#NEXUS 
[MacClade registered to Ecology and Evolution Group, University of Oregon]

BEGIN DATA;
DIMENSIONS  NTAX=23 NCHAR=1217;
FORMAT MISSING=? GAP="  MATCHCHAR=.  INTERLEAVE  SYMBOLS= " a c g t - 0 1 2 3";

MATRIX

[                                10        20        30        40        50        60]
[                                .         .         .         .         .         .]

Notophthalmus           ggctcaaagggtggttaaagatacatacacaaatagaactaaaaactaactacgctgtcg
Eurycea                 ...c.....a.ca........a.aca.t?????..a..t.....ta.tg.cca..c...a
Phaeognathus            ...c.....a..a...t.....tt..ct.-........t........t.t.ta..c...a
D._wrighti              ...c........a...tt....g-ta.t.-......g.t.....tt.t...taa.a..ta
L._marmoratus_S         ...c........a...t.....g-.a.t.-........t.t....t.t.tcta.ta..ta
L._marmoratus_N         ...c........a...tt..g..-ta.t.-........t.t......t.t.ta.ta..ta
D._quadramaculatus_S    ...c........a...t....c.-ta.t.-........t.t....t.t.t.taata..ta
D._quadramaculatus_N    ...c........a...tt..g.g-.a.t.-........t.t....t.t.tcta.ta..ta
D._aeneus               ...c........a...tt...c.-.a.t.a........t.t....t.t.t.ta..g..ta
D._ochrophaeus_MR       ...ct.......a...tt....t-ta.t.-........t.t....t.t.t.taata..ta
D._ochrophaeus_PA       ...ct.......a...tt.....-ta.t.-........t.t....t.t.t.taata..ta
D._ochrophaeus_NC       ...c........a...tt..gc.-cagt.-........t.t....t.t.t..aata..ta
D._imitator             ...c........a...tt...c.-tg.t.-........t.t......t.t.taata..ta
D._apalachicolae        ...c........a...tt...c..ta...-..........t......t.t.ta.ta..ta
D._monticola            ...c........a...tt.....-ca.t.-........t.t......t.t.ta.tga.ta
D._auriculatus          ...ct.......a...tt.....-ta.t.-........t.t....t.t.t.taata..ta
D._santeetlah           ...c........a...tt.....-ta.t.-........t.t....t.t.t.ta.ta..ta
D._f._conanti_GA        ...c........a...tt..g..-ta.t.-........t.t......t.t.ta.ta..ta
D._f._conanti_KY        ...c........a...tt..g..-ta.t.-........t.t......t.t.ta.ta..ta
D._f._fuscus_NC         ...ct.......a...tt.....-ta.t.-........t.t....t.t.t.ta.ta..ta
D._f._fuscus_VT         ...ct.......a...tt....c-ta.t.-........t.t....t.t.t.taata..ta
D._brimleyorum          ...c........a...tt.....-ta.t.-........t.t....t.t.t.ta.ta..ta
D._welteri              ...c........a...tt.....-ta.t.-........t.t......t...ta.ta..ta

[                                70        80        90        100       110       120]
[                                .         .         .         .         .         .]

Notophthalmus           cacgcaatagttttaaa-aaatacagtttcgaaagtagttctactaaacaaacttgaacc
Eurycea                 t.....ta.acaaat..t....t..ta.a.a.....ta..t..?????t.cc........
Phaeognathus            t......aca.aaatt.t...ac..aaaa....g..tac....-.c.-t.t.......t.
D._wrighti              t.a.tg.ac..aaagc.t...cc..aaaa.......ta.a...-.-.-tttt......t.
L._marmoratus_S         t.ta...aca.aaa.tgt...at..aaaa.......ta.a...-.-.-g.tc......t.
L._marmoratus_N         t.ta...ata.aaa.tgt...cc..aaga.......ta.a...-.-.-t.tt......t.
D._quadramaculatus_S    t.tat..aca.aaa.tgt...ac..aaaa.......ta.a...-.-.-t.tc......t.
D._quadramaculatus_N    t.tat..aca.aaa.tgt...at..aaaa.......ca.a...-.-.-t..c......t.
D._aeneus               t.tat..ata.aaa.tgt....c..aaaa.......ta.....-.-t-t.ct..c.....
D._ochrophaeus_MR       t.tat...ta.aaa.tgt...cc..aaaa.......ta.a...-.-.-t..t........
D._ochrophaeus_PA       t.tat...ta.aaa.tgt....c..aaaa.......ta.a...-.-.-..gt......t.
D._ochrophaeus_NC       t.tat..ata.aaa.tgt....c..aaaa.......ta.g...-.-.-t.tt..a...t.
D._imitator             t.tat..aca.aaa.tgt....c..aaaa.......ta.a...-.-.-t.tt......t.
D._apalachicolae        t.ta...ata.aaa.tgt...cc..aaga.......ta.....-.-.-tg.t........
D._monticola            t.ta...aca.aaa.tgt....c..aaga.......ta.....-.-.-t..t........
D._auriculatus          t.tat...ta.aaa.tgt....c..aaaa.......ta.a...-.-.-..gt........
D._santeetlah           t.ta...ata.aaa.tgt...cc..aaga.......ta.a...-.-.-t.tt........
D._f._conanti_GA        t.ta...ata.aaa.tgt...cc..aaga.......ta.a...-.-.-t.tt......t.
D._f._conanti_KY        t.ta...ata.aaa.tgt...cc..aaga.......ta.a...-.-.-t.tt......t.
D._f._fuscus_NC         t.ta...ata.aaa.tgt...cc..aaga.......ta.a...-.-.-t.tt......t.
D._f._fuscus_VT         t.tat...ta.aaa.tgt....c..aaaa.......ta.a...-.-.-t..t......t.
D._brimleyorum          t.ta...ata.aaa.tgt...cc..aaga.......ta.a...-.-.-t.tt......t.
D._welteri              t.ta...at..aaa.tgt...cc..aaaa.......ta.a...-.-.-t..t........

