX---- ---------AAACATAATCT AGGTTTTACCTGTTTTT--- ---GTTAGTGGATCTTA--T
SUIDAE     AAATACCGTGTGGCCCATTT AGACTTTTTTT--------- -------AAAAGCATAGTCT AGGTTTTGTCTATTTTTTT- --AAACAGTAGATTTCA--G
TAYASSUID  GAACAGCATCTGGCCCGTTT AGACTTTTTTTTTTTTTX-- ---------AAGCATAGTCC AGGTTTTATCTATTTTTT-- --CAAGAGTAGATTTTA--G
CAMELIDAE  AAAGACCATTTGGC-ATTTT AGACATT-----------AA AAAAAAAAACGAAACAGTCC ATGTTTTATCTATTTTTTTT TXAACTGGTGGATTTTA--T
OUTGROUP   AAATATCATTTGGC-ATTTT AAACCCTTTTTTT------- ----------AACATAGTCT ACAGTTTAGCTATTTTT--- ---ATTAATAGATTTTAAAT

BOVIDAE    -------------CAGGATT TTTTAA-TCACACT------ GTTGTATTTTCAG
CERVIDAE   GTAGCTTTTT-ATCAGAA-T TTTTAA-TCACACTATT--- GTTGTATTTTCAG
GIRAFFIDAE GTAGCTTTTT-ATCAGGA-T TTTAAA-TCACACTATT--- GTTGTATTTTCAG
TRAGULIDAE GTGGCTTTTA-ATTGGGA-T TTAAAAATCATACTATT--- ---GTATTTTCAG
DELPHINOID GTAGCTTTTT-TTCAGGA-T TTTAAA-GCACTCTATT--- ATTGTATTTTCAG
PHYSETERID GTAGCTTTTT-ATCAGGA-T TTTAAA-GCACTCTATT--- ATTGTATTTTCAG
ZIPHIIDAE  GTAGCTTTTT-ATCAGGA-T TTTAAA-GCACTCTATT--- ATTGTATTTTCAG
MYSTICETI  GTAGCTTTTT-ATCAGGA-T TTTTAA-TCACTCTATT--- ATTGTATTTTCAG
HIPPOPOTA  GTAGCTTTTT-ATCAGXA-T TTTTAA-TCACTCTATT--- GTTTTATTTTCAG
SUIDAE     GTAGCTTTTTATGAAAAA-G TTTAA--TCACTGTATTAAA ATTATATTTTCAG
TAYASSUID  GTAGCTTTTTACGAAAAA-A TTTAA--GCACGGTATTAAA ATTACATTTTCAG
CAMELIDAE  GTAGCTTTTT-GTCAAGA-X TTTAAA-TCACTCTGTT--- GTTGTACTTTCAG
OUTGROUP   GTAGCTTTT--ATCAAGA-T TTCTAA-TCACTGTATT--- GTTGTATTTTCAG

BOVIDAE    GTGAGACTCTAACTGCCAC TGACTGAGAGAG-TCATCTA TGAAGTGCTTTTGCXGTTAT
CERVIDAE   GTGAGAATCTAACCCCCAC TGCCTGAGAAAG-TCATCTA TGAAGTTCTTTTGCTGTTAT
GIRAFFIDAE GTGAGAATCTAACTGCCAC TGACTGAGAAAG-TCATCTA TGAAGTTCTTCTGCTGTTAT
TRAGULIDAE GTGAGAATCTAACCACCAC TGACTGAGAAAG-TCATCTA TGAAGTTCTCTTGTTG---T
DELPHINOID GTGAGAATCTAACCACCAC TGACTGAGAACT-TCATCTG TGAAGTTCTTTTGCTGTAAT
PHYSETERID GTGAGAATCTAACCACCAC TGACTGAGAACT-TCAACTG TGAAGTTCTTTTGCTGTTAT
ZIPHIIDAE  GTGAGAATCTAACCACCAC TGACTGAGAACT-TCATCTG TGAAGTTCXTTTGCTGTTAT
MYSTICETI  GTGAGAATCTAACCACCAC TGACTGAGAACT-TCATCTG TGAAGTTCTTTTGCTGTTAT
HIPPOPOTA  GTGAGAATCTCAC-ACTGC TGATTGAGAACT-TCATGTG TGAAGTTCTTTTGCTGTTAT
SUIDAE     GTGAGAATCTGACCAGCGC TGCCTGAGAAAA-TCATCTG TGGGGTTCTTTTGCTGTTGT
TAYASSUID  GTGAGAATCTGACCAGCAA TGCCTGAGAAAAATCATCTG GGAGTTTCTTTTGCTGCTGT
CAMELIDAE  GTGAGATTCTAACCACCCC CGACTGGGAAAA-TCATCTG XGAAGTTCTTTTGCTGTGGT
OUTGROUP   GTGAGAAACTGAATACCAC TGACTGAGAAAA-TAATTTG TGAAGTTCTTTTXCTGTTGT

BOVIDAE    TTTAGTGGTTCTGTTTGCTT ATGTAT--TTTXATATCTCT GATCCCATATTACAG
CERVIDAE   TTCAGTGGTTCTGTTTGCTT ATGTAT--TTTTATATCTCT GATCCCATATTACAG
GIRAFFIDAE TTTAGTGGTTCTGTTTGCTT ATGTAT--TTTTATATCTCT GATCCCGTATTACAG
TRAGULIDAE TTTAGTGGTTCTATTTACTT ATGCATTTTTTTATGTCTCT GACCCCACATTACAG
DELPHINOID TTCAGTGGTTCTGTTTGTTC ATGTAT--TTTTATGTCTCT GATCCCATGTTACAG
PHYSETERID TTCAGTGGTTCTGTTTGTTT ATGTAT--TTTTATGTCTTT GATCCCATGTTACAG
ZIPHIIDAE  TTCAGTGGTTCTGTTTGTTT ACGTAT--TTTTATGTCTCT GATCCCATGTTACAG
MYSTICETI  TTCAGTGGTTCTGTTTGTTT ACGTAT--TTTTATGTCTCT GATCCCATGTTACAG
HIPPOPOTA  TTCXGTGGTTCTGTTTGCTT ACGTAT--TTTTATGTCTCT GACCCCATATTACAG
SUIDAE     TGTAGTGGTTTTGTTGGCTT GAGTXT-TTTTTATGXCTCT GACCCCATCTTATAG
TAYASSUID  TGTAGTGGTTCCCTTGACTT GAGTGT-TCTTTATGTCTCT GATCCCCTGTTACAG
CAMELIDAE  TTTAGCAGTTCTGTTTGCTT AAGTAT--TTTTATATCTCT GACCCCATATTACAG
OUTGROUP   GTTAGTGGTTCTATTTGCCT AAGTAA--TTTTATGTCTTT CACCCCATATTACAG

[CYTB]
BOVIDAE    ATGACTAACATTCGAAAGTC CCACCCACTAATAAAAATTG TAAACAATGCATTCATCGAC CTTCCAGCCCCATCAAACAT TTCATCATGATGAAATTTCG
CERVIDAE   ATGACCAACATCCGAAAAAC CCACCCACTCATAAAAATTG TAAACAACGCATTCATTGAT CTTCCTGCCCCATCAAACAT CTCGTCATGATGAAACTTCG
GIRAFFIDAE ATGATCAACATCCGAAAGTC CCACCCACTAATAAAAATTG TAAATAACGCACTAATCGAT CTACCAGCCCCATCAAATAT CTCATCATGATGAAACTTCG
TRAGULIDAE ATGATCAATATCCGAAAATC ACACCCACTAATAAAAATTG TCAACAATGCATTTATTGAC CTCCCAGCCCCATCAAACAT CTCTTCATGGTGAAACTTCG
DELPHINOID ATGACCAACATCCGAAAAAC ACACCCGCTAATAAAAATTC TTAACAACGCATTCATCGAT CTCCCTACTCCCTCGAATAT TTCTTCATGATGAAACTTTG
PHYSETERID ATGACCAACATCCGAAAATC ACACCCATTAATAAAAATCA TTAACAATGCATTCATCGAC CTCCCTACCCCATCAAACAT TTCCTCATGATGAAACTTCG
ZIPHIIDAE  ATGATCAACATTCGAAAAAC ACACCCACTAATAAAAATCA TCAATAATGCATTCATTGAT CTTCCCACTCCATCAAACAT CTCCTCATGATGAAACTTCG
MYSTICETI  ATGACCAACATCCGAAAAAC ACACCCACTAATAAAAATCG TCAACGACGCATTCGTCGAT CTCCCCACCCCATCAAATAT CTCTTCATGATGGAACTTCG
HIPPOPOTA  ATGACAAACATCCGAAAATC TCACCCCTTAATAAAAATTA TCAACGATGCATTCGTTGAC CTCCCAGCTCCATCAAACAT CTCATCGTGATGAAACTTCG
SUIDAE     ATGACCAACATCCGAAAATC ACACCCACTAATAAAAATTA TCAACAACGCATTCATTGAC CTCCCAGCCCCCTCAAACAT CTCATCATGATGAAACTTCG
TAYASSUID  ATGACCAATATCCGAAAATC CCACCCACTAATAAAAATTA TTAACAACACATTCATCGAC TTACCAACCCCATCAAATAT TTCATCATGATGAAACTTCG
CAMELIDAE  ATGACAAACATCCGAAAATC ACACCCACTTCTAAAAATTA TAAACGACGCATTCATTGAC CTTCCAGCCCCCTCCAATAT TTCATCATGATGAAACTTCG
OUTGROUP   ATGACTAACATCCGTAAATC CCACCCACTAATCAAAATTA TCAATCACTCATTCATCGAC CTACCCACCCCATCAAACAT TTCAGCCTGATGAAATTTTG

BOVIDAE    GTTCCCTCCTGGGAATCTGC CTAATCCTACAAATCCTCAC AGGCCTATTCCTAGCAATAC ACTACACATCCGACACAACA ACAGCATTCTCCTCTGTTAC
CERVIDAE   GCTCTCTGCTAGGAATTTGC TTAATTCTACAAATTCTTAC CGGACTATTTCTAGCAATAC ACTATACATCCGACACAATA ACAGCATTTTCTTCTGTCAC
GIRAFFIDAE GCTCCCTACTAGGCATCTGC CTCATTTTACAAATTCTAAC AGGCCTATTTCTAGCAATAC ACTACACACCTGACACAACA ACAGCGTTCTCCTCTGTCAC
TRAGULIDAE GCTCCCTGTTAGGCATCTGC CTCATCCTTCAAATCCTAAC AGGCCTATTCCTGGCAATGC ACTACACATCAGACACATCC ACAGCCTTCTCCTCAGTAAC
DELPHINOID GCTCCCTACTAGGCCTCTGC TTAATTATACAAATCTTAAC AGGCTTATTCCTAGCAATAC ACTACACACCAGACACCTCA ACTGCCTTTTCATCAGTCGC
PHYSETERID GCTCCCTACTTGGACTCTGC CTGATCATACAAATCCTAAC AGGCCTATTCCTAGCAATAC ACTACACACCAGACACAACA ACCGCTTTCTCATCAATCAC
ZIPHIIDAE  GCTCCTTACTCGGCCTCTGC CTCATCATACAAATTCTCAC AGGCCTGTTCTTAGCAATGC ACTATACACCAGACACAACA ACAGCCTTCTCATCCGTTGC
MYSTICETI  GCTCCCTACTCGGCCTCTGC TTAATTATACAAATCCTAAC AGGCCTATTCCTAGCAATAC ACTACACACCAGACACAACA ACCGCCTTCTCATCAGTCAC
HIPPOPOTA  GCTCCCTACTTGGCGTCTGC CTAATCCTACAAATTCTAAC AGGCCTATTCCTGGCCATAC ACTACACACCAGATACACTC ACCGCATTCTCATCGGTAAC
SUIDAE     GTTCCCTCTTAGGCATCTGC CTAATCTTGCAAATCCTAAC AGGCCTGTTCTTAGCAATAC ATTACACATCAGACACAACA ACAGCTTTCTCATCAGTTAC
TAYASSUID  GATCCCTCCTGGGCATCTGC CTGCTACTACAGATCCTAAC AGGCCTATTCCTAGCCATAC ACTACACACCAGACACAACT ACCGCCTTTTCATCAGTAAC
CAMELIDAE  GCTCTCTACTAGGAGTTTGC TTAATTATACAAATCCTGAC AGGACTATTCCTGGCAATAC ATTATACATCCGACACAACA ACAGCCTTCTCTTCAGTCGC
OUTGROUP   GCTCTCTACTAGGAATCTGC CTAATCCTACAAATCCTAAC CGGACTATTTCTTGCTATAC ATTATACACCAGACACAACA ACTGCCTTCTCATCCGTTGC

BOVIDAE    CCATATCTGCCGAGACGTGA ACTACGGCTGAATCATCCGA TACATACACGCAAACGGAGC TTCAATGTTTTTTATCTGCT TATATATGCACGTAGGACGA
CERVIDAE   CCATATCTGCCGAGACGTCA ACTATGGCTGAATCATTCGA TATATACATGCCAATGGAGC ATCCATATTCTTCATCTGCC TATTTATACATGTGGGACGA
GIRAFFIDAE CCATATTTGCCGAGATGTTA ACTACGGTTGAATCATCCGA TATATACACGCAAATGGGGC ATCCATATTCTTCATCTGCT TATTCATGCATGTAGGACGG
TRAGULIDAE CCACATCTGTCGAGACGTGA ATTATGGATGAATTATCCGT TATATACACGCAAATGGAGC CTCCATATTCTTTATTTGCC TATACATGCATGTAGGACGA
DELPHINOID ACATATCTGTCGAGACGTTA ACTACGGCTGAATTATTCGA TACTTACATGCAAACGGAGC CTCCATATTCTTTATTTGCC TCTACACCCATATCGGACGC
PHYSETERID ACACATTTGCCGAGACGTCA ATTACGGCTGGACCATCCGA TACCTACATGCAAACGGAGC TTCCATATTTTTCATTTGCC TTTACACTCACATGGGCCGT
ZIPHIIDAE  ACACATTTGCCGAGACGTCA ACTATGGCTGAATCATTCGA TACCTACACGCAAACGGGGC CTCCATATTCTTTATCTGCC TTTACGCCCATATCGGACGT
MYSTICETI  ACACATCTGCCGAGACGTGA ATTACGGCTGAATTATCCGA TACCTACATGCAAATGGGGC TTCTATATTCTTCATCTGCC TCTACGCTCACATAGGACGA
HIPPOPOTA  CCACATCTGCCGTGATGTAA ACTACGGGTGAGTCATCCGC TACATACACGCAAACGGCGC ATCCATCTTCTTCATCTGCC TCTTTACTCACGTAGGACGC
SUIDAE     ACACATTTGTCGAGACGTAA ATTACGGATGAGTTATTCGC TATCTACATGCAAACGGAGC ATCCATATTCTTTATTTGCC TATTCATCCACGTAGGCCGA
TAYASSUID  CCACATCTGTCGAGACGTAA ACTACGGATGAATTATCCGC TACCTACATGCAAACGGAGC ATCCATATTCTTTATCTGCC TCTTTATTCACGTAGGCCGA
CAMELIDAE  ACACATCTGCCGAGATGTTA ACTACGGCTGAATCATTCGA TATTTACATGCTAACGGAGC TTCCATATTCTTCATTTGCT TATATATTCACGTGGGTCGC
OUTGROUP   CCACATCTGTCGAGAGGTAA ACTACGGCTGAATTATCCGC TACCTACATGCAAACGGAGC ATCCATATTTTTTATCTGCC TATTCATCCACATAGGACGC

BOVIDAE    GGCTTATATTACGGGTCTTA CACTTTTCTAGAAACATGAA ATATTGGAGTAATCCTTCTG CTCACAGTAATAGCCACAGC ATTTATAGGATACGTCCTAC
CERVIDAE   GGACTGTACTACGGATCATA CACTTTCCTAGAAACATGAA ATATTGGAGTAATTCTCCTA TTCACAGTTATAGCTACAGC ATTTGTAGGGTACGTCCTAC
GIRAFFIDAE GGCCTATACTACGGATCGTA TACCTTCCTAGAAACATGAA ACATTGGAGTAATCCTCCTA TTCACAGTAATAGCCACAGC TTTTATAGAGTACGTCCTAC
TRAGULIDAE GGCTTATACTACGGATCCTA CACCTTCCTAGAAACGTGAA ACATTGGAGTAATCCTCCTA CTTACAGTGATAGCCACAGC ATTCATAGGATATGTACTAC
DELPHINOID AGCCTATACTACGGTTCCCA CACATCTCAAGAAACATGAA ATATTGGTGTACTTCTCCTA CTAATAGTTATAGCCACTGC ATTCGTAGGCTATGTCCTAC
PHYSETERID GGCTGGTACTACGGCTCCTA CATCTTCCAAGAAACATGAA ACGTTGGAATGATACTCCTA ATCACAGTAATAGCCACCGC ATTCGTAGGTTACGTACTGC
ZIPHIIDAE  GGACTATATTACGGCTCCTA TATCTTTCAAGAAACATGAA ACATCGGAGTAATCCTACTC CTTGCAGTTATAGCCACCGC ATTTGTGGGCTATGTCCTAC
MYSTICETI  GGCCTATACTACGGCTCCTA CGCCTTCCGAGAAACATGAA ATATTGGAGTTATTCTACTA TTCACAGTTATAGCCACCGC ATTCGTAGGCTACGTCCTGC
HIPPOPOTA  GGCCTATACTATGGCTCCTA CACATTCCTAGAAACCTGAA ACATCGGAGTTATCTTACTA CTCACAACCATAGCTACCGC GTTTATAGGCTACGTACTGC
SUIDAE     GGTCTATACTACGGATCCTA TATATTCCTAGAAACATGAA ACATTGGAGTAGTCCTACTA TTTACCGTTATAGCAACAGC CTTCATAGGCTACGTCCTGC
TAYASSUID  GGACTATACTATGGGTCCTA CCTATTTCTAGAAACATGAA ATATCGGAGTCATTCTCCTA CTAACAGTAATAGCAACAGC CTTTATAGGATACGTCCTAC
CAMELIDAE  GGGCTTTATTACGGCTCGTA TACCTTTTCAGAAACCTGAA ACGTTGGAATGGTTTTATTG TTCACAGTAATAGCAACAGC TTTCATGGGCTACGTCCTTC
OUTGROUP   GGCCTCTATTACGGATCCTA CACCTTCCTAAAAACCTGAA ACATCGGAGTTATTCTACTA CTCACAGTAATAGCCACAGC ATTCATAGGCTATGTCCTAC

