#NEXUS 
[MacClade 3.01 registered to David Hillis, University of Texas]

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MATRIX

[12s]
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[                            .         .         .         .         .         .         .         .]

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[                            171       181       191       201       211       221       231       241]
[                            .         .         .         .         .         .         .         .]

P._phocoena         CTATATACCGCCATCTTCAGCAAACCCT-AAAAAGGAACGAAAGTAAGCACAACTA-TCACACATAAAAACGTTAGGTCA   [237]
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C._eutropia         CTATATACCGCCATCTTCAGCAAACCCTAAAAAAGGAACGAAAGTAAGCACAACCA-CTGCACGTAAAAACGTTAGGTCA   [238]
L._obscurus         CTATATACCGCCATCTTCAGCAAACCCTAAAAAAGGAACGAAAGTAAGCACAACTA-TTGCACGTAAAAACGTTAGGTCA   [238]
L._albirostris      CTATATACCGCCATCTTCAGCAAACCCTAAAAAAGGAATGAAAGTAAGCACAACTA-CTGCACGTAAAAACGTTAGGTCA   [238]
L._peronii          CTATATACCGCCATCTTCAGCAAACCCTAAAAAAGGAACGAAAGTAAGCACAACTA-CTGCACGTAAAAACGTTAGGTCA   [238]
G._melaena          CTATATACCGCCATCTTCAGCAAACCCTAAAAAAGGAATGAAAGTAAGCACAAC?A-TTGCACGTAAAAACGTTAGGTCA   [238]
D._leucas           CTATATACCGCCATCTTCAGCAAACCCT-AAAAAGGAACGAAAGTAAGCACAACTA-TCGCACATAAAAACGTTAGGTCA   [238]
I._geoffrensis      CTATATACCGCCATCTCAAGCAAACCCT-AAAAAGGAGCAAGAGTAAGCATAATTA-TCTTACATAAGAACGTTAGGTCA   [237]
M._europaeus        CTATATACCGCCATCTTCAGCAAACCCC-AAAAGGGAACGAGAGTAAGCATAACTA-TCTTGCATAAAAACGTTAGGTCA   [237]
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K._breviceps        CTATATACCGCCATCTTCAGCAAACCCT-AAAAAGGAATAAAAGTAAGCATAACTA-CCCCACGTAAAAACGTTAGGTCA   [237]
K._simus            CTATATACCGCCATCTTCAGCAAACCCT-AAAAAGGAACAAAAGTAAGCACAACCA-CCCCACGTAAAAACGTTAGGTCA   [237]
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E._robustus         CTATATACCGCCATCTTCAGCAAACCCT-AAAAGGGAACGAAAGTAAGCATAACCA-TCCTACATAAAAACGTTAGGTCA   [237]
B._mysticetus       CTATATACCGCCATCTTCAGCAAACCCT-AAAAGGGAACGAAAGTAAGCATAACCA-TCCTACATAAAAACGTTAGGTCA   [237]
B._taurus           CTATATACCGCCATCTTCAGCAAACCCT-AAAAAGGAAAAAAAGTAAGCGTAATTA-TGATACATAAAAACGTTAGGTCA   [238]
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L._borealis         ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [240]
B._Bairdii          ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [240]
H._planifrons       ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [240]
T._shepherdi        ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [240]
M._densirostris     ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [240]
M._bidens           ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [240]
M._layardii         ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [240]
M._grayi            ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [240]
M._hectori          ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [240]
M._ginkgodens       ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [240]
M._stejnegeri       ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [240]
M._carlhubbsi       ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [240]
P._gangetica        ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [240]
P._blainvillei      ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [240]
L._vexillifer       ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [240]
M._monoceros        ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [240]
P._dalli            ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [240]
N._phocaenoides     ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [240]
O._brevirostris     ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [240]
P._electra          ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [240]
F._attenuata        ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [240]
P._crassidens       ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [240]
O._orca             ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [240]
G._macrorhynchus    ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [240]
S._bredanensis      ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [240]
L._acutus           ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [240]
L._hosei            ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [240]
G._griseus          ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [240]
E._glacialis        ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [240]
B._acutorostra      ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [240]

[                            251       261       271       281       291       301       311          324]
[                            .         .         .         .         .         .         .            .]

P._phocoena         AGGTGTAACCTATGGGTTGGGAAGAAATGGGCTACATTTTCTACACAA-CAA-GAACA-CCCCTTAA-ACTTA--CACGAAAG   [314]
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T._truncatus        AGGTGTAACCTATGGATTGGGAAGAAATGGGCTACATTTTCTA--TAA-TAA-GAACA-CCCCTTAA-ACTCA--CACGAAAG   [312]
C._eutropia         AGGTGTAACCTATGGATTGGGAAGAAATGGGCTACATTTTCTA--TAA-TAA-GAACA-CCCCATAA-ACTTA--CACGAAAG   [313]
L._obscurus         AGGTGTAACCTATGGATTGGGAAGAAATGGGCTACATTTTCTA--TAA-CAA-GAACA-CCCCTTAA-ACTTA--CACGAAAG   [313]
L._albirostris      AGGTGTAACCTATAGATTGGGAAGAAATGGGCTACATTTTCTA--TAA-CAA-GAACA-CCCCTTAA-ACTTA--TACGAAAG   [313]
L._peronii          AGGTGTAACCTATGGATTGGGAAGAAATGGGCTACATTTTCTA--TAA-TAA-GAACA-CCCCTTAA-ATTTA--CACGAAAG   [313]
G._melaena          AGGTGTAACCTATGGATTGGGAAGAAATGGGCTACATTTTCTA--CAA-TAA-GAACA-CCCCT-AA-ACTTA---ACGAAAG   [311]
D._leucas           AGGTGTAACCTATGGGTTGGGAAGAAATGGGCTACATTTTCTA--TAA-CAA-GAACAT-CCCTCAA-GTCTA--CACGAAAG   [313]
I._geoffrensis      AGGTGTAACTTATGAGTTGGGAAGAAATGGGCTACATTTTCTA--TAA-CAA-GAACA-CCTCTTAC-ATACAC-CACGAAAG   [313]
M._europaeus        AGGTGTAACCTATGGGGTGGGAAGAAATGGGCTACATTTTCTA--TAT-TAA-GAACAT-CCCT-AC-GTCCA--TACGAAGG   [311]
M._peruvianus       AGGTGTAACTTATGGGATGGGAAGAAATGGGCTACATTTTCTA--TAT-TAA-GAATAT--TCTTATACTTTA--TACGAAGG   [312]
Z._cavirostris      AGGTGTAACCTATGGGGTGGGAAGAAATGGGCTACATTTTCTA--CAT-CAA-GAACAT--CCTTATTATCCG--CACGAAAG   [312]
K._breviceps        AGGTGTAACTCATGGGGTGGGAAGAAATGGGCTACATTTTCTA--CAT-TAA-GAACA--CCCTTCATACTCA--CACGAAAG   [312]
K._simus            AGGTGTAACTCATGGGCTGGGAAGAAATGGGCTACATTTTCTA--TAT-TAA-GAACA--CCCTTCACACTCA--CACGAAAG   [312]
P._catadon          AGGTGTAACCCATGGGATGGGAAGAAATGGGCTACATTTTCTA--CAC-CATAGAACA--CCCT-A-TACCC---CACGAAAG   [310]
B._physalus         AGGTGTAACCCATGGGTTGGGAAGTAATGGGCTACATTTTCTA--AGC-TAA-GAACATCCCCT-A-TACTCA--CACGAAAG   [311]
M._novaeangliae     AGGTGTAACCTATGGGTTGGGAAGAAATGGGCTACATTTTCTA--AGC-TAA-GAACATCCCCT----ACCCA--CACGAAAG   [309]
E._robustus         AGGTGTAACCTATGGGTTGGGAAGAAATGGGCTACATTTTCTA--AGC-TAA-GAATATCCCCT-A-TATCCA--CACGAAAG   [312]
B._mysticetus       AGGTGTAACCTATGGGTTGGGAAGAAATGGGCTACATTTTCTA--TAT-TAA-GAACATTCC-TTA-TACTCA--CACGAAAG   [312]
B._taurus           AGGTGTAACCTATGAAATGGGAAGAAATGGGCTACATTCTCTA--CAC-CAA-GAGAA------------TCAAGCACGAAAG   [305]
C._dromedarius      AGGTGTAACCGATGGGATGGGAAGAAATGGGCTACATTTTCTTG-TCC-TAA-GAAAA-TCTCAAAATACT----TACGAAAG   [313]
T._tajacu           AGGTGTAGCCTATGGATTGGGAAGAAATGGGCTACATTTTCTA--TAT--AA-GAATA-----------CT----TACGAAAA   [300]
A._americanus       AGGTGTAACCTATGGGTTGGAAAGAAATGGGCTACATTTTCTA--TTT-CAA-GAACA-----------CTCAA-CACGAAAG   [306]
T._napu             AGGTGTAGCCAATGGGGTGGGAAGAAATGGGCTACATTTTCTA--CTCACAAAGAATA-----------------TACGAAAG   [303]
Archaeocete         ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [320]
L._borealis         ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [320]
B._Bairdii          ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [320]
H._planifrons       ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [320]
T._shepherdi        ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [320]
M._densirostris     ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [320]
M._bidens           ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [320]
M._layardii         ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [320]
M._grayi            ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [320]
M._hectori          ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [320]
M._ginkgodens       ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [320]
M._stejnegeri       ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [320]
M._carlhubbsi       ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [320]
P._gangetica        ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [320]
P._blainvillei      ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [320]
L._vexillifer       ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [320]
M._monoceros        ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [320]
P._dalli            ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [320]
N._phocaenoides     ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [320]
O._brevirostris     ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [320]
P._electra          ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [320]
F._attenuata        ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [320]
P._crassidens       ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [320]
O._orca             ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [320]
G._macrorhynchus    ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [320]
S._bredanensis      ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [320]
L._acutus           ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [320]
L._hosei            ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [320]
G._griseus          ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [320]
E._glacialis        ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [320]
B._acutorostra      ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [320]

[                            334       344       354       364       374       384       394 398 ]
[                            .         .         .         .         .         .         .   . ]

P._phocoena         TCTTTATGAAACCTAAAGACTAAAGGAGGATTTAGCAGTAAATTAAGAATAGAATGCTTAATTGAATAAGGCCA   [394]
P._spinipinnis      TTTTTATGAAACCTAAAGACTAAAGGAGGATTTAGCAGTAAATTAAGAATAGAATGCTTAATTGAATAAGGCCA   [393]
D._delphis          TTTTTATGAAACCTAAAAACTAAAGGAGGATTTAGCAGTAAATTAAGAATAGAATGCTTAATTGAATGAGGCCA   [393]
T._truncatus        TTTTTATGAAACCTAAAAACTAAAGGAGGATTTAGCAGTAAATTAAGAATAGAATGCTTAATTGAATAAGGCCA   [392]
C._eutropia         TTTTTATGAAACCTAAAAACTAAAGGAGGATTTAGCAGTAAATTAAGAATAGAATGCTTAATTGAATAAGGCCA   [393]
L._obscurus         TTTTTATGAAACCTAAAAACTAAAGGAGGATTTAGCAGTAAATTAAGAATAGAATGCTTAATTGAATAAGGCCA   [393]
L._albirostris      TTTTTATGAAACCTAGAAACTAAAGGAGGATTTAGCAGTAAATTAAGAATAGAATGCTTAATTGAAAAAGGCC?   [392]
L._peronii          TTTTTATGAAACCTAAAAACCAAAGGAGGATTTAGCAGTAAATTAAGAATAGAATGCTTAATTGAATAAGGCCA   [393]
G._melaena          TTTTTATGAAATCTAAAAACTAAAGGAGGATTTAGCAGTAAATTAAGAATAGAATGCTTAATTGAATAAGGCCA   [391]
D._leucas           TTTTTATGAAAACTAAAAACCAAAGGAGGATTTAGCAGTAAATTAAGAATAGAGTGCTTAATTGAATAAGGCCN   [393]
I._geoffrensis      TTTTCATGAAACCTAAAAACTAAAGGAGGATTTAGTAGTAAACTAAGAGTAGAGTGCTTATTTGAATAAGGCCA   [393]
M._europaeus        TTTTTATGAAATCTAGAAACTAAAGGAGGATTTAGCAGTAAACTAAGAATAGAGTGCTTAGTTGAATAAGGCC?   [390]
M._peruvianus       TTTTTATGAAACCTAAAAACTAAAGGAGGATTTAGCAGTAAACTAAGAATAGAGTGCTTAGTTGAATAAGGCCA   [392]
Z._cavirostris      TTTTTATGAAACTTAAAGACTAAAGGAGGATTTAGCAGTAAATTAAGAGCAGAGTGCTTAATTGAATAAGGCCA   [392]
K._breviceps        TTTTCATGAAACCTGAAA?CCAAAGGAGGATTTAGTAGTAAATTAAGAATAGAGTGCTTAATTGAATAAGGCCA   [392]
K._simus            CTTTCATGAAATCTGAAAGCCAAAGGAGGATTTAGTAGTAAATTAAGAGTAGAGTGCTTAATTGAATAAGGCCA   [392]
P._catadon          TTTTTATGAAACCTAAAAACCAAAGGAGGATTTAGCAGTAAATTAAGAACAGAGTGCTTAATTGAATAAGGCCA   [390]
B._physalus         TTTTTATGAAACTTAAAAACTAAAGGAGGATTTAGTAGTAAATCAAGAGCAGAGTGCTTGATTGAATAAGGCCA   [391]
M._novaeangliae     TTTTTATGAAACTTAAAAACCAAAGGAGGATTTAGTAGTAAATCAAGAGCAGAGTGCTTGATTGAATAAGGCCA   [389]
E._robustus         TTTTTATGAAACTTAAAAACTAAAGGAGGATTTAGTAGTAAATCAAGAGCAGAGTGCTTGATTGAATAAGGCCA   [392]
B._mysticetus       TTTTTATGAAACTTAAAAACCAAAGGAGGATTTAGTAGTAAATCAAGAGCAGAGTGCTTGATTGAACAAGGCCA   [392]
B._taurus           TTATTATGAAAC-CAATAACCAAAGGAGGATTTAGCAGTAAACTAAGAATAGAGTGCTTAGTTGAATTAGGCCA   [384]
C._dromedarius      CCCCCATGAAAC-TGAGGGCCCAAGGAGGATTTAGTAGTAAATCAAGAACAGAGTGCTTGGTTGAACTAGGCCA   [392]
T._tajacu           TTCTTATGAAAC-TAAGAATTAAAGGAGGATTTAGCAGTAAATTAAGAATAGAGTGCTTAATTGAATAAGGCCA   [379]
A._americanus       TTATTATGAAAC-TGATGACTAAAGGAGGATTTAGTAGTAAACTAAGAATAGAGCGCTTAGTTGAATTAGGCTA   [385]
T._napu             TTCTCATGAAAC-TGACGACCAAAGGAGGATTTAGTAGTAAGCTAGGAATAGAGTGCTTAGCTGAACTAGGCTA   [382]
Archaeocete         ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [400]
L._borealis         ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [400]
B._Bairdii          ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [400]
H._planifrons       ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [400]
T._shepherdi        ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [400]
M._densirostris     ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [400]
M._bidens           ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [400]
M._layardii         ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [400]
M._grayi            ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [400]
M._hectori          ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [400]
M._ginkgodens       ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [400]
M._stejnegeri       ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [400]
M._carlhubbsi       ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [400]
P._gangetica        ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [400]
P._blainvillei      ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [400]
L._vexillifer       ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [400]
M._monoceros        ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [400]
P._dalli            ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [400]
N._phocaenoides     ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [400]
O._brevirostris     ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [400]
P._electra          ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [400]
F._attenuata        ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [400]
P._crassidens       ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [400]
O._orca             ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [400]
G._macrorhynchus    ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [400]
S._bredanensis      ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [400]
L._acutus           ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [400]
L._hosei            ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [400]
G._griseus          ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [400]
E._glacialis        ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [400]
B._acutorostra      ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [400]