[                                130       140       150       160       170       180]
[                                .         .         .         .         .         .]

Notophthalmus           cacgacagctaggacccaaactgggattagataccccactatgcctaaccataaact???
Eurycea                 ...t....t.ga..aa............................tc..tt.......???
Phaeognathus            t..t.t.at.ga..aa............................tc..ttt......???
D._wrighti              t..t....t..a..a?............................t...?tt....a.???
L._marmoratus_S         ...t.t....ga..aa......a.....................tc...tt....a.???
L._marmoratus_N         t..t.t....ga..aa......a.............t.......tc...tt....a.???
D._quadramaculatus_S    t..t.t..t.ga..aa......a.....................tc...tt....g.???
D._quadramaculatus_N    t..t......ga..aa......a.............t.......tc...tt....a.???
D._aeneus               t..t......ga.gaa............................tc...tt......???
D._ochrophaeus_MR       t..t.t....ga..aa............................tc...tt....ac???
D._ochrophaeus_PA       t..t.t....ga..aa............................tc...tt....a.???
D._ochrophaeus_NC       t..t.a....ga..aa............................tc...tt....a.???
D._imitator             t..t...at.ga.gaa............................tc...tt....a.???
D._apalachicolae        t..t.......a..aa............................ta...tt....a.???
D._monticola            t..t....t..a..aa............................tc...tt....a.???
D._auriculatus          t..t......ga..aa............................tc....t....ac???
D._santeetlah           t..t.t....ga..ga............................tc...tt....a.???
D._f._conanti_GA        t..t.t.a..ga..ga............................tc..ttt....a.???
D._f._conanti_KY        t..t.t.a..ga..ga............................tc..ttt....a.???
D._f._fuscus_NC         t..t.t....ga..aa............................tc...tt....a.???
D._f._fuscus_VT         t..t.t....ga..aa............................tc....t....a.???
D._brimleyorum          t..t....a.ga..aa............................tc...tt....a.???
D._welteri              t..t.t....ga..aa............................tc...tt....a.???

[                                190       200       210       220       230       240]
[                                .         .         .         .         .         .]

Notophthalmus           ??atttatccgccagagtactacgagcaacagcttaaaactcaaaggacttggcggtgct
Eurycea                 gg..ac.c.........c.........ttt..............................
Phaeognathus            ggt...cc...................c...........t......a............c
D._wrighti              gg.cc????........c.........c.....................c......c..-
L._marmoratus_S         gg.cc.tc.........c.........c................................
L._marmoratus_N         gg.cc.tc.........c.........c................................
D._quadramaculatus_S    gg.cc.tc.........c.........c................................
D._quadramaculatus_N    gg.cc.tc.........c.........c................................
D._aeneus               ??.a.ctc.........c.........c.t..............................
D._ochrophaeus_MR       gg.ca.tc.........c.........t................................
D._ochrophaeus_PA       gg..g.tc.....g...c.........c................................
D._ochrophaeus_NC       gg.c.ctc.........g.........c................................
D._imitator             gg.????c.........a.........t................................
D._apalachicolae        gg....tc.........c.........t................................
D._monticola            gg..c.tc.........c.........t................................
D._auriculatus          gg..a.tc.........c.t.......t................................
D._santeetlah           gg.ccccc...................t................................
D._f._conanti_GA        gg..c.tct....g.............t................................
D._f._conanti_KY        gg..c.tct....g.............t................................
D._f._fuscus_NC         gg..catc.........c.........t................................
D._f._fuscus_VT         gg..a.tc.........c.t.......t................................
D._brimleyorum          gg.ccatc.........c.........t...............................c
D._welteri              gg..a.tc.........c.........c................................

[                                250       260       270       280       290       300]
[                                .         .         .         .         .         .]

Notophthalmus           ctatacccccctagaggagcctgttctataatcgataatccacgataaacctcaccatct
Eurycea                 t.......-.............................c..c....c.........g..a
Phaeognathus            ........a..........................c.cc..c.................c
D._wrighti              ...c.t..at.........................c.cc..c...............c..
L._marmoratus_S         ........a..........................c.c...c...............c..
L._marmoratus_N         ...c....a..........................c.c...c...............c..
D._quadramaculatus_S    ...c....a..........................c.t...c..................
D._quadramaculatus_N    ...c....a..........................c.c...c...............c..
D._aeneus               ...c....a..........................c.cc..c...............c..
D._ochrophaeus_MR       ...c....a..........................c.cc..c..................
D._ochrophaeus_PA       ........a..........................c.cc..c..................
D._ochrophaeus_NC       ...c....a..........................c.cc..c...............c..
D._imitator             ...c....a..........................c.cc..c...............ct.
D._apalachicolae        ...c....a..........................c.cc..c...............c.c
D._monticola            ...c....a..........................c.cc..c..................
D._auriculatus          ...c....a..........................c.cc..c................t.
D._santeetlah           ........a..........................c.cc..c................t.
D._f._conanti_GA        ...c....a..........................c.cc..c...............ct.
D._f._conanti_KY        ...c....a..........................c.cc..c...............ct.
D._f._fuscus_NC         ........a..........................c.cc..c..................
D._f._fuscus_VT         ........a..........................c.c...c................t.
D._brimleyorum          ...c....a..........................c.cc..c...............c.c
D._welteri              ...c....a..........................c.cc..c...............c.c

[                                310       320       330       340       350       360]
[                                .         .         .         .         .         .]