BOVIDAE    CATGAGGACAAATATCATTC TGAGGAGCAACAGTCATCAC CAACCTCTTATCAGCAATCC CATACATCGGCACAAATTTA GTCGAATGAATCTGAGGCGG
CERVIDAE   CATGAGGACAAATATCATTC TGAGGGGCAACAGTCATCAC AAATCTCCTCTCAGCAATCC CATATATCGGCACAAATCTA GTCGAATGAATCTGAGGAGG
GIRAFFIDAE CATGAGGACAAATATCATTT TGAGGAGCAACAGTCATTAC TAATCTCCTATCAGCAATCC CATATATCGGCACAAATCTA GTCGAATGAATCTGAGGGGG
TRAGULIDAE CCTGAGGGCAAATATCTTTT TGAGGAGCTACAGTCATCAC TAACCTTCTTTCAGCAATCC CCTATATCGGCACCGAACTA GTTGAATGAATCTGAGGCGG
DELPHINOID CCTGAGGACAAATATCATTC TGAGGCGCAACCGTCATTAC CAATCTCCTATCAGCAATCC CTTACATCGGTAACACCTTA GTAGAATGAATCTGAGGTGG
PHYSETERID CCTGAGGACAAATATCATTC TGAGCCGCAACCGTTATCAC AAACCTTCTATCAGCAATTC CCTATATCGGCACCACCCTA GTAGAGTGAGTTTGAGGCGG
ZIPHIIDAE  CTTGAGGACAAATATCATTC TGAGGTGCAACCGTCATCAC AAACCTCTTATCCGCTATCC CCTATATCGGCACTACTCTA GTCGAATGAATCTGAGGTGG
MYSTICETI  CCTGAGGACAAATATCATTC TGAGGCGCAACTGTAATCAC TAACCTCCTATCAGCAATCC CATACATTGGTACCACCCTA GTCGAATGAATCTGAGGCGG
HIPPOPOTA  CATGAGGACAAATGTCATTT TGAGGGGCAACAGTGATTAC CAATCTCCTGTCAGCTATCC CCTATATTGGAACAGACCTA GTAGAATGAATCTGAGGAGG
SUIDAE     CCTGAGGACAAATATCATTC TGAGGAGCTACGGTCATCAC AAATCTACTATCAGCTATCC CTTATATCGGAACAGACCTC GTAGAATGAATCTGAGGGGG
TAYASSUID  CATGAGGACAAATATCTTTT TGAGCAGCTACAGTCATCAC CAACCTCCTATCAGCCATCC CATACATTGGTACCGATCTG GTAGAATGAATTTGAGGGGG
CAMELIDAE  CATGAGGACAGATATCATTC TGAGGAGCAACAGTAATTAC TAATTTGCTCTCAGCAATCC CCTATATCGGCACAACACTA GTAGAATGGATTTGAGGTGG
OUTGROUP   CATGAGGCCAAATATCCTTT TGAGGAGCAACAGTCATTAC AAACCTACTCTCAGCTATCC CGTATATCGGCACAACTCTC GTAGAATGAATCTGAGGAGG

BOVIDAE    ATTCTCAGTAGACAAAGCAA CCCTTACCCGATTCTTCGCT TTCCATTTTATCCTTCCATT TATCATCATAGCAATTGCCA TAGTCCACCTACTATTCCTC
CERVIDAE   CTTTTCCGTAGACAAAGCAA CCCTAACTCGATTCTTCGCT TTCCACTTTATCCTCCCATT TATCATCGCAGCACTTGCTA TAGTCCATTTACTCTTCCTC
GIRAFFIDAE CTTCTCAGTAGATAAAGCAA CCCTTACCCGATTCTTCGCC TTCCACTTCATTCTCCCATT CATCATTATAGCACTCACTA TAGTCCACCTACTCTTTCTT
TRAGULIDAE GTTCTCAGTAGACAAAGCAA CCCTTACACGATTTTTTGCC TTCCACTTCATCCTCCCATT TGTCATTACAGCCCTAGCCC TAGTCCATCTTTTATTTCTC
DELPHINOID GTTCTCCGTAGACAAAGCAA CACTAACACGCTTCTTCACC TTCCACTTTATCCTCCCATT CATCATTACAGCGCTAGTAG CCGTCCATTTATTATTCCTA
PHYSETERID TTTCTCCGTAGATAAGGCAA CACTGACACGCTTCTTCACT CTCCACTTCATCCTCCCCTT TATCACCCTAACACTAACAA TAGTACATCTCCTATTTCTC
ZIPHIIDAE  TTTTTCAGTAGATAAAGCCA CACTAACACGCTTCTTTGCC TTCCATTTCATCCTTCCATT TATTATTTTAGCCCTAGCAG CCGTCCACTTACTATTTCTC
MYSTICETI  TTTCTCTGTAGATAAAGCAA CACTAACACGCTTTTTTGCC TTTCACTTTATCCTCCCCTT CATCATCCTAGCATTAGCAA TTGTCCACCTTATTTTCCTT
HIPPOPOTA  CTTTTCCGTAGACAAAGCCA CCCTTACACGATTCTTCGCC TTCCACTTTATTCTCCCATT CATTATCACAGCACTAGCCA TCGTCCATCTACTATTCCTC
SUIDAE     CTTTTCCGTCGACAAAGCAA CCCTCACACGATTCTTCGCC TTCCACTTTATCCTGCCATT CATCATTACCGCCCTCGCAG CCGTACATCTCATATTCCTG
TAYASSUID  ATTCTCAGTAGATAAAGCTA CCCTCACACGATTCTTCGCC TTCCACTTCATCCTCCCATT TATCATCACCGCCCTAGTAA TCGTACATTTACTCTTTCTT
CAMELIDAE  TTTCTCCGTAGATAAAGCCA CCCTCACACGATTCTTCGCC TTCCATTTCATCCTACCATT CATTATCACGGCTCTAGTGG CCGTACACCTACTATTTCTA
OUTGROUP   GTTCTCCGTCGACAAAGCCA CACTTACACGATTCTTCGCT TTCCACTTTATTCTCCCCTT TATCATCTCAGCCCTAGCAA TCACCCACCTATTATTCCTA

BOVIDAE    CACGAAACAGGCTCCAACAA CCCAACAGGAATTTCCTCAG ACGTAGACAAAATCCCATTC CACCCCTACTATACCATTAA GGACATCTTAGGGGCCCTCT
CERVIDAE   CACGAAACAGGATCTAATAA TCCAACGGGAATCCCATCAG ACGCAGACAAAATCCCATTC CACCCCTACTACACTATTAA AGATATCCTAGGAGCCCTAC
GIRAFFIDAE CACGAAACAGGATCAAACAA CCCAATAGGAATTCCATCAG ACATAGACAAAATCCCGTTC CACCCCTACTACACTATCAA AGATATCTTAGGGGCACTTC
TRAGULIDAE CACGAGACAGGATCAAATAA CCCCACAGGAATCCCCTCAG ACGCAGACAAGATCCCCTTC CACCCATACTACACCATCAA AGATGTCCTAGGGGCTCTAG
DELPHINOID CACGAAACAGGATCCAACAA CCCCACAGGAATCCCATCCA ACATGGATACAATCCCATTC CACCCCTACTACACAATCAA AGACATCCTAGGTGCTTTAC
PHYSETERID CATGAAACAGGATCCAACAA CCCCACAGGAATTCCCTCCA ACATAGACAAAATCCCATTC CACCCCTACCACACAATCAA AGACACCATAGGTGCCCTAC
ZIPHIIDAE  CACGAAACAGGATCTAATAA CCCCACAGGAATCCCATCCG ATATAGACAAAATCCCATTC CACCCTTATTACACAATCAA AGACATCCTAGGAGCCCTAC
MYSTICETI  CACGAAACAGGATCCAACAA CCCCACAGGCATCCCATCCG ACATAGATAAAATCCCATTC CACCCCTACCACACAATTAA AGACATTCTAGGTGCCCTAT
HIPPOPOTA  CATGAAACAGGATCCAACAA ACCAACAGGAATCCCCTCAA ACGCAGACAAAATCCCATTC CACCCCTATTACACAATCAA GGACATCCTAGGTATCCTAC
SUIDAE     CACGAAACCGGATCCAACAA CCCTACCGGAATCTCATCAG ACATAGACAAAATTCCATTT CACCCATACTACACTATTAA AGACATTCTAGGAGCCTTAT
TAYASSUID  CACGAAACAGGATCAAACAA CCCCACAGGAATCCCATCCA ACATAGACAAAATTCCATTC CACCCATACTATACAATTAA AGACATTCTAGGAGCCACAC
CAMELIDAE  CACGAAACAGGTTCTAATAA CCCAACAGGAATTTCCTCAG ACATAGATAAAATCCCATTC CATCCCTATTACACGATTAA AGATATCCTAGGAGCACTAC
OUTGROUP   CACGAAACAGGATCCAACAA CCCATCAGGAATCCCATCCA ATATAGACAAAATTCCATTC CACCCATACTACACAATCAA AGATATCCTAGGAATCCTAC

BOVIDAE    TACTAATTCTAGCTCTAATA CTACTAGTACTATTCGCACC CGACCTCCTCGGAGACCCAG ATAACTACACCCCAGCCAAT CCACTCAACACACCCCCTCA
CERVIDAE   TTCTAACTCTCTTCCTAATA CTATTAGTACTATTCGCACC AGACCTACTCGGAGACCCAG ATAATTATACTCCAGCAAAC CCACTCAATACCCCTCCTCA
GIRAFFIDAE TATTAATTCTAGTCCTAATA CTTCTAGTCCTATTTACACC CGACCTGCTCGGAGACCCAG ATAACTACACACCAGCCAAC CCACTCAATACTCCTCCCCA
TRAGULIDAE TCCTAATACTAGTCCTTCTA TTACTAGTCCTATTTTCACC GGACTTGTTGGGAGACCCCG ACAATTACACTCCGGCAAAC CCCCTCAACACACCACCTCA
DELPHINOID TACTAATCCTAACCCTATTA ACAGTAACCCTATTCACACC TGACCTCCTAGGAGACCCAG ACAATTACACCCCAGCAAAC CCACTAAACACCCCGGCACA
PHYSETERID TACTAATCCTATCCCTACTT ACACTAACCCTGTTCGCACC CGACCTGCTAGGAGATCCCG ACAACTACACCCCAGCAAAT CCACTAAATACCCCAACACA
ZIPHIIDAE  TATTAATCGTAATTCTACTC GCACTAACCCTATTCGCACC CGACCTGCTAGGAGACCCCG ATAACTATACCCCAGCAAAT CCACTCAGCACCCCAGCACA
MYSTICETI  TACTAATCCTAATCCTACTA ATACTAACCCTATTCGCACC CGACCTACTTGGAGACCCAG ACAACTATACCCCAGCAAAC CCACTCAGTACCCCAGCACA
HIPPOPOTA  TCCTAATAACAACACTACTC ACACTAACCTTATTCACCCC AGACCTCCTAGGGGACCCAG ACAACTACACCCCCGCAAAC CCCCTTAGCACACCTCCACA
SUIDAE     TTATAATACTAATCCTACTA ATCCTTGTACTATTCTCACC AGACCTACTAGGAGACCCAG ACAACTACACCCCAGCAAAC CCACTAAACACCCCACCCCA
TAYASSUID  TCATAATCCTAATCCTACTA CTACTAGTACTATTCTCACC AGACCTCCTAGGAGACCCGG ACAACTACACCCCAGCAAAC CCACTAAACACACCTTCACA
CAMELIDAE  TACTGATGCTAGCCCTACTT ATCCTCGTATTATTCTCACC AGACTTATTAGGAGACCCTG ACAACTACACTCCCGCCAAC CCCCTCAATACACCACCACA
OUTGROUP   TCCTAATCCTAACACTACTC ACCCTAGTCCTATTCTCACC CCACCATCTAGGAGACCCTG ACAACTACACCCCCGCCACC CCTCTCAATACCCCTCCACA

BOVIDAE    CATCAAACCCGAGTGATACT TCTTATTTGCATACGCAATC TTACGATCAATCCCCAACAA ACTAGGAGGAGTACTAGCCC TAGCCTTCTCTATCCTAATT
CERVIDAE   CATCAAACCTGAATGCTACT TCTTGTTTGCATACGCAATT CTACGATCAATTCCAAATAA ACTAGGAGGAGTGTTAGCCC TAGTCCTCTCCATCCTAATC
GIRAFFIDAE TATTAAACCAGAATGATACT TTCTATTTGCATACGCAATC CTACGATCAATCCCCAACAA ACTAGGAGGAGTCCTAGCCC TAGTTCTCTCCATCCTCATC
TRAGULIDAE TATTAAGCCAGAGTGGTATT TCCTATTCGCATACGCAATC CTACGATCAATCCCCAATAA ATTAGGAGGGGTACTAGCAC TCATTGCATCTATCCTAATT
DELPHINOID CATCAAACCAGAATGGTACT TCCTATTTGCATACGCAATC CTACGATCAATCCCCAACAA ACTAGGAGGAGTACTAGCCC TACTACTCTCTATTCTCATC
PHYSETERID CATCAAACCAGAATGGTATT TCCTATTCGCGTACGCCATC CTACGATCTGTCCCCAATAA ACTAGGAGGCGTCTTAGCCC TACTACTCTCCATCCTAATC
ZIPHIIDAE  CATTAAGCCAGAATGATACT TCCTATTCGCATACGCAATC CTACGATCAATTCCCAATAA ACTAGGAGGCGTATTAGCCC TACTCCTTTCAATCCTTGTC
MYSTICETI  CATTAAACCAGAATGGTATT TTCTATTCGCATACGCAATC CTACGATCAATCCCCAACAA ACTAGGCGGAGTCTTAGCCC TACTACTCTCAATCCTAATC
HIPPOPOTA  CATTAAACCAGAATGATATT TCCTGTTCGCGTACGCAATT CTCCGATCAATCCCCAACAA ACTAGGAGGCGTCCTAGCCC TAGCTCTCTCAATCCTAATC
SUIDAE     TATTAAACCAGAATGATATT TCTTATTCGCCTACGCTATT CTACGTTCAATTCCTAATAA ACTAGGTGGAGTGTTGGCCC TAGTAGCCTCCATCCTAATC
TAYASSUID  CATTAAACCAGAATGATACT TCCTATTTGCCTACGCAATC CTACGCTCAATCCCAAATAA ACTAGGAGGAGTGCTAGCCC TAGCCCTCTCAATCCTAATC
CAMELIDAE  TATCAAGCCGGAATGATATT TCCTGTTCGCATACGCTATT CTACGATCAATCCCCAACAA ATTAGGAGGCGTACTGGCCT TAGTCCTCTCCATCTTAATC
OUTGROUP   TATCAAACCAGAGTGATATT TCTTATTTGCCTATGCAATC CTACGATCCGTCCCTAACAA ACTAGGCGGAGTACTAGCCC TAGCACTTTCCATCCTAATC

BOVIDAE    CTTGCTCTAATCCCCCTACT ACACACCTCCAAACAACGAA GCATAATATTCCGACCACTC AGCCAATGCCTATTCTGAGC CCTAGTAGCAGACCTACTGA
CERVIDAE   CTCGTCCTTATACCCCTACT TCACACATCCAAACAACGAA GTATAATATTCCGACCATTC AGCCAATGCCTGTTTTGAAT TTTAGTAGCGCACCTACTAA
GIRAFFIDAE CTCATCTTCATACCCCTACT CCACACATCCAAACAACGAA GTATGATATTTCGACCATTC AGTCAATGCCTATTTTGAAT TCTAGTAGCGGACCTGCTAA
TRAGULIDAE TTACAGCTTATACCCCTGCT CCACACATCCAAGCAACGAA GCATGATATTTCGACCAATC AGCCAATGCTTATTCTGACT TCTAGCAGCCGACCTACTCA
DELPHINOID CTATTATTCATTCCAATACT CCAAACATCCAAACAACGAA GCATAATATTCCGACCCCTC AGCCAACTCCTATTCTGAAC TTTAATTGCAGATTTCCTAA
PHYSETERID CTAGTATTCATCCCAATACT TCATACAGCCAAACAACGAA GCATAATATTCCGACCCTTC AGTCAATTCCTGTTCTGAAC ACTAATCATAGACCTACTAA
ZIPHIIDAE  CTACTGTTTATTCCCCTACT CCACACATCTAAACAACGAA GTATAATATTCCGACCCTTC AGTCAATTCCTCTTTTGATT ATTAGTCGCAGACTTCCTAA
MYSTICETI  CTAGCCTTCATCCCAATACT CCACACATCCAATCAACGAA GCATAATATTTCGACCCTTT AGCCAGTTCTTGTTCTGAGT CCTAGTCGCAGATCTACTAA
HIPPOPOTA  CTGGCCCTAATCCCAATACT ACACACATCCAAACAACGAA GCCTAATATTTCGACCCCTC AGCCAATGCCTGTTTTGAGC ACTAATCGCCGACCTACTAA
SUIDAE     CTAATTTTAATGCCCATACT GCACACATCCAAACAACGAG GCATAATATTTCGACCACTA AGTCAATGCCTATTCTGAAT ACTAGTAGCAGACCTCATTA
TAYASSUID  CTAGCCCTTGTGCCAGCACT ACACACCTCCAAACAACGAA GCATAATGTTCCGACCCCTC AGCCAACTCCTATTTTGAAT ACTAGTGGCAGACTTCCTCA
CAMELIDAE  CTAGCATTTATCCCCGCACT ACACACATCAAAACAACGAA GCATAACATTCCGTCCCATT AGTCAATGCCTGTTTTGAGT ACTAGTAGCTGATCTACTAA
OUTGROUP   CTAGCTCTTATCCCCATTCT CCACACATCCAAACAACGAA GCATAATATTCCGACCCCTA AGCCAATGTATGTTCTGACT ACTAGTAGCCGACTTACTCA

BOVIDAE    CACTCACATGAATTGGAGGA CAACCAGTCGAACACCCATA TATCACCATCGGACAACTAG CATCTGTCCTATACTTTCTC CTCATCCTAGTGCTAATACC
CERVIDAE   CACTCACATGAATTGGAGGC CAACCAGTTGAACACCCTTT CATCATCATTGGACAACTAG CATCAATCCTATACTTTCTC ATTATCCTAGTACTTATGCC
GIRAFFIDAE CACTCACATGAATTGGAGGA CAGCCAGTTGAACACCCATT CATCATCATCGGACAACTAG CATCTATTATGTACTTTCTC ATCATCCTAGTGTTAATACC
TRAGULIDAE CACTAACATGAATTGGAGGC CAACCTGTAGAACACCCCTA TGTCGTAATTGGGCAGCTTG CATCAATTTTATATTTCTCT ATCATTCTAGTTCTCATGCC
DELPHINOID TCCTAACATGAATCGGAGGC CAACCTGTAGAACACCCATA CATTACCGTAGGCCAACTAG CATCTATTTTATACTTCCTC CTGATCTTAGTACTAATACC
PHYSETERID CTCTAACATGAATCGGAGGC CAACCCGTGGAACACCCATA TGTAACTGTAGGCCAACTAG CCTCCATCCTATACTTTCTT TTAATCCTAATCCTAATACC
ZIPHIIDAE  CCCTAACATGGATCGGAGGC CAACCCGTAGAACACCCCTA CATGATCTTAGGCCAACTAG CATCTATCTTATACTTTCTC CTAATCCTAGTACTAATACC
MYSTICETI  CCCTAACATGGATCGGCGGC CAACCAGTAGAACACCCCTA CATAATTGTAGGCCAACTCG CATCCATCCTCTATTTCCTC TTAATTCTAGTATTAATACC
HIPPOPOTA  CACTCACATGAATTGGAGGA CAACCCGTCGAACACCCTTT CATCATCATCGGACAGTTGG CCTCAATCCTATATTTCCTC TTAATCTTAGTACTAATGCC
SUIDAE     CACTAACATGAATTGGAGGA CAACCCGTAGAACACCCGTT CATCATCATCGGCCAACTAG CCTCCATCTTATACTTCCTA ATCATTCTAGTATTGATACC
TAYASSUID  CACTGACATGAATCGGAAGC CAGCCCGTCGAACATCCATT CATCATCATTGGACAACTGG CATCCATCCTATATTTTCTC ATTATCCTTGTACTCATACC
CAMELIDAE  CCCTGACATGAATTGGGGGA CAACCAGTAGAACCCCCATT CATCATAATTGGCCAAGTGG CATCTATCCTGTACTTCTCC CTAATCCTAATTCTCATGCC
OUTGROUP   CACTTACATGAATCGGAGGA CAACCAGTCGAGCACCCATT CATCATTATTGGCCAACTAG CATCAATCCTATATTTCTCC CTAATCCTAGTACTTATACC