[16s]
[                   399  404]
[                   .    .]

P._phocoena         AGCCAG   [394]
P._spinipinnis      AGCCAG   [393]
D._delphis          AACTAG   [393]
T._truncatus        AACTAG   [392]
C._eutropia         ????AG   [393]
L._obscurus         ??????   [393]
L._albirostris      A?CCAG   [392]
L._peronii          AACTAG   [393]
G._melaena          AACTAG   [391]
D._leucas           AACTAG   [393]
I._geoffrensis      AACCAG   [393]
M._europaeus        AATCAG   [390]
M._peruvianus       AGCCAG   [392]
Z._cavirostris      AACTAG   [392]
K._breviceps        AACCAG   [392]
K._simus            AACTAG   [392]
P._catadon          AACCAG   [390]
B._physalus         AACCAG   [391]
M._novaeangliae     AACCAG   [389]
E._robustus         AACCAG   [392]
B._mysticetus       AACCAG   [392]
B._taurus           TCCCAG   [384]
C._dromedarius      TACTAG   [392]
T._tajacu           AACTAG   [379]
A._americanus       ACCCAG   [385]
T._napu             TACTAG   [382]
Archaeocete         ??????   [400]
L._borealis         ??????   [400]
B._Bairdii          ??????   [400]
H._planifrons       ??????   [400]
T._shepherdi        ??????   [400]
M._densirostris     ??????   [400]
M._bidens           ??????   [400]
M._layardii         ??????   [400]
M._grayi            ??????   [400]
M._hectori          ??????   [400]
M._ginkgodens       ??????   [400]
M._stejnegeri       ??????   [400]
M._carlhubbsi       ??????   [400]
P._gangetica        ??????   [400]
P._blainvillei      ??????   [400]
L._vexillifer       ??????   [400]
M._monoceros        ??????   [400]
P._dalli            ??????   [400]
N._phocaenoides     ??????   [400]
O._brevirostris     ??????   [400]
P._electra          ??????   [400]
F._attenuata        ??????   [400]
P._crassidens       ??????   [400]
O._orca             ??????   [400]
G._macrorhynchus    ??????   [400]
S._bredanensis      ??????   [400]
L._acutus           ??????   [400]
L._hosei            ??????   [400]
G._griseus          ??????   [400]
E._glacialis        ??????   [400]
B._acutorostra      ??????   [400]

[                            414       424       434       444       454       464       474       484]
[                            .         .         .         .         .         .         .         .]

P._phocoena         TATTAGAGGCACTGCCTGCCCAGTGACTTAATCGTTAAACGGCCGCGGTATCTTGACCGTGCAAAGGTAGCATAATCACT   [474]
P._spinipinnis      TATTAGAGGCACTGCCTGCCCAGTGACTTAATCGTTAAACGGCCGCGGTATCTTGACCGTGCAAAGGTAGCATAATCACT   [473]
D._delphis          TATTAGAGGCACTGCCTGCCCAGTGAC--AATCGTTAAACGGCCGCGGTATCTTGACCGTGCAAAGGTAGCATAATCACT   [471]
T._truncatus        TATTAGAGGCACTGCCTGCCCAGTGAC--AATCGTTAAACGGCCGCGGTATCTTGACCGTGCAAAGGTAGCATAATCACT   [470]
C._eutropia         TATTAGAGGCACTGCCTGCCCAGTGAC--AAT?GTTAAACGGCCGCGGTATCTTGACCGTGCAAAGGTAGCATAATCACT   [471]
L._obscurus         ???????GGCACTGCCTGCCCAGTGAC--AATCGTTAAACGGCCGCGGTATCTTGACCGTGCAAAGGTAGCATAATCACT   [471]
L._albirostris      ??TTAGAGGCACTGCCTGCCCAGTGAC--AATCGTTAAACGGCCGCGGTATCTTGACCGTGCAAAGGTAGCATAATCACT   [470]
L._peronii          TATTAGAGGCACTGCCTGCCCAGTGAC--AATAGTTAAACGGCCGCGGTATCTTGACCGTGCAAAGGTAGCATAATCACT   [471]
G._melaena          TATTAGAGGCACTGCCTGCCCAGTGAC--AATCGTTAAACGGCCGCGGTATCTTGACCGTGCAAAGGTAGCATAATCACT   [469]
D._leucas           TATTAGAGGCACTGCCTGCCCAGTGACTTAATCGTTAAACGGCCGCGGTATCTTGACCGTGCAAAGGTAGCATAATCACT   [473]
I._geoffrensis      TATTAGAGGCACTGCCTGCCCAGTGACT-AATCATTAAACGGCCGCGGTATCCTGACCGTGCAAAGGTAGCATAATCACT   [472]
M._europaeus        TATTAGAGGCACTGCCTGCCCAGTGAC--AATCGTTAAACGGCCGCGGTACTCTGACCGTGCAAAGGTAGCATAATCATT   [468]
M._peruvianus       TATTAGAGGCACTGCCTGCCCAGTGAC--AATCGTTAAACGGCCGCGGTATCCTGACCGTGCAAAGGTAGCATAATCATT   [470]
Z._cavirostris      TATTAGAGGCACTGCCTGCCCGGTGAC--AATAGTTAAACGGCCGCGGTATCCTGACCGTGCAAAGGTAGCATAATCACT   [470]
K._breviceps        TATTAGAGGCACTGCCTGCCCAGTGACT-AATCGTTAAACGGCCGCGGTATCCTGACCGTGCAAAGGTAGCATAATCACT   [471]
K._simus            TATTAGAGGCACTGCCTGCCCAGTGACC-AATCGTTAAACGGCCGCGGTATCCTGACCGTGCAAAGGTAGCATAATCACT   [471]
P._catadon          TATTAGAGGCACTGCCTGCCCAGTGACT-GATAGTTAAACGGCCGCGGTATCCTGACCGTGCAAAGGTAGCATAATCACT   [469]
B._physalus         TATTAGAG-CACTGCCTGCCCGGTGACT-AATCGTTAAACGGCCGCGGTATCCTGACCGTGCAAAGGTAGCATAATCACT   [469]
M._novaeangliae     TATTAGAGGCACTGCCTGCCCGGTGACT-AGTCGTTAAACGGCCGCGGTATCCTGACCGTGCAAAGGTAGCATAATCACT   [468]
E._robustus         TATTAAAGGCACTGCCTGCCCGGTGACT-AATAGTTAAACGGCCGCGGTATCCTGACCGTGCAAAGGTAGCATAATCACT   [471]
B._mysticetus       TATTAGAGGCACTGCCTGCCCGGTGAC--AACAGTTAAACGGCCGCGGTATCCTGACCGTGCAAAGGTAGCATAATCACT   [470]
B._taurus           TATTGGAGGCATTGCCTGCCCAGTGAC--AACTGTTTAACGGCCGCGGTATCCTGACCGTGCAAAGGTAGCATAATCATT   [462]
C._dromedarius      TATTAGAGGCACTGCCTGCCCAGTGAC--ATTAGTTAAACGGCCGCGGTATCCTGACCGTGCAAAGGTAGCATAATCATT   [470]
T._tajacu           TATTAGAGGCACTGCCTGCCCAGTGAC--ATTAGTTCAACGGCCGCGGTATCCTGACCGTGCAAAGGTAGCATAATCACT   [457]
A._americanus       TATTGGAGGCACTGCCTGCCCAGTGAC--ACTAGTTCAACGGCCGCGGTATCCTGACCGTGCAAAGGTAGCATAATCATT   [463]
T._napu             TATTAGAGGCACTGCCTGCCCGGTGAC--ATTAGTTAAACGGCCGCGGTATTCTGACCGTGCAAAGGTAGCATAATCATT   [460]
Archaeocete         ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [480]
L._borealis         ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [480]
B._Bairdii          ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [480]
H._planifrons       ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [480]
T._shepherdi        ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [480]
M._densirostris     ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [480]
M._bidens           ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [480]
M._layardii         ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [480]
M._grayi            ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [480]
M._hectori          ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [480]
M._ginkgodens       ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [480]
M._stejnegeri       ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [480]
M._carlhubbsi       ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [480]
P._gangetica        ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [480]
P._blainvillei      ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [480]
L._vexillifer       ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [480]
M._monoceros        ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [480]
P._dalli            ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [480]
N._phocaenoides     ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [480]
O._brevirostris     ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [480]
P._electra          ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [480]
F._attenuata        ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [480]
P._crassidens       ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [480]
O._orca             ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [480]
G._macrorhynchus    ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [480]
S._bredanensis      ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [480]
L._acutus           ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [480]
L._hosei            ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [480]
G._griseus          ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [480]
E._glacialis        ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [480]
B._acutorostra      ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [480]

[                            494       504       514       524       534       544       554       564]
[                            .         .         .         .         .         .         .         .]