Notophthalmus           attgctaatacagcctatataccaccgtc???agcccaccctttaaaggatagacagtag
Eurycea                 c.c....g...................c.ccc...ta.............gta.t...ca
Phaeognathus            c......tat...................ctc...tt...t......a..aca.a...ga
D._wrighti              c............t.............c.-tc..tat...t......a..ata.a...ga
L._marmoratus_S         c..........................c.ctc..tt.....c.c...a..ata.t...ga
L._marmoratus_N         c..........................c.ctc..tt.......c...a..ata.t...ga
D._quadramaculatus_S    c.a....t.....................ttc..ttt...t.cc...a..ata.t....a
D._quadramaculatus_N    c..........................c.ctc..tt.......c...a..ata.t...ga
D._aeneus               c......t.....................???..tt....t......a..ata.t...ga
D._ochrophaeus_MR       c....c.....................c.???..ttt...t......a..aca.t....a
D._ochrophaeus_PA       c....c.c...................c.ctc..ttt...t......a..ata.t...ga
D._ochrophaeus_NC       c....c.c...................c.ctc..tt....t......a..ata.t...ga
D._imitator             c......c.....t...............ctc..tt....t......a..ata.t...ga
D._apalachicolae        c....c.c......t............c.ctc..ttt..........a..aca.t...ga
D._monticola            c....c.c...................c.ctc..tt....tc.....a..aca.t...ga
D._auriculatus          c.c....c...................c.ctc..ttt.t.t..c...a..ata.t.a.ga
D._santeetlah           c....c.c...................c.ct-..ttt...t......a..aca.t...ga
D._f._conanti_GA        c..........................c.ct-..ttt...t......a..ata.t...ga
D._f._conanti_KY        c..........................c.ct-..ttt...t......a..ata.t...ga
D._f._fuscus_NC         c....c.t...................c.ctc..tt....t......a..ata.t...ga
D._f._fuscus_VT         c.c....c...................c.ctc..tt..t.t......a..ata.t.a.ga
D._brimleyorum          c......t......t............c.ctc..tt....t......a..gta.t...ga
D._welteri              c....c.c...................c.ctc..tt....t..c...a..ata.t.a.ga

[                                370       380       390       400       410       420]
[                                .         .         .         .         .         .]

Notophthalmus           gcacaat????aaacataaaaacgtcaggtcaaggtgtagcatatgagatgggaagaaat
Eurycea                 ...t...aaatt..a..tt...a.......................ca.c..........
Phaeognathus            a..a...aatttt.a.......a...................c...g.....a.......
D._wrighti              a.ga...aatttt.a.......a...................a.....c...a.......
L._marmoratus_S         a..a...aattt..a.......a..............c....a....ag...........
L._marmoratus_N         a..a...aattt..a.......a..............c....a....ag...a.......
D._quadramaculatus_S    a..a...aattt..a.......a..............c....a....a............
D._quadramaculatus_N    a..a...aattt..a.......a..............c....a....ag...a.......
D._aeneus               a.ga...aattt..a.......a..............c....a.........a.......
D._ochrophaeus_MR       a..a...aatttt.a.......a...................a.........a.......
D._ochrophaeus_PA       a..a...aatttt.a.......a.............c.....a.........a.......
D._ochrophaeus_NC       a..a...aattt..a.......a...................a....a....a.......
D._imitator             a..a...aattc..a.......a..............c....a....ag...........
D._apalachicolae        a..a...aatt...a.......a...................a.....g...a.......
D._monticola            a..a...aatt...a.......a...................a....a............
D._auriculatus          a..a...aatt...a.......a...................a....a....a.......
D._santeetlah           a..a..caatt...a.......a...................a....a....a.......
D._f._conanti_GA        a..a...aatt...a.......a...................a....a....a.......
D._f._conanti_KY        a..a...aatt...a.......a...................a....a...aa.......
D._f._fuscus_NC         a..a...aatt...a.......a...................a....a....a.......
D._f._fuscus_VT         a..a...gatt...a.......a...................a....a....a.......
D._brimleyorum          a..a...aatt...a.......a...................a.....g...a.......
D._welteri              a..a...aatt...a.......a...................a.....g...a.......

[                                430       440       450       460       470       480]
[                                .         .         .         .         .         .]

Notophthalmus           gggctacattttct??????tagaaaacacggaaaagtttatgaaataagactataaagg
Eurycea                 ............t.??????.ta....t......c.acca......ct.a.-.gc.....
Phaeognathus            ............t.??????..a........a..t.cc...........ag-...g....
D._wrighti              ............t.??????..a...........t.t............a.-........
L._marmoratus_S         ............t.??????..a....t......t.t............a.-........
L._marmoratus_N         ............t.??????..a....t......t.t.c..........a.-........
D._quadramaculatus_S    ............t.??????..a...........t.t.c.........ga.-........
D._quadramaculatus_N    ............t.??????..a....t......t.t.c..........a.-........
D._aeneus               ............t.??????..a...........t.t.a.g........a.-...c....
D._ochrophaeus_MR       ............ta??????..a...-t......t.t.a............-........
D._ochrophaeus_PA       ............ta??????..a...-t......t.tca.g..........-........
D._ochrophaeus_NC       ............t.??????..a....t......t.t.a.........?a.-........
D._imitator             ............t.??????a.a..........gt.t.a..........ag-........
D._apalachicolae        ............t.??????..a..........gt.t.a.........ga.-........
D._monticola            ............t.??????..a...........t.tcac...........-........
D._auriculatus          ............t.??????..a...........t.t.a..........a.-.......a
D._santeetlah           ............t.??????..a...........t.t.a..........ag-........
D._f._conanti_GA        ............t.??????..a...........t.t.a..........a.-........
D._f._conanti_KY        ............t.??????..a...........t.t.a..........a.-........
D._f._fuscus_NC         ............t.??????..a...........t.t.g.........ga.-........
D._f._fuscus_VT         .......t....t???????..a.....--....t.t.a..........a.-.......a
D._brimleyorum          ............t.??????..a...........t.t.a..........t.-........
D._welteri              ............t.??????..a....t...a.gt.t.a..........a.-........