BOVIDAE    AACGGCCGGCACAATCGAAA ACAAATTACTAAAATGAAGA
CERVIDAE   AGTTACTAGCACAATCGAAA ACAACCTCTTAAAATGAAGA
GIRAFFIDAE AGTCACTAGTGCAATCCAAA ACAACCTTCTAAAATGAAGA
TRAGULIDAE AGTAGCAGGAGTAATTGAAA ACAAAATACTAAAATGAAGA
DELPHINOID AGTAGCTAGCCTCATTGAAA ACAAGCTCCTAAAATGAAGA
PHYSETERID AACAGCCAGTCTTATCGAGA ACAAGCTCTTAAAATGAAGA
ZIPHIIDAE  AATCGCTAGTCTCATCGAGA ATAAACTACTGAAATGAAGA
MYSTICETI  AGTAACTAGTCTTATCGAGA ACAAACTTATAAAATGAAGA
HIPPOPOTA  CGTAGCAGGCATTATCGAAA ACAAACTCCTAAAATGAAGA
SUIDAE     AATCACTAGCATCATCGAAA ACAACCTATTAAAATGAAGA
TAYASSUID  AGTAGCTAACATTATCGAAA ACAACCTCCTAAAATGAAGA
CAMELIDAE  CGTAGCAGGAATCATTGAAA ACCGTATCCTAAAATGAAGA
OUTGROUP   CCTTGCAGGCATTATCGAAA ACAACCTTCTGAAATGAAGA

[12S]
BOVIDAE    GCTTAGCCCTAAACACAGATAAT-TA-CATAAACAAAATTATTCGCCAGAGTACTACTAGCAACAGCTTAAAACTCAAAGGACTTGGCGGTGCTTTATAT
CERVIDAE   GCCTAGCCTTAAACACAAATAGT-TG-TGTAAACAAAACTATTCGCCAGAGTACTACCGGCAATAGCTTAAAACTCAAAGGACTTGGCGGTGCTTTACAC
GIRAFFIDAE GCTTAGCCTTAAACACAAATAAT-TA-TACAAACAAAATTATTCGCCAGAGTACTACTAGCAATAGCCTAAAACTCAAAGGACTTGGCGGTGCTTTATAT
TRAGULIDAE GCTTAGCCCTAAACATAAATAGC-TA-ATTAAACAAAACTATTCGCCAGAGAACTACTAGCCACAGCTTAAAACTCAAAGGACTTGGCGGTGCTTTATAC
DELPHINOID ??????TCGTAAACTTAAATAGT-CC--TAAAACAAGACTATTCGCCAGAGTACTATCGGCAACAGCCCAAAACTCAAAGGACTTGGCGGTGCTTCATAT
PHYSETERID ??????CCGTAAACCCAGGTAGT-CA--TAAAACAAGACTATTCGCCAGAGTACTACTAGCAACAGCCTAAAACTCAAAGGACTTGGCGGTGCTTCATAC
ZIPHIIDAE  ??????CCGTAAACCTAAACAGT-CA--CAAAACAAGACTGTTCGCCAGAGTACTACTAGCCATAGCCTAAAACTCAAGGGACTTGGCGGTGCTTCATAT
MYSTICETI  GCTTAGTCGTAAACCCCAATAGT-CA--CAAAACAAGACTATTCGCCAGAGTACTACTAGCAACAGCCTAAAACTCAAAGGACTTGGCGGTGCCTCATAC
HIPPOPOTA  GCTTAGCCCTAAACACAGATAATTCC--AAAAACAAAAXTATTCGCCAGAGTACTACTAGCAACAGCTTAAAACTCAAAGGACTTGGCGGTGCTXCATAC
SUIDAE     GCCTAGCCCTAAACCCAAATAGT-TA--CATAACAAAACTATTCGCCAGAGTACTACTCGCAACTGCCTAAAACTCAAAGGACTTGGCGXTGCTTCACAT
TAYASSUID  ??????CCCTAAACCTAAATAAT-CG--ACCAACAAGATTATTCGCCAGAGTACTACTAGCAACAGCCTAAAACTCAAAGGACTTGACGGTGCTTCATAT
CAMELIDAE  ??????CCTTAAACCTAAGTGAT-TA-TAACAACAAAATCACTCGCCAGAGTACTACTAGCAACAGCTTAAAACTCAAAGGACTTGGCGGTGCTTCATAC
OUTGROUP   GCTTAGCCCCAAACTCAAATAAT-TCTTCCCAACAAAATTATTCGCCAGAGTACTACTAGCAACAGCCTAAAACTCAAAGGACTTGGCGGTGCTTTATAT

BOVIDAE    CCTTCTAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGATAAACCCCGATAAACCTCACCAATTCTTGCTAATACAGTCTATATACCGCCATCTTCAGCAAACCCT-AAA
CERVIDAE   CCTTCTAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGATAAACCCCGATAAACCTCACCATTCCTTGCTAATACAGTCTATATACCGCCATCTTCAGCAAACCCT-AAA
GIRAFFIDAE CCCTCTAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGATAAACCCCGATAAACCTCACCAGTCCTTGCCAATACAGTCTATATACCGCCATCTTCAGCAAACCCT-AAA
TRAGULIDAE CCCCCTAGAGGAGCCTGTTCTGTGATCGATAAACCCCGATAAACCTCACCAACCCTTGCTAATTCAGCCTATATACCGCCATCTTCAGCAAACCCTAAAA
DELPHINOID CCTTCTAGAGGAGCCTGTTCTGTAAACGATAAACCACGATTAACCTCACCAATCCTTGCTACTTCAGTCTATATACCGCCATCTTCAGCAAACCCTAAAA
PHYSETERID CCCCCTAGAGGAGCCTGTTCTATAACCGATAAACCCCGATCAACCTCACCAACCCTTGCTACTTCAGTCTATATACCGCCATCTTCAGCAAACCCT-AAA
ZIPHIIDAE  CCCTCTAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGATAAACCCCGATCAACCTCACCAACCCTTGCTACTCCAGTCTATATACCGCCATCTCCAGCGAACCCT-AAA
MYSTICETI  CCATCTAGAGGAGCCTGTTCTGTAACCGATAAACCCCGATCAACCTCACCAACCCTTGCTACTTCAGTCTATATACCGCCATCTTCAGCAAACCCT-AAA
HIPPOPOTA  CCCTCTAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGATAAACCCCGATAAACCTCACCAACCCTTGCTAATCCAGTCTATATACCGCCATCTCCAGCAAACCCT-AAA
SUIDAE     CCACCTAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGATAAACCCCGATAGACCTTACCAACCCTTGCCAATTCAGCCTATATACCGCCATCTTCAGCAAACCCT-AAA
TAYASSUID  CCATCTAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGATAAACCCCGATAAACCTCACCAACCCTTGCCAAATCAGCCTATATACCGCCATCTTCAGCAAACCCT-AAA
CAMELIDAE  CCCC-TAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGATAAACCCCGATCAACCTCACCAACCCTTGCTAATTCAGTCTATATACCGCCATCTCCAGCAAACCCC-TAT
OUTGROUP   CCCCCTAGAGGAGCCTGTTCCATAACCGATAAACCCCGATAAACCTTACCAGCCCTTGCTAATTCAGCCTATATACCGCCATCTTCAGCCAACCCT-AAA

BOVIDAE    AAGGAAAAAAAGTAAGCGTAATTATG-ATACATAAAAACGTTAGGTCAAGGTGTAACCTATGAAATGGGAAGAAATGGGCTACATTCTCTACA-CCA-AG
CERVIDAE   AAGGTACAAAAGTAAGCACAATCATA-ATACATAAAAACGTTAGGTCAAGGTGTAACCTATGGAACGGAAAGAAATGGGCTACATTTTCTAAT-CTA-AG
GIRAFFIDAE AAGGAACAAAAGTAAGCGAAACCATA-CTACATAAAAACGTTAGGTCAAGGTGTAACCTATGGAATGGGAAGAAATGGGCTACATTTTCTACT-CTA-AG
TRAGULIDAE AAGGAACAAAAGTAAGCTTAACCATT-ATGCATAAAAACGTTAGGTCAAGGTGTAGCCAATGGGGTGGGAAGAAATGGGCTACATTTTCTACT-CAC-A-
DELPHINOID AAGGAACGAAAGTAAGCACAACTATT-GCACGTAAAAACGTTAGGTCAAGGTGTAACCTATGGATTGGGAAGAAATGGGCTACATTTTCTATA-ACA-AG
PHYSETERID AAGGAATGAAAGTAAGCATAACTATC-CTACGTAAAAACGTTAGGTCAAGGTGTAACCCATGGGATGGGAAGAAATGGGCTACATTTTCTACA-CCATAG
ZIPHIIDAE  AAGGAACGAAAGTAAGCATAATTACC-TTACATAAAAACGTTAGGTCAAGGTGTAACCTATGGGGTGGGAAGAAATGGGCTACATTTTCTACA-TCA-AG
MYSTICETI  G-GGAG-AAAAGTAAGCATAACCATC-CTACATAAAAACGTTAGGTCAAGGTGTAACCCATGGGTTGGGAAGTAATGGGCTACATTTTCTAAG-CTA-AG
HIPPOPOTA  AAGGACTAAAAGTAAGCTCAACTATT-ACACATAAAGACGTTAGGTCAAGGTGTAACCTATGGGCTGGGAAGAAATGGGCTACATTTTCTAGA-ACA-AG
SUIDAE     AAGGAACAATAGTAAGCACAAXCATA-GCACATAAAAACGTTAGGTCAAGGTGTAGCTTATGGGTTGGAAAGAAGTGGGCTACATTTTCTACA-T-A-AG
TAYASSUID  AAGGAACAACAGTAAGCACAACTATA-ATCTGTAAAAACGTTAGGTCAAGGTGTAGCCTATGGATTGGGAAGAAATGGGCTACATTTTCTATA-T-A-AG
CAMELIDAE  AGGGATCAATAGTAAGCTTAACTATTCAAACATAAAAACGTTAGGTCAAGGTGTAACCGATGGGATGGGAAGAAATGGGCTACATTTTCTTGTCCTA-AG
OUTGROUP   AAGGAACCAAAGTAAGCACAAGTATA-AGACATAAAAACGTTAGGTCAAGGTGTAGCTTATGGGATGGAGAGAAATGGGCTACATTTTCTACT-TCA-AG

BOVIDAE    AGAAT-C---AAG--CAC----GAAAGTTATTATGAAA-CCAATAACCAAAGGAGGATTTAGCAGTAAACTAAGAATAGAGTGCTTAGTTGAATTAGGCC
CERVIDAE   AAAAT-C---CAA--CAC----GAAAGTTATTATGAAA-TTAATAACCAAAGGAGGATTTAGCAGTAAACTAAGAATAGAGTGCTTAGTTGAATTAGGCC
GIRAFFIDAE AAAAT-C-C-AAA--TAC----GAAAGTTATTATGAAA-CTAATGACTAAAGGAGGATTTAGTAGTAAACTAAGAATAGAGTGCTTAGTTGAATTAGGCC
TRAGULIDAE AAGA------ATA--TAC----GAAAGTTCTCATGAAA-CTGACGACCAAAGGAGGATTTAGTAGTAAGCTAGGAATAGAGTGCTTAGCTGAACTAGGCT
DELPHINOID AACACCCCTTAAACTTAC--ACGAAAGTTTTTATGAAACCTAAAAACTAAAGGAGGATTTAGCAGTAAATTAAGAATAGAATGCTTAATTGAATAAGGCC
PHYSETERID AACA--CCCTATACCCC---ACGAAAGTTTTTATGAAACCTAAAAACCAAAGGAGGATTTAGCAGTAAATTAAGAACAGAGTGCTTAATTGAATAAGGCC
ZIPHIIDAE  AACATCCTTATTATCCGC--ACGAAAGTTTTTATGAAACTTAAAGACTAAAGGAGGATTTAGCAGTAAATTAAGAGCAGAGTGCTTAATTGAATAAGGCC
MYSTICETI  AACATCCCCTATACTCAC--ACGAAAGTTTTTATGAAACTTAAAAACTAAAGGAGGATTTAGTAGTAAATCAAGAGCAGAGTGCTTGATTGAATAAGGCC
HIPPOPOTA  AACA--CAACCCACCCGA--ACGAAAACTCCTATGAAAGCTAGGAACTAAAGGAGGATTTAGTAGTAAATCAAGAGTAGAGTGCTTGATTGAACAAGGCC
SUIDAE     AATAT-C---CA-CC-AC--ACGAAAGTTTTTATGAAA-CTAAAAACCAAAGGAGGATTTAGCAGTAAATCAAGAATAGAGTGCTTGATTGAATAAGGCC
TAYASSUID  AATA--C---TT----AC----GAAAATTCTTATGAAA-CTAAGAATTAAAGGAGGATTTAGCAGTAAATTAAGAATAGAGTGCTTAATTGAATAAGGCC
CAMELIDAE  AAAAT-CTCAAAA--TACTTACGAAAGCCCCCATGAAA-CTGAGGGCCCAAGGAGGATTTAGTAGTAAATCAAGAACAGAGTGCTTGGTTGAACTAGGCC
OUTGROUP   AACAA-CA-ACTACCCAA--ACGAAGGCTTTTATGAAA-TTAAAAGCTAAAGGAGGATTTAGCAGTAAATTAAGAATAGAGAGCTTAATTGAACCAGGCC

BOVIDAE    ATGAAG
CERVIDAE   ATGAAG
GIRAFFIDAE ATGAAG
TRAGULIDAE ATGAAG
DELPHINOID A?????
PHYSETERID A?????
ZIPHIIDAE  A?????
MYSTICETI  ATGA-G
HIPPOPOTA  ATGAAG
SUIDAE     ATGAAG
TAYASSUID  A?????
CAMELIDAE  A?????
OUTGROUP   ATAAAG

[16s]
BOVIDAE    CAGCATTCCCAGTATTGGAGGCATTGCCTGCCCAGTGACA-ACTGTTT-AACGGCCGCGGTATCCTGACCGTGCAAAGGTAGCATAATCATTTGTTCTCT
CERVIDAE   CAGCATAACTAGTATTGGAGGCACTGCCTGCCCAGTGACA-ACCGTTA-AACGGCCGCGGTATCCTGACCGTGCAAAGGTAGCATAATCACTTGTTCTCT
GIRAFFIDAE CAGCATT-CTAGTATTGGAGGCACTGCCTGCCCAGTGACA-AC-GTTA-AACG-CCGCGGTATCCTGACCGTGCAAAGGTAGCATAATCACTTGTTCTCT
TRAGULIDAE TAGCATTACTAGTATTAGAGGCACTGCCTGCCCGGTGACA-TTAGTTA-AACGGCCGCGGTATTCTGACCGTGCAAAGGTAGCATAATCATTTGTTCTCT
DELPHINOID ???????????????????GGCACTGCCTGCCCAGTGACA-ATCGTTA-AACGGCCGCGGTATCTTGACCGTGCAAAGGTAGCATAATCACTTGTTCTCT
PHYSETERID ??????AACCAGTATTAGAGGCACTGCCTGCCCAGTGACTGATAGTTA-AACGGCCGCGGTATCCTGACCGTGCAAAGGTAGCATAATCACTTGTTCTCT
ZIPHIIDAE  ??????AACTAGTATTAGAGGCACTGCCTGCCCGGTGACA-ATAGTTA-AACGGCCGCGGTATCCTGACCGTGCAAAGGTAGCATAATCACTTGTTCTTT
MYSTICETI  TAGCATAACCAGTATTAGA-GCACTGCCTGCCCGGTGACTAATCGTTA-AACGGCCGCGGTATCCTGACCGTGCAAAGGTAGCATAATCACTTGTTCTCT
HIPPOPOTA  TAGCATCACTAGTATTAGAGGCACTGCCTGCCCAGTGACA-ACTGTTA-AACGGCCGCGGTATCCTGACCGTGCAAAGGTAGCATAATCATTTGTTCCTT
SUIDAE     TAGCATTACTAGTATTAGAGGCAATGCCTGCCCAGTGACA-CCAGTTT-AACGGCCGCGGTATTCTGACCGTGCAAAGGTAGCATAATCACTTGTTCTCC
TAYASSUID  ??????AACTAGTATTAGAGGCACTGCCTGCCCAGTGACA-TTAGTTC-AACGGCCGCGGTATCCTGACCGTGCAAAGGTAGCATAATCACTTGTTCTCT
CAMELIDAE  ??????TACTAGTATTAGAGGCACTGCCTGCCCAGTGACA-TTAGTTA-AACGGCCGCGGTATCCTGACCGTGCAAAGGTAGCATAATCATTTGTTCTCT
OUTGROUP   TAGCATACCCAGTATTAGAGGCACTGCCTGCCCAGTGACA-TCTGTTTCAACGGCCGCGGTATCCTAACCGTGCAAAGGTAGCATAATCACTTGTTCTCT

BOVIDAE    AAATAAGGACTTGTATGAATGGCCGCACGAGGGTTTTACTGTCTCTTACTTCCAATCAGTGAAATTGACCTTCCCGTGAAGAGGCGGGAATGCACAAATA
CERVIDAE   AAATAGGGACTTGTATGAATGGCCACACGAGGGTTTTACTGTCTCTTACTTCCAATCAGTGAAATTGACCTTCCCGTGAAGAGGCGGGAATATACTAATA
GIRAFFIDAE AAATAAGGACTTGTATGAACGGCCACACGAGGGTTTTACTGTCTCTTACTTCCAATCAGTGAAATTGACCTTCCCGTGAAGAGGCGGGAATACACTAATA
TRAGULIDAE AAATAAGGACTTGTATGAATGGCAACACGAGGGTTTAACTGTCTCTTACTTCCAATCAGTGAAATTGACCTCCCCGTGAAGAGGCGGGGATATCCTAATA
DELPHINOID AAATAAGGACTTGTATGAATGGCCACACGAGGGTTTTACTGTCTCTTACTCTTAATCAGTGAAATTGACCTCCCCGTGAAGAGGCGGGGATAACACAATA
PHYSETERID AAATAAGGACTTGTATGAACGGCCACACGAAGGTTTTACTGTCTCTTACTTTTAATCAGTGAAATTGACCTTCCCGTGAAGAGGCGGGAATAACAAAACA
ZIPHIIDAE  AAATAAGGACTTGTATGAACGGCCACACGAGGGTTTTACTGTCTCTTACTTTTAATCAGTGAAATTGACCTCCCCGTGAAGAGGCGGGGATATTGAAATA
MYSTICETI  AATTAGGGACTTGTATGAATGGCCACACGAGGGTTTTACTGTCTCTTACTTTTAATCAGTGAAATTGACCTCTCCGTGAAGAGGCGGAGATAACAAAATA
HIPPOPOTA  AAATAGGGACTTGTATGAATGGCCACACGAGGGTTTTACTGTCTCTTGCTTCCAATCAGTGAAATTGACCTTCCCGTGAAGAGGCGGGAATAATACAATA
SUIDAE     AAATAAGGACTTGTATGAATGGCCACACGAGGGTTTTACTGTCTCTTACTTCCAATCAGTGAAATTAACCTTCCCGTGAAGAGGXGGGAATAAAAAAXTA
TAYASSUID  AAATAAGGACTTGTATGAATGGCCACACGAGGGTTTTACTGTCTCTTACTTCCAATCAGTGAAATTGACCTTCCCGTGAAGAGGCGGGAATACCAAAATA
CAMELIDAE  AAATAGGGACTTGTATGAATGGCCACACGAGGGTTCTACTGTCTCTTGCTTCCAATCAGTGAAATTGACCTCCCCGTGCAGAGGCGGGGATACACAAATA
OUTGROUP   AAATAAGGACTTGTATGAATGGCCACACGAGGGTTTTACTGTCTCTTACTTTCAATCAGTGAAATTGACCTCCCCGTGAAGAGGCGGGGATAACACAATA