P._phocoena         TGTTCTCTAAATAAGGACTTGTATGAATGGCCACACGAGGGTTTTACTGTCTCTTACTTTTAATCAGTGAAATTGACCTC   [554]
P._spinipinnis      TGTTCTCTAAATAAGGACTTGTATGAATGGCCACACGAGGGTTTTACTGTCTCTTACTTTTAATCAGTGAAATTGACCTC   [553]
D._delphis          TGTTCTCTAAATAAGGACTTGTATGAATGGCCACACGAGGGTTTTACTGTCTCTTACTCTTAATCAGTGAAATTGACCTC   [551]
T._truncatus        TGTTCTCTAAATAAGGACTTGTATGAATGGCCACACGAGGGTTTTACTGTCTCTTACTCTTAATCAGTGAAATTGACCTC   [550]
C._eutropia         TGTTCTCTAAATAAGGACTTGTATGAATGGCCACACGAGGGTTTTACTGTCTCTTACTCTTAATCAGTGAAATTGACCTC   [551]
L._obscurus         TGTTCTCTAAATAAGGACTTGTATGAATGGCCACACGAGGGTTTTACTGTCTCTTACTCTTAATCAGTGAAATTGACCTC   [551]
L._albirostris      TGTTCTCTAAATAAGGACTTGTATGAACGGCCACACGAGGGTTTTACTGTCTCTTACTCTTAATCAGTGAAATTGACCTC   [550]
L._peronii          TGTTCTCTAAATAAGGACTTGTATGAATGGCCACACGAGGGTTTTACTGTCTCTTACTCTTAATCAGTGAAATTGACCTC   [551]
G._melaena          TGTTCTCTAAATAAGGACTTGTATGAATGGCCACACGAGGGTTTTACTGTCTCTTACTCCTAATCAGTGAAATTGACCTC   [549]
D._leucas           TGTTCTCTAAATAAGGGCTTGTATGAATGGCCACACGAGGGTTTTACTGTCTCTTACTTCTAATCAGTGAAATTGACCTC   [553]
I._geoffrensis      TGTTCTTTAAATAGGGACTTGTATGAATGGCCACACGAGGGTCCCACTGTCTCTTACTTTCAATCAGTGAAATTGACCTC   [552]
M._europaeus        TGTTCTTTAAATAAGGACTTGTATGAATGGCCACACGAGGGTTTTACTGTCTCTTACTTTTAATCAGTGAAATTGACCTC   [548]
M._peruvianus       TGTTCTTTAAATAAGGACTTGTATGAATGGCCACACGAGGGTTTTACTGTCTCTTACTTTTAATCCGTGAAATTGACTTC   [550]
Z._cavirostris      TGTTCTTTAAATAAGGACTTGTATGAACGGCCACACGAGGGTTTTACTGTCTCTTACTTTTAATCAGTGAAATTGACCTC   [550]
K._breviceps        TGTTCTCTAAATAAGGACTTGTATGAATGGCCACACGAGGGTTTTACTGTCTCTTACTTTTAATCAGTGAAATTGACCTC   [551]
K._simus            TGTTCTCTAAATAAGGACTTGTATGAATGGCCACACGAGGGTTTTACTGTCTCTTACTTTTAATCAGTGAAATTGACCTC   [551]
P._catadon          TGTTCTCTAAATAAGGACTTGTATGAACGGCCACACGAAGGTTTTACTGTCTCTTACTTTTAATCAGTGAAATTGACCTT   [549]
B._physalus         TGTTCTCTAATTAGGGACTTGTATGAATGGCCACACGAGGGTTTTACTGTCTCTTACTTTTAATCAGTGAAATTGACCTC   [549]
M._novaeangliae     TGTTCTCTAATTAAGGACTTGTATGAATGGCCACACGAGGGTTTTACTGTCTCTTACTTTTAATCAGTGAAATTGACCTC   [548]
E._robustus         TGTTCTCTAATTAGGGACTTGCATGAATGGCCACACGAGGGTTTAACTGTCTCTTACTTTTAATCAGTGAAATTGACCTC   [551]
B._mysticetus       TGTTCTCTAATTAAGGACTTGTATGAATGGCCACACGAGGGTTTTACTGTCTCTTACTTTTAATCAGTGAAATTGACCTC   [550]
B._taurus           TGTTCTCTAAATAAGGACTTGTATGAATGGCCGCACGAGGGTTTTACTGTCTCTTACTTCCAATCAGTGAAATTGACCTT   [542]
C._dromedarius      TGTTCTCTAAATAGGGACTTGTATGAATGGCCACACGAGGGTTCTACTGTCTCTTGCTTCCAATCAGTGAAATTGACCTC   [550]
T._tajacu           TGTTCTCTAAATAAGGACTTGTATGAATGGCCACACGAGGGTTTTACTGTCTCTTACTTCCAATCAGTGAAATTGACCTT   [537]
A._americanus       TGTTCTCTAAATAAGGACTTGCATGAATGGCCACACGAGGGTTTAACTGTCTCTTACTTCCAATCAGTGAAATTGACCTT   [543]
T._napu             TGTTCTCTAAATAAGGACTTGTATGAATGGCAACACGAGGGTTTAACTGTCTCTTACTTCCAATCAGTGAAATTGACCTC   [540]
Archaeocete         ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [560]
L._borealis         ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [560]
B._Bairdii          ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [560]
H._planifrons       ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [560]
T._shepherdi        ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [560]
M._densirostris     ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [560]
M._bidens           ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [560]
M._layardii         ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [560]
M._grayi            ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [560]
M._hectori          ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [560]
M._ginkgodens       ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [560]
M._stejnegeri       ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [560]
M._carlhubbsi       ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [560]
P._gangetica        ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [560]
P._blainvillei      ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [560]
L._vexillifer       ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [560]
M._monoceros        ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [560]
P._dalli            ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [560]
N._phocaenoides     ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [560]
O._brevirostris     ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [560]
P._electra          ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [560]
F._attenuata        ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [560]
P._crassidens       ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [560]
O._orca             ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [560]
G._macrorhynchus    ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [560]
S._bredanensis      ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [560]
L._acutus           ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [560]
L._hosei            ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [560]
G._griseus          ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [560]
E._glacialis        ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [560]
B._acutorostra      ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [560]

[                            574       584       594       604       614       624       634         646]
[                            .         .         .         .         .         .         .           .]

P._phocoena         CCCGTGAAGAGGCGGGGATAATAAAATAAGACGAGAAGACCCTATGGAGCTTTAATTAATCAACTCAAAAAAAT---CGTAA   [633]
P._spinipinnis      CCCGTGAAGAGGCGGGGATAATAAAATAAGACGAGAAGACCCTATGGAGCTTTAATTAATCAACTC--AAAAAT---CAGAA   [630]
D._delphis          CCCGTGAAGAGGCGGGGATAATACAATAAGACGAGAAGACCCTATGGAGCTTTAATTAATCAACTC--AAAAAG---CATAA   [628]
T._truncatus        CCCGTGAAGAGGCGGGGATAATGCAATAAGACGAGAAGACCCTATGGAGCTTTAATTAATCAACTC--AAAAAG---CATAA   [627]
C._eutropia         CCCGTGAAGAGGCGGGGATAACACAATAAGACGAGAAGACCCTATGGAGCTTTAATTAATCAACTC--AAAAAG---CATAA   [628]
L._obscurus         CCCGTGAAGAGGCGGGGATAACACAATAAGACGAGAAGACCCTATGGAGCTTTAATTAATCAACTC--AAAAAG---CATAA   [628]
L._albirostris      CCCGTGAAGAGGCGGGGATAACATAATAAGACGAGAAGACCCTATGGAGCTTTAATTAATCAACTC--AAAAAG---CATAA   [627]
L._peronii          CCCGTGAAGAGGCGGGGATAACACAATAAGACGAGAAGACCCTATGGAGCTTTAATTAATCAACTC--AAAAAG---CATAA   [628]
G._melaena          CCCGTGAAGAGGCGGGGATAACACAATAAGACGAGAAGACCCTATGGAGCTTCAATTAATCAACTC--AAAAAG---CATAA   [626]
D._leucas           CCCGTGAAGAGGCGGGGATAATACAATAAGACGAGAAGACCCTATGGAGCTTTAATTAATCAACCC--AAAAAA---CACAA   [630]
I._geoffrensis      CCCGTGAAGAGGCGGGAATACTATAATAAGACGAGAAGACCCTATGGAGCTTCAATTAACCAACCC--ATTAAC---TACAA   [629]
M._europaeus        CCCGTGAAGAGGCGGGGATAATAAAATAAGACGAGAAGACCCTATGGAGCTTTAATTAACCAACCC--AAAAAA---TATAA   [625]
M._peruvianus       CCTGTGAAAAGGCAGGAATAATAAAATAAGACGAGAAGACCCTATGGAGCTTTAATTAATCAACCC--AAAAAT---TATAA   [627]
Z._cavirostris      CCCGTGAAGAGGCGGGGATATTGAAATAAGACGAGAAGACCCTATGGAGCTTTAATTAATCAACCC--AAAAAC---TATAA   [627]
K._breviceps        CCCGTGCAGAGGCGGGGATAACAAAACAAGACGAGAAGACCCTATGGAGCTTCAATTAATCAACCC--AAAAAGC--CACAA   [628]
K._simus            CCCGTGAAGAGGCGGGGATAACGAAACAAGACGAGAAGACCCTATGGAGCTTTAATTAACCAACCC--AAAAAC---CACAA   [627]
P._catadon          CCCGTGAAGAGGCGGGAATAACAAAACAAGACGAGAAGACCCTATGGAGCTTCAATTAATCAACCC--AATAACC--CACAA   [626]
B._physalus         TCCGTGAAGAGGCGGAGATAACAAAATAAGACGAGAAGACCCTATGGAGCTTCAATTAATCAACCC--AAAAAC---CATAA   [626]
M._novaeangliae     TCCGTGAAGAGGCGGAGATAACAAAATAAGACGAGAAGACCCTATGGAGCTTCAATTAATCAACCC--AATAAAT--CACAA   [626]
E._robustus         CCCGTGAAGAGGCGGGGATAACAAAACAAGACGAGAAGACCCTATGGAGCTTCAATTAATCAACCC--AATAAAT--CAAAA   [629]
B._mysticetus       CCCGTGAAGAGGCGGGGATAATAAAATAAGACGAGAAGACCCTATGGAGCTTCAATTAATCAACCC--AAAAAT---CATAA     [627]
B._taurus           CCCGTGAAGAGGCGGGAATGCACAAATAAGACGAGAAGACCCTATGGAGCTTTAACTAACCAACCC--AAAGAG---AATAG      [619]
C._dromedarius      CCCGTGCAGAGGCGGGGATACACAAATAAGACGAGAAGACCCTATGGAGCTTTAATTAACTAACTC--AAAGAA---AATAT      [629]
T._tajacu           CCCGTGAAGAGGCGGGAATACCAAAATAAGACGAGAAGACCCTATGGAGCTTCAATTAACCAACCC--AAACAAGCGCA---     [614]
A._americanus       CCCGTGAAGAGGCGGGAATGAACTAATAAGACGAGAAGACCCTATGGAGCTTTAACTAACTAGCCC--AAAGACAAACCAAA   [623]
T._napu             CCCGTGAAGAGGCGGGGATATCCTAATAAGACGAGAAGACCCTATGGAGCTTTAATTAACCCACCC--AAAGAGC-------   [616]
Archaeocete         ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [640]
L._borealis         ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [640]
B._Bairdii          ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [640]
H._planifrons       ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [640]
T._shepherdi        ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [640]
M._densirostris     ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [640]
M._bidens           ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [640]
M._layardii         ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [640]
M._grayi            ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [640]
M._hectori          ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [640]
M._ginkgodens       ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [640]
M._stejnegeri       ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [640]
M._carlhubbsi       ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [640]
P._gangetica        ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [640]
P._blainvillei      ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [640]
L._vexillifer       ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [640]
M._monoceros        ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [640]
P._dalli            ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [640]
N._phocaenoides     ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [640]
O._brevirostris     ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [640]
P._electra          ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [640]
F._attenuata        ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [640]
P._crassidens       ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [640]
O._orca             ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [640]
G._macrorhynchus    ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [640]
S._bredanensis      ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [640]
L._acutus           ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [640]
L._hosei            ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [640]
G._griseus          ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [640]
E._glacialis        ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [640]
B._acutorostra      ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [640]

[                            656       666       676       686       696       706       716      725]
[                            .         .         .         .         .         .         .        .]