[                                490       500       510       520       530       540]
[                                .         .         .         .         .         .]

Notophthalmus           aggatttagcagtaaaaagaaaaaagagtgttctttttaagccggcaatggagcgcgcac
Eurycea                 c........a..............-..a.t.......a..atg..t...aa.a.a.....
Phaeognathus            .........a..............................att......a....a.....
D._wrighti              .........a..............................ata......a....a.....
L._marmoratus_S         .........a..............................att......a....a.....
L._marmoratus_N         .........a.......g......................att......a....a.....
D._quadramaculatus_S    .........a..............................att......a....a.....
D._quadramaculatus_N    .........a..............................att......a....a.....
D._aeneus               .........a..............................a.t......a....a.....
D._ochrophaeus_MR       .........a..............................att......a....a.....
D._ochrophaeus_PA       .........a..............................att......a....a.....
D._ochrophaeus_NC       .........a..............................att......a....a.....
D._imitator             .........a..............................att......a....a.....
D._apalachicolae        .........a..............................att......a....a.....
D._monticola            .........a..............................att......a....a.....
D._auriculatus          .........a..............................att......a....a.....
D._santeetlah           .........a..............................att......a....a.....
D._f._conanti_GA        .........a..............................ct.......a....a.....
D._f._conanti_KY        .........a..............................ct.......a....a.....
D._f._fuscus_NC         .........a..............................a.t......a....a.....
D._f._fuscus_VT         .........a..............................att......a....a.....
D._brimleyorum          .........a.............t................att......a....a.....
D._welteri              .........a..............................att......a....a.....

[                                550       560       570       580       590       600]
[                                .         .         .         .         .         .]

Notophthalmus           acaccgcccgtcaccctcttc???????????????????????????????????????
Eurycea                 ..................a..???????????????????????????????????????
Phaeognathus            .....................???????????????????????????????????????
D._wrighti              ...................ct???????????????????????????????????????
L._marmoratus_S         .....................???????????????????????????????????????
L._marmoratus_N         .....................???????????????????????????????????????
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D._welteri              .................t..????????????????????????????????????????

[                                610       620       630       640       650       660]
[                                .         .         .         .         .         .]

Notophthalmus           gaagaagaggcaagtcgtaacatggtaagtctaccggaaggtgaacttggaacatcaact
Eurycea                 ..........a..................c.............gt......-t...tgag
Phaeognathus            t.........t................................gc......-...a.gga
D._wrighti              t.-.......a................................gc......-t..-.gag
L._marmoratus_S         t.....a...t................................gc......-...a..gg
L._marmoratus_N         t.....a...t................................gc......-...g..gg
D._quadramaculatus_S    t.....a...t..................c.............gt...a..-t.....aa
D._quadramaculatus_N    t.....a...t................................gc......-t...g.ag
D._aeneus               t.....a...t................................gc......-t.....aa
D._ochrophaeus_MR       t.....a....................................gc......-......aa
D._ochrophaeus_PA       t.....a....................................gc......-......aa
D._ochrophaeus_NC       t.....a...t..................c.............gt......-t....gaa
D._imitator             t.....a...t................................gc......-t.....aa
D._apalachicolae        c.....a...t................................gc......-t.....aa
D._monticola            c.....a...t................................gc......-t.....aa
D._auriculatus          t.....a...t................................gc......-t.....aa
D._santeetlah           t.....a...t................................gc......-t.....aa
D._f._conanti_GA        t.....a...t................................gc......-......aa
D._f._conanti_KY        t.....a...t................................gc......-......aa
D._f._fuscus_NC         c.....a...t................................gc......-t.....aa
D._f._fuscus_VT         c.....a...t................................gc...a..-t.....aa
D._brimleyorum          t.....a...t................................gc......-t.....aa
D._welteri              t..a..a...t................................gc......-..c...aa

[                                670       680       690       700       710       720]
[                                .         .         .         .         .         .]