BOVIDAE    AGACGAGAAGACCCTATGGAGCTTTAACTAACCAACCCAAA-G-AGAATAGAT-T-TA-ACC-ATT-A--AGGA-AT--AACAACAATC-TCCATGAGTT
CERVIDAE   AGACGAGAAGACCCTATGGAGCTTTAACTACTTAGCCCAAA-G-AAACAAATT-T-CA-TT--ACC-A--AGGAAAC--AACAACACTC-TTTATGGGCT
GIRAFFIDAE AGACGAGAAGACCCTATGGAGCTTCAACTAACTGACTCAAA-GAAAACAAGCC-T-AA-TC--ACC-A--AGGA--C--AACAACATTC-CTCATCACTC
TRAGULIDAE AGACGAGAAGACCCTATGGAGCTTTAATTAACCCACCCAAA-G-AGCA-ACTT-T-CA-ACC-GCC-A--AGGG-AC--AACAAAGCCTCTATCTGAGTG
DELPHINOID AGACGAGAAGACCCTATGGAGCTTTAATTAATCAACTCAAA-A-AGCATAAAA-T-AATACC-ACC-A--AGGG-AT--AACAAAGCTT-TATATGAGTT
PHYSETERID AGACGAGAAGACCCTATGGAGCTTCAATTAATCAACCCAAT-A-ACCCACAACCTCAA-ACC-ACC-A--AGGG-AT--AAAAAAAACT-TATATGGGTT
ZIPHIIDAE  AGACGAGAAGACCCTATGGAGCTTTAATTAATCAACCCAAA-A-ACTATAAATCT-AA-ACC-GCC-A--AGGG-AT--AACAGAACTT-TATATGGGTT
MYSTICETI  AGACGAGAAGACCCTATGGAGCTTCAATTAATCAACCCAAA-A-ACCATAACCTT-AA-ACC-ACC-A--AGGG-AT--AACAAAACCT-TATATGGGCT
HIPPOPOTA  AGACGAGAAGACCCTGTGGAGCTTCAATTAGCTGACTCAAT-A-AAAACAAAA-T-AA-ACC-CGC-A--AGGC-AC--AATAAAATCC-TATATGAGTC
SUIDAE     AGACGAGAAGACCCTATGGAGCTTTAATTAACTATTCCAAA-A-GTTAAACAACT-CA-ACC-ACA-A--AGGG-ATAAAACATAACTT-AACATGGACT
TAYASSUID  AGACGAGAAGACCCTATGGAGCTTCAATTAACCAACCCAAACA-AGCGCACCATT-TA-ACC-ACA-A--AGGA-ATA-AACAAAGCCCAACAATGGGTT
CAMELIDAE  AGACGAGAAGACCCTATGGAGCTTTAATTAACTAACTCAAA-G-AAAATATAA-A-TA-ACC-GCC-A--AGGG-AT--AATAATCTTC-TACCTGAGTT
OUTGROUP   AGACGAGAAGACCCTATGGAGCTTTAATCAACTAATTCACA-A-AATAAAATCTT-CA-ACCTACATATAAGGG-AT--AACAAAATTT-TAACTGAATT

BOVIDAE    GGTAGTTTCGGTTGGGGTGACCTCGGAGAATAAAAAATCCTCCGAGCGATTT-TAAAGACTAGACCCACAAGTC-AAAT---CACTCTATCGCTCATTGA
CERVIDAE   AACAGCTTTGGTTGGGGTGACCTCGGAGAACAAGAAAACCTCCGAGCGATTT-TAAAGACTAGACCTACAAGTC-GAAT---CACACAATCGTTTATTGA
GIRAFFIDAE AACAGTTTCGGTTGGGGTGACCTCGGAGAATAAAAAATCCTCCGAGCGATTC-TTAAGATAAGACCCACAAGTC-AAAT---CACATTATCGCTTATTGA
TRAGULIDAE GACAATTTTGGTTGGGGTGACCTCGGAGAATAAAAAATCCTCCGAGCGATTACTAAAGACTAGACCTACAAGTC-AAAT---CGCTATATCGCAAATTGA
DELPHINOID GACAATTTCGGTTGGGGTGACCTCGGAGTATAAAAAACCCTCCGAGTGATTA--AAAC-TTAGGCCTACCAGCC-AAAG---TATAGTATCACTTATTGA
PHYSETERID GACAATTTCGGTTGGGGTGACCTCGGAGCACAAAAACCCCTCCGAGTGATTA--AAGC-CTAGGCCTACCAGCC-AAAG---CATAACATCACTTATTGA
ZIPHIIDAE  GACAATTTTGGTTGGGGTGACCTCGGAGCACAAAAAAACCTCCGAGTGATTA--AAAC-CCAGGCCCACCGGCC-AAAG---TGTAATATCACTTATTGA
MYSTICETI  GACAATTTCGGTTGGGGTGACCTCGGAGTACAAAAAACCCTCCGAGTGATTA--AAAC-TTAGGCCCACTAGCC-AAAG---TACAATATCACTTATTGA
HIPPOPOTA  AGTAATTTTGGTTGGGGTGACCTCGGAGAAAXAAGAATCCTCCGAGTGATAA--AAAT-CTAGACTCACCAGTC-AAAA---CATAACAACACTCATTGA
SUIDAE     AGCAATTTCGGTTGGGGTGACCTCGGAGTACAAAAAACCCTCCGAGTGATTT--TAAT-CTAGACAAACCAGTCAAAATAACCATAACATCACTTATTGA
TAYASSUID  GGCAATTTCGGTTGGGGTGACCTCGGAGAACAAAAAAACCCCCGAGTGATTT--CAAT-CTAGACTAACCAGTCAAAAG---TATTCCATCATTTATTGA
CAMELIDAE  AGCAATTTCGGTTGGGGTGACCTCGGAGAACAGAAAAACCTCCGAGTGACTA--AAAT-CTAGATTTACCAATC-AAAA---TGTAGTGTCACTTATTGA
OUTGROUP   AACGATTTCGGTTGGGGTGACCTCGGAGAACAAAACAACCTCCGAGTGATTA--AATT-CCAGACTTACTAGTCAAAAA---TATTACATCACTTATTGA

BOVIDAE    TCC-AAAAA--CTTGATCAACGGAACAAGTTACCCTAGGGATAACAGCGCAATCCTATTCAAGAGTCCATATCGACAATAGGGTTTACGACCTCGATGTT
CERVIDAE   TCC-AAAAA--ATTGATCAACGGAACAAGTTACCCTAGGGATAACAGCGCAATCCTATTCAAGAGTCCATATCGACAATAGGGTTTACGACCTCGATGTT
GIRAFFIDAE TCC-AGAAA--TTTGATCAACGGAATAAGTTACCCTAGGGATAACAGCGCAATCCTATTCAAGAGTCCATATCGACAATAGGGTTTACGACCTCGATGTT
TRAGULIDAE TCC-AAAAACCTTTGATCAACGGAACAAGTTACCCTAGGGATAACAGCGCAATCCTATTCTAGAGTCCATATCGACAATAGGGTTTACGACCTCGATGTT
DELPHINOID TCC-AAAAT--TTTGATCAACGGAACAAGTTACCCTAGGGATAACAGCGCAATCCTATTCTAGAGTCCATATCGACAATAGGGTTTACGACCTCGATGTT
PHYSETERID TCC-AAAGC--TTTGATCAACGGAACAAGTTACCCTAGGGATAACAGCGCAATCCTATTCTAGAGTCCATATCGACAATAGGGTTTACGACCTCGATGTT
ZIPHIIDAE  TCCAAAAAT--TTTGATCAACGGAACAAGTTACCCTAGGGATAACAGCGCAATCCTATTCTAGAGTCCATATCGACAATAGGGTTTACGACCTCGATGTT
MYSTICETI  TCC-AATCC--TTTGATCAACGGAACAAGTTACCCTAGGGATAACAGCGCAATCCTATTCTAGAGTCCATATCGACAATAGGGTTTACGACCTCGATGTT
HIPPOPOTA  CCCAAAACC--TTTGATCAACGGAACAAGTTACCCCAGGGATAACAGCGCAATCCTATTCTAGAGTCCATATCGACAATAGGGTTTACGACCTCGATGTT
SUIDAE     TCC-AAAAT--TTTGATCAACGGAACAAGTTACCCTAGGGATAACAGCGCAATCCTGTTCTAGAGTTCCTATCGACAATAGGGTTTACGACCTCGATGTT
TAYASSUID  TCCAAATTA--ATTGATCAACGGAACAAGTTACCCTAGGGATAACAGCGCAATCCTATTCTAGAGTCCCTATCGACAATAGGGTTTACGACCTCGATGTT
CAMELIDAE  TCCAAAATA--TTTGATCAACGGAACAAGTTACCCTAGGGATAACAGCGCAATCCTATTCAAGAGTCCATATCGACAATAGGGTTTACGACCTCGATGTT
OUTGROUP   TCC-AAATT--ATTGATCAACGGAACAAGTTACCCTAGGGATAACAGCGCAATCCTATTCTAGAGTCCATATCGACAATAGGGTTTACGACCTCGATGTT

BOVIDAE    GGATCAGGACATCCTGATGGTGCAACCGCTATCAAAGGTTCGTTTGTTCAACGATTAAAGTCCT
CERVIDAE   GGATCAGGACATCCCGATGGTGCAACCGCTATCAAAGGTTCGTTTGTTCAACGATTAAAGTCCT
GIRAFFIDAE GGATCAGGACATCCCGATGGTGCAACCGCTATCAAAGGTTCGTTTGTTCAACGATTAAAGTCCT
TRAGULIDAE GGATCAGGACACCCCAATGGTGCAGCCGCTATTAAAGGTTCGTTTGTTCAACGATTAAAGTCCT
DELPHINOID GGATCAGGACATCCTAATGGTGCAGCAGCTATTAAGGGTTCGTTTGTT????????????????
PHYSETERID GGATCAGGACATCCTAATGGTGCAGCCGCTATTAAGGGTTCGTTTGTT????????????????
ZIPHIIDAE  GGATCAGGACATCCTAATGGTGCAGCCGCTATTAAGGGTTCGTTTGTT????????????????
MYSTICETI  GGATCAGGACATCCTAATGGTGCAGCTGCTATTAAGGGTTCGTTTGTTCAACGATTAAAGTCCT
HIPPOPOTA  GGATCAGGACATCCCAATGGTGCAGCCGCTATTAAAGGTTCGTTTGTTCAACGATTAAAGTCCT
SUIDAE     GGATCAGGACACCCAAATGGTGCAACCGCTATTAAAGGTTCGTTTGTTCAACGATTAAAGTCCT
TAYASSUID  GGATCAGGATATCCCAATGGTGCAGCCGCTATTAAAGGTTCGTTTGTT????????????????
CAMELIDAE  GGATCAGGACACCCCAATGGTGCAGCCGCTATTAAAGGTTCGTTTGTT????????????????
OUTGROUP   GGATCAGGACATCCCAATGGTGCAACCGCTATTAATGGTTCGTTTGTTCAACGATTAAAGTCCT

[HOOKER 1-116]
BOVIDAE    00001010100111010111001201011210010311000000010120221000010000020001000011101000000000111201100100011000111000001100
CERVIDAE   00001010100111010111001201011210010311000000010120221000010000020001000011101000000000111201100100011000111000001100
GIRAFFIDAE 00001010100111010111001201011210010311000000010120221000010000020001000011101000000000111201100100011000111000001100
TRAGULIDAE 01000000000102000111001200111210010311000000000120001000000100022001000011111001000000112201000100011101011100101100
DELPHINOID ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
PHYSETERID ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
ZIPHIIDAE  ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
MYSTICETI  ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
HIPPOPOTA  00010101011131010120101200012010000111000000101101000000000000100000000100000011111000012101001000000101000000000000
SUIDAE     10000000001000000120001231012000001111000000100000000000000010100000011100010001100000012211001000110101000000011000
TAYASSUID  10000000001000000120001231012000001111000000100111000000000000100000011100000000100000011201002000000101000001111010
CAMELIDAE  01000000000022000112001201111100010211000000000110210000001000000100000000012001000101012001112011011101101011001111
OUTGROUP   00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000

[A-CRYSTALLIN 173]
BOVIDAE    MDIAIQHPWFKRTLGPFYPS RLFDQFFGEGLFEYDLLPFL SSTISPYYRQSLFRTVLDSG ISEVRSDRDKFVIFLDVKHF SPEDLTVKVQEDFVEIHGKH
CERVIDAE   ???????????????????? ???????????????????? ???????????????????? ???????????????????? ????????????????????
GIRAFFIDAE MDIAIQHPWFKRALGPFYPS RLFDQFFGEGLFEYDLLPFL SSTISPYYRQSLFRTVLDSG ISEVRSDRDKFVIFLDVKHF SPEDLTVKVQEDFVEIHGKH
TRAGULIDAE ???????????????????? ???????????????????? ???????????????????? ???????????????????? ????????????????????
DELPHINOID MDIAIQHPWFKRALGPFYPS RLFDQFFGEGLFEYDLLPFL SSTISPYYRQSLFRSVLDSG ISEVRSDRDKFVIFLDVKHF SPEDLTVKVQEDFVEIHGKH
PHYSETERID ???????????????????? ???????????????????? ???????????????????? ???????????????????? ????????????????????
ZIPHIIDAE  ???????????????????? ???????????????????? ???????????????????? ???????????????????? ????????????????????
MYSTICETI  MDIAIQHPWFKRALGPFYPS RLFDQFFGEGLFEYDLLPFL SSTISPYYRQSLFRTVLDSG ISEVRSDRDKFVIFLDVKHF SPEDLTVKVQEDFVEIHGKH
HIPPOPOTA  MDIAIQHPWFKRALGPFYPS RLFDQFFGEGLFEYDLLPFL SSTISPYYRQSLFRTVLDSG ISEVRSDRDKFVIFLDVKHF SPEDLTVKVQEDFVEIHGKH
SUIDAE     MDIAIQHPWFKRALGPFYPS RLFDQFFGEGLFEYDLLPFL SSTISPYYRQSLFRTVLDSG VSEVRSDRDKFVIFLDVKHF SPEDLTVKVQEDFVEIHGKH
TAYASSUID  ???????????????????? ???????????????????? ???????????????????? ???????????????????? ????????????????????
CAMELIDAE  MDIAIQHPWFKRALGPFYPS RLFDQFFGEGLFEYDLLPFL SSTISPYYRQSLFRTVLDSG ISEVRSDRDKFVIFLDVKHF SPEDLTVKVLEDFVEIHGKH
OUTGROUP   MDIAIQHPWFKRTLGPFYPS RLFDQFFGEGLFEYDLLPFL SSTISPYYRQSLFRSVLDSG VSEVRSDRDKFVIFLDVKHF SPEDLTVKVQEDFVEIHGKH

BOVIDAE    NERQDDHGYISREFHRRYRL PSNVDQSALSCSLSADGMLT FSGPKIPSGVDAGHSERAIP VSREEKPSSAPSS
CERVIDAE   ???????????????????? ???????????????????? ???????????????????? ?????????????
GIRAFFIDAE NERQDDHGYISREFHRRYRL PSNVDQSALSCSLSADGMLT FSGPKIPSGVDAGHSERAIP VSREEKPSSAPSS
TRAGULIDAE ???????????????????? ???????????????????? ???????????????????? ?????????????
DELPHINOID NERQDDHGYISREFHRRYRL PSNVDQSALSCSLSADGMLT FSGPKVTSGMDAGHSERAIP VSREEKPSSAPSS
PHYSETERID ???????????????????? ???????????????????? ???????????????????? ?????????????
ZIPHIIDAE  ???????????????????? ???????????????????? ???????????????????? ?????????????
MYSTICETI  NERQDDHGYISREFHRRYRL PSNVDQSALSCSLSADGMLT FSGPKVPSGMDAGHSERAIP VSREEKPSSAPSS
HIPPOPOTA  NERQDDHGYISREFHRRYRL PSNVDQSALSCSLSADGMLT FSGPKIPSGVDAGHSERAIP VSREEKPSSAPSS
SUIDAE     NERQDDHGYISREFHRRYRL PSNVDQSALSCSLSADGMLT FSGPKVPSGVDAGHSERAIP VSREEKPSSAPTS
TAYASSUID  ???????????????????? ???????????????????? ???????????????????? ?????????????
CAMELIDAE  NERQDDHGYISREFHRRYRL PSNVDQSALSCSLSADGMLT FSGPKIPSGVDAGHSERAIP VSREEKPSSAPSS
OUTGROUP   NERQDDHGYISREFHRRYRL PSNVDQTALSCSLSADGMLT FSGPKIPSGMDAGHSERAIP VSREEKPSSAPSS

[A-HEMOGLOBIN 141]
BOVIDAE    VLSAADKGNVKAAWGKVGGH AAEYGAEALERMFLSFPTTK TYFPHFDLSHGSAQVKGHGA KVAAALTKAVEHLDDLPGAL SELSDLHAHKLRVDPVNFKL
CERVIDAE   VLSATDKSNVKAAWGKVGGN APAYGAEALERMFLSFPTTK TYFPHFDLSHGSAQVKAHGE KVANALTKAVGHLDDLPGTL SDLSDLHAHKLRVDPVNFKL
GIRAFFIDAE ???????????????????? ???????????????????? ???????????????????? ???????????????????? ????????????????????
TRAGULIDAE ???????????????????? ???????????????????? ???????????????????? ???????????????????? ????????????????????
DELPHINOID VLSPADKTNVKGTWSKIGNH SAEYGAEALERMFINFPSTK TYFSHFDLGHGSAQIKGHGK KVADALTKAVGHIDNLPDAL SELSDLHAHKLRVDPVNFKL
PHYSETERID VLSPADKTNVKAAWAKVGNH AADFGAEALERMFMSFPSTK TYFSHFDLGHNSTQVKGHGK KVADALTKAVGHLDTLPDAL SDLSDLHAHKLRVDPVNFKL
ZIPHIIDAE  ???????????????????? ???????????????????? ???????????????????? ???????????????????? ????????????????????
MYSTICETI  VLSPTDKSNVKATWAKIGNH GAEYGAEALERMFMNFPSTK TYFPHFDLGHDSAQVKGHGK KVADALTKAVGHMDNLLDAL SDLSDLHAHKLRVDPANFKL
HIPPOPOTA  VLSANDKSNVKAAWGKVGNH APEYGAEALERMFLSFPTTK TYFPHFDLSHGSSQVKAHGK KVADALTKAVGHLDDLPGAL SDLSDLHAHKLRVDPVNFKL
SUIDAE     VLSAADKANVKAAWGKVGGQ AGAHGAEALERMFLGFPTTK TYFPHFNLSHGSDQVKAHGQ KVADALTKAVGHLDDLPGAL SALSDLHAHKLRVDPVNFKL
TAYASSUID  ???????????????????? ???????????????????? ???????????????????? ???????????????????? ????????????????????
CAMELIDAE  VLSSKDKTNVKTAFGKIGGH AAEYGAEALERMFLGFPTTK TYFPHFDLSHGSAQVKAHGK KVGDALTKAADHLDDLPSAL SALSDLHAHKLRVDPVNFKL
OUTGROUP   VLSPTDKTNVKTAWGHVGAQ AGEYGAEALERMFLSFPTTK TYFPHFDLSHGSAQVKAHGK KVGDALTQAVGHLDDLPGAL SALSDLHAYKLRVDPVNFKL

BOVIDAE    LSHSLLVTLASHLPSDFTPA VHASLDKFLANVSTVLTSKY R
CERVIDAE   LSHTLLVTLAAHLPSDFTPA VHASLDKFLANVSTVLTSKY R
GIRAFFIDAE ???????????????????? ???????????????????? ?
TRAGULIDAE ???????????????????? ???????????????????? ?
DELPHINOID LSHCLLVTLALHLPADFTPS VHASLDKFLASVSTVLTSKY R
PHYSETERID LSHCLLVTLAAHLPGDFTPS VHASLDKFLASVSTVLTSKY R
ZIPHIIDAE  ???????????????????? ???????????????????? ?
MYSTICETI  LSHCLLVTLALHLPAEFTPS VHASLDKFLASVSTVLTSKY R
HIPPOPOTA  LSHCLLVTLAAHHPSDFTPA AHASLDKFLANVSTVLTSKY R
SUIDAE     LSHCLLVTLAAHHPDDFNPS VHASLDKFLANVSTVLTSKY R
TAYASSUID  ???????????????????? ???????????????????? ?
CAMELIDAE  LSHCLLVTVAAHHPGDFTPS VHASLDKFLANVSTVLTSKY R
OUTGROUP   LSHCLLVTLALHHPQDFTPA VHASLDKFLSNVSTVLTSKY R