P._phocoena         AACA-G-TACCACTAAGGGATAA-CAAAAT-TT-TATATGGGTTGACAATTTCGGTTGGGGTGACCTCGGAGTATAAAA   [707]
P._spinipinnis      AACA-A-TACCACTAAGGGATAA-CAGAA--TT-TATATGAGTTGACAATTTCGGTTGGGGTGACCTCGGAGCACAAAA   [703]
D._delphis          AACA-A-TACCACCAAGGGATAA-CAAAGC-TT-TAAATGAGCTGACAATTTCGGTTGGGGTGACCTCGGAGTATAAAA   [702]
T._truncatus        AATA-A-TACCACCAAGGGATAA-CAAAGC-TT-TAGATGAGCTGACAATTTCGGTTGGGGTGACCTCGGAGTATAAAA   [701]
C._eutropia         AATA-A-TACCACCAAGGGATAA-CAAAGC-TT-TACATGAGTTGACAATTTCGGTTGGGGTGACCTCGGAGTATAAAA   [702]
L._obscurus         AATA-A-TACCACCAAGGGATAA-CAAAGC-TT-TATATGAGTTGACAATTTCGGTTGGGGTGACCTCGGAGTATAAAA   [702]
L._albirostris      AATA-A-TACCACCAAGGGATAA-CAAAAC-TT-TACATGAGCTGACAATTTCGGTTGGGGTGACCTCGGAGTACAAAA   [701]
L._peronii          AATA-A-TACCACCAAGGGATAA-CAAAGC-TT-TATATGAATTGACAATTTCGGTTGGGGTGACCTCGGAGTATAAAA   [702]
G._melaena          AACA-A-TACCACCAAGGGATAA-CAAAGC-TT-TATATGAGCTGACAATTTCGGTTGGGGTGACCTCGGAGTATAAAA   [700]
D._leucas           AACA-G-CACCACCAAGGGATAA-CAAAAT-TT-TACATGGGTTGACAATTTCGGTTGGGGTGACCTCGGAGTACAAAA   [704]
I._geoffrensis      AAC--A-AACCACCATGGGATAA-CAAAAC-TT-TACCTGGGTTGATAATTTTGGTTGGGGTGACCTCGGAGCACAGAA   [702]
M._europaeus        ATTT-A-AACCACCAAGGAATAA-CAAAAC-TT-TATATGGGTTGACAATTTTGGTTGGGGTGACCTCGGAGCACAAAA   [699]
M._peruvianus       ATCTTA-AACCACCAAGGAATAA-CAAAAT-TT-TATATGGGTTGATAATTTCGGTTGGGGTGACCTCGGAGTACAAAA   [702]
Z._cavirostris      ATCT-A-AACCGCCAAGGGATAA-CAGAAC-TT-TATATGGGTTGACAATTTTGGTTGGGGTGACCTCGGAGCACAAAA   [701]
K._breviceps        -TCT-A-AACCACCAAGGGATAA-AAAAGC-TT-CATATGGGCTGACAATTTCGGTTGGGGCGACCTCGGAGTATAAAA   [702]
K._simus            -TCT-A-AACCACCAAGGGATAA-AAAAGC-TT-TACATGGGTTGGCAATTTCGGTTGGGGTGACCTCGGAGTATAAAA   [701]
P._catadon          CTC--A-AACCACCAAGGGATAA-AAAAAA-CT-TATATGGGTTGACAATTTCGGTTGGGGTGACCTCGGAGCACAAAA   [700]
B._physalus         C-CTTA-AACCACCAAGGGATAA-CAAAAC-CT-TATATGGGCTGACAATTTCGGTTGGGGTGACCTCGGAGTACAAAA   [700]
M._novaeangliae     C-CTTA-AACCACCAAGGGACAA-CAAAAT-TT-TATGTGGGTTGACAATTTCGGTTGGGGTGACCTCGGAGCACAAAA   [700]
E._robustus         C-CTTA-AACCACCAAGGGACAA-CAAAAT-TT-TATATGGGCTGACAATTTCGGTTGGGGTGACCTCGGAGCACAAAA   [703]
B._mysticetus       C-CTCA-AACCACCAAGGGATAA-CAAAAT-TT-TATATGGGCTGACAATTTCGGTTGGGGTGACCTCGGAGCACAAAA   [701]
B._taurus           ATTT---AACCATTAAGGAATAA-CAACAA-TC-TCCATGAGTTGGTAGTTTCGGTTGGGGTGACCTCGGAGAATAAAA   [692]
C._dromedarius      AAAT---AACCGCCAAGGGATAA-TAATCT-TC-TACCTGAGTTAGCAATTTCGGTTGGGGTGACCTCGGAGAACAGAA   [700]
T._tajacu           CCATTT-AACCACAAAGGAATAAACAAAGC-CCAACAATGGGTTGGCAATTTCGGTTGGGGTGACCTCGGAGAACAAAA   [691]
A._americanus       CCTAACTAACCACCAAGGGATAA-CAATGC-TC-TCCATGGACTAGCAGTTTCGGTTGGGGTGACCTCGGAGAACAAAA   [699]
T._napu             AACTTTCAACCGCCAAGGGACAA-CAAAGCCTC-TATCTGAGTGGACAATTTTGGTTGGGGTGACCTCGGAGAATAAAA   [690]
Archaeocete         ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [720]
L._borealis         ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [720]
B._Bairdii          ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [720]
H._planifrons       ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [720]
T._shepherdi        ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [720]
M._densirostris     ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [720]
M._bidens           ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [720]
M._layardii         ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [720]
M._grayi            ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [720]
M._hectori          ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [720]
M._ginkgodens       ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [720]
M._stejnegeri       ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [720]
M._carlhubbsi       ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [720]
P._gangetica        ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [720]
P._blainvillei      ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [720]
L._vexillifer       ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [720]
M._monoceros        ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [720]
P._dalli            ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [720]
N._phocaenoides     ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [720]
O._brevirostris     ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [720]
P._electra          ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [720]
F._attenuata        ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [720]
P._crassidens       ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [720]
O._orca             ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [720]
G._macrorhynchus    ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [720]
S._bredanensis      ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [720]
L._acutus           ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [720]
L._hosei            ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [720]
G._griseus          ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [720]
E._glacialis        ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [720]
B._acutorostra      ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [720]

[                            735       745       755       765       775       785       795        806]
[                            .         .         .         .         .         .         .          .]

P._phocoena         AACCCTCCGAGTGA-TTA---AAACCTAGG-----CCTACTAGCC-AAAGTGTAGCATCACTTATTGATCCAAATT--TTT   [776]
P._spinipinnis      AACCCTCCGAGTGA-TTA---AAACCTAGG-----CCTACTAGCC-AAAGTGTAATATCACTTATTGATCCAAATT--TTT   [772]
D._delphis          AACCCTCCGAGTGA-TTA---AAACTTAGG-----CCTACTAGCC-AAAGTATAGTATCACTTATTGATCCAAAAT--TTT   [771]
T._truncatus        AACCCTCCGAGTGA-TTA---AAACTTAGG-----CCTACCAGCC-AAAGTATAGTATCACTTATTGATCCAAAAT--TTT   [770]
C._eutropia         AACCCTCCGAGTGA-TTA---AAACTTAGG-----CCTACCAGCC-AAAGTATAGTATCACTTATTGATCCAAAAT--TTT   [771]
L._obscurus         AACCCTCCGAGTGA-TTA---AAACTTAGG-----CCTACCAGCC-AAAGTATAGTATCACTTATTGATCCAAAAT--TTT   [771]
L._albirostris      AACCCTCCGAGTGA-TTA---AAACTTAGG-----CCCACCAGCC-AAAGTATAATATCACTTATTGATCCAAAAT--TTT   [770]
L._peronii          AATCCTCCGAGTGA-TTA---AAACTTAGG-----CCTACCAGCC-AAGGTGTAGTATCACTTATTGATCCAAAAC--TTT   [771]
G._melaena          AACCCTCCGAGTGA-TTA---AAACTTAGG-----CCTACTAGCC-AAAGTACAGTATCACATATTGATCCAAAAT--TTT   [769]
D._leucas           AACCCTCCGAGTGA-TTA---AAACCTAG------CCTACTGGCC-AAAGTGTAATATCACTTATTGATCCAAATT--CTT   [772]
I._geoffrensis      AAACCTCCGAGTGA-TTA--TAAGCCTAGG-----CCTACTAGCC-AAAGCGTGACATCACTTATTGATCCAAGTT--TTT   [772]
M._europaeus        AAACCTCCGAGTGA-TTA---AAACCTAGG-----CCTACCAGCC-AAAGTGTTAAATCACTTATTGATCCAATTT-TTTT   [769]
M._peruvianus       AAACCTCCGAGTGA-TTA---AAACCTAGG-----CCTACCAGCC-AAAGTATTATATCACTTATTGATCCAAAATTTTTT   [773]
Z._cavirostris      AAACCTCCGAGTGA-TTA---AAACCCAGG-----CCCACCGGCC-AAAGTGTAATATCACTTATTGATCCAAAAA-TTTT   [771]
K._breviceps        ACCCCTCCGAGTGA-TTA---AAGCCTAGG-----CCTACTAGCC-AAAGCATAATATCACTTATTGATCCAAAAT--ATT   [771]
K._simus            AACCCTCCGAGTGA-TTA---AAGCCTAGG-----CCTACCAGCC-AAAGCACACTATCACTTATTGATCCAAAAT--ATT   [770]
P._catadon          ACCCCTCCGAGTGA-TTA---AAGCCTAGG-----CCTACCAGCC-AAAGCATAACATCACTTATTGATCCAAAGC--TTT   [769]
B._physalus         AACCCTCCGAGTGA-TTA---AAACTTAGG-----CCCACTAGCC-AAAGTACAATATCACTTATTGATCCAATCC--TTT   [769]
M._novaeangliae     AACCCTCCGAGTGA-TTA---AAACCTAGG-----CCCACTAGCC-AAAGTGTAATATCATTTATTGATCCAATCT--TTT   [769]
E._robustus         AACCCTCCGAGTGATTTA---AAACCTAGG-----CTCACTAGCC-GAAGTATAATATCACTTATTGATCCAATCT--ATT   [773]
B._mysticetus       AACCCTCCGAGTGA-TTA---AAGCCTAGG-----CCCACTAGCC-AAAGCATAATATCACTTATTGATCCAATCT--TTT   [770]
B._taurus           AATCCTCCGAGCGATTTT--AAAGACTAGA-----CCCACAAGTC-AAATCACTCTATCGCTCATTGATCCAAAAA--CTT   [763]
C._dromedarius      AAACCTCCGAGTGA-CTA---AAATCTAGA-----TTTACCAATC-AAAATGTAGTGTCACTTATTGATCCAAAATA-TTT   [770]
T._tajacu           AAACCCCCGAGTGA-TTT---CAATCTAGA-----CTAACCAGTCAAAAGTATTCCATCATTTATTGATCCAAATTA-ATT   [762]
A._americanus       AATCCTCCGAACGATTTT--AAAGACAAGA-----CTTACAAGTC-AAATTATGATATCGCTTATTGACCCAAAAAA--TT   [770]
T._napu             AATCCTCCGAGCGA-TTACTAAAGACTAGACTAGACCTACAAGTC-AAATCGCTATATCGCAAATTGATCCAAAAACCTTT   [769]
Archaeocete         ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [800]
L._borealis         ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [800]
B._Bairdii          ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [800]
H._planifrons       ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [800]
T._shepherdi        ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [800]
M._densirostris     ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [800]
M._bidens           ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [800]
M._layardii         ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [800]
M._grayi            ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [800]
M._hectori          ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [800]
M._ginkgodens       ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [800]
M._stejnegeri       ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [800]
M._carlhubbsi       ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [800]
P._gangetica        ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [800]
P._blainvillei      ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [800]
L._vexillifer       ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [800]
M._monoceros        ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [800]
P._dalli            ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [800]
N._phocaenoides     ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [800]
O._brevirostris     ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [800]
P._electra          ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [800]
F._attenuata        ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [800]
P._crassidens       ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [800]
O._orca             ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [800]
G._macrorhynchus    ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [800]
S._bredanensis      ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [800]
L._acutus           ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [800]
L._hosei            ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [800]
G._griseus          ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [800]
E._glacialis        ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [800]
B._acutorostra      ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [800]

[                            816       826       836       846       856       866       876       886]
[                            .         .         .         .         .         .         .         .]

P._phocoena         GATCAACGGAACAAGTTACCCTAGGGATAACAGCGCAATCCTATTCTAGAGTCCGTATCGACAATAGGGTTTACGACCTC   [856]
P._spinipinnis      GATCAACGGAACAAGTTACCCTAGGGATAACAGCGCAATCCTATTCTAGAGTCCATATCGACAATAGGGTTTACGACCTC   [852]
D._delphis          GATCAACGGAACAAGTTACCCTAGGGATAACAGCGCAATCCTATTCTAGAGTCCATATCGACAATAGGGTTTACGACCTC   [851]
T._truncatus        GATCAACGGAACAAGTTACCCTAGGGATAACAGCGCAATCCTATTCTAGAGTCCATATCGACAATAGGGTTTACGACCTC   [850]
C._eutropia         GATCAACGGAACAAGTTACCCTAGGGATAACAGCGCAATCCTATTCTAGAGTCCATATCGACAATAGGGTTTACGACCTC   [851]
L._obscurus         GATCAACGGAACAAGTTACCCTAGGGATAACAGCGCAATCCTATTCTAGAGTCCATATCGACAATAGGGTTTACGACCTC   [851]
L._albirostris      GATCAACGGAACAAGTTACCCTAGGGATAACAGCGCAATCCTATTCTAGAGTCCATATCGACAATAGGGTTTACGACCTC   [850]
L._peronii          GATCAACGGAACAAGTTACCCTAGGGATAACAGCGCAATCCTATTCTAGAGTCCATATCGACAATAGGGTTTACGACCTC   [851]
G._melaena          GATCAACGGAACAAGTTACCCTAGGGATAACAGCGCAATCCTATTCTAGAGTCCATATCGACAATAGGGTTTACGACCTC   [849]
D._leucas           GATCAACGGAACAAGTTACCCTAGGGATAACAGCGCAATCCTATTCTAGAGTCCATATCGACAATAGGGTTTACGACCTC   [852]
I._geoffrensis      GATCAACGGAACAAGTTACCCTAGGGATAACAGCGCAATCCTATTCTAGAGTCCATATCAACAATAGGGTTTACGACCTC   [852]
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K._simus            GATCAACGGAACAAGTTACCCTAGGGATAACAGCGCAATCCTATTCTAGAGTTCATATCGACAATAGGGTTTACGACCTC   [850]
P._catadon          GATCAACGGAACAAGTTACCCTAGGGATAACAGCGCAATCCTATTCTAGAGTCCATATCGACAATAGGGTTTACGACCTC   [849]
B._physalus         GATCAACGGAACAAGTTACCCTAGGGATAACAGCGCAATCCTATTCTAGAGTCCATATCGACAATAGGGTTTACGACCTC   [849]
M._novaeangliae     GATCAACGGAACAAGTTACCCTAGGGATAACAGCGCAATCCTATTCTAGAGTTCATATCGACAATAGGGTTTACGACCTC   [849]
E._robustus         GATCAACGGAACAAGTTACCCTAGGGATAACAGCGCAATCCTATTCTAGAGTTCATATCGACAATAGGGTTTACGACCTC   [853]
B._mysticetus       GATCAACGGAACAAGTTACCCTAGGGATAACAGCGCAATCCTATTCTAGAGTCCATATCGACAATAGGGTTTACGACCTC   [850]
B._taurus           GATCAACGGAACAAGTTACCCTAGGGATAACAGCGCAATCCTATTCAAGAGTCCATATCGACAATAGGGTTTACGACCTC   [843]
C._dromedarius      GATCAACGGAACAAGTTACCCTAGGGATAACAGCGCAATCCTATTCAAGAGTCCATATCGACAATAGGGTTTACGACCTC   [850]
T._tajacu           GATCAACGGAACAAGTTACCCTAGGGATAACAGCGCAATCCTATTCTAGAGTCCCTATCGACAATAGGGTTTACGACCTC   [842]
A._americanus       GATCAACGGAACAAGTTACCCTAGGGATAACAGCGCAATCCTGTTCAAGAGTCCATATCGACAACAGGGTTTACGACCTC   [850]
T._napu             GATCAACGGAACAAGTTACCCTAGGGATAACAGCGCAATCCTATTCTAGAGTCCATATCGACAATAGGGTTTACGACCTC   [849]
Archaeocete         ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [880]
L._borealis         ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [880]
B._Bairdii          ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [880]
H._planifrons       ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [880]
T._shepherdi        ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [880]
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N._phocaenoides     ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [880]
O._brevirostris     ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [880]
P._electra          ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [880]
F._attenuata        ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [880]
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S._bredanensis      ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [880]
L._acutus           ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [880]
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E._glacialis        ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [880]
B._acutorostra      ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [880]

[                            896       906       916       926       936 940 ]
[                            .         .         .         .         .   . ]

P._phocoena         GATGTTGGATCAGGACATCCTGATGGTGCAGC?GCTATCAAGGGTTCGTTTGTT   [936]
P._spinipinnis      GATGTTGGATCAGGACATCCTAATGGTGCAGCAGCTATTAAGGGTTCGTTTGTT   [932]
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B._physalus         GATGTTGGATCAGGACATCCTAATGGTGCAGCTGCTATTAAGGGTTCGTTTGTT   [929]
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Archaeocete         ??????????????????????????????????????????????????????   [960]
L._borealis         ??????????????????????????????????????????????????????   [960]
B._Bairdii          ??????????????????????????????????????????????????????   [960]
H._planifrons       ??????????????????????????????????????????????????????   [960]
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B._acutorostra      ??????????????????????????????????????????????????????   [960]

[cytb]
[                   941       951       961  966]
[                   .         .         .    .]