Notophthalmus           tatagcttaac-taaagcatcttgcttacaccaagaaaacgcccgttaaactcggactaa
Eurycea                 ..........a........ct.............ag...tatttac.....-.aa.t..c
Phaeognathus            ..........aa........t.............a....tattt.......-.aa.t..t
D._wrighti              ..........a.........t...t.........a....tattt...t...-.aa.t..t
L._marmoratus_S         ..........a.......................a....tattt.....c.-.aa.t..c
L._marmoratus_N         ..........a.........t.............a....tattt.....c.-.aa.t..c
D._quadramaculatus_S    ..........g.........t.............a....tattt.a..gta-.aa.t..t
D._quadramaculatus_N    ..........a.........t.............a....tattt.....c.-.aa.t..c
D._aeneus               ..........a........ct...t.........ag...tattta....ca-.aa.t..t
D._ochrophaeus_MR       ..........a.........t...t.........a....tattta.....a-.aa.t..t
D._ochrophaeus_PA       ..........a.........t...t.........a....tattt..ct???-.aa.t..t
D._ochrophaeus_NC       ..........a.........t...t.........a....tattt...???.-.aa.t..t
D._imitator             ..........a.........t...t.........a....t.ttt.....tt-.aa.t..t
D._apalachicolae        ..........a.........t...t.........a....tattt.c.....-.aa.t..t
D._monticola            ..........a.........t.............a.....attt..a....-.a..t..t
D._auriculatus          ..........g.........t.............a....tattt.......-.a..t..t
D._santeetlah           ......c...a.........t...t.........a....tattt......t-.aa.t..t
D._f._conanti_GA        ..........a.........t.............a.....attt...g...-.aa.t..t
D._f._conanti_KY        ..........a.........t.............a.....attt...g...-.aa.t..t
D._f._fuscus_NC         ..........a.........t...t.........a....tattt.cc....-.aa.t..t
D._f._fuscus_VT         ..........a.........t.............a....tattt...???.-.aa.t..t
D._brimleyorum          ..........a.........t.............a....tattt.ga....-.aa.t..t
D._welteri              ..........a.........t..at.........a....tattt......t-.aa.t..t

[                                730       740       750       760       770       780]
[                                .         .         .         .         .         .]

Notophthalmus           gttgagttataattctagcctataaataaacaaacacctacc?aaacccctaaataaacc
Eurycea                 tc.......c..aata......ctt.a.cca.cc.tta...t??c.attactt.-..t.a
Phaeognathus            cc...a..t...c.........c.c.a.c..cc..ta....-?tc.atta.tt.-....a
D._wrighti              tc...a..t...a.......c.a.c.c..ta.ttat..gc.a?cc.atag-.t.-..c.a
L._marmoratus_S         c..a.a..t...a.........a.c.c...-.t..ttt.c.-?ct.atat-.c.-....a
L._marmoratus_N         c..a.a..t...a.........a.t.....-.t..ta..t.-?ct.atatc.c.-..-.a
D._quadramaculatus_S    t....a.ct...a......t..a.t.....-....ta.cc.-?tt.ata-c.c.-....a
D._quadramaculatus_N    c..a.a..t...a....tg...a.t.....-.t..ta..t.-?ct.ata-c.c.-....a
D._aeneus               t....a..c.t.a.........a.-...t.g....ta.cc.-?cc....ac.c.-....a
D._ochrophaeus_MR       t....a..t...a.........a.c.....-....taa.c.-?tt.ata-c.c.-....a
D._ochrophaeus_PA       t....a..t...a.........a.c.....-....taa.c.-?tt.ata-c.c.-....a
D._ochrophaeus_NC       t....a..t...a.........a.t.....-.c..taa.t.-?ct.aaa-c.c.-....a
D._imitator             t....a.ct...g.........a.t....t-.t..taa.t.-?ct.ata-..c.-....a
D._apalachicolae        t....a..t...a.........a.c.....-....taa.t.-?ct.ata-..c.-....a
D._monticola            t....a..t...a.........a.c.....-.c..taa.t.-?ct.ata-c.c.-....a
D._auriculatus          t....a..t...a.........a.t...t.-.t..taa.c.-?ct.ata-..c.-....a
D._santeetlah           t....a..t...a.........a.t.....-.c.atta.t.-?c..ata-c.c.-....a
D._f._conanti_GA        t....a..t...g.........agc...t.-.t..tta.t.-?ct.ata-c.t.-....a
D._f._conanti_KY        t....a..t...g.........a.c...t.-.c..tta.t.-?ct.ata-..c.-....a
D._f._fuscus_NC         t....a..t...a......a..a.c.....-.c..taact.-?ct.att-..c.-....a
D._f._fuscus_VT         t....a..t...a....t....a.t.....-.t..ta..t.-?ct.ata-c.c.-....a
D._brimleyorum          t....a..t.t.ac........a.c...t.-.t..taa.t.-?ct.ata-c.c.-....a
D._welteri              t....a..t...a.........a.t.....-.t..taa.t.-?ct.ata-..c.-....a

[                                790       800       810       820       830       840]
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Notophthalmus           atttaattaaatagtataggcgatagaaatttatcattgagcaatagaaaaagtactgca
Eurycea                 t.....cacgta.....g..t..c.....acct.tt-a.c......a.t...........
Phaeognathus            t...t..atgc.....ag.....c.....acctctt-a.c........t...........
D._wrighti              t...t..at........g..a..c.a...a..tatt.a.c......t.............
L._marmoratus_S         t.a.t..atg......cg.....c.....ac.ta.t-a.c..................t.
L._marmoratus_N         t.a.t..atg......cg.....c.....ac.tatt-a.c..................t.
D._quadramaculatus_S    t.a.tt.atg......cg.....c.....acctatt-a.c..................t.
D._quadramaculatus_N    t.a.t..atg......cg.....c.....ac.tatt-a.c..................t.
D._aeneus               t.a.t..att......cg.....c.....ac.tatt-a.c..................t.
D._ochrophaeus_MR       t.a.t..at........g.....c.....ac.tatt-a.c....................
D._ochrophaeus_PA       t.a.t..at........g.....c.....ac.ta.t-a.c....................
D._ochrophaeus_NC       t.a.t.catg......cg.....c.....ac.t.tt-a.c..................t.
D._imitator             t.a.t..at........g.....c.....c..tatt-a.c........g.........t.
D._apalachicolae        t.a.t..ac........g.....c.....a..tatt-a.c..................t.
D._monticola            t.a.t..at........g.....c.....a..tatt-a.c..................t.
D._auriculatus          t.a.t..atg......cg.....c.....gc.tatt-a.c..................t.
D._santeetlah           t.a.t..at........g.....c.....a..tatt-a.c..................t.
D._f._conanti_GA        t.a.t..at........g.....c.....a..tatt-a.c..................t.
D._f._conanti_KY        t.a.c..at....c...g.....c.....a..tatt-a.c..................t.
D._f._fuscus_NC         t.a.t..at........g.....c........tatt-a.c..................t.
D._f._fuscus_VT         t.a.t..at........g.....c.....a..tatt-a.c..................t.
D._brimleyorum          t.a.t..at........g.....c.....a..tatt-a.c..................t.
D._welteri              t.a....gtgg......g.....c.....gc.tatt-a.c..........t.......t.