[B-HEMOGLOBIN 146]
BOVIDAE    ??LTAEEKAAVTAFWGKVKV DEVGGEALGRLLVVYPWTQR FFESFGDLSTADAVMNNPKV KAHGKKVLDSFSNGMKHLDD LKGTFAALSELHCDKLHVDP
CERVIDAE   ??LTAEEKAAVTAFWGKVKV DEVGGEALGRLLVVYPWTQR FFEHFGDLSTADAVMHNAKV KEHGKRVLDAFSEGLKHLDD LKGAFAKLSELHCDKLHVDP
GIRAFFIDAE ???????????????????? ???????????????????? ???????????????????? ???????????????????? ????????????????????
TRAGULIDAE ???????????????????? ???????????????????? ???????????????????? ???????????????????? ????????????????????
DELPHINOID VHLTGEEKSAVTALWGKVNV EEVGGEALGRLLVVYPWTQR FFESFGDLSTADAVMKNPNV KKHGQKVLASFGEGLKHLDD LKGTFAALSELHCDKLHVDP
PHYSETERID VHLTGEEKSGLTALWAKVNV EEIGGEALGRLLVVYPWTQR FFEHFGDLSTADAVMKNPKV KKHGQKVLASFGEGLKHLDN LKGTFATLSELHCDKLHVDP
ZIPHIIDAE  ???????????????????? ???????????????????? ???????????????????? ???????????????????? ????????????????????
MYSTICETI  VHLTAEEKSAVTALWAKVNV EEVGGEALGRLLVVYPWTQR FFEAFGDLSTADAVMKNPKV KAHGKKVLASFSDGLKHLDD LKGTFATLSELHCDKLHVDP
HIPPOPOTA  VHLTAEEKDAVLGLWGKVNV QEVGGEALGRLLVVYPWTQR FFESFGDLSSADAVMNNPKV KAHGKKVLDSFADGLKHLDN LKGTFAALSELHCDQLHVDP
SUIDAE     VHLSAEEKEAVLGLWGKVNV DEVGGEALGRLLVVYPWTQR FFESFGDLSNADAVMGNPKV KAHGKKVLQSFSDGLKHLDN LKGTFAKLSELHCDQLHVDP
TAYASSUID  ???????????????????? ???????????????????? ???????????????????? ???????????????????? ????????????????????
CAMELIDAE  VHLSGDEKNAVHGLWSKVKV DEVGGEALGRLLVVYPWTRR FFESFGDLSTADAVMNNPKV KAHGSKVLNSFGDGLNHLDN LKGTYAKLSELHCDKLHVDP
OUTGROUP   VELTAEEKAAVLALWDKVKE DEVGGEALGRLLVVYPWTQR FFDSFGDLSTPAAVMGNAKV KAHGKKVLHSFGDGVHHLDN LKGTFAALSELHCDKLHVDP

BOVIDAE    ENFKLLGNVLVVVLARNFGK EFTPVLQADFQKVVAGVANA LAHRYH
CERVIDAE   ENFRLLGNVLVVVLARHFGK EFTPELQADYQKVVTGVANA LAHRYH
GIRAFFIDAE ???????????????????? ???????????????????? ??????
TRAGULIDAE ???????????????????? ???????????????????? ??????
DELPHINOID ENFRLLGNVLVVVLARHFGK EFTPELQSAYQKVVAGVATA LAHKYH
PHYSETERID ENFRLLGNVLVVVLARHFGK EFTPELQTAYQKVVAGVANA LAHKYH
ZIPHIIDAE  ???????????????????? ???????????????????? ??????
MYSTICETI  ENFRLLGNVLVIVLARHFGK EFTPELQAAYQKVVAGVANA LAHKYH
HIPPOPOTA  ENFRLLGNELVVVLARTFGK EFTPELQAAYQKVVAGVANA LAHRYH
SUIDAE     ENFRLLGNVIVVVLARRLGH DFNPDVQAAFQKVVAGVANA LAHKYH
TAYASSUID  ???????????????????? ???????????????????? ??????
CAMELIDAE  ENFRLLGNVLVVVLARHFGK EFTPDLQAAYQKVVAGVANA LAHRYH
OUTGROUP   ENFRLLGNVLVVVLAKHFGK QFTPELQAAYQKVVAGVANA LAHKYH

[CYTOCHROME C 104]
BOVIDAE    GDVEKGKKIFVQKCAQCHTV EKGGKHKTGPNLHGLFGRKT GQAPGFSYTDANKNKGITWG EETLMEYLENPKKYIPGTKM IFAGIKKKGEREDLIAYLKK
CERVIDAE   ???????????????????? ???????????????????? ???????????????????? ???????????????????? ????????????????????
GIRAFFIDAE ???????????????????? ???????????????????? ???????????????????? ???????????????????? ????????????????????
TRAGULIDAE ???????????????????? ???????????????????? ???????????????????? ???????????????????? ????????????????????
DELPHINOID ???????????????????? ???????????????????? ???????????????????? ???????????????????? ????????????????????
PHYSETERID ???????????????????? ???????????????????? ???????????????????? ???????????????????? ????????????????????
ZIPHIIDAE  ???????????????????? ???????????????????? ???????????????????? ???????????????????? ????????????????????
MYSTICETI  GDVEKGKKIFVQKCAQCHTV EKGGKHKTGPNLHGLFGRKT GQAVGFSYTDANKNKGITWG EETLMEYLENPKKYIPGTKM IFAGIKKKGERADLIAYLKK
HIPPOPOTA  GDVEKGKKIFVQKCAQCHTV EKGGKHKTGPNLHGLFGRKT GQSPGFSYTDANKNKGITWG EETLMEYLENPKKYIPGTKM IFAGIKKKGERADLIAYLKQ
SUIDAE     GDVEKGKKIFVQKCAQCHTV EKGGKHKTGPNLHGLFGRKT GQAPGFSYTDANKNKGITWG EETLMEYLENPKKYIPGTKM IFAGIKKKGEREDLIAYLKK
TAYASSUID  ???????????????????? ???????????????????? ???????????????????? ???????????????????? ????????????????????
CAMELIDAE  GDVEKGKKIFVQKCAQCHTV EKGGKHKTGPNLHGLFGRKT GQAVGFSYTDANKNKGITWG EETLMEYLENPKKYIPGTKM IFAGIKKKGERADLIAYLKK
OUTGROUP   GDVEKGKKIFVQKCAQCHTV EKGGKHKTGPNLHGLFGRKT GQAPGFTYTDANKNKGITWK EETLMEYLENPKKYIPGTKM IFAGIKKKTEREDLIAYLKK

BOVIDAE    ATNE
CERVIDAE   ????
GIRAFFIDAE ????
TRAGULIDAE ????
DELPHINOID ????
PHYSETERID ????
ZIPHIIDAE  ????
MYSTICETI  ATNE
HIPPOPOTA  ATNE
SUIDAE     ATNE
TAYASSUID  ????
CAMELIDAE  ATNE
OUTGROUP   ATNE

[PACREATIC RIBONUCLEASE 124]
BOVIDAE    KETAAAKFERQHMDSSTSAA SSSNYCNQMMKSRNLTKDRC KPVNTFVHESLADVQAVCSQ KNVACKNGQTNCYQSYSTMS ITDCRETGSSKYPNCAYKTT
CERVIDAE   KESAAAKFERQHMDPSASSI SSSNYCNQMMQSRNLTQDRC KPVNTFVHESLADVQAVCFQ KNVACKNGQSNCYQSNSAMH ITDCRESGNSDYPNCVYKTT
GIRAFFIDAE ???????????????????? ???????????????????? ???????????????????? ???????????????????? ????????????????????
TRAGULIDAE ???????????????????? ???????????????????? ???????????????????? ???????????????????? ????????????????????
DELPHINOID ???????????????????? ???????????????????? ???????????????????? ???????????????????? ????????????????????
PHYSETERID ???????????????????? ???????????????????? ???????????????????? ???????????????????? ????????????????????
ZIPHIIDAE  ???????????????????? ???????????????????? ???????????????????? ???????????????????? ????????????????????
MYSTICETI  RESPAMKFQRQHMDSGNSPG NNPNYCNQMMMRRKMTQGRC KPVNTFVHESLEDVKAVCSQ KNVLCKNGRTNCYESNSTMH ITDCRQTGSSKYPNCAYKTS
HIPPOPOTA  KETAAEKFQRQHMDTSSSLS NDSNYCNQMMVRRNMTQDRC KPVNTFVHESEADVKAVCSQ KNVTCKNGQTNCYQSNSTMH ITDCRETGSSKYPNCAYKTS
SUIDAE     KESPAKKFQRQHMDPDSSSS NSSNYCNLMMSRRNMTQGRC KPVNTFVHESLADVQAVCSQ INVNCKNGQTNCYQSNSTMH ITDCRQTGSSKYPNCAYKAS
TAYASSUID  ???????????????????? ???????????????????? ???????????????????? ???????????????????? ????????????????????
CAMELIDAE  SETAAEKFERQHMDSYSSSS SNSNYCNQMMKRREMTDGWC KPVNTFIHESLEDVQAVCSQ KSVTCKNGQTNCHQSSTTMH ITDCRETGSSKYPNCAYKAS
OUTGROUP   KESPAMKFERQHMDSGSTSS SNPTYCNQMMKRRNMTQGWC KPVNTFVHEPLADVQAICLQ KNITCKNGQSNCYQSSSSMH ITDCRLTSGSKYPNCAYQTS

BOVIDAE    QANKHIIVACEGNPYVPVHF DASV
CERVIDAE   QAEKHIIVACEGNPYVPVHF DASV
GIRAFFIDAE ???????????????????? ????
TRAGULIDAE ???????????????????? ????
DELPHINOID ???????????????????? ????
PHYSETERID ???????????????????? ????
ZIPHIIDAE  ???????????????????? ????
MYSTICETI  QKEKHIIVACEGNPYVPVHF DNSV
HIPPOPOTA  QLQKHIIVACEGDPYVPVHY DASV
SUIDAE     QEQKHIIVACEGNPPVPVHF DASV
TAYASSUID  ???????????????????? ????
CAMELIDAE  NLKKHIIIACEGNPYVPVHF DASV
OUTGROUP   QKERHIIVACEGNPYVPVHF DASV

[TRANSPOSONS 9]
BOVIDAE    111111000
CERVIDAE   111111000
GIRAFFIDAE 111111000
TRAGULIDAE 111110000
DELPHINOID 111000011
PHYSETERID 111000011
ZIPHIIDAE  111000011
MYSTICETI  111000111
HIPPOPOTA  111000000
SUIDAE     000000000
TAYASSUID  ?????????
CAMELIDAE  000000000
OUTGROUP   000000000

[protp15'ex3' 338]
BOVIDAE    ???????CAAGGCGGTATCC CCTGCTCTGAGCATCCAGGC CGAATCCACCCAGCACCATG GCCAGATACCGATGCTGCCT CACCCATAGCGGGAGCAGAT
CERVIDAE   ????AACCAAGGTGGTATCC CCTGCTCTGAGCATCCAGGC CGAATCCACCCAGCACCATG GCCAGATACCGATGCTGCCT CACCCATAGCCGGAGCAGAT
GIRAFFIDAE GCTCGACCGAGGTGGTATCT TCTGCTCTGAGCATCCAGGC CGAATCCACCCAGCACCATG GCCAGATACAGATGCTGCCG CACCCGTAGCCGGAGCAGAT
TRAGULIDAE GCTCAGCCAGGGTGGTACTC CCTGCTCTGAACAGCTAGGC CTAGTCCAGCCCGCACTATG GCCAGGTACAGACGTTGCTG CAGCCAGACCCGGAGCAGAT
DELPHINOID GCTCAACCAAGGCGGCATCC CCTGCTCTGAGCATCCAGGC CGATTCCATCCGTCACCATG GCCAGAAACAGATG---CCG CAGCCCGAGCCAGAGCAGAT
PHYSETERID ???????????????????? ???????????????????? ???????????????????? ???????????????????? ????????????????????
ZIPHIIDAE  ???????????????????? ???????????????????? ???????????????????? ???????????????????? ????????????????????
MYSTICETI  GCTCAACCAAGGCGGTATCC CCTGCTCTGAGCATCCAGGC CGAATCCATCCATCACCATG GCCAGAAACAGTTGTTGCCG CAGCCCGAGCCGGAGCAGAC
HIPPOPOTA  GCTCAACCAAGGTGGTATCC CCTGCTCTGAGCATCCAGGC CTAATCCACCCAGCACCATG GCCAGATACAGATGTTGCCG CAGCCCCAGCCGGAGCAGAT
SUIDAE     GCTCAACCAAGGCGGTATCC CCTGCTCTGAGCATCAAGAC TGAGTCCATCCATCACCATG GCCAGATACAGATGTTGCCG CAGCCATAGCCGGAGCAGGT
TAYASSUID  GCTCAACCAAGGCGGTATCC CCTGCTCTGAGCATCCAGAC CGAATCCATACATCATCATG GCCAGATATAGATGTTGCCG CAGCCACAGCCGAAGCAGGT
CAMELIDAE  GCTCGACCAAGGTGGTAGCC CCTGCTCTGAGCATCCAGGC CGAATCCACCTATCACCATG GCCAGATACAGATGTTGCCG CAGCCAAAGCCGGAGCAGAT
OUTGROUP   GCTCAACCAAGGTGGTAGCC CCTGCTCTGAGCATCCAGGC CGAGTCCATCCTGCACCATG GCTAGATACAGATGCTGCCG CAGCCAAA------GCAGGT

BOVIDAE    GCCGCCGCCGCCGCCGAAGA AGATGTCGCAGACGAAGGAG GCGCTTTGGTCGGAGGCGCA GGAGGAGAG---TGTGCTGC CGTCGCTACACCGTCATAAG
CERVIDAE   GCCGCCGCCGCCGAAGACGA AGATCTCACAGACGAAGGAG GCGCTTTGGTCGGAGGCGCA GGAGGAGAG---TGTGCTGC CGCCGCTACACCGTCATAAG
GIRAFFIDAE GCCGCCGCCGG---AGACGA AGATATCGCAGACAAAGGAG GCGCTTTGGTCGGAGACGCA GGAGGAGAG---CGTGCTGC CGCCGCTACACCATTGTAAG
TRAGULIDAE GCCGCCGCCAG---AGA--- AGATGTCGCAGACGGAGGAG GCGCCTCTGTCGGAGGCGGA GGAGGAGAG---TGTGCTGC CGCCGCTCCACAGTCACAAG
DELPHINOID GCCGCCGCCCG---AGGCGC AGATGTCGCAG---GAGGAG ACGGTGCTGCCGGAGGCGCA GGA---GAG---TGTGCTGC CGCCGCTACACCACCACAAG
PHYSETERID ???????????????????? ???????????????????? ???????????????????? ???????????????????? ????????????????????
ZIPHIIDAE  ???????????????????? ???????????????????? ???????????????????? ???????????????????? ????????????????????
MYSTICETI  GCCGCCGCCCG---AGACAA AGACGTCGCAGCCAGAGGAG GCGGTGCTGCCAGAGGCGCA GGA---GAG---TGTGCTGC CGCCGCTACACCACTGTAAG
HIPPOPOTA  GCCGCCGCCAG---AGACGA AGATGTCGCAGACGAAGGAG GCGGTGTTGTCGTCAGAGAC GGAGGAGAG---TGTGCTGC CGCCGCTACACCATGGTAAG
SUIDAE     GCCGCCCCCGA---AGACGA AGATGTCGCAGACGAAGGAG GCGATGTTGTCCGAGGCGGA GGA---GAGCGGTGTGCTGC CGCCGCTACACCGTTATAAG
TAYASSUID  CCCGCCCCCGA---AGACGA AGATGTCGCAGACGAAGGAG GCGGTGCACTCCCAGGCGGA GGA---GAGCGGTGTGCTGC CGCCGCTACACCGTTATAAG
CAMELIDAE  GCCGCCCCCGG---AGACGA AGATGTCGCAGACGAAGGAG GCCATGTTGTCGGAGGCGGC GGAGGAGAG---TGTGCTGC CGCCGCTACACCATCATAAG
OUTGROUP   GCCGCCGCCGG---AGACAA AGATGTCGCAGGCGAAGGAG GCGATGCGTCCGAAGGCGGA ------GAG---TGTGCTGC CGCCGCTATACTGTCCTGAG

BOVIDAE    GTGTACAAGA---CAGTAA- CCACACAGTAGCAAGACCAC CGCACTCCTGCCTGAAAGGT CACCAGCCTTCAAGACCCTC TTGCCACATCTTGAACATGC
CERVIDAE   GTGTACAAGA---TAGAAA- CCGCACAGTAGCAAGACCAC CGCACTCCTGCCTGAAAGAT AACCAGCCTTCAAGACCCTC TTGCCACATCTTGAACATGC
GIRAFFIDAE GTGTACAAGA---CAGTAA- CCGCACAGTAGCAAGACCAC CGCACTCCTGCCTGAAAGA- --CCAGCCTTCAAGACCCTC TTGCCACATCTTGAACATGC
TRAGULIDAE GTGCGTCCGA---CGGTGA- TCGCACGGCAGCCAGACCAC CGCAGGCCTGCCCGGAACGT TACCGGCCTTCAAGACCCTC TCGCCACATCTTGAACATGC
DELPHINOID GTGTGCAAGA---TAGTAA- GCGCCCAGTAGCAAGACCAC CACACTCCTGCCTGAAACGC TACCAGCCTTCAAGACCCTC TTGCCACATCTCGAACATGC
PHYSETERID ???????????????????? ???????????????????? ???????????????????? ???????????????????? ????????????????????
ZIPHIIDAE  ???????????????????? ???????????????????? ???????????????????? ???????????????????? ????????????????????
MYSTICETI  GTGTGCAAGA---CAGTAA- GCGCCCAGTAGCAAGACCAC CACACTCCTGCCTGAACCAC TACCAGCCTTCAAGACCCTC TTGCCACATCTCGAACATGC
HIPPOPOTA  GTGTACAAGA---CAGTGA- ACGCACAAGAGCAAGACCAC CACACTCCTGCCTGAAATAC -ACCAGCCTTCAAGACCCTC ATGCCACATCXTGAACACGC
SUIDAE     GTGTAGAAGA---TGCTAA- ACATGCAGTAGCAAGACCAC CGCACTCCTGCCTGAAATAG TACCAGCCTTCAAGACCCTC TCGCCGCATCTTGAACATGC
TAYASSUID  GTGTAGAAGA---TGCTAA- ACGCACAGCAGCAAGACCAC CACACGCCTGCCTGAAATAG GACCAAACTTCAAGACCCTC TCGCCACATCTTGAACATGC
CAMELIDAE  GTGTAGAAGA---AGGTAA- ACGCACAGCAXCAAGACCAC CACACTCCTGCCTGAACTAX TACCAGCCTTCAAGACCCTC TTGCCACXCCTTGAACATGC
OUTGROUP   GTGTAGACGACGACGATAAT GCACGCGATAGCAAGTCCAC CACACTCCTGCCTGAAATGT TACCAGCCTTCAAGACCCTC TTGXCACATCTTGAAAGTGC

BOVIDAE    C---ACCATTTCAATGACAT GAACAGGAGCCTGCTAA?
CERVIDAE   C---ACCGTTCCAATGACAT GAACAGGAGCCTGCTAA?
GIRAFFIDAE C---ACCGTTCCAATGATAT GAACAGGAGCCTGCTAAC
TRAGULIDAE C---ACCATTGCAATGAAGT GAACAGGAGCCTGCTAAC
DELPHINOID C---ACCATTCCGATGAAAT GAACAGCAGCCTGCCAGC
PHYSETERID ???????????????????? ??????????????????
ZIPHIIDAE  ???????????????????? ??????????????????
MYSTICETI  C---ACCGTTCCAATGAAAT GAACAGGAGCCTGCCAGC
HIPPOPOTA  C---ACCGTTCCAATGAAAT GAACAGGAGCCCGCTAAC
SUIDAE     C---ACCGTTCCAATGAAGT GAACAGGAGCCTGCTAAC
TAYASSUID  CGCCACCGTTCCAGTGAAAT GAACAGGAGCCTGCTAAC
CAMELIDAE  C---ACCGTTCCGATGAAAT GAACAGGAGCCTGCTAAC
OUTGROUP   C---ACCATCCCAATGAAAT GAACAGGAGCCTGCTAGC