P._phocoena         TTATTCAACTATAAGAACCTTAATGA   [936]
P._spinipinnis      TTATTCAACTATAAGAACCTTAATGA   [932]
D._delphis          TAATTCAACTACAAGAACCCTAATGA   [931]
T._truncatus        TAATTCAACTACAAGAACCCTAATGA   [930]
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E._robustus         TCATTCAACTATAAGAACACCAATGA   [933]
B._mysticetus       TTATTCAACTACAAGAACACTAATGA   [930]
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C._dromedarius      TAGTTCAACTATAAGAACCCCAATGA   [930]
T._tajacu           ??????????????????????ATGA   [922]
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Archaeocete         ??????????????????????????   [960]
L._borealis         ??????????????????????????   [960]
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M._hectori          ??????????????????????????   [960]
M._ginkgodens       ??????????????????????????   [960]
M._stejnegeri       ??????????????????????????   [960]
M._carlhubbsi       ??????????????????????????   [960]
P._gangetica        ??????????????????????????   [960]
P._blainvillei      ??????????????????????????   [960]
L._vexillifer       ??????????????????????????   [960]
M._monoceros        ??????????????????????????   [960]
P._dalli            ??????????????????????????   [960]
N._phocaenoides     ??????????????????????????   [960]
O._brevirostris     ??????????????????????????   [960]
P._electra          ??????????????????????????   [960]
F._attenuata        ??????????????????????????   [960]
P._crassidens       ??????????????????????????   [960]
O._orca             ??????????????????????????   [960]
G._macrorhynchus    ??????????????????????????   [960]
S._bredanensis      ??????????????????????????   [960]
L._acutus           ??????????????????????????   [960]
L._hosei            ??????????????????????????   [960]
G._griseus          ??????????????????????????   [960]
E._glacialis        ??????????????????????????   [960]
B._acutorostra      ??????????????????????????   [960]

[                            976       986       996       1006      1016      1026      1036      1046]
[                            .         .         .         .         .         .         .         .]

P._phocoena         CCAACATCCGAAAAACACACCCACTAATAAAAATTATCAACAATGCGCTTATCGACCTCCCCGCCCCATCAAACATCTCC   [1016]
P._spinipinnis      CCAACATCCGAAAAACACACCCACTAATAAAAATCCTCAACAACGCGCTCATCGATCTCCCTGCCCCATCAAACATCTCC   [1012]
D._delphis          CCAACATCCGAAAAACACACCCACTAATAAAAATCCTCAATGAC?CATTCATTGATCTACCCACTCCATCTAATATCTCC   [1011]
T._truncatus        CCAACATCCGAAAAACACACCCACTAATAAAAATCCTCAATGA?GCGTTCATCGA?CTACCCACTCCATCTAATATCTCC   [1010]
C._eutropia         CCAACATCCGAAAAACACACCCACTAACAAAAATCCTCAACAACACATTCATCGACCTACCCACTCCATCTAACATCTCC   [1011]
L._obscurus         CCAACATCCGAAAAACACACCCACTAATAAAAATCCTCAATAACACATTCATCGACCTACCCACTCCATCTAACATCTCC   [1011]
L._albirostris      CCAACATCCGAAAAACACACCCACTAATAAAAATTATCAACGACGCATTCATTGACTTACCTTCCCCATCTAACATCTCC   [1010]
L._peronii          CCAACATCCGAAAAACACACCCACTAATAAAAATCCTCAATGACGCATTCATCGACCTACCCACTCCATCTAACATCTCC   [1011]
G._melaena          CCAACATCCGAAAAACACACCCACTAATAAAAATCATCAATAACACATTCATTGACCTACCCACTCCATCTAACATCTCC   [1009]
D._leucas           CCAACATCCGAAAAACACACCCGCTAATAAAAATTCTTAACAACGCATTCATCGATCTCCCTACTCCCTCGAATATTTCT   [1012]
I._geoffrensis      CCAACATCCGAAAAACCCACCCACTAATAAAAATCCTCAATAATGCACTCATTGACCTCCCTACCCCCTCAAATATCTCC   [1012]
M._europaeus        CCAACATTCGAAAAACACACCCACTAATAAAAGTCATTAACAACGCATTCATTGACCTTCCCACCCCATCAAATATCTCT   [1009]
M._peruvianus       CCAACATTCGAAAAACTCACCCACTGATAAAAATCGTTAATAATGCATTCATCGATCTTCCTACCCCGTCAAATATCTCT   [1013]
Z._cavirostris      CCAACATTCGAAAAACACACCCACTAATAAAAATCATCAATAATGCATTCATTGATCTTCCCACTCCATCAAACATCTCC   [1011]
K._breviceps        CCAACATCCGAAAAACACACCCA?TGATAAAAATCGTCAACAACGCATTCATCGACCTCCCCACTCCATCAAACATCTCC   [1011]
K._simus            CCAACATCCGAAAAACACACCCACTGATAAAAATCATCAACAACGCATTTGTCGACCTCCCCACTCCATCAAACATCTCC   [1010]
P._catadon          CCAACATCCGAAAATCACACCCATTAATAAAAATCATTAACAATGCATTCATCGACCTCCCTACCCCATCAAACATTTCC   [1009]
B._physalus         CCAACATCCGAAAAACACACCCACTAATAAAAATCGTCAACGACGCATTCGTCGATCTCCCCACCCCATCAAATATCTCT   [1009]
M._novaeangliae     CCAACATCCGAAAAACACACCCACTAATAAAAATTATCAACGACACATTCATTGATCTACCCACCCCATCAAATATCTCC   [1009]
E._robustus         CCAACATCCGAAAAACACACCCACTAATAAAAATCATCAACGACGCATTCGTCGATCTCCCCACCCCATCAAACATCTCC   [1013]
B._mysticetus       CCAACATCCGAAAAACACACCCACTAATAAAAATTATTAATGACGCCTTCATCGACCTCCCCACCCCATCAAATATCTCT   [1010]
B._taurus           CTAACATTCGAAAGTCCCACCCACTAATAAAAATTGTAAACAATGCATTCATCGACCTTCCAGCCCCATCAAACATTTCA   [1003]
C._dromedarius      CAAACATCCGAAAATCACACCCACTTCTAAAAATTATAAACGACGCATTCATTGACCTTCCAGCCCCCTCCAATATTTCA   [1010]
T._tajacu           CCAATATCCGAAAATCCCACCCACTAATAAAAATTATTAACAACACATTCATCGACTTACCAACCCCATCAAATATTTCA   [1002]
A._americanus       TCAACATCCGAAAATCCCACCCATTAATAAAAATTGTAAACAACGCATTCATTGACCTCCCAGCCCCATCAAACATCTCA   [1010]
T._napu             TCAATATCCGAAAATCACACCCACTAATAAAAATTGTCAACAATGCATTTATTGACCTCCCAGCCCCATCAAACATCTCT   [1009]
Archaeocete         ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1040]
L._borealis         ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1040]
B._Bairdii          ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1040]
H._planifrons       ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1040]
T._shepherdi        ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1040]
M._densirostris     ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1040]
M._bidens           ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1040]
M._layardii         ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1040]
M._grayi            ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1040]
M._hectori          ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1040]
M._ginkgodens       ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1040]
M._stejnegeri       ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1040]
M._carlhubbsi       ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1040]
P._gangetica        ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1040]
P._blainvillei      ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1040]
L._vexillifer       ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1040]
M._monoceros        ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1040]
P._dalli            ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1040]
N._phocaenoides     ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1040]
O._brevirostris     ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1040]
P._electra          ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1040]
F._attenuata        ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1040]
P._crassidens       ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1040]
O._orca             ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1040]
G._macrorhynchus    ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1040]
S._bredanensis      ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1040]
L._acutus           ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1040]
L._hosei            ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1040]
G._griseus          ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1040]
E._glacialis        ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1040]
B._acutorostra      ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1040]

[                            1056      1066      1076      1086      1096      1106      1116      1126]
[                            .         .         .         .         .         .         .         .]

P._phocoena         TCATGATGAAACTTTGGTTCCCTGCTGGGCCTCTGTCTA?TCACACAAATCCTAACAGGCCTATTTCTAGCAATACACTA   [1096]
P._spinipinnis      TCATGATGGAACTTTGGCTCCTTATTAAGCCTCTGTTTAGTTACACAAATCCTAACAGGCCTATTTCTAGCAATACACTA   [1092]
D._delphis          TCTTGATGAAATTTTGGTTCCTTACTA?GCCTCTGCCTAATTATACAAATCCTAACAGGACTATTTCTAGCAATACATTA   [1091]
T._truncatus        TCTTGATGAAATTTTGGTTCCTTACTAGGCCTCTGCCTAATTATACAAATCCTAACAGGATTATTCCTAGCAATACATTA   [1090]
C._eutropia         TCATGATGAAACTTTGGTTCCCTACTAGGTCTCTGCCTAATCATACAAATCCTAACAGGTTTATTTCTAGCAATACACTA   [1091]
L._obscurus         TCATGATGAAACTTTGGCTCCTTACTAGGTCTCTGCCTAATCATACAAATCCTAACAGGTTTATTTCTAGCAATACACTA   [1091]
L._albirostris      TCATGATGAAATTTTGGCTCCCTACTAGGCCTCTGCTTAATTATACAAATCCTAACAGGCCTATTCCTAGCAATACATTA   [1090]
L._peronii          TCATGATGAAACTTTGGTTCCCTGCTAGGACTCTGCCTAATCATACAAATCCTAACAGGCTTATTCCTAGCAATACACTA   [1091]
G._melaena          TCATGATGAAACTTTGGCTCCTTACTAGGCCTCTGCTTAATTATACAAATCCTAACAGGTTTATTCCTAGCAATACATTA   [1089]
D._leucas           TCATGATGAAACTTTGGCTCCCTACTAGGCCTCTGCTTAATTATACAAATCTTAACAGGCTTATTCCTAGCAATACACTA   [1092]
I._geoffrensis      TCATGATGAAACTTCGGCTCCCTACTCGGTCTCTGTCTAATTATCCAAATCCTAACAGGCCTATTCCTAGCAATACACTA   [1092]
M._europaeus        TCATGATGAAATTTTGGCTCCTTACTTGGCCTCTGCCTAATTATACAAATCCTCACAGGCCTATTCCTAGCAATACACTA   [1089]
M._peruvianus       TCATGATGAAACTTTGGCTCCCTACTCGGCCTCTGCTTAATTATACAAATCCTCACAGGCCTATTTCTAGCAATACACTA   [1093]
Z._cavirostris      TCATGATGAAACTTCGGCTCCTTACTCGGCCTCTGCCTCATCATACAAATTCTCACAGGCCTGTTCTTAGCAATACACTA   [1091]
K._breviceps        TCATGATGAAATTTCGGCTCCCTGCTTGGCCT?TGTCTCATCACACAAATCCTAACAGGCCTATTTCTAGCAATACACTA   [1091]
K._simus            TCATGATGAAACTTCGGCTCCCTACTCGGCCTATGTCTCATTACACAGATCCTAACAGGCCTGTTTCTAGCGATACACTA   [1090]
P._catadon          TCATGATGAAACTTCGGCTCCCTACTTGGACTCTGCCTGATCATACAAATCCTAACAGGCCTATTCCTAGCAATACACTA   [1089]
B._physalus         TCATGATGGAACTTCGGCTCCCTACTCGGCCTCTGCTTAATTATACAAATCCTAACAGGCCTATTCCTAGCAATACACTA   [1089]
M._novaeangliae     TCATGATGAAACTTCGGTTCCCTACTCGGCCTTTGCTTAATTATACAAATCCTAACAGGCCTATTCCTAGCAATACACTA   [1089]
E._robustus         TCATGATGAAACTTCGGCTCCCTACTTGGCCTCTGCTTAATTATACAAATCCTAACGGGCCTATTCCTAGCAATACACTA   [1093]
B._mysticetus       TCATGATGAAACTTCGGTTCCCTACTTGGCCTTTGCCTGATTATACAAATCCTAACAGGCCTATTCCTAGCAATACACTA   [1090]
B._taurus           TCATGATGAAATTTCGGTTCCCTCCTGGGAATCTGCCTAATCCTACAAATCCTCACAGGCCTATTCCTAGCAATACACTA   [1083]
C._dromedarius      TCATGATGAAACTTCGGCTCTCTACTAGGAGTTTGCTTAATTATACAAATCCTGACAGGACTATTCCTGGCAATACATTA   [1090]
T._tajacu           TCATGATGAAACTTCGGATCCCTCCTGGGCATCTGCCTGCTACTACAGATCCTAACAGGCCTATTCCTAGCCATACACTA   [1082]
A._americanus       TCTTGATGAAACTTCGGCTCTCTACTAGGCATCTGCCTAATCCTACAAATCCTAACAGGCCTATTTCTAGCAATACACTA   [1090]
T._napu             TCATGGTGAAACTTCGGCTCCCTGTTAGGCATCTGCCTCATCCTTCAAATCCTAACAGGCCTATTCCTGGCAATGCACTA   [1089]
Archaeocete         ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1120]
L._borealis         ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1120]
B._Bairdii          ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1120]
H._planifrons       ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1120]
T._shepherdi        ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1120]
M._densirostris     ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1120]
M._bidens           ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1120]
M._layardii         ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1120]
M._grayi            ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1120]
M._hectori          ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1120]
M._ginkgodens       ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1120]
M._stejnegeri       ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1120]
M._carlhubbsi       ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1120]
P._gangetica        ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1120]
P._blainvillei      ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1120]
L._vexillifer       ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1120]
M._monoceros        ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1120]
P._dalli            ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1120]
N._phocaenoides     ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1120]
O._brevirostris     ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1120]
P._electra          ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1120]
F._attenuata        ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1120]
P._crassidens       ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1120]
O._orca             ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1120]
G._macrorhynchus    ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1120]
S._bredanensis      ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1120]
L._acutus           ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1120]
L._hosei            ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1120]
G._griseus          ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1120]
E._glacialis        ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1120]
B._acutorostra      ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1120]