[                                850       860       870       880       890       900]
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Notophthalmus           aaggaaagatgaaataaaaatgaaat??????caaaaacaaataaaagaaaagactaaaa
Eurycea                 .......a........g......t..??????tt........at....c..ga......c
Phaeognathus            ........g.......g....t....??????t.....t.t.at....c.....t..t.g
D._wrighti              ................g........c??????tt....t.c.a.....c......c.t..
L._marmoratus_S         ...................t......??????t.....t.t.a..t..c........c..
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D._quadramaculatus_S    ..........................??????tt....t.t.a.....c...........
D._quadramaculatus_N    ...................t......??????t.....t.t.a..g..c.....t..t..
D._aeneus               ..........................??????t.....t.t.a.....c.....tctt..
D._ochrophaeus_MR       ..........................??????t.t...t.t.a.g...c........tg.
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D._ochrophaeus_NC       ..........................??????t.....t.t.a.....c.......gcg.
D._imitator             ..........................??????t...-.t.t.a.....c.....t..c..
D._apalachicolae        ...................g......???????.....t.t.a.....c........c..
D._monticola            ..........................??????......t.t.a.....c.....t..t.g
D._auriculatus          ...................g......??????......t.t.a.....c.....ta.c..
D._santeetlah           ..........................??????......t.t.a.....c........c.g
D._f._conanti_GA        ..........................??????....g.t.t.a.....c........c..
D._f._conanti_KY        ..........................??????....g.t.t.a.....c........c..
D._f._fuscus_NC         ..........................??????t.....t.t.a.....c........t..
D._f._fuscus_VT         ..........................??????....g.t.t.a.....c........c..
D._brimleyorum          ..........................??????.g....t.t.a.....c........c..
D._welteri              ...................g......??????t.....t.t.a.....c........c..

[                                910       920       930       940       950       960]
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Notophthalmus           cttgtaccttttgcataatggtctagcaagttaaacctaacaaaaagaaataaagttacc
Eurycea                 .cca...........................ct-tgt.c..........t.tt..ccg.a
Phaeognathus            ...a.......c........a......c...cc.tat............c.tt....tta
D._wrighti              ...t.......a........a.t........cc.cat............c.tc....cta
L._marmoratus_S         ...c.......a...............c...ct.cat.....t......c.tt.....ta
L._marmoratus_N         ...t.......a...............c...ct.tat.....t......t.tt.....ta
D._quadramaculatus_S    ...t.......a........a......c...ct.tat............t.tt.....ta
D._quadramaculatus_N    ...t.......a...............c...ct.tat.....t......t.tt.....ta
D._aeneus               ...t.......a........a......c....t.tat.....t.....tc.tt.....ta
D._ochrophaeus_MR       ...t.......a........a......c...ct.tat.....c......t.tt......a
D._ochrophaeus_PA       ...t.......a........a......c...ct.tat.....c......t.tt.....ta
D._ochrophaeus_NC       ...t.......a........a......c...ct.tat.....c........tt.....ta
D._imitator             ...t.......a........a......c...cc.tat.....t......c.tt.....ta
D._apalachicolae        ...t.......a........a......c...ct.tat.....t......c.tt.....ta
D._monticola            ...t.......a........a......c...ct.tat.....t......c.tt.....ta
D._auriculatus          ..cc.......a........a......c...ct.cat.....t......t.tt.....ta
D._santeetlah           ...t.......a........a......c...ct.tat.....t......t.tt.....ta
D._f._conanti_GA        ...t.......a........a......c...ct.tat.....c......t.tt.....ta
D._f._conanti_KY        ...t.......a........a......c...ct.tat.....t......t.tt.....ta
D._f._fuscus_NC         ...t.......a...............c...ct.tat.....t......c.tt.....ta
D._f._fuscus_VT         ...t.......a........a......c...ct.tat.....t......t.tt.....ta
D._brimleyorum          ...t.......a........a......c...ac.tat.....c......t.tt.....ta
D._welteri              ...c.......a.......aa......c...ct.cat.....t......t.tt.....ta