[protp1 intron 114]
BOVIDAE    GTGAAGAGGGTCCATCCTTG ---GGGGCAG-GGGCCA--- --GGGAGCTGGGGCGGGGCT GGGGGTTTGGGCTGTGCTGA AGTGTCCTCGTGTCCTCTGG
CERVIDAE   GTGAAGAGGGTCCATCCTTG ---GGGGTAG-GGGCCA--- --GGGAGCTCCCGCAGGGCT GGGGGTTCAGGCTGTGCTGA AGTGTCCTCTTGCCCTCTGG
GIRAFFIDAE GTGAAGAGGGTCCATCCTTG ---GGGGTAG-GGGCTA--- --GGGAGCTGGGGTGGGGCT GGGGGTTCCXGCTGTGCTGA AGTGTCCTCTTGCCCTCTGG
TRAGULIDAE GTGACTGGGGCCTGCCCCGG ---GGGGTGG-GGGT----- --GGCAGCCAG-CTGGGGCT CCGGCTTGGGGTCCCGCTGA CCTCTGCTCTTGCCCCGCCT
DELPHINOID GTGA-GGGGGTCCGCTCCGC ---GGG-TGG-GGGCCG--- --GGGAGCTGGGGTGGAG-T GGGGGTTCAGCCCATGCTGA AGTCTGCTCTCGCCCCCTCG
PHYSETERID ???????????????????? ???????????????????? ???????????????????? ???????????????????? ????????????????????
ZIPHIIDAE  ???????????????????? ???????????????????? ???????????????????? ???????????????????? ????????????????????
MYSTICETI  GTGA-GGGGGTCCGCTCCGT ---GGG-TGG-GGGCCG--- --GGGAGCTGGGGTGGAGCT GGGGGTTCAGCCCGTGCTGA AGTCTGCTCTCGCCCCCTCG
HIPPOPOTA  GTAAAGGGGGTCTGCAACAA ---GGG-TCG-GGGCCG--- --GGGAGCTGGGGCGGAGCT GGGGGTTCAGCCCGTGCTGA AATTTCCTCTCTCCCTCTTT
SUIDAE     GTAA-GGGGGTCTGCTCCAT CACGGGGTGGTGGGGGGGGG GGCGGAGCTGTGCTGGGCCT GGGGGTTCGGCTGGTGCTTT AATGTCCTCTCTCCCTCTTG
TAYASSUID  GTGA-AGGGGTCTGCTCCGT ---GGG-TGG-GCGCCG--- --CGGAGCTGGGCTGGGGCT AGGGGTGCCGCTGGTGCCTT AATGTCCTCTTTCCCTCTTG
CAMELIDAE  GTA--GAGGGTCCACCCCAT ---GGG-TGT-GGGCTG--- --GGCAGCTGGGGTGGAGCT GGGGGTTCAGCCCTTGCTGA AATTTCCTCTCTTGTTCTCT
OUTGROUP   GTGA-CGGGGTCCC-TCCGT ---GGG--CG-GGGCCG--- --GGGCGCTAGG-CGGAGCT GGGGGGTCAGCCCAGGCTGA ACTCTCCTCTCACCCTCTCT

BOVIDAE    ----TTCTCTGCAG
CERVIDAE   ----TTCTCCGCAG
GIRAFFIDAE ----TTCTCCGCAG
TRAGULIDAE ----TCC-CCACAG
DELPHINOID ----TTCTCCGCAG
PHYSETERID ??????????????
ZIPHIIDAE  ??????????????
MYSTICETI  ----CTCTCCGCAG
HIPPOPOTA  -----TCTCCACAG
SUIDAE     ----TTC-C--CAG
TAYASSUID  ----TTC-C--CAG
CAMELIDAE  ----------GCAG
OUTGROUP   CACTCCCCCCGCAG

[IRBP]
BOVIDAE    TCCCAGAGAACCTGATGGGGATGCAGGGAGCCATCGAGCAGGCCATCAAAAGTCAGGAGATTCTGTCTATCTCAGACCCTCAGACTCTGGCCCATGTGTTGACAGCTGGGGTGCAGAGCTCCTTGAATGACCCTCGCCTGGTCATCTCCTATGAGCCCAGCACCCTCGAGGCCCCTCCGCGAGCTCCAGCAGTCACGAACCTCACACTAGAGGAAATCATCGCAGGGCTGCAGGATGGCCTTCGCCATGAGATTCTGGAAGGCAATGTGGGCTACCTGCGGGTGGACGACATCCCGGGCCAGGAGGTGATGAGCAAGCTGAGGAGCTTCCTGGTGGCCAACGTCTGGAGGAAGCTCGTGAACACGTCCGCCTTGGTGCTGGACCTCCGGCACTGCACTGGGGGACACGTGTCTGGCATCCCCTATGTCATCTCCTACCTGCACCCAGGGAGCACAGTCTCGCACGTGGACACCGTCTACGACCGCCCCTCCAACACAACCACTGAGATCTGGACCCTGCCTGAAGCCCTGGGAGAGAAGTACAGTGCAGACAAGGATGTGGTGGTCCTCACCAGCAGCCGCACGGGGGGCGTGGCTGAGGACATCGCTTACATCCTCAAACAGATGCGCAGGGCCATCGTGGTGGGCGAGCGGACTGTTGGGGGGGCTCTGAACCTCCAGAAGCTGAGGGTAGGCCAGTCCGACTTCTTTCTCACTGTGCCTGTGTCCAGATCCCTGGGGCCCCTGGGTGAGGGCAGCCAGACGTGGGAGGGCAGTGGGGTGCTGCCCTGTGTGGGGACACCGGCCGAGCAGGCCCTGGAGAAAGCCCTGGCCGTTCTCATGCTGCGCAGGGCCCTGCCAGGAGTCATTCAGCGCCTTCAGGAGGCGCTGCGCGAGTACTACACGCTGGTGGACCGTGTGCCCGCCCTGCTGAGCCACCTGGCCGCCATGGACCTGTCCTCGGTGGTCTCCGAGGACGATCTGGTCACTAAGCTCAATGCTGGCCTGCAGGCTGTGTCTGAGGACCCCAGGCTCCAGGTGCAGGTGGTCAGACCCAAAGAAGCCTCTTCTGGGCCTGAGGAAGAAGCT------GAAGAACCTCCAGAGGCGGTCCCGGAAGTGCCCGAGGACGAGGCTGTTCGGCGGGCTCTGGTGGACTCCGTGTTCCAGGTTTCTGTGCTGCCGGGCAACGTGGGCTACCTGCGCTTCGACAGTTTCGCTGATGCCTCTGTCCTGGAGGTGCTG
CERVIDAE   ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
GIRAFFIDAE ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
TRAGULIDAE ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
DELPHINOID ???????????CTGATGGGGATGCAGGAAGCCATCGAGCAAGCCATCAAGAGTCGTGAGATCCTGGCCATCTCAGACCCTCAGACTCTGGCCCATGTGCTGACAGCTGGCGTGCAGAGCTCCCTGAACGACCCTCGCCTGGTCATCTCCTACGAGCCCAGCACCCTTGAGGCTCCCCGGCAAGCCCCAGCACTCATGAACCTCACGCTAGAGGAACTCATTGCGGGGCTGCAGAACGGCTTCCGCCATGAGGTTCTGGAAGGCAATGTGGGCTACCTGCGGGTGGACGACATCCCGGGCCAGGAGGTGATGAGCAAGCTGAGGAGCTTCCTGGCGGCCAACGTCTGGAGGAAGCTCATGGGCACCTCTGCCTTGGTGCTGGACCTCCGCCACTGCACTGGCGGCCACATTTCCGGCATCCCCTATGTCATCTCCTACCTGCACCCAGGGAACACAGTCCTGCATGTGGATACCATCTACGATCGCCCCTCTAATACGACCACTGAGATCTGGACCCTCCCCGAAGTCCTAGGAGACAACTACGGTGCCGATAAGGATGTGGTGGTCCTCACCAGTGGTCGCACGGGGGGTGTGGCTGAGGACATCTCTTATATCCTCAAACAGATGGACAGGGCCATCGTGGTGGACGAACGGACTGTGGGGGGGGCCTTGGACCTCCAGAAGCTGAGGATAGGCCAGTCTGAGTTCTTTCTCACAGTGCCCGTGTCCAGGTCCCTGGGGCCCCTGGGCAAGGGCAGCCAGACTTGGGAGGGCAGCGGGGTGCTGCCTTGTGTGGGGACACCGGCCGAGCAGGCCCTGGAGAAGGCCCTGGCCATCCTCACACTGCGCCGTGCCCTGCCGGGGGTCATCCAGCGCCTGCAGGAGGCCCTGCGGGAATACTACACGCTGGTGGACCGCGTGCCCGCCCTGCTGCACCACCTGGCCAACATGGACCTGTCCTCGGTGGTCTCCGAGGAGGATCTGGTCACTAAGCTCAACACCGGCCTGCAGGCCGTGTCCGAGGACCCCAGGCTCCTGGTGCAGGTGGTCAGGTCCAAGGAAACCTCTTCTGGTCCCGAGGACGAAGCT------GAAGACCCCCCGGAGATGGTCTCAGAAGTGCCCGAGGACGAGGCTGCCCGGCGGGCCCTGGTGGACTCCGAGTTCCAGGAGTGCATGCACCAAACCACCATCCCCTT??????????????????????????????????????????????
PHYSETERID CCCCAGAGGACCTGATGGGGATGCAGGAAGCCATCGAGCAGGCCATCAAGAGTGGTGAGATCCTGGCCATCTCAGACCCTCAGACTCTGGCCCATGTGCTGACAGCTGGCGTGCAGAGCTCCTTGAACGACCCTCGCCTGGTCATCTCCTATGAGCCCAGCACCCTCGAGGCTCCCCGGCAAGCCCCAGCACTCATGAACCTCACGCTAGAGGAACTCATTGGGGGGCTGCAGAACGGCCTCCGCCATGAGGTTCTGGAAGGAAATGTGGGCTACCTGCGGGTGGACGACATCCCGGGCCAGGAGGTGATGAGCAAGCTGAGGAGCTTCCTGGGGGCCAACGTCTGGAGGAAGCTCATGGGCACCTCTGCCTTGGTGGTGGACCTCCGCCACTGCACTGGGGGCCACATTTCCGGCATCCCCTATGTCATCTCCTACCTGCACCCAGGGAACACAGTCCTGTACGTGGATACCATCTATGATCGCCCCTCTAACACGACCACTGAGATCTGGACCCTGCCCGAAGTCCTAGGAGAGAACTACGGCGCCGATAAGGATGTGGCAGTCCTCACCAGTGGTCGCACAGGGGGTGTGGCTGAGGACATCGCTTATATCCTCAAACAAATGCGCAAGGCCATTGTGGTGGGCGAGCGGACTGTGGGGGGGGCCTTGGACCTCCAGAAGCTGAGGATAGGCCAGTCTGACTTCTTTCTCACCGTGCCCGTGTCCAGGTCCCTGGGGCCCCTGGGCAAGGGCAGCCAGACTTGGGAGGGCAGCGGGGTGCTGCCTTGTGTGGGGACACCGGCCGAGCAGGCCCTGGAGAAGGCCCTGGACATCCTCACGCTGCGCCGCGCCCTGCCGGGAGTCATCCAGCGCCTGCAGGAGGCCCTGCGGGAATACTACACACTGGTGGACCGCGTGCCTGCCCTGCTGCACCACCTGGCCAACACGGACCTGTCCTCGGTGGTCTCCGAGGAGGATCTGGTCACTAAGCTCAACACCGGCCTGCAGGCTGTGTCCGAGGACCCCAGGCTCCTGGTGCAGGTGGTCAGGTCCAAAGAAACCTCTGCTGGGCCCGAGGATGAAGCT------GAAGAACCCCCGGAGGTGGTCTCAGAAGTGCCCGAGGACGAGGCTGCCCGGCGGGCCCTGGTGGACTCCGTGTTCCAGGTGTCCGTGCTGCCGGGCAACGTGGGCTACCTGCGCTTTGACAGGTTTGCCGACGCCTCAGTGCTGGGGGTGCTG
ZIPHIIDAE  ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
MYSTICETI  ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????GAGGCTCCCCGGCAAGCCCCAGCACTCATGAACCTCACGCTAGAGGAACTCATTGCAGGGTTGCAGAACGGCCTCCGCCATGAGGTTCTGGAAGGCAATGTGGGCTACCTGCGGGTGGACGACATCCCGGGCCAGGAGGTGATGAGCAAGCTGAGGAGCTTCCTGGTGGCCAACGTCTGGAGGAAGCTCATGGGCACCTCTGCCTTGGTGCTGGACCTCCGTCACTGCACTGGGGGCCAAATTTCTGGCATACCCTACGTCATCTCCTACCTGCACCCAGGGAACACAGTCCTGCACGTGGATACCATCTATGATCGCCCCTCTAATACCACCACTGAGATCTGGACCCTGCCCGAAGTCCTAGGAGAGAACTATGGTGCCGATAAGGATGTGGTGGTCCTCACCAGTGGTCGGACCGGGGGTGTGGCTGAGGACATCGCTTATATCCTCAAACAAATGCGCAGGCCAATTGTGGTGGGCGAGCGGACTGTGGGGGGGGGCTTGGACCTCCAGAAGCTGCGGATAGGCCAGTCTGACTTCTTTCTCACCGTGCCCGTGTCCAGGTCCCTGGGGCCCCTGGGCAAGGGCAGCCAGACTTGGGAGGGCAGCGGGGTGCTGCCTTGTGTGGGGACACCGGCCGAGCAGGCCCTGGAGAAGGCCCTGGCCATCCTCACGCTGCGCCGCGCCCTGCCGGCAGTCATCCAACGCCTGCAGGAGGCCCTGCGGGAATACTACACACTGGTGGACCGCGTGCCCTCCCTGCTGCACCACCTGGCCAACATGGACCTGTCCTCGGTGGTCTCCGAGGAGGATCTGGTCACTAAACTCAACACCGGCCTGCAGGCCGTGTCCGAGGACCCCAGGCTCCTGGTGCAGGTGGTCAGGTCCAAAGAAACCTCCTCTGGGCCCGAGGATGAAACT------GAAGAACCCCCGGCGGTGGTCTCAGAAGTGCCCGAGGACGAGGCTTCCCGGCGGGCCCTGGTGGACTCCGTGTTCCAGGTGTCCGTGCTGCCGGGCAACGTGGGTTACCTGCGCTTTGACAGGTTTGCCGACGCCTCAGTGTTGGGGGTCCTG
HIPPOPOT   ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????GCCTCGAGGCTCCCCGACAAGCCCCAGCACTCAAGAACCTCACGCTAGAGGAACTCATTGCAGGTCTGCAGAACGGCCTCCACCATGAGGTTCTGGAAGGCAACGTGGGCTACCTGCGGGTGGACGACATCCCAGGCCAGGAGGTAATGAGCAAGCTGAGGAGCTTCCTGGTGGCCAACGTCTGGAGGAAGCTCATGGGCACCTCTGCATTGGTGCTGGACCTCCGCCACTGCACTGGGGGACGCATTTCTGGCATCCCCTATGTCATCTCCTACCTGCACCCAGGGAACACGGTCCTGCATGTGGACACCATCTATGACCGCCCCTCCAATACGACCACTGAGATCTGGACCCTGCCTGAAGTCCTGGGAGAGAACTACAGTGCCGATAAGGATGTGGTGGTCCTCACCAGCAGCCGCACAGGGGGCGTGGCCGAGAACATCGCTTACATCCTCAAACAGATGCGCAGGGCCATCGTGGTGGGCGAGAGGACGGCTGGGGGGGCCCTGGACCTCCAGAAGCTGAGGATAGGCCAGTCTGACTTCTTTCTCACTGTGCCTGTGTCCAGGTCCCTGGGGCCCCTGGGCGAGGGCAGCCAGACGTGGGAGGGCAGCGGGGTGCTGCCTTGTGTGGGGACACCAGCCGAGCAGGCCCTGGAGAAAGCCCTGGCCATCCTCACGCTGCGCCGTGCACTGCCGGGAGTCATCCAGCGCCTGCAGGAGGCCCTGAAGGAATACTACACCCTGGTGGACCGCGTGCCCGCCCTGCTGCACCACCTGGCCAACATGGACCTGTCCTCGGTGGTCTCCGAGGAAGATCTGGTCACTAAGCTCAATGCCGGCCTGCAGGCCGTGTCCGAGGACCCCAGGCTCCTGGTGCAGGTGGTCAAGTCCAAAGGAACCTCTTATGGGCCCGAGGATGAAGCT------GAAGAACCCCCGGAGGTGGAGCCAGAAGTGCCCGAGGACGAGGCTGCCCGGCTGGCCCTGGTGGACTCTGTGTTCCAGGTGTCCGTACTGCCGGGCAACGTGGGCTACCTGCGCTTCGACAGGTTTGCTGATGCCTCAGTGATAGGGCCGCTG
SUIDAE     ?CCAGGAGGATCTGATGGGGATGCAGGAAGCCATCGAGCAGGCCACCAAGAGTCCTGAGATCTTAGCCATCACCGACCCTCAGACTCTGGCTCATGTGTTGACAGCTGGGGTGCAGAACTCCTTGAACGACCCTCGCCTGATCATCTCCTATGAGCCCAGCACCCTCGAGGTTACCCCGAAAGCCCCGGCACTCAGGAACCTCACACTAGAGGAACTCATTGAGGGGCTGCACAATAGTCTCCGCCATGAGGTTCTGGAAGGCAATGTGGGCTACCTGCGGGTGGACGACATCCCAGGCCAGGAGGTGATGAACAAGCTGGGGAGCTTCCTGGTAGTCAACGTCTGGGAAAAGCTAATGGGCACCTCTGCCTTGGTGCTAGACCTCCGGCACTGCACCAGGGGCCACGTTTCTGGCATCCCCTATGTCATCTCCTACCTGCACCCAGGGAACACGGTCCTGCACGTGGACACCATCTATGACCGTCCCTCCAATACGACCACTGAGATCTGGACCCTGCCCGAAGTCCTGGGAGACAGGTACAGTGCGGATAAGGACGTGGTGGTCCTCACCAGCAGCCACACAGGGGGCGTGGCTGAGGACATCGCCTACATCCTCAAACAGATGCGCAGGGCCATTGTGGTCGGCGAGCGAACTGTGGGGGGTGCCCTGGACCTCCAGAAGCTGAGGATAGGCCAGTCCGACTTCTTTCTCACCGTGCCTGTGTCCAGGTCCCTGGGGCCCCTGGGTGAGGGCAGCCAGACATGGGAGGGCAGCGGAGTGCTGCCTTGTGTAGGGACACCAACCGAGCAGGCCCTGGAGAAAGCCCTGGCCATCCTCAAGTTGCGTCGTGCCCTTCCAGGAGTGATCCAGCGCCTACAGGAGGTCCTGCAGGAATACTACACGCTGGTGGACCGTGTGCCAGCCCTTCTGCACCACCTGGCCAGTATGGACCTGTCCTCGGTGGTCTCCGAGGAGGATCTGGTCACTAAGCTCAACGCTGGCCTGCAGGCTGTGTCTGAGGACCCCAGGCTCCTGGTGCAGGTGGTCAAGTCCAAAGAACCCTCTTCTGAGTCCAAGGATGAAGCT------GAGGAACCGCCAGAGGTGATCCCAGAAGTGCCCGAGGACGAGGCTGCCCGGCGGGCCCTGGTAGACGCTGTGTTCCAGGTGTCTGTGCTTCCAGGCAACGTGGGCTACCTGCGCTTTGACAGTTTTGCTGACCCCTCGGTGCTGGGGGTGCTG
TAYASSUID  ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
CAMELIDAE  ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????GCCTCGAGGCTCCCCGGCAAGCCCCGGCCCTCGACAGTCTCACACAAGAGGAACTCATTGCGGGGCTACAGAATGGCATCCGCCATGAGGTTCTGGAAGGCAACGTGGGCTACCTGCGGGTGGACAACATCCCAGGTCAGGAGGTACTGAGCAAGCTGAGAAGCTTCCTGGTGGCCAACGTCTGGAAGAAGCTCATGGACACCTCTGCCTTGGTGCTGGATCTCAGGCACTGTACTGGAGGTCAAGTTTCTGGCATCTCCTATGTCATCTCCTACCTGCACCCAGGGAACACGGTCCTGCATGTGGACACCATCTACGACCGCCCCTCCAATACGACCACTGAGATCTGGACCCTGCCTGACGTCCTGGGAGAGAGGTACAGTGCTGATAAGGATGTGGTGGTCCTCACCAGTGGCCGCACTGGGGGCGTTGCTGAGGACATCGCTTACATCCTCAAACAGATTCGCAGGGCCATCGTGGTGGGGGAGCGGACTGTGGGGGGTGCCCTGGACCTCCAGAAGCTGAGGATCGGCCAGTCCGACTTCTTCTTCACCGTGCCTGTGTCCAGGTCCCTGGGGCCCCTGGGCGAGGGCAGCCAGACGTGGGAGGGCAGCGGGGTGCTGCCTTGTGTGGGGACACCAGCTGAGCAGGCCCTGGAGAAACCCCTGGCCATCCTCAAGCTGCGCCAGGCCCTGCCAGGAGTCATCCGGCGCCTGCAGGACGCCCTGCAGGACTACTACACGCTGGTGGACCGTGTCCCCGCCCTGCTGCAGCACCTGGCCGGCATGGACCTGTCCTCAGTGGTCTCCGAGGAGGATCTGGTCACTAAGCTCAACGCCGGCCTACAGTCTGTGTCTGAGGACCCCAGGCTCTTGGTGCAGGTGGTCAGGTCTAAAGAAATCTCTTCCGGGCCCGGGGATGATGTT------GAAGAACCGCCAGAGGTGGTCCCAGCATTGCCTGAGGATGAGGATGCCCGGAGGGCCCTGGTAGACTCTGTGTTCCAGGTGTXGGTGTTGCCAGGCAACGTGGGCTACCTGCGCTTCGACAGTTTTGCCGATGCCTCCGTGCTGGGGGCACTG
OUTGROUP   ?CCCGGAGAACCTGATGGGGATGCAGGAAGCCATTGAGCAGGCCATCAAGAGCCAAGAGATCCTGGCCATCTCAGACCCACAGACACTGGCCCAAGTGCTGACAGCCGGGGTGCAAAACTCCCTGAACGACCCTCGGCTGGTCATCTCCTATGAGCCCAGCACGCTCGAGGCTCCCAAGAAAGCCCCGGCACTCACCAACCTCACACAAGAGGAACTGCTTGCTCGGCTGCAGGAGGGCATCCGCTATGACATTCTGGAGGGCGACGTGGGCTACTTGCGAGTGGACAACATCCCGGGCCAGGAGGTGGTGAGCAAGCTGGGGGGCTTCCTGGTGGACAATGTCTGGAGGAAGCTCATGGGCACCTCTGCCTTGGTGCTGGACCTCCGGCACTGCACTGGGGGCCACGTTTCCGGCATCCCCTATATCATCTCCTACCTGCACCCAGGAAACACGGTCCTGCACGTGGACACCATCTACGACCGCCCCTCCAATACGACCACTGAGATCTGGACCCTGCCCGAGGTCCTGGGAGAGAGGTACAGTGCCGACAGGGATGTGGTGGTCCTCACCAGTGGCCACACCGGGGGCGTGGCCGAGGACATTGCTTACATCCTCAAACAGATGCGCAGGACCATCGTGGTGGGTGAGCGGACCGTGGGAGGTGCCCTGGACCTCCAGAAGCTGAGGATAGGCCAGTCCGACTTCTTCCTCACCGTGCCCGTGTCCAGGTCCCTGGGTCTGCGCGAGGTCCTCATGCATAACTACTGCTTCCCGGAGATACTGCTCTGTGTGGGGACACCCGCCGAGAAGGCCCTAAAGAAAGCCCTGTCCATCCTCACACTGCGCCGTACCCTGCCAGGAGTCATCCAACGCCTGAAGGAGGCCCTACAGGACTACTACACGCTGGTGGACCGCGTGCCTGCCCTTCTGCACCACCTGGCCAGCATGGACTTCTCCTCAGTGGTCTCTGAGGACGATCTGGTCGCTAAGCTCAACGCTGGCCTGCAGGCTGTCTCCGAGGACCCCAGGCTCCTGGTGTGGGTCGTCAGGTCCAAAGAGACCCCTCCCGGGCTGGAGGCTGGAGCT------GATCCCCCCCCAGAGATAACCCCCGCAGTGCCCGTGGATGAGGCTGCCCCTGCAGGCCTTGGTGGATCCGTGTTCCAGGTGTCCCTCCTG???????????????????????????????????????????????????????????????