[                            1136      1146      1156      1166      1176      1186      1196      1206]
[                            .         .         .         .         .         .         .         .]

P._phocoena         CACACCAGACACCTCAACCGCTTTTTCATCAGTCGCACATATCTGTCGAGACGTTAATTATGGCTGAATCATTCGTTACC   [1176]
P._spinipinnis      TACACCAGATACCTCAACCGCCTTCTCATCAATCGCACACATCTGTCGAGACGTTAACTACGGCTGAATTATTCGATACC   [1172]
D._delphis          CACGCCAGATACCTCAACTGCTTTCTCATCAGTCGCACACATCTGCCGAGACGTCAACTATGGCTGATTCATCCGCTATT   [1171]
T._truncatus        CACGCCAGACACCTCAACTGCTTTCTCATCAGTCGCACACATCTGCCGAGACGTCAACTATGGCTGATTCATCCGCTATC   [1170]
C._eutropia         CACACCAGACACCTCAACTGCTTTTTCATCAGTCGCACATATCTGTCGAGATGTCAACTATGGCTGATTCATCCGCTATC   [1171]
L._obscurus         CACACCAGACACCTCAACTGCTTTTTCATCAGTCGCACATATCTGTCGAGACGTCAACTACGGCTGATTCATCCGCTATC   [1171]
L._albirostris      CACACCAGACACCTCAACTGCCTTTTCATCAGTCGCACACATCTGTCGAGACGTCAACTATGGCTGATTCATCCGCTATT   [1170]
L._peronii          CACGCCAGACACCTCAACTGCTTTTTCATCAGTCGCACATATCTGCCGAGACGTCAACTATGGCTGATTTATCCGCTATC   [1171]
G._melaena          CACACCAGACACCTCAACCGCTTTTTCATCAGTCGCACACATCTGTCGAGACGTCAACTATGGCTGATTCATCCGCTACC   [1169]
D._leucas           CACACCAGACACCTCAACTGCCTTTTCATCAGTCGCACACATCTGTCGAGACGTTAACTACGGCTGAATTATTCGATACT   [1172]
I._geoffrensis      CACGCCAGACACTCTAACCGCCTTTTCATCTGTTGCTCACATCTGCCGAGACGTCAATTACGGCTGACTTATCCGATACT   [1172]
M._europaeus        TACACCAGACACAACAACAGCCTTCTCATCCGTCACACACATCTGCCGAGACGTCAACTATGGCTGAATTATTCGATATC   [1169]
M._peruvianus       TACACCAGACACTACAACAGCCTTCTCGTCAGT?ATACATATCTGCCGAGACGTTAATTATGGCTGAATTATCCGATATC   [1173]
Z._cavirostris      TACACCAGACACAACAACAGCCTTCTCATCCGTTGCACACATTTGCCGAGACGTCAACTATGGCTGAATCATTCGATACC   [1171]
K._breviceps        ?ACACCAGACACAACAACCGCCTTCTCATCAATCACACATATTTGTCGAGACGTTAATTACGGCTGAGT?ATCCGATACC   [1171]
K._simus            CACCCCAGATACAACAACCGCTTTCTCATCAGTCACACACATTTGCCGAGATGTCAACTATGGCTGGGTAATCCGATATT   [1170]
P._catadon          CACACCAGACACAACAACCGCTTTCTCATCAATCACACACATTTGCCGAGACGTCAATTACGGCTGGACCATCCGATACC   [1169]
B._physalus         CACACCAGACACAACAACCGCCTTCTCATCAGTCACACACATCTGCCGAGACGTGAATTACGGCTGAATTATCCGATACC   [1169]
M._novaeangliae     CACACCAGACACAACAACCGCCTTCTCATCAGTCACACACATCTGTCGAGACGTAAATTATGGCTGAATTATCCGATACC   [1169]
E._robustus         CACACCAGACACAACAACCGCCTTCTCATCAATCACACATATTTGCCGAGATGTAAATTATGGCTGAATTATCCGATACC   [1173]
B._mysticetus       CACACCAGATACAACAACCGCCTTCTCATCAATTACACACATCTGTCGAGACGTAAACTACGGTTGAATCATCCGATATC   [1170]
B._taurus           CACATCCGACACAACAACAGCATTCTCCTCTGTTACCCATATCTGCCGAGACGTGAACTACGGCTGAATCATCCGATACA   [1163]
C._dromedarius      TACATCCGACACAACAACAGCCTTCTCTTCAGTCGCACACATCTGCCGAGATGTTAACTACGGCTGAATCATTCGATATT   [1170]
T._tajacu           CACACCAGACACAACTACCGCCTTTTCATCAGTAACCCACATCTGTCGAGACGTAAACTACGGATGAATTATCCGCTACC   [1162]
A._americanus       CACAGCAGACACAACAACAGCATTCTCTTCTGTCACCCATATTTGCCGAGACGTAAACTACGGCTGAATCATCCGATACA   [1170]
T._napu             CACATCAGACACATCCACAGCCTTCTCCTCAGTAACCCACATCTGTCGAGACGTGAATTATGGATGAATTATCCGTTATA   [1169]
Archaeocete         ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1200]
L._borealis         ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1200]
B._Bairdii          ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1200]
H._planifrons       ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1200]
T._shepherdi        ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1200]
M._densirostris     ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1200]
M._bidens           ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1200]
M._layardii         ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1200]
M._grayi            ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1200]
M._hectori          ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1200]
M._ginkgodens       ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1200]
M._stejnegeri       ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1200]
M._carlhubbsi       ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1200]
P._gangetica        ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1200]
P._blainvillei      ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1200]
L._vexillifer       ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1200]
M._monoceros        ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1200]
P._dalli            ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1200]
N._phocaenoides     ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1200]
O._brevirostris     ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1200]
P._electra          ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1200]
F._attenuata        ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1200]
P._crassidens       ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1200]
O._orca             ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1200]
G._macrorhynchus    ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1200]
S._bredanensis      ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1200]
L._acutus           ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1200]
L._hosei            ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1200]
G._griseus          ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1200]
E._glacialis        ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1200]
B._acutorostra      ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1200]

[                            1216      1226      1236      1246      1256      1266      1276      1286]
[                            .         .         .         .         .         .         .         .]

P._phocoena         TACACGCAAACGGAGCTTCCATGTTCTTCATTTGTCTTTATATCCATATCGGACGTGGCCTATATTACGGCTCCTACATA   [1256]
P._spinipinnis      TGCACGCAAATGGAGCTTCTATATTCTTCGTTTGTCTCTATATCCATGTCGGACGTGGCCTGTATTACGGCTCCTACATA   [1252]
D._delphis          TACATGCAAACGGAGCCTCCATATTCTTCATCTGTCTATACGCCCACATTGGACGTGGCCTATACTATGGCTCTTATATG   [1251]
T._truncatus        TACACGCAAACGGAGCCTCCATATTCTTCATCTGTCTATACGCCCACATTGGACGTGGCCTATACTATGGTTCTTATATA   [1250]
C._eutropia         TACACGCAAACGGAGCCTCCATATTCTTCATCTGCCTTTACGCCCACATCGGACGTGGCCTATACTATGGCTCTTATATA   [1251]
L._obscurus         TACATGCAAACGGAGCCTCCATATTCTTCATCTGCCTTTACGCCCACATCGGACGTGGCCTATACTATGGCTCTTATATA   [1251]
L._albirostris      TACATGCAAACGGAGCTTCTATATTCTTCATCTGCCTTTACGCCCACATCGGACGTGGCTTATACTATGGTTCCTATATA   [1250]
L._peronii          TTCACGCAAACGGAGCCTCTATATTCTTCATCTGCCTTTACGCCCACATCGGACGTGGCCTATACTATGGCTCTTATATA   [1251]
G._melaena          TACACGCAAACGGAGCTTCCATATTCTTCATCTGCCTTTACGCCCACATCGGACGTGGCTTATACTATGGCTCTTATATA   [1249]
D._leucas           TACATGCAAACGGAGCCTCCATATTCTTTATTTGCCTCTACACCCATATCGGACGCAGCCTATACTACGGTTCCCACACA   [1252]
I._geoffrensis      TACACGCAAACGGAGCTTCCATATTCTTCATCTGCCTTTACATCCACATTGGCCGTGGCCTGTACTACGGATCCCACACT   [1252]
M._europaeus        TACATGCAAACGGAGCTTCCATATTCTTCATCTGTCTCTATGCACACATCGGACGCGGCCTATATTACGGTTCTTATATT   [1249]
M._peruvianus       TACATGCAAATGGAGCCTCCATATTTTTTATCTGCCTCTATGCACACATTGGACGCGGCCTATACTATGGCTCTTATATT   [1253]
Z._cavirostris      TACACGCAAACGGGGCCTCCATATTCTTCATCTGCCTTTACGCCCATATCGGACGTGGACTATATTACGGCTCCTATATC   [1251]
K._breviceps        TACACGCAAACGGAGCCTCCATATTCTTCATCTGCCTCTACGCCCACGTAGG?CGGGGCCTATATTATGGCTCCTACACT   [1251]
K._simus            TACACGCAAATGGAGCCTCCATGTTCTTCATCTGCCTCTACGCCCACGTAGGACGTGGCCTATACTACGGCTCCTATGTT   [1250]
P._catadon          TACATGCAAACGGAGCTTCCATATTTTTCATTTGCCTTTACACTCACATGGGCCGTGG?CTGTACTACGGCTCCTACATC   [1249]
B._physalus         TACATGCAAATGGGGCTTCTATATTCTTCATCTGCCTCTACGCTCACATAGGACGAGGCCTATACTACGGCTCCTACGCC   [1249]
M._novaeangliae     TACATGCAAATGGGGCCTCCATATTCTTCATCTGCCTCTACGCTCACATAGGACGAGGCCTATACTACGGCTCCTACGCC   [1249]
E._robustus         TACATGCAAATGGAGCCTCCATATTCTTCATTTGCCTCTACGCCCACATGGGACGAGGCCTATATTACGGCTCCCACGCC   [1253]
B._mysticetus       TACACGCAAATGGAGCCTCCATATTCTTCATCTGCCTCTACGCTCACATAGGACGTGGCCTATACTATGGCTCCCACGCC   [1250]
B._taurus           TACACGCAAACGGAGCTTCAATGTTTTTTATCTGCTTATATATGCACGTAGGACGAGGCTTATATTACGGGTCTTACACT   [1243]
C._dromedarius      TACATGCTAACGGAGCTTCCATATTCTTCATTTGCTTATATATTCACGTGGGTCGCGGGCTTTATTACGGCTCGTATACC   [1250]
T._tajacu           TACATGCAAACGGAGCATCCATATTCTTTATCTGCCTCTTTATTCACGTAGGCCGAGGACTATACTATGGGTCCTACCTA   [1242]
A._americanus       TGCACGCCAACGGAGCATCAATATTCTTCATCTGCCTATTTATGCATGTAGGACGAGGCCTATACTACGGATCGTATATA   [1250]
T._napu             TACACGCAAATGGAGCCTCCATATTCTTTATTTGCCTATACATGCATGTAGGACGAGGCTTATACTACGGATCCTACACC   [1249]
Archaeocete         ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1280]
L._borealis         ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1280]
B._Bairdii          ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1280]
H._planifrons       ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1280]
T._shepherdi        ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1280]
M._densirostris     ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1280]
M._bidens           ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1280]
M._layardii         ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1280]
M._grayi            ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1280]
M._hectori          ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1280]
M._ginkgodens       ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1280]
M._stejnegeri       ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1280]
M._carlhubbsi       ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1280]
P._gangetica        ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1280]
P._blainvillei      ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1280]
L._vexillifer       ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1280]
M._monoceros        ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1280]
P._dalli            ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1280]
N._phocaenoides     ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1280]
O._brevirostris     ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1280]
P._electra          ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1280]
F._attenuata        ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1280]
P._crassidens       ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1280]
O._orca             ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1280]
G._macrorhynchus    ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1280]
S._bredanensis      ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1280]
L._acutus           ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1280]
L._hosei            ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1280]
G._griseus          ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1280]
E._glacialis        ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1280]
B._acutorostra      ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1280]