[                                970       980       990       1000      1010      1020]
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Notophthalmus           cctccccgaaactagacgagctactcaaaagcagcatacta-gagccaacccgtctctgt
Eurycea                 .--.........c...........ctt..g......at????....a.............
Phaeognathus            tg-.........c............ttt.g......at.c.t....a...t.t.......
D._wrighti              tg-.........c...........c....ga.....a..act....a...t.t.......
L._marmoratus_S         ta-t........c..g........c.t...a.....ata..t....a.....c.......
L._marmoratus_N         ta-.........c..g........c.t...a.....ata..t....g...t.t.......
D._quadramaculatus_S    ta-.........c.a.........c.t..ga.....aca..t....a...t.t.......
D._quadramaculatus_N    ta-.........c..g........c.t...a.....ata..t....g...t.t.......
D._aeneus               ta-.........c...........c.t..ga.....ata..t....a...t.t.......
D._ochrophaeus_MR       ta-t........c...........c.c..ga.....ata..t....a...t.t.......
D._ochrophaeus_PA       ta-t........c...........c.c..ga.....ata..t....a...t.t.......
D._ochrophaeus_NC       ta-.........c.cg........cat..ga.....ata..c....a.....t.......
D._imitator             ta-.........c...........c.t..ga.....ata..t....a...t.t.......
D._apalachicolae        ta-.........c...........ctt..ga.....a.a..t....a...t.t.......
D._monticola            tg-.........c...........c.t..ga.....ata..t....a...t.t.......
D._auriculatus          ta-.........c...........c.t..ga.....ata..t....a...t.t.......
D._santeetlah           ta-.........c...........c.t..ga.....ata..t....a...t.t.......
D._f._conanti_GA        ta-.........c......t....c.t..ga.....aca..c....a...t.t.......
D._f._conanti_KY        ta-.........c......t....c.t..ga.....gca..t....a...t.t.......
D._f._fuscus_NC         ta-.........c...........ctc..ga.....ata..t....a...t.t.......
D._f._fuscus_VT         ta-.........c......t....c.t..g......ata..t....a...t.t.......
D._brimleyorum          ta-.........c.a.........c.t..ga.....ata..t....a...t.t.......
D._welteri              ta-.........c...........c.t..ga.....ata..t....a...tat.......

[                                1030      1040      1050      1060      1070      1080]
[                                .         .         .         .         .         .]

Notophthalmus           ggcaaaagagtgggatgacttctgagtagaggtgataagcctaacgagcctagtgatagc
Eurycea                 a..............a...c.aaag....t..c..a..a...........ag.at.....
Phaeognathus            ............a..a...c.tga........c..a..a............g.at.....
D._wrighti              a...........a..a..gc.t.tg.......c..a..a............g.at.....
L._marmoratus_S         ............a..a..a..t.tg.......c..a..a..a........cg.at.....
L._marmoratus_N         ............a..a..a..t.tg.......c..a..a..a........cg.at.....
D._quadramaculatus_S    a...........a..a..gc.t.tg.......c..a..a..........t.g.at.....
D._quadramaculatus_N    ............a..a..a..t.tg.......c..a..a..a........cg.at.....
D._aeneus               a...........a..a..ac.t.cg.......c..a..a..a.........g.att....
D._ochrophaeus_MR       a...........a..a..ac.t.tg.......c..a..a..a.........g.at.....
D._ochrophaeus_PA       a...........a..a..ac.t.tg.......c..a..a..a.........g.at.....
D._ochrophaeus_NC       a..............a..ac.t.tg.......c..a..a..a.........g.at.....
D._imitator             a...........a..a..ac.t.tg.......c..a..a..a.........g.at.....
D._apalachicolae        a...........a..a..ac.t.tg.......c..a..a..a.........g.at.....
D._monticola            a...........a..a..ac.t.tg.......c..a..a..a.........g.at.....
D._auriculatus          ............a..a..gc.t.tg.......c..a..a..a.........g.at.....
D._santeetlah           a...........a..a..ac.t.tg....t..c..a..a............g.at.....
D._f._conanti_GA        a...........a..a..ac.t.tg....t..c..a..a..a.........g.at.....
D._f._conanti_KY        a...........a..a..ac.t.tg....t..c..a..a..a.........g.at.....
D._f._fuscus_NC         a...........a..a..ac.t.tg.......c..a..a..a.........g.at.....
D._f._fuscus_VT         a...........a..a..ac.t.tg.......c..a..a..a.........g.at.....
D._brimleyorum          a...........a..a..ac.t.tg.......c..a..a..a......t..g.at.....
D._welteri              a...........a..a..ac.t.tg.......c..a..a..a.........g.at.....

[                                1090      1100      1110      1120      1130      1140]
[                                .         .         .         .         .         .]

Notophthalmus           tggttgcttgagaaa?cgaattttagttcagcttaaagt??ctttaaatatgtaaaaaaa
Eurycea                 .....a........-?..............a..a.g..-??.aaac..cca-cct...g.
Phaeognathus            .....a........-?t......a......a..a...a-??.acc-.....-..ttt...
D._wrighti              ..............-?t.............a.ca....-??.a.a-....a-..t.....
L._marmoratus_S         .....a........-?t.............at.a....-??.a.a-.....-..t.....
L._marmoratus_N         .....a........-?t.............at.a....-??.a.a-.....-..t.....
D._quadramaculatus_S    .....a........-?t.............at.a....-??aa.a-.....-..c.....
D._quadramaculatus_N    .....a........-?t.............at.a....-??.a.a-.....-..t.....
D._aeneus               .....a........-?t......a......at.a....-??.a.a-.t...-..t.....
D._ochrophaeus_MR       .....a........-?t.............a..a....-??.a.a-.g...-..t.....
D._ochrophaeus_PA       .....a........-?t.............a..a....-??.a.a-.g...-..c.....
D._ochrophaeus_NC       .....a........-?t.............a..a....-??.a.g-.....-..c....t
D._imitator             .....a........-?t.............at.a....-??.a.a-.t...-..c..g..
D._apalachicolae        .....a........-?t.............a..a...a-??.aca-.....-..t..-..
D._monticola            .....a........-?t.............at.a....-??.aca-.....-..t..-..
D._auriculatus          .....a........-?t.............a..a....-??.a.a-.....-.tt.....
D._santeetlah           .....a...a....-?t.............a..a....-??.a.a-.....-.tt.....
D._f._conanti_GA        .....a...a...g-?t.............a..a....-??.a.a-.....-..t.....
D._f._conanti_KY        .....a...a....-?t.............a..a....-??.a.a-.....-..t.....
D._f._fuscus_NC         .....a........-?t.............a..a....-??.aca-.....-..t..-..
D._f._fuscus_VT         .....a........-?t.............a..a....-??.a.a-.....-.tt.....
D._brimleyorum          .....a........-?t.............a..a....-??.acg-.g...-..t..g..
D._welteri              .....at.......-?t.............a..a....-??.a.a-.....-..t.....