[vwf]
BOVIDAE      AAGGAGCCAGGAGGCC------CGCCCCCCACCGAAGGCCCGGTCATCCCCACAACCCCATATGTGGAGGACATCCCGGAGCCGCCCCTGCATGACTTCTTCTGCAGCAAACTCCTGGACCTGGTCTTCCTGCTGGATGGCTCCTCCAAGCTGTCCGAGGCTGACTTCGAGACGCTGAAGGCATTCGTGGTGGGCATGATGGAGCGTCTGCACATTTCCCAGAAACGCATCCGTGTGGCCGTGGTGGAGTACCATGATGGCTCCCATGCCTACCTCGCGCTGCAAGACCGGAAACGGCCATCTGAGCTTCGGCGCATTGCCGGGCAGGTGAAGTATGCGGGCAGCGAGGTGGCTTCCACCAGCGAGGTCTTGAAGTACACGCTCTTCCAGATCTTCGGCAGGATTGACCGGCCTGAGGCCTCTCGCGTGGCCCTGCTGCTTACGGCCAGCCAGGAACCCCCCAGGCTGGCCCGGAACTTGGTCCGCTACGTCCAGGGCCTGAAGAAGAAGAAG---GTCTCCGTGGTCCCCGTGGGCATCGGGCCCCACGCCAGCCTCAAGCAGATCCGCCTCATTGAGAAGCAGGCACCTGAGAACAAAGCCTTTGTGCTAAGTGGCGTGCACGAGCTGGAGCAGCGGATGGACGATATTGTCGGCTACCTCTGCGACCTCGCCCTCGAGGTGCCTGCCCCGACCCTGACGCAACATCCCCTCGCCGCACAGGTCACTGTGGGCCCGCAGCTCCTGGGTCCTTCGCTGCCGGGACCCAAGAGGAGCTCTGTGGTCCTGGATGTGGCATTCCTCCTGGAAGGCTCGGACGAGGTGGGCGAGGCCAACTTCAACAGGAGCGCAGAGTTTGTGGAGGAGGTGATCCGACGCATGGACGTGGGCCAGGACGGCATCCACGTCACAGTGCTGCAGTACTCATATGTGGTGACTGTGGAGCACTCCTTCAGGGAGCCACAGTCCAAGGACGTGGTCCTGCAGCGACTCCGTGAAGTCCGCTACCGAGGTGGCAACCAGACAAACACGGGGCTGGCCCTGCAGTACTTGTCGGAGCACAGCTTCTCTGCCAGCCAGGGGGACCGGGAGCAGGCGCCCAACCTGGTCTACATGGTGACAGGAAGCCCGGCCTCGGACAAGATCCAGCGGATGCCTGGAGACATCCAGCTGGTGCCCATCGGCGTGGGCCCCCGCGTGGATGTGCAGGAGCTGGAGAGGGTCAGCTGGCCCCAGACCCCC
CERVIDAE     ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
GIRAFFIDAE   ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
TRAGULIDAE   ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
DELPHINOID   AGGGAACCGGGAGGCCTGGTGGTGCCCCCCACAGAAGGCCCGGTTGACCTCACCACCCCGTACGTGGAGGACACGCCGGAGCCGCCCCTGCACGACTTCTTCTGCAGCAAACTCCTGGACCTGGTCTTCCTGCTGGACGGCTCCTCCAAGCTGTCTGAGGCCGACTTCGAGACGCTGAAGGCGTTCGTGGTGGGCGTGATGGAGCGTCTGCGCATCTCCCAGAAGCACATCCGCGTGGCCGTGGTGGAGTACCATGATGGCTCCCACGCCTACATCGCACTGCAGGACCGGAAGCGGCCGTCGGAGCTGCGGCGCATCGCCGGGCAGGTGAAGTACGCGGGCAGCGAGGTGGCCTCCACCAGCGAGGTCTTGAAGTACACGCTCTTCCAGATTTTCAGCAAGGTGGACCGGCCTGAGGCCTCCCGCGTGGCCCTGCTGCTCACGGCCAGCCAGGAGCCCCCCAGGCTGGCCCGGAACTTGGTCCGCTACGTCCAGGGCCTGAAGAAGAAGAAG---GTCGTCATGGTCCCCGTGGGCATCGGGCCCCACGCCAGCCTGAGGCAGATCCGCCTCATCGAGAAGCAGGCCCCTGAGAACAAGGCCTTTGTGCTCAGCGGCGTGGACGAGCTGGAACAGCGGAGGGATGAGATCATCAGCTACCTCTGTGACCTCGCCCCTGAAGCGCCTGCCCCCAC------GCAGCGGCCGCTCACGGCCCAGGTCGCCGTG------------------------ACGCTGGCACCCAGGAGGAGCTCCGTGGTCCTGGATGTGGCGTTCCTCCTGGAAGGGTCGGACAGCGTGGGCGAGGCCAGCTTCAACAGGAGCACAGAGTTCTTGGAGGAGGTGATCCGGCAGATGGACGTGGGCCGGGACGGTGTCCACGTCACGGTGCTGCAGTACTCGTACGTGGTGACCGTGGAACACTCCTTCAGGGAGGCGCAGTCCAAGGAGGACGTCCTGCGGCGGCTGCGGGAGATCCGCTACCGGGGTGGCAACCGGACCAACACCGGGCTGGCCCTGCAGTACCTGTCGGAGCACAGCTTCTCGGCCAGCCAGGGGGACCGGGGGCAGGCGCCCAACCTGGTCTACATGGTCACGGGGAGCCCGGCCTCAGATGAGATCAGGCGGATGCCCGGAGACATCCAGGTGGTGCCCATCGGAGTGGGGCCTCGTGTGGACGTGCCGGAGCTGGAGAAGATCGGCTGGCCCCAGGCCCCC
PHYSETERID   AGGGAACCGGGAGGCCTGGAGGTGCCCCCCACAGAAGGCCCGGTCGGCCTCACCACCCCGTACGTGGAGGACACGCCGGAGCCGCCCTTGCACGACTTCTTCTGCAGCAAACTTCTGGACCTGGTCTTCCTGCTGGACGGCTCCTCCAAGCTGTCCGAGGCCGACTTCGAGACGCTGAAGGCGTTCGTGGTGGGCGTGATGGAGCGTCTGCACATCTCCCAGAAGCGCATCCGGGTGGCCGTGGTGGAGTACCACGACGGCTCCCACGCCTACATCGCGCTGCAGGACCGGAAGCGGCCGTCGGAGCTGCGGCGCATCGCTGGGCAGGTGAAGTACGCGGGCAGTGAGGTGGCCTCCACCAGCGAGGTCTTGAAGTACACGCTCTTCCAGATTTTCAGCAAGGTGGACCGGCCTGAGGCCTCCCGCGTGGCCCTGCTGCTCACGGCCAGCCAGGAGCCCCCCAGGCTGGCCCGGAACTTGGTCCGCTACGTCCAGGGCCTGAAGAAGAAGAAG---GTCGTCATGGTCCTCGTGGGCATCGGGCCCCACGCCAGCCTCAGGCAGATCCGCCTCATCGAGAAGCAGGCCCCCGAGAACAAAGCCTTTGTGCTCAGCGGCGTGGACAAGCTGGAGCAGCAGAGGGACGAGATCATCAGCTACCTCTGCGACCTCGCCCCTGAAGCGCCTGCCCTCAC------GCAGCGGCCGCTCACGGCCCGGGTCACCACGGCGCCGGAGCGCCCGGGGACTTCGACGCTGGCACCCGGGAGGAGCTCCTTGGTCCTGGATGTGGCATTCCTCCTGGAAGGGTCGGACAGTGTGGGCGAGGCCAACTTCAACAGGAGCACAGAGTTCTTGGAGGACGTGATCCGGCAGATGGACGTGGGCCGGGACGGTGTCCACGTCGCGGTGCTGCAGTACGCATACGTGGTGACCGTGGAGCACTCCTTTAGAGAGGCGCAGTCCAAGGAGGATGTCCTGCAGCGGCTGCGGGAGATCCGCTACCGGGGTGGCAACCGGACCAACACCGGGCTGGCCCTGCAGTACCTGTCGGAGCACAGCTTCTCGGCCAGCCAGGGGGACCGGCAGCAGGCACCCAACCTGGTCTACATGGTCACGGGAAGCCCGGCCTCAGATGAGATCAGGCGGGTGCCCGGAGACATCCAGGTGGTGCCCATCGGGGTGGGACCCCGCGTGGACGTGCAGGAGCTGGAGAGGATCGGCTGGCCCCAGGCCCCC
ZIPHIIDAE    ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
MYSTICETI    GGGGAACCGGGAGGCCTGGCGGTGCCCCCCACAGAAGGCCCGGTCGGCTTCACCACCCCGTACGTGGAGGACACGCCGGAGCCGCCCCTGCACGACTTCTTCTGCAGCAAACTTCTGGACCTGGTCTTCCTGCTGGACGGCTCCTCCAAGCTGTCTGAGGCCGACTTCGAGACGCTGAAGGCGTTCGTGGTGGGCGTGATGGAGCGTCTGCATATCTCCCAGAAGCGCATCCGCGTGGCCGTGGTGGAGTACCAAGACGGCTCCCACGCCTACATCGCACTGCAGGACCGGAAGCGGCCGTCGGAGCTGCGGCGCATCGCCGGGCAGGTGAAGTACGCGGGCAGTGAGGTGGCCTCCACCAGCGAGGTCTTGAAGTACACGCTCTTCCAGATTTTCAGCAAGGTTGACCGGCCTGAGGCCTCCCGCGTGGCCCTGCTGCTCACGGCCAGCCAGGAGCCCCCCAGGCTGGCCCGGAACTTGGTCCGCTACGTCCAGGGCCTGAGGAAGAAGAAG---GTCGTCATGGTCCCCGTGGGCATCGGGCCCCACGCCAGCCTCAGGCAGATCCGCCTCATCGAGAAGCAGGCCCCCGAGAACAGAGCCTTTGTGCTCAGCAGTGTGGAGGAGCTGGAGCAGCGGAGGGACGAGATCATCAGCTACCTCTGCGACCTCGCCCCCGAAGCGCCGGCCCTCAC------GCAGCGCCCGCTCACGGCCCAGGTCACCGTGGCGCCGGAGCTCCCGGGGACGTCGACGCTGGCACCCAGGAGGACCTCCTGTGTCCTGGATGTGGCATTCCTGCTGGAAGGGTCGGACAACGTGGGCGAGGCCAACTTCAACAGGAGCACAGAGTTCTTGGAGGAGGTGATCCGGCAGATGGACGTGGGCCGGGACGGTGTCCACGTCACGGTGCTGCAGTACTCATACGTGGTGACCGTGGAGCACTCCTTCAGAGAGGGGCAGTCCAAGGAGGACGTCCTGCAGCGGCTGCGGGAGATCCGCTACCGGGGTGGCAACCGGACCAACACCGGGCTGGCCCTGCAGTACCTGTCGGAGCACAGCTTCTCGGCCAGCCAGGGGGACCGGGAGCAGGCGCCCGACCTGGTCTACATGGTCACGGGGAGCCCGGCCTCAGATGAGATCAGGCGGATGCCCGGAGACATCCCGGTGGTGCCCATCGGGGTGGGACCGCGCGTGGACGTGCAGGAGCTGGAGAAGATCGGCTGGCCCCAGGCGCCC
HIPPOPOT     AAGAAACCGGGGGGCCTGGTGGTGCCCCCCACAGAAGGCCCGGTTAGCCCCACCACACATTACGTGGAGGACACCCAGGAGCCTCCCCTGCACGACTTCTACTGCAGCAAGCTTCTGGACCTGGTCTTCCTGCTGGACTGCTCCTCCAAGCTGTCCGAGGCCGACTTTGAGGCGCTGAAGGCTTTCGTGGTGGGCCTGATGGAGCATCTGCACATCTCCCAGAAGCGCATCCGCGTGGCCGTGGTCGAGTACCACGTTGGCTCCCATGCCTACATCGCACTGAAGGACCGGAAGCGGCCGTCGGAGCTGCGGCGCATCGCCAGGCAAGTGAAGTACGTGGGCAGCGAGGTGGCCTCCACCAGTGAGGTCTTGAAGTACACGCTCTTCCAGATCTTCAGCAAGATCGACCGGCCTGAAGCCTCCCGCGTGGCCCTGCTCCTCTCGGCCAGCCAGGAGCCCCCCAAGATGTCTCGGAACTTGGTCCGCTACGTCCAGGGCCTGAAGAAGAAGAAG---GTCATTGTGXTCCCCGTGGGCATTGGGCCCCACGTCAGCCTCAAGCAGATCCGCCTCATTCAGAAXCAGGCCCCCAGGAACAAAGCCTTTGTGCTCAGCGGTGTGGACGAGCTGGAGCAGCGGAGGGACGAGATCATCAGCTACCTCTGCGACCTCGCCCCTGAAGTGCCCGCCCCCAC------GCGGCGCCCGCTCGTGGCCCAGGTCACCGTAGTGCCCGAGCTCCCGGGGATTTCAACGCAGGGACCCCAGAGGCGCTCCATGGTCCTGGACGTGGCATTCCTGCTGGAAGGGTCGGACAAGGTTGGCGAGGCCAACTTCAACAGGAGGAACGAGTTCTTGGAGGAGGTGATCCGGCGGATGGATGTGGGCCGGGACGGCATCCACGTCACGCTGCTGCAGTACTCATACATGGTGACCGTGGAGCACTCCTTCAGAGAGGCGCAGTCCAAGGAGGACGTCCTGCAGCAGCTGCGGGAGATCCGATACCAGGGCGGCAACAGGACCAACACTGGGCTGGCCCTGCAGTACCTGTCGGAGCACAGCTTCTCGGCCAGCCAGGGGGACCGAGAGCAGGCACCCAACCTGGTCTACATGGTCACAGGAAGCCCGGCATCGGATGAGATCAGGCGGATGCCTGGGGACATCCAGGTGGTGCCCATCGGAGTGGGCTCCCGAGTGGATGTGCAGGAGCTGGAGAGGATCGGCTGGCCCCAGGCCCCC
SUIDAE       GCGGAACCG------------GTGCCCCCCACAGAAGGCCCGGTCAGCCCCACCACACCCTACGAGGAGGACACGCCAGAGCCGCCGCTGCACGACTTCTTCTGCAGCAAACTTCTGGACCTGGTCTTCCTGCTGGACGGCTCTGATAAGCTGTCCGAGGCCGACTTCGAGGCCCTGAAGGTCTTCGTGGTGGGCATGATGGAACACCTGCACATCTCCCAGAAGCACATCCGCGTGGCGGTGGTGGAGTACCACGACGGCTCCCACGCCTACATCTCGCTCCAGGACCGAAAGCGGCCCTCGGAGCTGCGGCGCATCGCCAGCCAGGTGAAGTACGCGGGCAGGCAGGTGGCTTCCATCAGCCAGGTTTTCAAGTACACGCTCTTCCAAATCTTTGGCAGGGTCGACCGGCCCGAAGCCTCCCGTATAGCCCTGCTGCTCATGGCCAGCCAGGAGCCACGCCGGCTGGCCCAGAACTTGGCCCGCTACCTCCAGGGCCTGAAGAAGAAGAAG---GTCACCGTGATTCCGGTGGGCATCGGACCCCACGTCAGCCTCAAGCAGATCCGCCTCATCGAGAAGCAGGCCCCGGAGAACAAAGCCTTTGTGGTCAGCGGTGTGGACGAGCTGGAGCAGCGCAAGAACGAGATCATCAGCTACCTCTGCGACCTCGCCCCGGAAGTGCCCGCCCCTAC------GCGGCGCCCCCTAGTGGCCCAAGTCACTGTGGCGCCTGAGCTCCCCGGGGTTTCAACGCTCGAACCCAAGAAGAGA---ATGGTCTTGGATGTGGTGTTTGTGCTGGAAGGGTCCGACAAGGTCGGCGAGGCCAACTTCAACAGGAGCACGGAGTTTGTGGAGGAAGTGATCCGGCGGATGGACGTGGGCCGGGACAGTGTCCACGTCACGGTGCTGCAGTACTCGTACGTGGTGGCCGTGGAGCACTCCTTCAGGGAGGCGCAGTCCAAGGGGGAAGTCCTACAGCGGGTGCGGGAGATCCGCTTCCAGGGTGGCAACAGGACCAACACTGGGCTGGCCCTGCAGTACCTCTCGGAGCACAGCTTCTCAGCCAGCCAGGGGGACCGGGAGGAGGCGCCCAACCTGGTCTACATGGTCACAGGAAACCCTGCCTCGGATGAGATCAAGCGGATGCCGGGAGACATCCAGGTGGTGCCCATCGGGGTGGGCCCCGACGTGGAGATGCAGGAGCTAGAGCGCCTCAGCTGGCCCAATGCCCCC
TAYASSUID    ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
CAMELIDAE    GGGGAGCTGGGGGGCCTGGAGGCACCCCCCACCGAAGGCCCGGCCAGCACCACCAGTTTGTATGTGGAGGACACCCCGGAGCCGCCCTTGCACAGATTCCTGTGCAGCAGACTCCTGGACCTGGTCTTCCTGCTGGACGGCTCCAACAAGCTGTCCGAGGCCGACTTTGGGGTGGTGAAGGACTTCGTGGTAGGCATGATGGAGCGCCTGCACATCTCCCAGAAGCGCATCCGCGTGGCCGTGGTAGAGTACCACGATGATTCCCACGCCTACATCGCACTCCGGGACCGGAAGCGACCCTCGGAGCTGCGGCGCATCGCCAGCCAGGTGAGGTACGCAGGCAGCACGGTGGCCTCCACCAGTGAGGTCCTGAAGTACACGCTCTTCCAGATCTTCAGCAAGATCGACCGGCCCGAAGCCTCCCGCGTGGTCCTGCTGCTCGTGGCCAGCCAGGAGCCCGCCAAGCTGTCCCGGAACTTTGCCCGCTACGTCCAGGGCCTGAAGAAGAAGAAG---GTCTCCGTGGTCGCGGTGGGCATCGGGCCCCACGCCAACCTGAAGCAGGTCCGCTTCATCGAGAAGCAGGCCCCCGAGAACAAGGCCTTCGAGCTCGGTGGGGTGGGTGAGCTGGAGCAGCGGAGGGACGAGATCATGGGCTACCTCTGCGACCTTGCCCCCGAAGTGCCCGCCCCGAC------GCCACACCCCCACGTGGCACAGGTCACCGTGGGCCCTGAGCTCCTGGGGGTTTCGATGGCGGGACCCCGGAGGTGCTCCGTGGTCCTGGATGTGGTCTTCGTCCTGGAAGGGTCAGACAAGGTGGGCGAGGCCAACTTCAACAGGAGCACCGAGTTCGTGGCGGAGGTGGTTCGGCGGATGGACGTGGGCCGGGACAGCGTCCACGTCGCCGTGCTGCAGTACTCACACGCGGTGGCCGAGGAGTACTCCTTCAGCAAGGCGCAGTCCACGGGGGACGTCCTGCAGCGAGTGCAGGGGATCCGCTACCAGGGCGGCAACGAGACCAACACTGGGCTGGCCCTGCAGTATCTGACCGAGCACAGCTTATCGGCCAGGGAGGGGGACCGGGAGCAGGCGCCTAAC??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
OUTGROUP     ??????CCGGAAGTCCTACCGATGCCTCCCACGGAAGGCCCGGTCAGCCCCACCACCGCATATGTGGAGGACGCCCCGGAGCTACCCCTGXATGACTTCTACTGCAGCAAGCTTCTGGACCTGGTCTTCCTGCTAGATGGCTCCTCCAAGCTCTCTGAGGCCGAGTTCGAAGTGCTGAAGGCCTTTGTGGTGGGCATGATGGAACGCCTCCACATCTCCCAGAAGCGGATCCGCGTGGTCGTGGTGGAGTACCACGATGGATCCCACGCCTACATTGCACTCAGGGACCGGAAGCGGCCCTCGGAGCTGCGGCGCATTGCCAGCCAGGTGAAGTACGCAGGCAGCGAGGTGGCCTCCACCAGTGAGGTCTTGAAGTACACGCTGTTCCAAATCTTTGGCAAGATTGACCGCCCCGAAGCCTCTCGCATCACCTTGCTCCTGATGGTCAGTCAGGAGCCCCCGAGGTTGGCCCGGAACTTGGTCCGCTACATCCAGGCCTTGAAGAAGAAGAAG---GTCATCGTGATCCCAGTGGGCATTGGGCCCCATGCCAACCTCAAACAGATCCGCCTCATCGAGAAGCAGGCTCCAGAGAACAAGGTCTTTGTGCTCAGTGGTGTGGACGAGCTGGAGCAGCAAAGGGACGAGATTATCAGTTACCTCTGTGACCTTGCCCCCGAACCACCTGCCCCTAC------TCAGCGCCCCCGTACAGCACAAGTCACTGTGCGTCCGGAGCTCTGGGGGGTTTTGTCACTGGGACCCGAGAGGAAGTCCATGGCTCTGGATGTGGTATTTGTCCTGGAAGGGTCAGACAAAACTGGTGAGGTCAACTTCAACAGGAGCAGGGAGTTCATAGAGGAGGTGATTCAGCGGATGGACGTGGTCCGGGACAGCATCCATGTCACAGTGCTGCAGTATTCGTACATGGTGACCGAGGAGTACACCTTCCTCGAGGCACAGTCCAAGAGGGACGTCCTGCAGCGGGTGCGTGAGATCCGCTACCAGGGTGGCAACAGGACCAACACCGGACTGGCCCTGCAGTACCTGGCTGAGCACAGCTTCTCGGCCCGCCAGGGGGACCGGGAGCAGGCGCCTAACCTGGTCTACATGGTCACAG???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????