[                            1296      1306      1316      1326      1336      1346      1356    1364 ]
[                            .         .         .         .         .         .         .       . ]

P._phocoena         TTCCAAGAAACATGAAACATCGGGGTGCTCTTACTACTAACAGTCATAGCCACCGCATTTGTAGGTTATGTCTTACCC   [1334]
P._spinipinnis      TTCCAAGAAACATGAAACATCGGCGTACTCCTACTACTAATAGTTATAGCCACCGCATTTGTAGGCTATGTTTTACCC   [1330]
D._delphis          TTCCAAGAAACATGAAACATTGG?GTACTCTTACTACTAACAGTCATAGCCACTGCATTCGTAGGCTACGTCCTGCCC   [1329]
T._truncatus        TTCCAAGAAACATGAAACATTGGTGTACTCTTACTATTAACAGTCATAGCCACTGCATTCGTAGGCTACGTCCTGCCC   [1328]
C._eutropia         TTCCAAGAAACATGAAACATTGGCGTACTCCTACTACTAACAGTCATAGCCACTGCATTCGTAGGCTACGTCCTACCC   [1329]
L._obscurus         TCCCAAGAAACATGAAACATCGGCGTACTCCTACTACTAGCAGTCATAGCCACTGCATTCGTAGGCTACGTCCTACCC   [1329]
L._albirostris      TTCCAAGAAACATGAAATATCGGTGTACTTCTACTATTAACAGTTATAGCCACCGCATTCGTAGGCTACGTCCTACCA   [1328]
L._peronii          TTCCAAGAAACATGAAATATCGGCGTACTCTTACTACTAACAGTCATAGCCACTGCATTCGTAGGCTACGTCCTACCC   [1329]
G._melaena          TTCCAAGAAACATGAAACATTGGTGTGCTCCTACTACTAACAGTCATGGCCACTGCATTCGTAGGCTATGTTCTACCC   [1327]
D._leucas           TCTCAAGAAACATGAAATATTGGTGTACTTCTCCTACTAATAGTTATAGCCACTGCATTCGTAGGCTATGTCCTACCC   [1330]
I._geoffrensis      TCACAAGAAACCTGAAACATCGGAGTACTATTACTATTCATAGTTATGGCCACCGCATTTATAGGCTACGTCCTACCC   [1330]
M._europaeus        TTCCAAGAAACATGAAATATTGGAGTAATCTTACTCTTCACAGTTATAGCTACCGCATTTGTAGGCTACGTTCTTCCC   [1327]
M._peruvianus       TTTCAAGAAACATGAAATATTGGAGTAATTTTACTCTTTACAGTTATAGCTACTGCATTCGTAGGCTATGTCCTACCT   [1331]
Z._cavirostris      TTTCAAGAAACATGAAACATCGGAGTAATCCTACTCCTTGCAGTTATAGCTACCGCATTTGTGGGCTATGTCCTACCT   [1329]
K._breviceps        TTCCAAGAAACATGAAACATCGGAGTGGTTCTGCTATTTACAGTAATGGCCACCGCATTTGTAGGCTACGTCCTACCC   [1329]
K._simus            TTCCAAGAAACATGAAACATCGGAGTAATCTTACTATTTACAGTAATAGCCACCGCATTCGTAGGCTACGTCCTGCCC   [1328]
P._catadon          TTCCAAGAAACATGAAACGTTGGAA?GATACTCCTAATCACAGTAATAGCCACCGCATTCGTAGGTTACGTACTGCCC   [1327]
B._physalus         TTCCGAGAAACATGAAATATTGGAGTTATTCTACTATTCACAGTTATAGCCACCGCATTCGTAGGCTACGTCCTGCCC   [1327]
M._novaeangliae     TTCCGAGAAACATGAAACATCGGAGTTATTCTACTATTCACAGTTATAGCCACTGCATTCGTAGGCTACGTCCTACCC   [1327]
E._robustus         TTCCAAGAGACATGAAACATCGGAGTCATCCTACTATTCACGGTTATAGCCACCGCATTCGTAGGCTACGTCCTACCC   [1331]
B._mysticetus       TTTCAAGAAACATGAAACATTGGGGTAATCCTACTATTCACAGTCATAGCCACTGCATTCGTGGGCTATGTCTTACCC   [1328]
B._taurus           TTTCTAGAAACATGAAATATTGGAGTAATCCTTCTGCTCACAGTAATAGCCACAGCATTTATAGGATACGTCCTACCA   [1321]
C._dromedarius      TTTTCAGAAACCTGAAACGTTGGAAT?GTTTTATTGTTCACAGTAATAGCAACAGCTTTCATGGGCTACGTCCTTCCA   [1328]
T._tajacu           TTTCTAGAAACATGAAATATCGGAGTCATTCTCCTACTAACAGTAATAGCAACAGCCTTTATAGGATACGTCCTACCA   [1320]
A._americanus       TTCCTAGAAACATGAAACATTGGAGTAATCCTCCTATTCACAGTTATAGCTACAGCATTCATAGGATACGTCCTACCA   [1328]
T._napu             TTCCTAGAAACGTGAAACATTGGAGTAATCCTCCTACTTACAGTGATAGCCACAGCATTCATAGGATATGTACTACCC   [1327]
Archaeocete         ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1358]
L._borealis         ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1358]
B._Bairdii          ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1358]
H._planifrons       ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1358]
T._shepherdi        ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1358]
M._densirostris     ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1358]
M._bidens           ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1358]
M._layardii         ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1358]
M._grayi            ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1358]
M._hectori          ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1358]
M._ginkgodens       ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1358]
M._stejnegeri       ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1358]
M._carlhubbsi       ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1358]
P._gangetica        ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1358]
P._blainvillei      ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1358]
L._vexillifer       ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1358]
M._monoceros        ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1358]
P._dalli            ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1358]
N._phocaenoides     ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1358]
O._brevirostris     ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1358]
P._electra          ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1358]
F._attenuata        ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1358]
P._crassidens       ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1358]
O._orca             ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1358]
G._macrorhynchus    ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1358]
S._bredanensis      ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1358]
L._acutus           ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1358]
L._hosei            ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1358]
G._griseus          ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1358]
E._glacialis        ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1358]
B._acutorostra      ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1358]

[                   1365            1379 1381             1397]
[                   .               .    .                .   ]
[					12s                16s                    ]
P._phocoena         11011 011100012 0  0 000300011 11111112
P._spinipinnis      11011 211000012 0  0 010300011 11112112
D._delphis          11001 211100012 0  0 210300011 11112112
T._truncatus        11011 211100012 0  0 210300011 11112112
C._eutropia         11001 211100012 0  0 210300011 11112112
L._obscurus         11001 211100012 0  0 210300011 11112112
L._albirostris      11001 211100012 0  0 210300011 11112112
L._peronii          11001 211100012 0  0 210300011 11112112
G._melaena          11001 211100113 0  0 210300011 11112112
D._leucas           01011 211010012 0  0 010300011 11112212
I._geoffrensis      11011 211100011 0  0 110300021 11111112
M._europaeus        11011 211010112 0  0 210300011 11112111
M._peruvianus       11011 211020002 0  0 210300001 11112110
Z._cavirostris      11011 211020002 0  0 210300011 11112111
K._breviceps        11011 211110002 0  0 110201011 11112112
K._simus            11011 211110002 0  0 110301011 11112112
P._catadon          11011 210110113 0  0 110200021 11112112
B._physalus         11021 211000112 0  1 110300101 11112112
M._novaeangliae     11021 211000222 0  0 110200101 11112112
E._robustus         11011 211000112 0  0 110200101 11102112
B._mysticetus       11011 211001012 0  0 210300101 11112112
B._taurus           10011 211132240 1  0 210300012 11101112
C._dromedarius      10110 111100004 1  0 210300012 11112111
T._tajacu           20011 221132234 1  0 210010001 01012101
A._americanus       10001 211132231 1  0 210000000 11101112
T._napu             10001 200132245 1  0 211120000 10110010
Archaeocete         ????? ????????? ?  ? ????????? ????????
L._borealis         ????? ????????? ?  ? ????????? ????????
B._Bairdii          ????? ????????? ?  ? ????????? ????????
H._planifrons       ????? ????????? ?  ? ????????? ????????
T._shepherdi        ????? ????????? ?  ? ????????? ????????
M._densirostris     ????? ????????? ?  ? ????????? ????????
M._bidens           ????? ????????? ?  ? ????????? ????????
M._layardii         ????? ????????? ?  ? ????????? ????????
M._grayi            ????? ????????? ?  ? ????????? ????????
M._hectori          ????? ????????? ?  ? ????????? ????????
M._ginkgodens       ????? ????????? ?  ? ????????? ????????
M._stejnegeri       ????? ????????? ?  ? ????????? ????????
M._carlhubbsi       ????? ????????? ?  ? ????????? ????????
P._gangetica        ????? ????????? ?  ? ????????? ????????
P._blainvillei      ????? ????????? ?  ? ????????? ????????
L._vexillifer       ????? ????????? ?  ? ????????? ????????
M._monoceros        ????? ????????? ?  ? ????????? ????????
P._dalli            ????? ????????? ?  ? ????????? ????????
N._phocaenoides     ????? ????????? ?  ? ????????? ????????
O._brevirostris     ????? ????????? ?  ? ????????? ????????
P._electra          ????? ????????? ?  ? ????????? ????????
F._attenuata        ????? ????????? ?  ? ????????? ????????
P._crassidens       ????? ????????? ?  ? ????????? ????????
O._orca             ????? ????????? ?  ? ????????? ????????
G._macrorhynchus    ????? ????????? ?  ? ????????? ????????
S._bredanensis      ????? ????????? ?  ? ????????? ????????
L._acutus           ????? ????????? ?  ? ????????? ????????
L._hosei            ????? ????????? ?  ? ????????? ????????
G._griseus          ????? ????????? ?  ? ????????? ????????
E._glacialis        ????? ????????? ?  ? ????????? ????????
B._acutorostra      ????? ????????? ?  ? ????????? ????????

[                   1398        1410      1420      1430      1440      1450      1460      1470   1477  ]
[                   .           .         .         .         .         .         .         .      . ]