[                                1150      1160      1170      1180      1190      1200]
[                                .         .         .         .         .         .]

Notophthalmus           ???????????accttaaagttacttaatagagg-acagctctattaataaaggacacaa
Eurycea                 ???????????g.tc.t..ta..a....ct.g..a.....c.ag..t.a..g...a...g
Phaeognathus            ???????????gtt..t.tta..a.....t....t.....c.a............a....
D._wrighti              ???????????g.t..tg.ta..g.....t....t.....c.a............a....
L._marmoratus_S         ???????????g.t..t.tta..a.....t.g..t.....c.ac...........a....
L._marmoratus_N         ???????????g.t..t.tta..a.....t....t.....c.a............a....
D._quadramaculatus_S    ???????????g.t..t.tta..a....ct....t.....c.ag...........a....
D._quadramaculatus_N    ???????????g.t..t.tta..a.....t....t.....c.a............a....
D._aeneus               ???????????g.t..t.tta..a....ct....t.....c.ag...........a....
D._ochrophaeus_MR       ???????????g.t..t.tta..a.....t....t.....c.a............a....
D._ochrophaeus_PA       ???????????g.t..t.tta..a.....t....t.....c.a............a....
D._ochrophaeus_NC       ???????????g.t..t.tta..a.....t....t.....c.a............a....
D._imitator             ???????????g.t..t.tt...a....ct....t.....c.ag...........a....
D._apalachicolae        ????????????tt..t.tta..a.....t....t.....c.a............a....
D._monticola            ???????????g.t..t.tta..a.....t....t.....c.a............a....
D._auriculatus          ???????????g.t..t.tta..a.....t....t.....c.a............a....
D._santeetlah           ???????????g.t..t.tta..a.....t....t.....c.a............a....
D._f._conanti_GA        ???????????g.t..t.tta..a.c...t....t.....c.g...g........a....
D._f._conanti_KY        ???????????g.t..t.tta..a.....t....t.....c.g............a....
D._f._fuscus_NC         ???????????g.t..t.tta..a.....t....t.....c.a............a....
D._f._fuscus_VT         ???????????g.t..t.tta..a.....t....t.....c.a............a....
D._brimleyorum          ???????????g.t..t.tta..a.....t....t.....c.a............a....
D._welteri              ???????????g.t..t.tta..a.....t....t.....c..............a....

[                                1210    ]
[                                .       ]

Notophthalmus           ccta?????????????
Eurycea                 ..cg?????????????
Phaeognathus            ....0?00000000?00
D._wrighti              ....0001011010010
L._marmoratus_S         ....0010010001101
L._marmoratus_N         ....0110010001101
D._quadramaculatus_S    ....001100?111000
D._quadramaculatus_N    ....001100?111000
D._aeneus               ....0001011010110
D._ochrophaeus_MR       ....1101011????10
D._ochrophaeus_PA       ....1101011????10
D._ochrophaeus_NC       ....1101011????10
D._imitator             ....11?101?????10
D._apalachicolae        ....11?1011110110
D._monticola            ....0?11000100110
D._auriculatus          ....01?2011110110
D._santeetlah           ....0101011110110
D._f._conanti_GA        ....0101011110110
D._f._conanti_KY        ....0101011110110
D._f._fuscus_NC         ....0101111010110
D._f._fuscus_VT         ....0101111010110
D._brimleyorum          ....01?1110100110
D._welteri              ....0101110100110
;
END;

BEGIN ASSUMPTIONS;


	USERTYPE a STEPMATRIX = 5
	     a c g t -
	 [a] . 1 0 1 1
	 [c] 1 . 1 0 1
	 [g] 0 1 . 1 1
	 [t] 1 0 1 . 1
	 [-] 1 1 1 1 .
	;

	OPTIONS  DEFTYPE=unord PolyTcount=MINSTEPS ;

END; 

BEGIN TREES; 

	TRANSLATE
		1	Notophthalmus,
		2	Eurycea,
		3	Phaeognathus,
		4	D._wrighti,
		5	L._marmoratus_S,
		6	L._marmoratus_N,
		7	D._quadramaculatus_S,
		8	D._quadramaculatus_N,
		9	D._aeneus,
		10	D._ochrophaeus_MR,
		11	D._ochrophaeus_PA,
		12	D._ochrophaeus_NC,
		13	D._imitator,
		14	D._apalachicolae,
		15	D._monticola,
		16	D._auriculatus,
		17	D._santeetlah,
		18	D._f._conanti_GA,
		19	D._f._conanti_KY,
		20	D._f._fuscus_NC,
		21	D._f._fuscus_VT,
		22	D._brimleyorum,
		23	D._welteri
	;
	TREE PAUP_2 =  [&R] (1,(2,(3,(4,(((((5,6),8),7),((((10,11),(((((14,15),20),(17,(18,19))),(22,23)),(16,21))),12),13)),9)))));
	TREE  * UNTITLED =  [&R] (1,(2,(3,(4,(((((5,6),8),7),((((10,11),(((((14,15),20),(17,(18,19))),(22,23)),(16,21))),12),13)),9)))));

END;



BEGIN MACCLADE;
v 3.0
-1379434578
0000&/0
0
0
END;