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BOVIDAE      CCCAGGCTGAACAGTTAACAAAATGTGAGGTGTTCCGGGAGCTGAAAGACTTGAAGGGCTACGGAGGTGTCAGTTTGCCTGAATGGGTCTGTACCGCGTTTCATACCAGTGGTTATGACACACAAGCCATAGTACAAAACAATGACAGCACAGAATATGGACTCTTCCAGATAAATAATAAAATTTGGTGCAAAGACGACCAGAACCCTCACTCAAGCAACATCTGTAACATCTCCTGTGACAAGTTCCTGGATGATGATCTTACTGATGACATTATGT
CERVIDAE     ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
GIRAFFIDAE   ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
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DELPHINOID   TCCAGGCAGAACAATTAACAAAATGTGAGTTGTTCCAGAGGCTGAAAGACCTGGATGGCTATGGAGGCGTCACTTTGCCTGAATGGGTCTGTACCGTATTTCATACTAGTGGTTGTGACACACAAACCATAGTAAATAACAATGACAGCACAGAATATGGACTCTTCCAGATCAATAATAAAATTTGGTGCAGAGACAACCAGATCCCTCACTCAAGGGACATCTGTGGCATCTCCTGTGACAAGTTCCTGGATGATGACCTTACTGATGACATTATGT
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MYSTICETI    TCCAGGCTGAACAATTAACAAAATGTGAGGTGTTCCAGAGGCTGAAAGACCTGGATGGCTATGGAGGCATCACTTTGCCTGAATGGGTCTGTACCGTATTTCATACCAGTGGTTGTGACACACAAACCGTAGTAAATAACAATGGCAGCACAGAATATGGACTCTTCCAGATCAATAATAAAATTTGGTGCAGAGACAACCATATCCCTCACTCAAGGGACATCTGTGGCXTCTCCTGTGACAAGTTCCTGGATGATGACCTTACTGATGACATTATGT
HIPPOPOT     GCCAGGCCGAACAATTAGCAAAATGTGAGGTGTCCCGGAAGCTGAAAGACCTGGATGGCTATGGAAGTATCACTTTGCCTGAATGGGTCTGTACCATATTTCATACCAGTGGTTGTGACACACAAACCGTAGTATATAACAATGGCAGCACAGAATATGGACTCTTTCAGATCAATAATAAAATTTGGTGCAGAGACAACCAGAATCTTCACTCAAAGAACATCTGTGGCATCTCTTGTGACAAATTCCTGGATGATGACCTTACTGATGACATTATGT
SUIDAE       TCCAGGCCAAGCAATTTACAAAATGTGAGCTGTCCCAGGTGCTGAAAGACATGGATGGCTATGGAGACATCACTTTGCCTGAATGGATCTGTACCATATTTCATATCAGTGGCTATGACACAAAAACCATTGTGCATGACAATGGCAGCACAGAATATGGACTCTTCCAGATCAATAATAAACTCTGGTGCAGAGACAACCAGATC---CAGTCAAAGAACATCTGTGGCATCTCCTGTGACAAATTCCTGGATGATGACCTTACTGATGACATGATGT
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CAMELIDAE    TCCAGGCCAAACAATTTACAAAATGTAAGCTGTCCGACGAGCTGAAAGGCATGAACGGCCACGGAGGCATCACTCTGGCTGAATGGATCTGTATCATATTTCACATGAGCGGCTATGACACAGAAACTGTAGTTTCTAACAATGGCAACAGAGAATATGGACTCTTCCAGATCAACAATAAAATTTGGTGCATAGACAATGAGAACCTTCAGTCAAGGAACATCTGTGATATCTCCTGTGACAAGTTCCTGGATGATGACCTCACTGATGACATAATGT
OUTGROUP     TGCAGGCCAAGCAACTTACCAAATGTGCGCTGTCTCATGAGTTGAACGACCTTGCCGGCTACCGAGACATCACTTTGCCTGAATGGCTCTGTATCATATTTCATATCAGTGGTTATGACACACAAGCCATAGTGAAAAATAGTGACCACAAAGAGTACGGACTTTTCCAGATAAATGATAAAGATTTCTGTGAGAGCAGCACGACTGTTCAATCAAGGAACATTTGTGACATTTCCTGCGACAAGCTCCTGGATGATGACCTTACTGATGACATAATGT

[alacINTRONS]
BOVIDAE      GTGAGTTC------CTTTTATTACATTTATTTATCTGCCTCTCCTTTTTCCCATT-GTCTGATCCTTTGCCTTAACAAGATACT-CTGTGGTCTGCCTTGGAGATTGGTTGGAGAGCCTTTTTCGG--TCTGGGAA-TACAGGTCCTCATTTATGCTATACATGAACATCCTTGT-GAAATCTCTTTTTCGTCTTTCTTTCA-GGTGAGTAACTTCTTTTTACTCTGTTCCTGTGTTTTTCT---------GAAACCTACTCCTGGGATAACCTCACACCTCTGGCTTCACTGCCTTG----GACTCCAAATTAACTGTGGGACTT-----GATAATACCGAGTAAGAGGCTCTTAGAATTTTTCATTAACACTAAATC-CCCAGAC---AGTTTCTTAAAGTTCCTGGGTAGGTGACCTGAGC-TGTTTGGGGATCTTGATGTATAATACCCTGTATTTTCA-GATGAAGTTGATAATTCCTAAG-GAGCTGCCCC--AGAGAAGAGAAGGGAGTCCTTACCTAGGGATAGGCATTACTGTAGGCAACAGGCATAAGCCTCTAGTTCAGAGAA---------------AACCAGAGAAGAGGGAAATTCATTATCCTTCTGGGTAATACTT---AGCTCTCTCATTTTTT--CCACCAGAGGCTCCTGCCAG
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GIRAFFIDAE   ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
TRAGULIDAE   ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
DELPHINOID   GTGAGTTC------CTTTTATTACATTTATTCACCTATCTCTTCTTTCTCCCATT-GTCTGATTGTTTTTCTTATCAAGATACT-CTGTGGTTGGCCTTGGAGATTGGCTGGAGAGCCTTTTTCTG--TCTG-----------TCCACATTTATGCTATATGTGGACATCCCTGT-GATATCTCTTTTTCATCTTTCTTTCA-GGTGAGTGACCACTTTT-ACCATGTTCCTGTGTTTTATT---------GGAGCCTACTCCTGGGATAATCTCGCACCTCTAACTTCACTGCCTTG----GACGCCACATCAACTGTGGGACTTCAATTGATAGTACGGAGTAAGAGGCTGTTAGAATTTTTCATTATCACCAAATC-CCCAGAC---AGTCCCTTAAAGTTTACATGTAGATGATTTGAAC-TGTTTGGGGATCTTGAAGTCTAATACCCTGCATTTTCA-GATGAAGTTGATAATTCTTCTA-GAGATGCCCCC-AGAGAAGCGAAGGGAGTCCTTACCTAGGGGGAGGCATTATTGTAGGCAACAG-CATAAGCCTCTAGATCAAAGAAG--------------GACCAGGCAAGAGGGAAACTCATTACCTTTCTGGGTAATACTT---AGCTCTCTCATTTTT---CCCCCTGTAACTCCTGCCAG
PHSETERID    ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
ZIPHIIDAE    ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
MYSTICETI    GTGAGTTC------CTCTTATTACATTTATTCACCTATCTCTCCTTTCTCTCATT-GTCTGATCGTTTTTCTTATCAAGATACT-CTGTGGTTGGCCTTGGAGATTGGCTGGAGAGC-TTTTTCTG--TCTGGGAA-TACAGGTCCTCATTTATACTATATGTGGACATCCCTGT-GATATCTCTTTTTCATCTTTCTTTCA-GGTGAGTGACCACTTTT-ACCATGTTCCTGTGGTTTTTT---------GGAGCCTACTCCTGGGATAATCTCGCACCTCTAACTTCACTGCCTTG----GACTCCACATCAACTGTGGGACTTCAATTGTTAGTACTGAGTAAGAGGCTGTTAGAATTTTTCATTATCACCAAATC-CCCAGAC---AGTCCCTTAAAGTTCACGGGTAGATGATCTGAGC-TGTTTGGGGATCTTGAAGTCTAATACCCTGCATTTTCA-GATGAAGTTGATAATTCCTCTA-GAGATGCCCCC-AGAGAAGCGAAGGGAGTCCTTACCTAGGGGGAGGCATTATTGTAGGCAATAG-CATAAGCCTCTAGATCAGAGAAG--------------GACCAGGCAAGAGGGAAACTCATTACCTTTCTGGGTAATACTT---AGCTCTCTCATTTTT---CCCCCTGTAACTCCTGCCAG
HIPPOPOT     GTGAGTTC------CTTTTATTATATTTATTCACCTATCTTTCCTTTCTCCCAGTGGTCTGATCATTTTTCTTATCAAGATACT-CTGTGGTTTGCCTTGGAGATTGGCAGGAGAGCCTTTTTCTG--TCTGG-AA-TACAGGTCCTCATTTA-GCTATACATGGACATTCCTGT-GACATCTCTTCTTCATCTTTCCTTCAAGGTGAGTGACCACTTTT-ACCCTGTTCCTGTGTTTTTCT---------GGAGCCTACTCCTGGGATAAGCTCACACCTCTAGCTTCACTGCCTTG----AACTCCACATCAACTGTGGGACTTGAATTGATAATACTGACTAAGAGGCTGTTAGAATTTTTCATTGTCACCAAATC-CCCAGAC---AGTCACTTAAAGTTCACAGGTAGATGATCTGAG--TGTTTGGGGATCTTGAAGTCTAATACCCTGCATTTTCA-GATGAAGCTGATAAT-CCTCTG-GAGATGCCCC--AGAGAAGTGAAGGAGGTCTTTACCTAGGGGGAGGCATTACTGTAGGCAACAGGCATAAACCTCTAGATCAGAGAAG--------------GACCAGGCAC-AGGGAAACTCATTACCTTTCTGGGTAATACTT---AGCTCTCTCATTTTTT--CCCCCTGTAATTCCTGCCAG
SUIDAE       ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
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CAMELIDAE    GTGAGTTTTTTACTCTTTTATTACATT--GTCACCTGTCT--TCCTTTTCCCATT-GTCTGATCCCTTTTCTCATCAAGATGTT-CTGTGGTTTGCCTTGGAGATGGGCTGGGGAGCCTTTTTCTG--TCTGGGGA-TGCAGCTCCTCTTTTATGCTTTGCACG-ACACCCTTGT-GATACCTCCTTTTCATCTCTCTTTCA-GGTGAGTAACCTCTTCC-ACCCTGTTCTTGTGGGTTTTTCCCCCTGCTGGACCCTACTCCTGGGATAATCTCACACTTCTGGCTTCACTGCCTTG----GACTCCACAGTGACTGTGG-ACTTGAATTGACCATAGTGA--------------GAATTTTTC-CTATCACTAAATC-CCCAGGC---AGTCCCTTGAAGTTCACGAATAGATGATCTGAGT-TGTTTGGGAATCTTGAAAACTGAGACCTTACCTTTTTA-GATAAGGXTGATAATTCCTTTG-GAGAGGCCCC--AGAGAAGTGAAGGGGXXCCT-ACXAAGGGGCAGGCATTACCGTAGGCAACAG-GATAAGCTTCCAGTTCAGAGAGGACCAGACCCACTAGATCCAGAGAAGAGGGAAACTCATTACCTTTCTAGGTAATACTT---AGCTCTCTCTTTCCT---TTCCCTGTAACCCCCGCCAG
OUTGROUP     GTGAGTTC--TACTCTTTCTTTCAATTTGTTCTCCTATCT----TTTCTGCCAGT-GTCTGATGCTTTTGATCATCAAGATAGT-CTATGCTTTGTCTTGGAAATTGACTAGAAACATTTTTTCCCATTTTGTGAACTATAGTTCCTTATTTATGCTGATCCTAGATGTCTCTAT-GATACTTCTTTCTCATATTTTTTCCA-GGTAAGTTGACTCTT---ACTTTGTTCCCCAGCTTTTTC--------TGGAACTTTTTACTGGG-TAATCTTGTAACTCTAGATTTAGTGCCTTGTTTAGAATCCATAAAGTTAGTGTGACTGAGAGTAACATTGCTAAGTAAGAAGATATT-TTTTTTTTTACAATCATCAAAGA-CCAAGACCAAATATCCTTGAAGTTCAGTGGTAGACATTTAGAAATTTTCTGGGAGTGTTGAAGTCATATACTCTGCATTTTCT-GATAGAGTTGA---TCCTTCGA-GAGATGTCCC--AAGGAATTGAAGAAAGTACTTACTTATGGATAGGCATTACTATAGATCCTGGGTATAATCCTTCATTTCAGAGAAC-----------TAGACCAAGGGAACAGGGGAACTCATGGTCTCTCTGGGTAATACTTCTTAGCTTTCTCATTCCT---TTCCTTACAACTCTTGTCAG

[Appendix 1. Taxa for each of the 17 data sets that compose the WHI