P._phocoena         01000000001?1101100?010011001?1010010??100000111(01)0101111011101110110011010000000
P._spinipinnis      01000000001?1111100?010011001?1010010??10000011110101111011101110110011010000000
D._delphis          01000000002?00010?0?010011001?1010001??00100011010110111111101000110011000000000
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M._layardii         1140020200?0110100?10?0?00000010?001120?110110110111111010??10?0???????110000111
M._grayi            1110020200?0110100?1010?00000010?001120?110110110111111010??10?0???????110000111
M._hectori          0100020200?0110100?10?0?00000010?001120?110110110111111010??10?0???????110000111
M._ginkgodens       111002020000110100110?0?00000010?001120?110110110111111010??10?0???????110000111
M._stejnegeri       213002020000110100110?0?00000010?001120?1101101101111110101010?0???????110000111
M._carlhubbsi       1120020200?0110100?1010?00000010?001120?1101101101111110101010?0???????110000101
P._gangetica        ?0?0111210011001111010?00011?210?000?2??1101111601010110111010?0???????0100???00
P._blainvillei      ?0?1130211011111000000101100?210?000?21?1101101101000110110?10?110?10011100???00
L._vexillifer       ?0?11112110111010110100010000210?000?21?1101111301000110111010?110?10010100???00
M._monoceros        ?0?1110011011101000000000100??10?000?21?1101111101000110111010?110?0001111111?00
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P._phocoena         010?1000000000?10000111111111111111111111111112		glsegewqlv lnvwgkvead laghgqdvli rlfkghpetl ekfdkfkhlk teaemkased lkkhgntvlt alggilkkkg hhdaelkpla qshatkhkip ikylefisea iihvlhsrhp aefgadaqga mnkalelfrk diatkykelg fhg	???????????????????????????????????????????????????????????????????????
P._spinipinnis      010?1000000000?10000111111111111111111111111112		?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ???	???????????????????????????????????????????????????????????????????????
D._delphis          01001000000000?10000111111111111111111111111112		glsdgewqlv lnvwgkvead laghgqdvli rlfkghpetl ekfdkfkhlk teadmkased lkkhgntvlt algailkkkg hhdaelkpla qshatkhkip ikylefisea iihvlhsrhp aefgadaqga mnkalelfrk diaakykelg fhg	11110111001100110010010001100110010011111000011101001000011100001011011
T._truncatus        01001000000000?10000111111111111111111111111112		glsdgewqlv lnvwgkvead laghgqdvli rlfkghpetl ekfdkfkhlk teadmkased lkkhgntvlt algailkkkg hhdaelkpla qshatkhkip ikylefisea iihvlhsrhp aefgadaqga mnkalelfrk diaakykelg fhg	11110111000100100010000000100010010011110000010101000100011000001001010
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L._obscurus         01001000000000?10000111111111111111111111111112		?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ???	01111001000100000000010000100110010011011000011101000100010101001001001
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G._melaena          01001000000000?10000111111111111111111111111112		glsdgewqlv lnvwgkvead laghgqdili rlfkghpetl ekfdkfkhlk teadmkased lkkhgntvlt algailkkkg hheaelkpla qshatkhkip ikylefisea iihvlhsrhp aefgadaqga mnkalelfrk diaakykelg fhg	01100011100101010010000000100111010011011000011101100100011001001001001
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I._geoffrensis      0??02000000000?10000111111111111111111111111112		glsdgewqlv lniwgkvead laghgqdvli rlfkghpetl ekfdkfkhlk teaemkased lkkhgntvlt alggilkkkg hheaelkpla qshatkhkip ikylefisea iihvlhsrhp gdfgadaqaa mnkalelfrk diaakykelg fhg	???????????????????????????????????????????????????????????????????????
M._europaeus        010?1000000000?10000111111111111111111111111112		?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ???	???????????????????????????????????????????????????????????????????????
M._peruvianus       ????1000000000?100?0???111111111111111111111112		?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ???	???????????????????????????????????????????????????????????????????????
Z._cavirostris      01021000000000?10000111111111111111111111111112		glseaewqlv lhvwakvead lsghgqeili rlfkghpetl ekfdkfkhlk seaemkased lkkhghtvlt alggilkkkg hheaelkpla qshatkhkip ikylefisda iihvlhsrhp sdfgadaqaa mtkalelfrk diaakykelg fhg	???????????????????????????????????????????????????????????????????????
K._breviceps        0??21000000000?10000111111111111111111111111112		?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ???	01000010000100001101000000011100010010000001000000100001010010010011001
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P._catadon          0??02000000000?10000111111111111111111111111112		vlsegewqlv lhvwakvead vaghgqdili rlfkshpetl ekfdrfkhlk teaemkased lkkhgvtvlt algailkkkg hheaelkpla qshatkhkip ikylefisea iihvlhsrhp gdfgadaqga mnkalelfrk diaakykelg yqg	???????????????????????????????????????????????????????????????????????
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B._mysticetus       00?1011112001?10?011000111111111111111111111112		?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ???	???????????????????????????????????????????????????????????????????????
B._taurus           00?00000001000?00100000000000000000000000000000		glsdgewqlv lnawgkvead vaghgqevli rlftghpetl ekfdkfkhlk teaemkased lkkhgntvlt alggilkkkg hheaevkhla eshankhkip vkylefisda iihvlhakhp sdfgadaqaa mskalelfrn dmaaqykvlg fhg	???????????????????????????????????????????????????????????????????????
C._dromedarius      00?00000001000?00100000000000000000000000000000		?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ???	???????????????????????????????????????????????????????????????????????
T._tajacu           00?00000001000?00100000000000000000000000000000		?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ???	???????????????????????????????????????????????????????????????????????
A._americanus       00?00000000000?00100000000000000000000000000000		?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ???	???????????????????????????????????????????????????????????????????????
T._napu             00??0000001000?00100000000000000000000000000000		?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ???	???????????????????????????????????????????????????????????????????????
Archaeocete         ?????000000000???000?????00010?0????11000????11		?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ???	???????????????????????????????????????????????????????????????????????
L._borealis         01000000000000?10000111111111111111111111111112		?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ???	???????????????????????????????????????????????????????????????????????
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H._planifrons       010(01)1000000000?10000111111111111111111111111112  ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ???	00000110001001000101001110110100010000011000010011101000010010000100001
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M._stejnegeri       011?1000000000?10000111111111111111111111111112		?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ???	???????????????????????????????????????????????????????????????????????
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P._gangetica        0??12000000000?10000111111111111111111111111112		?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ???	???????????????????????????????????????????????????????????????????????
P._blainvillei      0??11000000000?10000111111111111111111111111112		?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ???	???????????????????????????????????????????????????????????????????????
L._vexillifer       0??11000000000?10000111111111111111111111111112		?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ???	???????????????????????????????????????????????????????????????????????
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P._dalli            01001000000000?10000111111111111111111111111112		glsegewqlv lnvwgkvead laghgqdvli rlfkghpetl ekfdkfkhlk teaemkased lkkhgntvlt alggilkkkg hhdaelkpla qshatkhkip ikylefisea iihvlhsrhp aefgadaqga mnkalelfrk diatkykelg fhg	???????????????????????????????????????????????????????????????????????	
N._phocaenoides     01000000000000?10010111111111111111111111111112		?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ???	???????????????????????????????????????????????????????????????????????
O._brevirostris     01021000000000?10000111111111111111111111111112		?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ???	???????????????????????????????????????????????????????????????????????
P._electra          01001000000000?10000111111111111111111111111112		?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ???	???????????????????????????????????????????????????????????????????????
F._attenuata        010?1000000000?10000111111111111111111111111112		?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ???	01100011100100110010000000100111010001011000111001100100011010100001010
P._crassidens       01001000000000?10000111111111111111111111111112		?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ???	???????????????????????????????????????????????????????????????????????
O._orca             01001000000000?10000111111111111111111111111112		glsdgewqlv lnvwgkvead laghgqdili rlfkghpetl ekfdkfkhlk teadmkased lkkhgntvlt algailkkkg hhdaelkpla qshatkhkip ikylefisea iihvlhsrhp aefgadaqga mnkalelfrk diaakykelg fhg	???????????????????????????????????????????????????????????????????????	
G._macrorhynchus    01001000000000?10000111111111111111111111111112		?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ???	???????????????????????????????????????????????????????????????????????
S._bredanensis      010?1000000000?10000111111111111111111111111112		?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ???	???????????????????????????????????????????????????????????????????????
L._acutus           01001000000000?10000111111111111111111111111112		?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ???	???????????????????????????????????????????????????????????????????????
L._hosei            01001000000000?10000111111111111111111111111112		?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ???	???????????????????????????????????????????????????????????????????????
G._griseus          01021000000000?10000111111111111111111111111112		?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ???	01100011100100110010000000100111010011010010011101100111011011000001001
E._glacialis        00?10111021(01)11101011000111111111111111111111112	?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ???	???????????????????????????????????????????????????????????????????????
B._acutorostrata    00?11111100000001111000111111111111111111111112		vlsdaewhlv lniwakvead vaghgqdili rlfkghpetl ekfdkfkhlk teaemkased lkkhgntvlt alggilkkkg hheaelkpla qshatkhkip ikylefisda iihvlhsrhp aefgadaqaa mnkalelfrk diaakykelg fqg	???????????????????????????????????????????????????????????????????????
;
END;


BEGIN CODONS;
GENCODE UNIVNUC
;
END;

	CONSTRAINTS ct=(A._americanus, T._napu, B._taurus, T._tajacu, C._dromedarius, B._mysticetus, E._robustus, B._physalus, M._novaeangliae, (Z._cavirostris, M._europaeus, M._peruvianus, P._catadon, K._breviceps, K._simus, I._geoffrensis, D._leucas, P._phocoena, P._spinipinnis, L._albirostris, L._obscurus, L._peronii, G._melaena, C._eutropia, D._delphis, T._truncatus));
	CONSTRAINTS ct3=(P._catadon (K._breviceps, K._simus, B._mysticetus, E._robustus, B._physalus, M._novaeangliae,M._europaeus, M._peruvianus, Z._cavirostris, I._geoffrensis, D._leucas, P._phocoena, P._spinipinnis, L._obscurus, L._albirostris, G._melaena)); 
	CONSTRAINTS ct4=((Z._cavirostris, (M._europaeus, M._peruvianus))(P._catadon K._breviceps, K._simus, B._mysticetus, E._robustus, B._physalus, M._novaeangliae, I._geoffrensis, D._leucas, P._phocoena, P._spinipinnis, L._obscurus, L._albirostris, G._melaena)); 

BEGIN SETS;
	CHARPARTITION molvsmorph = mol: 1-1397, morph: 1398-1604;
END;

BEGIN ASSUMPTIONS;


	USERTYPE A STEPMATRIX = 4
	     A C G T
	 [A] . 3 1 3
	 [C] 3 . 3 1
	 [G] 1 3 . 3
	 [T] 3 1 3 .
	;

	USERTYPE B STEPMATRIX = 4
	     A C G T
	 [A] . 3 0 3
	 [C] 3 . 3 0
	 [G] 0 3 . 3
	 [T] 3 0 3 .
	;
	
	USERTYPE C STEPMATRIX = 23
	[This matrix gives the minimum number of amino acid
	replacement substitutions needed to convert one amino
	acid to another, based on the genetic code used in
	nuclear genes of most organisms and chloroplast genes
	in plants).  It was computed using a program written
	by DLS.
	]
	     a c d e f g h i k l m n p q r 1 2 t v w y * %
	[a]  0 2 1 1 2 1 2 2 2 2 2 2 1 2 2 1 2 1 1 2 2 2 3
	[c]  2 0 2 2 1 1 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 2 2 1 1 1 3
	[d]  1 2 0 1 2 1 1 2 2 2 2 1 2 2 2 2 2 2 1 2 1 2 3
	[e]  1 2 1 0 2 1 2 2 1 2 2 2 2 1 2 2 2 2 1 2 2 1 3
	[f]  2 1 2 2 0 2 2 1 2 1 2 2 2 2 2 1 2 2 1 2 1 2 3
	[g]  1 1 1 1 2 0 2 2 2 2 2 2 2 2 1 2 1 2 1 1 2 1 3
	[h]  2 2 1 2 2 2 0 2 2 1 2 1 1 1 1 2 2 2 2 2 1 2 3
	[i]  2 2 2 2 1 2 2 0 1 1 1 1 2 2 1 2 1 1 1 2 2 2 3
	[k]  2 2 2 1 2 2 2 1 0 2 1 1 2 1 1 2 2 1 2 2 2 1 3
	[l]  2 2 2 2 1 2 1 1 2 0 1 2 1 1 1 1 2 2 1 1 2 1 3
	[m]  2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 0 2 2 2 1 2 2 1 1 2 3 2 3
	[n]  2 2 1 2 2 2 1 1 1 2 2 0 2 2 2 2 1 1 2 3 1 2 3
	[p]  1 2 2 2 2 2 1 2 2 1 2 2 0 1 1 1 2 1 2 2 2 2 3
	[q]  2 2 2 1 2 2 1 2 1 1 2 2 1 0 1 2 2 2 2 2 2 1 3
	[r]  2 1 2 2 2 1 1 1 1 1 1 2 1 1 0 2 1 1 2 1 2 1 3
	[1]  1 1 2 2 1 2 2 2 2 1 2 2 1 2 2 0 2 1 2 1 1 1 3
	[2]  2 1 2 2 2 1 2 1 2 2 2 1 2 2 1 2 0 1 2 2 2 2 3
	[t]  1 2 2 2 2 2 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 0 2 2 2 2 3
	[v]  1 2 1 1 1 1 2 1 2 1 1 2 2 2 2 2 2 2 0 2 2 2 3
	[w]  2 1 2 2 2 1 2 2 2 1 2 3 2 2 1 1 2 2 2 0 2 1 3
	[y]  2 1 1 2 1 2 1 2 2 2 3 1 2 2 2 1 2 2 2 2 0 1 3
	[*]  2 1 2 1 2 1 2 2 1 1 2 2 2 1 1 1 2 2 2 1 1 0 3
	[%]  3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 0
	;
	[ Stepmatrix produced by the program sm ]
	[ sm is copyrighted 1992 by Kenneth A. Rice ]
	[ Museum of Comparative Zoology, Harvard University ]

	OPTIONS  DEFTYPE=unord PolyTcount=MINSTEPS ;

	CHARSET  12S  =  1-398;
	CHARSET  16S  =  399-940;
	CHARSET  cytb  =  941-1364;
	CHARSET  12sgap  =  1365-1379;
	CHARSET  16sgap  =  1380-1397;
	CHARSET  morph  =  1398-1604;
	CHARSET  myoglob = 1605-1757;
	CHARSET  RS	= 1758-1828;

	TYPESET * DNA  = A: 1-1364, B: 965-1364\3 990 1014 1023 1068 1071 1083 1098 1107 1113 1206 1242 1266 1314 1317 1320 1323 1359, C: 1605-1757;
	 
	
	EXSET  DONTWANT  =  285-317 634-653 1370-1378 1381-1389;

END; 



BEGIN MACCLADE;
v 3.0
-1358523498
1000&/0
0
0
END;